1. 피고가 2011. 9. 1. 원고에게 한 2010년 귀속 양도소득세 215,209,130원의 부과처분을 취소한다.

2....

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 8. 13. 수원시 팔달구 B 대 59㎡ 및 C 대 529㎡(이하 합하여 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)와 지상 주택(이하 ‘이 사건 등기주택’이라고 한다)을 임의경매 경락에 의해 취득하였다가(취득가액 126,700,000원), 2010. 6. 15. 소외 한국토지주택공사에 이를 공공용지의 협의 취득을 원인으로 매매대금 1,095,809,800원에 양도하였으며(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다), 한국토지주택공사는 2010. 6. 18. 이 사건 각 토지 및 등기주택에 관하여 위 공공용지 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 이후 원고는 양도소득세 신고를 하면서 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 1세대1주택인 고가주택 및 부수토지 양도를 적용하여 양도소득세 1,858,897원을 납부하였는데(양도차익 135,465,930원 계산), 피고는 이 사건 등기주택이 이 사건 양도 전에 멸실되었고 이 사건 각 토지상의 무허가건물은 주택이 아닌 사업장이라는 이유로 2011. 9. 1. 과세표준 및 세액을 경정하여(양도차익 920,605,750원 계산) 원고에게 양도소득세 214,209,130원을 추가로 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 다.

원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012. 5. 15. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2012. 12. 4. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 10, 11호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 (1) 이 사건 등기주택은 1962년 등기된 오랜 주택으로서 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 함께 취득하여 9년 이상 보유하던 중 임차인이었던 소외 D가 2008년 12월경 한국토지주택공사의 기초조사를 앞두고 영업손실보상금을...