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문서번호
법인세과-147 (2012.02.24.)
세목
조특
요 지
중소기업에 해당할 당시 발생하여 이월된 연구인력개발비 세액공제를 중소기업 졸업 후 공제받는 경우 최저한세 적용 대상임
회 신
중소기업에 해당할 당시 발생하여 이월된 연구인력개발비 세액공제를 중소기업 졸업 후 공제받는 경우 최저한세 적용여부에 대하여는 다음 기획재정부의 해석을 참조하시기 바랍니다.□ 기획재정부 조세특례제도과-36, 2012.1.20.(법규과-75, 2012.1.26.)직전 과세연도에 중소기업이던 내국법인이 해당 과세연도에는 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 있어 직전 과세연도에 납부할 세액이 없어 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구 인력개발비에 대한 세액공제액 중 공제받지 못한 부분에 대하여 같은 법 제144조에 의해 이월공제하는 경우 같은 법 제132조에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니하는 것입니다.
관련법령
본문
1. 질의내용 요약
가. 사실관계
당사는 직전 사업연도까지 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따라중소기업에 해당하였으나, 당해 사업연도부터 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에따른 대기업에 해당됨
○직전 사업연도까지 중소기업에 해당함에 따라 「조세특례제한법」 제10조에 따라 연구·인력개발비 세액공제를 최저한세 적용 배제하여 왔으며, 일부는 산출세액이 충분하지 아니하여 동 중소기업에해당하는 기간에 공제를 받지 못하고 당기까지 이월되었음
나. 질의요지
중소기업의 경우에는 연구 및 인력개발비 세액공제가 「조세특례제한법」 제132조에따라 최저한세 적용을 받지 않는 것인 바,
○중소기업일 때 신청한 동 세액공제의 이월액을 중소기업 졸업이후의 사업연도에공제를 받는 경우에 있어서 동 이월세액에 대한최저한세 적용 또는 배제하여야하는지?
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙)
○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 <개정2000.12.29, 2002.12.11, 2008.12.26>】
① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1.중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
가.해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는금액의 100분의 50에 상당하는 금액
나.해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액
2.제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.
가.해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
나.해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액
다.해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액
100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)
①내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는내국인을 제외한다)이2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지각 과세연도에 연구 및 인력개발을위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.
1.당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
2.당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.
③제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
○ 조세특례제한법 제132조【최저한세】 (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)
①내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의소득과 법인세법 제91조 제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내대한 법인세ㆍ가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 15(중소기업의 경우에는100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우그 미달하는 세액에 상당하는부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.
3.제5조, 제7조의 2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도 세액공제대상금액에서대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제10조의 2, 제11조,제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 법률제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법중개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액
○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】
① 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14,제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 따라 공제할 세액중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 최저한세의 적용으로 공제받지 못한끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.
②각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조,제30조의2, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15,제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다.
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○대법원2007두7727, 2009.06.11
개정법률에 따라 중소기업의 연구비 등은 최저한세 적용대상에 제외되었으므로 연구및인력개발비 이월공제세액은 2004. 1. 1.이후 법인세신고 분부터 최저한세의 적용대상에서 제외되어 전부 공제되는 것임
○조세특례제도과-665, 2009.07.09