소득금액변동통지가 행정처분으로서 항고소송의 대상인지 여부( 본 판결은 2002두1878에 의거 변경됨)

과세관청의 법인세법에 의한 상여 또는 기타소득처분이나 그에 따른 소득금액변동통지 자체는 독립하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라 할 수 없음

결정 내용은 붙임과 같습니다.

* 주의 * 이 판결은 대법원2002두1878에 의거 행정처분의 대상이라 판시함에 따라 변경됨

1. 이 사건 소 중 원천징수세액 납세의무를 부과한 처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다. 2. 피고가 1989. 1. 17. 및 1989. 10. 5. 원고에 대하여 한 법인세 합계 금778,322,810원, 동 방위세 합계 금129,686,430원의 부과처분 중 법인세 금178,178,891원을 초과하는 부분과 방위세부분을 취소한다. 3. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 4. 소송비용은 이를 5분 하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

1. 먼저 원천징수세액 납세의무를 부과한 처분의 취소를 구하는 부분의 소에 관한 본안전 항변에 대하여 본다.

"원고는, 피고가 1989.1.17. 원고에 대하여 법인세법(이하 단순히법'이라고만 한다.) 제32조 제2항, 제5항 , 같은법 시행령(1988.12.31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것, 이하 같으며, 단순히시행령'이라고만 한다.) 제94조의 2 제1항 의 규정에 의하여 원고 법인의 1987년 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 경정함에 있어서 익금에 산입될 금796,039,318원이 사외에 유출된 것이 분명하다 하여 이를 소외 김○○,김○○, 김○○, 김○○ 등에 대항 상여 및 기타소득으로 보고, 그 상여 또는 기타소득으로 간주된 금액에 대하여 상여를 받거나 기타소득한 것으로 간주되는 자의 소득은 소득세법에 의한 소득세과세대상이 되며, 따라서 원고에게 소득세법 제142조 의 규정에 의하여 그 소득세 등의 원천징수의무가 발생하였다하여, 소득세법 시행령 제195조 제2항, 제3항 , 제198조 제1항, 제2항 , 제206조의2 의 규정에 의하여 원고에게 소득금액변동 통지를 하였고, 이에 따라 원고는 피고에게 갑종근로소득세 금257,250,830원 및 동 방위세 금51,450,150원 등 합계 금308,700,980원의 원천징수세액을 자진납부하였는바, 원고가 피고의 위와 같은 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액을 자진납부한 것은 피고가 원고에게 그러한 원천징수세액의 납세의무를 부과한 처분을 한 것으로 보아야 할 것인데 그 처분이 위법하므로 그 취소를 구한다고 주장함에 대하여, 피고는 원고에 대하여 위와 같은 소득금액변동통지를 하였을 뿐이고 항고소송의 대상이 되는 어떠한 행정처분을 한 바 없었으므로 원고의 이 부분 소는 부적법하다고 다툰다.",그러므로 살피건대, 과세관청의 법인세법에 의한 상여 또는 기타소득처분이나 그에 따른 소득금액 변동통지 자체는 독립하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라 할 수 없고, 법인이 그 원천징수의무를 이행하지 않아서 과세관청이 납입고지라는 징수처분을 하여야만 비로소 그러한 처분에 대하여 항고소송으로 다툴 수 있는 것이라 할 것인데, 피고의 소득금액변동통지에 대하여 그에 따른 원천징수세액을 원고가 자진납부하였을 뿐이고 피고로서는 원고에게 달리 어떠한 과세처분을 한 바가 없었음이 원고의 주장 자체에서 명백하므로, 결국 원고의 이 부분 소는 행정처분이 아닌 것을 그 대상으로 하는 것으로서 부적법하다 할 것이다.

2. 다음으로 법인세 및 동 방위세 부과처분취소청구에 대하여 본다.

가. 이 사건 부과처분의 경위

갑제 1호증(법인등기부등본), 갑제 2호증(납세고지서), 갑제 6호증의 1,2(취득매매계약서 및 출금전표), 갑제 7호증의 1,2(양도매매계약서 및 입금전표), 갑제 10호증(매매계약서), 갑제 16내지 26호증의 각 1,2(각 등기부등본), 갑제 33호증(납세고지서 겸 영수증서), 을제 1호증의 1내지 5(결의서, 경정계산서, 가산세액계산서, 과소신고소등 및 미달세액계산서, 조사서), 을제 2호증의 1내지 16(경정결의서, 경정계산서, 특별부가세 과세표준 및 세액계산서, 가산세액계산서, 과소신고소득 및 미달세액계산서, 소득금액조정합계표, 자본금과 적립금 계산서, 조사서, 조정명세서, 차입금적수계산, 조정명세서 등), 을제 4호증의 1내지 8(법인세서면분석검토결과안내, 보정서류검토조서, 보정서류검토내용, 지급이자손금불산입내역, 부당행위계산부인액계산, 양도차익계산, 부동산현황, 부동산변동내역), 을제 9호증(부동산매매계약서), 을제 11호증의 1내지4(보정서류, 부동산 취득과 양도내용, 건설가계정장부, 영수증) , 을제 12호증의 1내지7(신고서, 조정명세서, 주식이동상황명세서, 대차대조표, 손익계산서, 합계잔액시산표), 을제 13호증 (법인설립신고서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있고, 달리 반증 없다.

ㄱ. 원고회사는 1986. 11. 29. 설립등기를 마쳐 설립된 주식회사로서 설립당시의 상호는 ○○주식회사였으나, 1987. 4. 27. 현재의 상호인 주식회사 ○○(뒤에 보는 바와 같이 원고 회사의 설립 이전부터 존속하였다가 후에 해산된 주식회사 ○○, 즉 이 사건에서 구○○ 라 일컫는 회사와는 다른 별개의 회사이다.)로 상호를 변경하였으며, 설립당시 자본금은 금3억원이었다가 1987. 4. 4. 금6억원, 1987. 4. 7. 금3억원, 1987. 4. 13. 금3억원, 1987. 4. 20. 금5억원, 1987. 4. 22. 금6억원, 1987. 4. 27. 금10억원 등 증자를 거듭하여 1987년말 현재 자본금은 금36억원으로 되었다.

ㄴ. 원고회사 대표회사인 소외 김□□의 아들인 소외 김○○, 동생인 소외 김○○, 조카인 소외 김용한, 친지 겸 원고회사의 주주인 소외 김○○ 등 4인은 1986. 9. 25. 소외 지○○으로부터 염전으로 사용되고 있던 별지목록 기재 토지 11필지(이하 이 사건 토지라 한다.)를 합계 금930,000,000원에 매수하여 같은 목록 기재와 같이 그중 각 2필지씩 모두 8필지에 관하여는 각자 명의로, 나머지 3필지에 관하여는 위 4인 공동명의로 그 소유권이전등기를 경료하였는데, 그후 위 11필지의 토지 전부에 관하여 1986. 12. 1. 원고회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다가 1987. 4. 3. 도로 위 4인 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

ㄷ. 한편 정부에서는 사실상 정부가 경영권을 가지고 있던 소외 주식회사 ○○(원고회사와는 상호가 같은나 별개의 회사이다. 이하 구○○ 라 한다.)를 민영화하기로 방침을 세운 다음, 1986. 11. 경 구○○ 의 제염공장과 유틸리티공장을 나누어 그중 제염공장은 이를 민간에 입찰을 통하여 처분하고, 유틸리티공장은 ○○화학공업단지 내에 입주중이던 여러 업체로 하여금 ○○화학지원주식회사 라는 회사(이하 소외 회사라 한다.)를 설립하게 하여 소외 회사로 하여금 이를 인수하도록 하되, 소외 회사의 설립에 참여하는 업체들에게는 유틸리티 생산품의 사용비율에 따라 그 주식을 인수하도록 하기로 계획을 수립하였던 바, 원고회사는 1987. 4. 경쟁입찰을 거쳐 구○○ 의 제염공장을 인수하였으며, 금528,000,000원을 들여 소외회사의 주식 105,600주를 인수하였다.

"ㄹ. 원고회사는 1988. 12. 경 원고회사의 1987년 사업년도분 법인세 금26,400,496원 및 동 방위세 금38,692,599원을 자진신고납부하였으나, 피고는 원고회사의 자진신고납부를 부인하여 ①원고회사가 앞서 본 소외 김○○ 등 4인으로부터 이 사건 토지를 이전받음에 있어 원고 회사가 지출하였다고 신고한 매입금액 118,823,142원은 그대로 인정하면서도 원고 회사가 위 4인에게 다시 소유권을 이전함에 있어서 원고 회사가 동인들로부터 영수하였다고 신고한 금133,960,682원에 관하여는 원고회사와 특수관계에 있는 위 4인에게 시가가 금930,000,000원에 이르는 이 사건 토지를 위와 같이 현저히 저렴한 가격으로 처분한 것으로서 이는 법 제20조 , 시행령 제46조 제1항, 제2항 제4호 가 규정하는 부당행위계산에 해당한다 하여 이를 부인함으로써 이 사건 토지의 양도에 따른 양도차익을 금796,039,318원(930,000,000 - 133,960,682)으로 인정하는 한편, 원고회사가 1987년에 원고회사 소유의 다른 부동산을 처분하여 입은 손실을 공제하여 원고회사가 1987년에 금787,223,914원의 부동산 양도차익을 얻은 것으로 인정하였고, ②원고회사가 손금으로 공제신고한 소외회사의 주식인수에 따른 증자소득공제액 금371,250,000원과 그 주식취득비용에 대한 지급이자 중 금35,317,438원을 손금으로 인정하지 아니하였으며, ③원고회사는 1987. 7. 13. 대한체육회에 대한씨름협회 사업비 찬조 명목으로 금10,000,000원을 기부한 바 있어서 이를 손금으로 신고하였으나, 피고는 위 금원은 법(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것. 이하 같다.) 제18조 제1항 , 시행령 제42조 제7호 소정의 지정기부금에 해당되지 아니한다 하여 이를 손금으로 인정하지 아니하였고, ④한편 원고 회사는 구○○ 로부터 제염공장을 인수하면서 그 부지내의 입목을 합계 금5,649,400원으로 평가하여 함께 인수하였던 바, 원고 회사가 위 입목을 법인세법 시행규칙(이하 단순히시행규칙'이라고만 한다.) [별표 1] 기계장치 이외의 고정자산내용년수표 제6항의 (10) 생물 중 내용년수가 15년으로 규정된 식물이라는 이유로 1987년도분 감가상각비로 금233,389원을 신고하였으나 피고는 위 입목이 토지의 일부로서 감가상각의 대상이 되지 않는다는 이유로 손금으로 인정하지 않음으로써, 결국 피고는 ①원고회사의 1987년 사업년도 부동산 의제양도차익 금787,223,914원에 대한 특별부가세(가산세 포함, 이하 같다.)로 금255,847,771원을 부과하는 외에, 이 사건 토지에 대한 의제양도차익 금796,039,318원을 원고회사의 익금에 가산하여 법인세로 금344,296,148원, 동방위세로 금130,685,332원을 산정하고, ②증자소득공제를 부인하고 주식취득자금에 대한 지급이자에 관하여 손금불산입함으로써 그에 따른 법인세로 금173,752,848원을 산정하는 한편, 이와 같이 법인세의 과세표준이 증액됨으로써 그에 대한 방위세율이 30퍼센트에서 25퍼센트로 낮아짐에 따라 방위세를 금3,503,931원 감액산정하였으며, ③기부금손금불산입에 따라 법인세로 금4,325,115원, 동 방위세로 금900,000원을 산정하였고, ④입목의 감가상각비를 부인하여 그에 따른 법인세로 금100,943원, 동 방위세로 금21,005원을 산정하는 외에 ⑤원고회사의 1987년도 소득이 위와 같은 익금가산과 손금부인으로 인하여 금500,000,000원 이상이 됨으로 인하여 방위세율이 20퍼센트에서 25퍼센트로 올라감에 따라 방위세로 금1,584,030원을 추가산정함으로써 원고회사에게 법인세 금778,322,810원(255,847,771 + 344,296,148 + 173,752,848 + 4,325,115 + 100,943은 778,322,825원이 되나, 뒤에 보는 바와 같이 2차에 걸쳐 고지하면서 각 10원 미만을 버림으로써 합계 금778,322,810원이 되었다.), 동 방위세 금129,686,430원(130,685,332-3,503,931 + 900,000 + 21,005 + 1,548,030; 10원 미만 버렸음)을 부과하게 되었으나, 일부 계산의 착오로 1989. 1. 17.에는 법인세로 금777,399,870원, 방위세로 위 금129,686,430원을 원고회사에 부과고지하였다가, 1989. 10. 5. 법인세 금922,940원을 추가 고지하였다.",나. 원고의 주장 및 그에 대한 판단

피고는 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유를 내세워 이 사건 과세처분이 위법하다고 주장하므로 차례로 살펴본다.

(1) 의제양도차익으로 인한 세금에 관하여.

원고는, 원고회사가 위 소외 김○○ 등 4인으로부터 이 사건 토지의 소유권을 이전받은 것은 구○○ 의 제염공장을 인수받기 위하여는 제염업체일 것이 요구되었는데 원고회사가 그 입찰에 참가하려는 당시에는 제염업체가 아니어서 입찰참가자격을 갖출 목적으로 위 4인으로부터 이 사건 토지의 소유명의만을 수탁받았던 것 뿐으써, 그후 위 입찰참가자격이 완화되어 제염업체가 아니더라도 입찰에 참가할 수 있게 됨에 따라 위 4인에게 이 사건 토지의 소유명의를 반환하게 되었던 것임에도 불구하고 피고는 원고회사와 위 4인 사이에 실제로 매매거래가 있었음을 전제로 하여 매도금액에 관하여 이른바 부당행위계산을 부인함으로써 위와 같이 법인세 등을 부과하였으니 이 부분 과세처분은 위법하다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 앞서 본 갑제 1호증, 갑제 6,7호증의 각 1,2, 갑제10호증, 갑제 16내지26호증의 각 1,2와 갑제 8호증의 1,2(공문 및 주식회사 ○○ 민영화추진계획), 갑제 9호증의 1,2(제염공장매각 및 공문사본), 갑제 11호증의 1,2,3 (각 경위서), 4(진술서), 5(확인서), 갑제 12,13호증(각 납세고지서), 갑제 14,15호증(각 호적등본), 갑제 27호증(인증서), 갑제 28호증의 1(폐업사실증명원), 2,3,4(각 사업자등록증), 갑제 29호증의 1내지4(각 부가가치세면세사업자 수입금액증명원), 갑제 34호증의 1내지 4(보통예금청구서사본, 출금전표 사본, 자기압수표전면 사본, 자기압수표이면 사본), 갑제 35호증의 1,2(입금거래사실확인원, 타점권기입), 갑제 36호증(인영)의 각 기재와 증인 홍○○, 김○○, 전○○의 각 증언에 변론의 전 취지를 종합하면, 원고회사의 대표회사인 소외 김□□은 구○○ 의 민영화 계획을 알고서 이를 인수할 생각으로 위와 같이 자본금 3억원으로 원고회사를 설립하였던 사실, 그런데 정부는 1986. 11. 경 구○○ 의 제염공장은 천일염 업계의 반발을 최소화함과 동시에 천일염과 기계염의 수급조절을 위하여 기존 제염업체에 매각하기로 방침을 세운 사실, 이 사건 토지의 원래 소유 명의자였던 소외 김○○ 등 4인 중 소외 김○○, 김○○, 김용한은 위 김□□의 가족들로서 위 3인 명의로 소외 김○○과 함께 이 사건토지를 소외 지○○으로부터 매입함에 있어서 그 매입자금을 위 김□□이 동인들에게 증여하였다 하여 그에 따른 증여세를 부과받아 납부하기도 하였고, 위 김○○ 여기 오랫동안 위 김□□과 거래관계를 맺으면서 위 김□□로부터 도움을 받아왔으며, 위 김□□이 원고회사를 설립할 때에도 주주로 참여한 사실, 한편 원고회사는 설립된지가 얼마 되지 아니하였을 뿐 아니라 염전도 가지고 있지 아니하여 위 김□□은 동인과 위와 같은 특수관계에 있는 위 김○○ 등 4인으로부터 이 사건 토지의 소유명의를 빌어 원고회사 앞으로 그 소유권이전등기를 경료받아 원고회사로 하여금 제염업체로서 구○○ 의 제염공장 입찰 참가자격을 취득할 수 있도록 위 4인에게 부탁함으로써 위와 같이 이 사건 토지에 관하여 원고회사 앞으로 소유권이전등기가 경료되게 된 사실, 그후 정부에서는 1987. 3. 경 구○○ 의 제염공장 입찰참가자격을 바꾸어 금융기관 여신운영규정에 의한 여신관리대상 기업 및 그 소속 기업체가 아닌 업체이면 제염업체가 아니더라도 입찰참가자격을 부여한 사실, 그에 따라 원고회사는 이 사건 토지의 소유 명의를 위 김○○ 등 4인에게 도로 반환하고자 동인들 앞으로 그 소유권이전등기를 경료해준 사실을 인정할 수 있고, 을제13호증(법인설립신고서), 을제14호증의 1,2,3(입금전표, 대체전표, 출금전표), 을제 15호증의 1,2,3(별단예금청구서, 보통예금청구서, 자기앞수표), 을제 16호증의 1,2(입금거래사실확인원, 보통예금입금표), 을제17내지 20호증의 각 1,2,3(각 결의서, 과세자료전 겸 결정결의서, 거래사실확인서), 을제 21호증의 1,2,3(거래기록조회에 대한 회신서, 보통예금거래명세조회서), 을제 22호증(보통예금등록표), 을제 23호증의 1,2,3(주주출자확인서, 인감증명서, 주주 또는 출자자 명부)의 각 기재와 증인 강성신의 증언은 위 인정을 뒤집을 증거가 되지 아니하며, 달리 반증 없다.

위 인정사실에 의하면, 소외 김○○ 등 4인으로부터 원고회사 앞으로 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기가 경료되었다가 도로 위 4인 앞으로 그 소유명의가 이전된 것은 실제로 있었던 매매거래에 따라 이루어진 것이 아니고, 단지 이 사건 토지의 소유 명의만이 원고회사 앞으로 신탁되었다가 원래의 소유자에게 환원되었던 것이라 할 것인바(원고회사가 그 소유권이전등기 과정에서 위 4인과 원고회사와의 사이에 2회에 걸쳐 매매계약이 체결된 것처럼 매매계약서를 작성하였고 그에 따른 장부정리를 하였다거나, 피고에게 법인 소득신고를 하면서 앞서 본 바와 같이 위 4인이 이 사건 토지를 소외 지○○으로부터 매입하면서 지급하였던 매매대금930,000,000원에 훨씬 미치지 못하는 금액인 금118,823,142원을 매입금액으로, 금133,960,682원을 매도금액으로 하여 신고한 사정 등이 있다 하여 위 인정을 달리 하여야 하는 것으로 보이지는 아니한다.), 법 제20조 가 정하는 부당행위계산의 부인은 내국법인의 행위 또는 소득금액계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 그 법인의 행위 또는 계산의 효력을 부인하고 정부가 소득금액을 독자적으로 계산하는 제도인 것이므로 그 기초적 사실행위는 진실로서 존립하는 것이어야 하고, 그러한 사실행위가 허위인 경우에는 부당행위계산부인의 문제가 발생할 여지가 없다 할 것이므로, 결국 피고가 원고회사의 위 4인에 대한 이 사건 토지의 매도거래가 실제로 있었고 그것이 부당행위 계산이라 하여 이를 부인하고 이 사건 과세처분에 이른 것은 위법하다 할 것이다.

(2) 증자소득공제부인 및 주식취득자금지급이자손금불산입으로 인한 세금에 관하여.

원고는, 앞서 본 바와 같이 원고회사는 소외회사의 주식을 인수하기 위하여 원고회사의 자본금을 당초의 금3억원에서 금36억원으로 금33억원을 증자하였고, 또한 원고회사가 소외 회사의 주식을 인수한 것은 정부의 구○○ 민영화방침에 따라 ○○화학공업단지내에 입주한 업체들에게 구○○ 의 유틸리티공장을 인수할 회사로서 소외 회사를 설립하게 하고 각 입주업체의 유틸리티공장 생산품의 사용비율별로 그 주식을 인수하도록 함에 따라 유틸리티 생산품의 사용비율이 11퍼센트였던 원고회사로서는 소외회사의 주식 11퍼센트에 해당하는 105,600주를 인수하게 되었던 것이며, 그 주식의 인수와 관련하여 ○○화학공업단지 내의 입주업체들의 대부분이 재무부의 계열기업군에 대한 여신관리시행세칙 의 제약 때문에 소외 회사에 출자할 수 없는 상태에 있게 되자 상공부장관은 1987. 1. 27. 재무부장관에게 구○○ 의 유틸리티공장의 민영화추진계획이 위와 같은 여신관리규제로 인하여 지장을 받고 있으니 소외 회사에 출자함에 있어서 여신관리규제를 완화하여 달라는 협조공문을 보냈고, 재무부장관은 이를 받아들여 은행감독원장에게 구○○ 가 소유하고 있는 유틸리티공장을 인수하기 위한 인수회사설립에 여신관리대상기업체가 참여하는 경우에는 위 세칙에서 ○○ 기업투자금지 사항의 예외승인을 허용하도록 지시하였으며, 이 지시를 받은 은행감독원장은 1987. 2. 20. 이러한 취지를 각 입주업체의 주거래 은행에게 통지함으로써 위 입주업체들은 여신관리규제의 적용을 받지 않고 소외 회사의 주식을 인수할 수 있었던 것인바, 이와 같은 상공부장관과 재무부장관의 행위는 법 제10조의 3 제2항 제2호 , 시행령 제 11조의 2 제1항 단서 제6호 , 시행규칙 제3조의 2 제1항 이 정하는 주무부장관과 재무부장관의 협의에 의하여 취득하는 주식 의 취득에 해당되어 증자소득공제를 받을 수 있는 것임에도 피고가 위와 같은 여신관리규제의 완화에 관한 상공부장관과 재무부장관의 협의를 원고회사의 소외회사 주식취득에 있어서의 위와 같은 협의에 해당하지 아니한다 하여 그 증자소득공제를 부인하였을 뿐 아니라, 나아가 원고회사의 위 주식취득자금의 지급이자에 관하여도 그것이 법 제18조의 3 제1항 제1호 에서 손금불산입규정의 적용의 예외로서 규정하는 대통령령이 정하는 주식 , 즉 시행령 제43조의 2 제3항 제3호 가 정하는 주식의 취득자금의 지급이자로서 손금에 산입하여야 할 것인데도 이를 손금에 불산입하였으니, 이러한 피고의 조치는 위법하다는 취지로 주장한다.

그러므로 살피건대, 법 제10조의 3 제1항 은 내국법인 내국법인 외의 자로부터 금전출자를 받아 자본을 증가한 경우에는 자본에 관한 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 36개월간 「[증가된 자본금액 x 당해사업년도 증자본변경등기후의 월수/12 x 금융기관의 대출금리수준을 감안한 공제율」의 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 이를 공제하도록 규정하는 한편, 같은조 제2항 에서는 그에 제한을 가하여 대통령령이 정하는 법인의 주식을 취득하기 위하여 지출한 금액의 합계액(제2호) 등 자본을 증가한 후에 지출한 금액을 합산한 매월 말일 현재의 잔액이 증가된 자본금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에 한하여 같은조 제1항 의 규정을 적용하도록 규정하고 있으며, 시행령 제11조의 2 제1항 은 법 제10조의 3 제2항 제2호 에서 말하는 대통령이 정하는 법인의 주식 을 내국법인의 주식으로 규정하면서 다만 그 단서로 위와 같은 제한이 배제되는 주식으로 6개호를 규정하여 그 제6호에서는 기타 재무부령이 정하는 방법에 따라 취득하는 주식 을 들고 있고, 시행규칙 제3조의 2 제1항 은 위 제6호의 주식을 주무부장관과 재무부장관의 협의에 의하여 취득하는 주식 으로 정하고 있는 바, ① 원고회사가 원고회사의 위 주장과 같은 여신관리대상기업체가 아닌 이 사건에서(원고회사가 여신관리대상기업체가 아니었던 까닭에 구○○ 의 제염공장의 입찰참가자격을 갖추었음은 앞서 본 바와 같다.) 상공부장관과 재무부장관과의 사이에 소외 회사의 주식취득에 관하여 여신관리규제를 완화하도록 하는 협의가 있었다 하더라도 이는 원고회사를 그 대상으로 하는 것은 아니었다할 것이어서 이를 가지고 시행규칙 제3조의 2 제1항 소정의 협의에 의한 것이라고 볼 수 없으며, 따라서 원고회사가 위 주식을 취득하기 위하여 지출한 금액이 금528,000,000원으로서 증가된 자본금액 금33억원의 100분의 10을 초과함이 계산상 분명한 이 사건에서 위 지출금액에 관하여 증자소득공제를 부인한 피고의 조치는 적법하다 할 것이고, ② 한편 법 제18조의 3 제1항 제1호 는 다른 법인의주식(출자금액을 포함하여 대통령령이 정하는 주식은 제외한다.)을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 그 주식 등 자산합계액 한도내에서 대톨령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액의 계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 시행령 제43조의 2 제3항 제3호 는 이와 같이 손금불산입 대상이 되는 차입금의 한도를 정함에 있어서 참작되는 주식 가운데 앞서 본 시행령 제11조의 2 제1항 단서 각호 의 규정에 의한 주식은 법 제18조의 3 제1항 제1호 괄호에서 정하는 주식으로서 제외되는 것으로 규정하고 있는바, 원고회사의 위 주식취득이 시행령 제11조의 2 제1항 단서 제6호 , 시행규칙 제3조의 2 제1항 소정의 주식취득에 해당되지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 원고회사의 주식취득자금에 대한 지급이자를 원고회사의 손금에 불산입한 피고의 조치는 적법하다할 것이어서, 원고회사의 이 부분 주장은 이유 없다 할 것이다.

(3) 기부금손금불산입으로 인한 세금에 관하여.

원고는 원고회사가 대한체육회에 기부한 대한씨름협회 사업비 찬조금10,000,000원은 손금으로 인정되어야 함에도 이를 부인한 피고의 처분은 위법하다고 주장하므로 보건대, 법 제18조 제1항 은 지정기부금 이외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 시행령 제42조 에서는 지정기부금으로 16개호를 규정하면서 그 제7호에서는 지방자치단체나 대한체육회가 추천하는 자, 대한체육회에 국제체육대회 또는 세계선수권대회의 경기종목에 속하는 경기의 기능향상을 위하여 운동선수양성, 단체경기비용 등으로 지출하는기부금 을 정하고 있는바, 씨름이 위와 같은 국제체육대회 또는 세계선수권대회의 경기종목이 아닌 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 위 기부금을 손금으로 인정하지 아니한 피고의 조치는 적법하다 할 것이다, 원고회사가 대한체육회에 위 금10,000,000원을 지급하고 받은 영수증(을제 11호증의 4)에 위 금원에 관하여 손금으로 인정받을 수 있다는 취지의 기재가 있다 하여 달리 볼 것은 아니라 할 것이어서, 원고회사의 이 부분 주장도 이유 없어 받아들일 수 없다.

(4) 입목감가상각비손금부인으로 인한 세금에 관하여.

원고는, 권고회사가 구○○ 로부터 제염공장을 인수하면서 그 부지내의 입목을 합계 금5,649,400원으로 평가하여 함께 인수하였던 바, 위 입목은 시행규칙 [별표 1] 기계장치 이외의 고정자산내용년수표 제6항의 (10) 생물중 내용년수가 15년으로 규정된 식물에 해당하므로 그에 따른 감각상각비는 손금으로 인정되어야 할 것인데도 이를 손금으로 인정하지 아니한 피고의 조치는 위법하다고 주장하므로 살피건대, 원고 주장의 위 입목이 입목에 관한 법률에 따라 등기된 것이 아닌 이 사건에서 이는 제염공장의 부지를 이루는 토지의 일부라 할 것으로서 감가상각대상이 되지 아니한다 할 것이므로, 그 감가상각비를 손금으로 인정하지 아니한 피고의 조치는 적법하고, 원고회사의 이 부분 주장 역시 이유 없다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이사건 소 중 원천징수세액 납세의무를 부과한 처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하기로 하고, 피고가 1989. 1. 17. 및 1989. 10. 5. 원고에 대하여 한 법인세 합계 금778,322,810원, 동 방위세 합계 금129,686,430원의 부과처분(피고가 1989. 10. 5. 법인세 금922,940원을 증액하는 경정처분을 함으로써 1989. 1. 17. 자 부과처분은 1989. 10. 5. 자 처분 속에 흡수되어 당연히 소멸한다고 보아야 할 것이지만, 1989. 10. 5. 처분 당시에는 세액계산상 착오의 경정에 따른 추가세액만을 부과고지하였으므로 각 세액의 합계금액을 부과한 하나의 처분이 있는 것으로 보되 위 두 개의 처분일자를 모두 표시하기로 한다.)중 법인세 금178,178,891원(총 법인세 금778,322,810원 - 부동산의제양도차익에 대한 특별부가세 금255,847,771원 - 이사건 토지에 대한 의제양도차익 익금가산으로 인한 법인세 금344,294,148원)을 초과하는 부분과 방위세 부분(총 방위세 금129,686,430원에서 이 사건 토지에 대한 의제양도차익 익금가산으로 인한 법인세에 대한 방위세 금130,685,332원을 공제하면 남는 것이 없게 되어 결국 원고회사가 당초 자진신고납부한 방위세 외에 추가로 납부하여야 할 방위세는 없는 것이로 된다.)은 위법하다 할 것이므로 이를 취소하기로 하고, 나머지 부분은 적법하고 원고의 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하며, 소송비용은 이를 5분 하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.