원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 충주시 B 지상 공장(이하 ‘제1공장’이라 한다)에서 도계업을 영위하기 위해, 2005. 11. 9. 피고로부터 물환경보전법 제33조 제1항에 따라 ‘1일 배출량 428.15㎥, 처리용량 500㎥’로 한 제3종 폐수배출시설 설치허가(이하 ‘최초허가’라고 한다)를 받았는데, 당시 원주지방환경청으로부터 사전환경성검토에 따른 협의의견으로 ‘방류수의 BOD, COD, SS를 각 8mg /L 이하로 처리할 것’을 요구받자, ‘방류수의 BOD, COD, SS를 각 5mg /L 이하로 처리하겠다’는 내용이 포함된 조치계획을 제출하였다.

나. 원고는 그 후 제2공장을 신설하는 과정에서 2013. 1. 22. 제1공장 폐수배출시설의 ‘1일 배출량을 681.46㎥, 처리용량을 900㎥’로 늘렸고, 다시 제2공장 증설 및 제3공장 신설을 추진하면서 2018. 7. 20.경부터 2018. 8. 7.까지 원주지방환경청의 소규모환경영향평가를 받았는데, 당시 원주지방환경청은 협의의견으로 ‘제3공장에서 발생한 폐수를 제1공장의 폐수배출시설에서 통합처리한 방류수는 BOD 및 SS 각 10mg /L 이하, COD 20mg /L 이하로 준수할 것’을 요구하였다.

다. 원고는 위와 같이 공장을 신증설하게 되자 제2공장에 폐수배출시설을 추가로 설치하는 방안을 추진하였으나 여의치 않았고, 이에 제1공장의 폐수배출시설을 제3종에서 제2종으로 변경하기로 하고 2019. 11. 21. 피고에게 제2종(1일 배출량 1,500㎥, 처리용량 1,800㎥)으로의 폐수배출시설 변경허가신청을 하였다가 2020. 1. 11. 이를 스스로 취하하였다. 라.

원고는 2020. 2. 6. 피고에게 다시 위 취하한 것과 동일한 내용의 폐수배출시설 변경허가신청(이하 ‘이 사건 신청’이라 한다)을 하였는데, 피고는 2020. 2. 7. 원고에게 '①용수사용명세 제출, ②최초허가 당시...