1. 피고 금천세무서장이 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업년도 법인세 349,444,290원 가산세 97...

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 12. 설립되어 시스템통합업, 산업용 제어기기, 자동제어시스템 개발ㆍ제조업, 자동화시스템 및 유연생산시스템 개발ㆍ제조업 등의 사업을 영위하는 주식회사이다.

나. 원고는 2010. 12. 15. 임시주주총회의 결의로 정관을 변경하여 임원퇴직금지급기준조항을 신설한 다음 2010. 12. 30. 원고의 임직원에 대한 확정기여형 퇴직연금제도 도입을 결정하고 서울지방노동청 관악지청장에게 신고를 마쳤다.

다. 원고는 2010. 12. 30. 정관상 임원퇴직금 지급기준에 따라 산정한 대표이사 B에 대한 퇴직연금부담금 1,160,000,000원을 퇴직연금사업자인 중소기업은행에 납입하였고, 이를 손금에 산입하여 2010 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다. 라.

피고 서울지방국세청장은 원고가 B에 대한 퇴직연금부담금으로 납입한 1,160,000,000원(이하 '이 사건 퇴직연금부담금‘이라 한다)은 정당한 사유 없이 임원 중 대표이사에 대하여만 퇴직금 중간정산금액 182,507,733원을 초과하여 977,492,267원(이하 위 977,492,267원을 ‘이 사건 금액’이라 한다)을 과다불입한 것이므로 손금불산입 및 상여처분을 하여야 한다고 보고, 2013. 4. 22. 원고에게 이 사건 금액 외 조사적출액이 포함된 세무조사결과통지를 하였다.

원고는 이에 불복하여 2013. 5. 21. 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였으나 2013. 7. 16. 불채택 결정을 받았다.

마. 피고 금천세무서장은 2013. 8. 1. 이 사건 금액 및 기타 조사적출액에 관한 부분을 손금불산입하여 원고에게 2010 사업연도 법인세 349,444,290원(가산세 포함)을 경정고지하였고(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 피고 서울지방국세청장은 같은 날 원고에 대하여 2010 사업연도 귀속 소득자 B, 소득금액 1,144,668...