서면-2020-법인-2410(2020.07.06)

법인

법인세과-2328

법인으로 보는 단체로 승인 받은 종중이 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 처분한 경우에는 법인세가 과세되지 않는 것임

「국세기본법」제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인 받은 종중이 3년이상 소유한 토지를 취득한 이후 계속하여 해당 단체의 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우로서

해당 토지의 처분으로 발생하는 수입은 「법인세법」제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것입니다.

다만, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 사용용도·기간·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항입니다.

법인세법제4조

1. 사실관계

○ 질의법인은 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체(종중)임

- 질의법인은 1975년에 농지를 취득하여, 2010년까지 문중원이 관리사에 기거(산지기)하면서 해당 토지에서 농작물을 재배하여 조상의 제사음식 등에 사용하였으며,

- 현재 해당 토지에는 문중 선조의 봉분, 묘00기, 비석, 승덕비 관리사 등이 있음

2. 질의내용

○ 고유목적사업에 토지 전체가 사용되었는지, 각각 구분된 시설물·봉분·승덕비 면적만 사용되었는지 여부

- 토지에는 선조묘역의 관리 및 제사 봉행 등에 수행할 목적으로 설치된 시설물, 봉분, 승덕비(비석) 등이 있음

3. 관련법령

○ 법인세법 제2조 【정의】

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인

나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다. 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】

① 법인( 「법인세법」 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의5【농지의 범위 등】

③ 법 제55조의2제2항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 농지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 「농지법」 제6조제2항제2호·제6호·제10호가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 「농지법」 제6조제2항제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조제2항제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

3. 「농지법」 제6조제2항제10호라목부터 바목까지의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

5. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지

6. 「농지법」 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지

○ 법인세법 시행령 제92조의6【임야의 범위 등】

④ 법 제55조의2제2항제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 종·묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야

2. 「산림문화·휴양에 관한 법률」에 따른 자연휴양림을 조성 또는 관리·운영하는 사업에 사용되는 임야

3. 「수목원·정원의 조성 및 진흥에 관한 법률」에 따른 수목원을 조성 또는 관리·운영하는 사업에 사용되는 임야

4. 산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야

5. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법 시행령」 제22조에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야

6. 종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야

4. 관련예규 등

○ 법인세과-537, 2010.6.10.

비영리내국법인이 보유중인 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용된 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 「법인세법 시행령」 제2조제2항에 따라 수익사업에 해당되지 않는 것이므로,

귀 질의의 경우 매각대상 임야 전체 면적 중 고유목적사업에 직접 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 선조의 묘역 부분에 대해서는 상기 규정이 적용되는 것임

○ 서면인터넷방문상담2팀-992, 2008.5.21.

비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 처분하는 경우에는 법인세 과세대상이 아닌 것이며,

귀 질의의 경우, 향교가 제사비용을 조달하기 위하여 사용하던 농지를 양도하는 경우 문묘의 유지 등 당해 향교의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 같은 규정을 적용합니다.

○ 서면2팀-1521, 2005.09.23.

「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 양도차익에 대한 과세제외는 「국세기본법」제13조 제1항의 규정에 의하여 종중이 법인격을 가진 경우로서 보유중인 부동산이 당해 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 적용되는 것이므로,

귀 질의의 경우와 같이 법인격이 있는 종중이 소유중인 선조의 묘역이 아닌 묘역이 위치한 임야의 일부가 수용되는 경우에는 해당 규정이 적용되지 않는 것임.

○ 서면-2018-법인-0288, 2018.03.15.

「국세기본법」제13조제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 양도로 발생하는 수입은 「법인세법 시행령」제2조제2항에 따라 수익사업에 해당하지 않는 것으로

귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 사용용도·기간·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항입니다.

○ 법인세과-399, 2014.09.24.

「국세기본법」제13조에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인으로 승인받기 전에 취득하여, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은 「법인세법 시행령」제2조제2항에 따라 수익사업에 해당되지 않는 것으로

귀 서면질의의 경우가 이에 해당하는지는 해당 부동산의 사용용도·기간·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항입니다.

○ 법인세과-150, 2011.02.25.

1. 「국세기본법」제13조제2항에 따라 법인으로 승인을 받은 종중이 고정자산을 처분함으로 인하여 발생한 수입에 대하여는 법인세를 납부할 의무가 있는 것이나, 동 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산인 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것입니다. 이 경우 법인세가 과세되지 않는 고정자산에 대하여는 「법인세법」제62조의2 규정에 의한 소득세법을 준용하여 계산한 법인세를 별도로 납부할 필요가 없는 것임

2. 「법인세법」제62조의2제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도소득 계산에 대한 특례는 같은 항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것이므로 동일 과세기간에 속한 양도부동산에 대하여 필지별로 선택하여 적용할 수 없는 것임

3. 비영리내국법인이 직전 사업연도에 각 사업연도에 대한 소득으로 법인세를 납부하였더라도 그 다음 사업연도에 속하는 양도자산에 대하여는 「법인세법」제62조의2 규정에 따라 소득세법을 준용하여 계산한 방법으로 법인세를 납부할 수 있는 것임

4. 「법인세법 시행령」제2조제2항에 의한 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 고정자산에 해당하는지는 실제 사용용도, 사용기간, 사용면적 등을 감안하여 사실판단할 사항임

○ 서면인터넷방문상담2팀-178, 2006.01.23.

「국세기본법」 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 종중이 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유 중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은 법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나,

고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것입니다.

귀 질의의 경우 당해 부동산이 이에 해당되는 지는 고유목적 사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-32, 2006.01.06.

귀 질의와 같이 「법인세법」제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 3년 이상 계속하여 사용한 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 아니하는 것이나,

해당 토지가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부는 당초 취득 또는 매각경위, 이용현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-1087, 2004.05.27.

귀 질의의 경우 종중이 국세기본법 제13조 제2항의 신청에 의하여 종교단체로서의 민법 제32조의 규정에 의한 법인으로 보는 단체이면서 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 확인되는 때에 수익사업소득에서 과세 제외되는 것이며, 이에 대하여는 우리 센터의 유사사례에 대한 기존 질의회신 서이46012-11076(2003.05.29.)호 및 서이46012-11076(2003.05.29.)호를 참조하시기 바라며,

귀 종중 법인이 같은 법 시행령 제36조 제1항 1호의 규정에 의하여 수익사업소득을 고유목적사업비로 지출하였더라도 종교의 보급과 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체(지정기부금단체)가 아닌 경우에는 지정기부금으로 손금 산입할 수 없는 것이며, 이 경우에 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금 포함)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리하는 것입니다. 이에 대하여는 우리센터의 유사사례의 질의회신 서이46012-11865(2003.10.25.)호를 참고하시기 바랍니다.