인천세관-조심-2016-197

경정처분취소 기각

심판청구

감면

2016-12-22

인천세관

인천세관-조심-2016-211(조심234~275병합).hwp

농업기술센터가 관세법 제90조에 따른 학술연구용품 관세감면대상기관에 해당하는지 여부심판청구를 기각한다

가. 청구법인들은 OOO 「농사지도법」이 공포되면서 OOO로 설립되어 OOO 「농촌진흥법」 제정으로 OOO 개칭 및 운영되어 오다가, OOO 「지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정」(이하 “지자체 정원 등에 관한 규정”이라 한다)이 개정되면서 OOO로 개칭되어 운영되고 있다. 나. 청구법인들은 OOO까지 OOO 소재 OOO 등으로부터 수입신고번호 OOO(청구법인별 수입신고내역 <별지2> 기재)으로 OOO 등(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 수입신고하면서 「관세법」 제90조(학술연구용품 감면세)에 따른 관세감면(감면율 80%)을 신청하였고, 통관지세관장은 이를 수리하였다. 다. 관세청장은 OOO는 「관세법」제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정하는 관세감면대상기관(시험소·연구소)에 해당하지 아니한다는 질의회신을 처분청에 통지하였고, 이에 처분청은 쟁점물품에 대한 감면을 배제하고 OOO 청구법인들에게 관세 합계 OOO원 및 부가가치세 합계 OOO원 총 합계 OOO원을 각 경정·고지(청구법인별 고지내역 <별지3> 기재)하였다. 라. 청구법인들은 이에 불복하여 OOO 각 심판청구를 제기하였다.

(1) 「관세법」에서 ‘시험소․연구소’의 범위를 규정하고 있지 않으므로 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 지방자치단체의 조례의 의하여 설치된 ‘시험소․연구소’ 등에 해당하는지 여부는 사실관계를 토대로 법조항의 합목적성에 비추어 판단하여야 하는바, 실제 시험․연구 사무를 수행하고 있는 청구법인들은 감면대상기관인 ‘시험소․연구소’에 해당한다. (가) 「관세법」제90조 제1항 제2호에서 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용 등은 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 ‘기획재정부령으로 정하는 기관’에 대해 “「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소 등”을 규정하고 있으나, ‘시험소ㆍ연구소’의 범위에 대해서는 「관세법」상 별도의 규정이 없고, 관세청장이 이에 대해 유권해석한 바도 없다. ‘시험소ㆍ연구소’의 범위와 관련하여 관계법령 및 유권해석을 살펴보면 「학술진흥법 시행령」 제2조에서 “연구기관이란 해당 연구 분야에서 3년 이상 연구한 경력이 있는 연구전담요원 3명 이상을 상시 확보하고, 연구시설을 갖춘 국내외 연구기관을 말한다”고 규정하고 있고, 국세청장은 여러 차례에 걸쳐 “국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소·연구소의 의미는 기관의 명칭이 시험소·연구소로 직제되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있고, 시험·연구장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 「부가가치세법 시행규칙」에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 회신한 바 있다. (나) 청구법인들은 지방자치단체의 직속기관으로서 해당 지방자치단체의 조례에서 시험ㆍ연구사무를 그 소관사무로 규정하고 있고, 실제 다음과 같이 시험ㆍ연구사무를 수행하고 있다. 첫째, 청구법인들은 「농촌진흥법」 제7조 제2항 제2호에 따라 농촌진흥청장의 농촌진흥사업 중 연구개발 사업에 공동연구기관으로 참여하고 있는데, 이에 관한 대표적인 연구개발 사업은 토양검정이고, 토양검정이라 함은 “과학적 근거에 의한 작물의 시비량을 결정하기 위하여 포장에서 채취한 토양시료를 대상으로 유효양분함량 또는 석회소요량을 측정하는 분석작업”을 말한다. 둘째, 청구법인들은 OOO이 수행하기 어려운 관내 농업분야의 시험·연구사무를 담당하고 있는데, 각 지방자치단체의 조례에서 규정한 시험ㆍ연구와 관련된 대표적인 사무는 청구법인들이 소재하는 지역의 특성을 고려하여 지역특화작목을 육성 및 개발, 신품종 육성 및 지역적응시험, 신ㆍ구 품종 간 특성비교, 안전생산 기술개발 등 관내에서 생산되는 농산물의 수확량을 증가시키거나 품질경쟁력을 향상시키기 위한 시험ㆍ연구 활동과 화학비료ㆍ화학농약을 대체하는 친환경 자재의 활용률을 증가시킬 것으로 기대되는 지역토착 유용미생물 시험ㆍ연구 활동이다. 청구법인들은 위와 같이 수행한 시험ㆍ연구 결과를 매년 보고서의 형태로 발간하고 있다. (다) 청구법인들은 매년 국비, 도비, 시ㆍ군비 및 지역발전특별회계를 토대로 하여 편성된 전체 예산 중 약OOO 시험ㆍ연구사무에 배정하여 농업과학 분야에서 요구되는 새기술을 연구·개발하고, 새로운 소득 작목을 발굴·육성하여 관내 농업현장에 제공함으로써 과학 영농을 실현하고 있다. 또한, 시험ㆍ연구사무와 관련하여 전문인력을 배치하고 있는데, 「농촌진흥법」 제31조에서 농촌진흥사업에 종사하게 하기 위하여 “연구직공무원과 지도직공무원”을 두도록 규정하고 있고, 청구법인들은 「지방 연구직 및 지도직공무원의 임용 등에 관한 규정」 제4조의2에 따라 지방직 공무원을 임용하였으며, 이들은 「지방공무원법」 제4조 제2항에 의하여 “연구·지도 또는 특수기술 직렬 공무원”으로 분류되는 자로서 농촌진흥사업을 수행하는 데에 필요한 전문지식과 자격을 갖추고 있다. 특히 OOO가 시ㆍ군의 직속기관으로 전환되고, 기초지방자치단체 단위에서 요구되는 관내 특화작물의 시험ㆍ연구사업을 OOO에서 수행하기에 적합하지 아니하였으므로 각 OOO에 소속된 농촌지도사가 농업연구사로써의 사무를 동시에 수행하고 있다. (라) 청구법인들은 종합검정실, 농산물안전성분석실, 쌀품질관리실, 미생물배양실, 가공연구실 등을 갖추고 있고, 시험ㆍ검정실에는 토양(중금속분석 포함)ㆍ수질ㆍ잔류농약분석ㆍ식물체 분해ㆍ액비의 성분 및 부숙도 등 여러 분석시험을 위한 장비가 장치되어 있는데, 이러한 장비는 주로 물질 분석을 위한 분석화학 분야의 ‘기기분석시험’ 목적의 장비로서 여러 지역특화연구에 필요한 시험ㆍ분석이 가능하며, 시험ㆍ연구시설에서 도출된 기초자료는 지역특성에 맞는 시험연구사업의 자료로 활용될 수 있다. (마) 대표적으로 청구법인들은 농업자원 정밀분석을 위해 종합검정실을 운영하고 있는데, 종합검정실은 농업자원 정밀분석 진단 확대로 소비자 맞춤형 안전농산물의 생산을 뒷받침하기 위하여 설치된 시설로서 2015년 농업진흥청 자료에 의하면 약 155개의 시ㆍ군 단위의 OOO에서 종합검정실을 운영하고 있고, OOO 종합검정실의 분석업무와 관련하여 “종합검정실 분석 매뉴얼”을 발간한 바 있으며, 청구법인들이 주로 보유한 장비들은 OOO 등 종합검정실에서 종합검정을 수행하기 위하여 필요한 분석장비로서 그 용도나 보유목적이 시험ㆍ분석에 있고, 당해 용도 이외로 사용을 할 수 없는 기기들이다. 종합검정실의 주요 검정분야는 토양검정ㆍ수질검정ㆍ식물체ㆍ가축분뇨ㆍ농약잔류검사 등으로 구분되고, 농촌진흥청에서 제시한 2015년 전국 OOO의 정밀검정실적은 아래 <표1>과 같이 OOO에 달하며, 동 시험ㆍ분석의 결과는 OOO에 등록되어 작물재배 적지, 농경지 화학성, 토양 특성, 정밀농업기후도, 생물상 분포, 농업환경 변동정보 등 농업환경의 보전, 농산물 안전 생산에 이용된다.<표1> 2015년 분석항목별 정밀검정 실적 결국 청구법인들은 토양종합검정 등 시험ㆍ분석ㆍ연구를 수행하는 기관으로서 일반적인 시험소ㆍ연구소에 부합하는 업무를 수행하고 있는바, 관세청 유권해석 내용의 일부를 받아들여 청구법인들이 ‘연구소’의 범위에는 해당하지 않는다고 하더라도 ‘시험소’의 범위에는 명확하게 포함된다고 볼 수 있으므로 청구법인들은 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소”의 범위에 포함된다. (2) 처분청 답변내용은 다음과 같이 이유 없고, 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배되므로 취소되어야 한다. (가) 처분청은 OOO은 시험·연구사업을 소관사무의 하나로 분장하였고, 그 주요 설립목적이 학술연구용품 감면대상기관에 부합하지만 청구법인들은 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 분장한다고만 규정하였으므로 이에 해당하지 않는다는 의견이나, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항에서 청구법인들의 소관사무를 농촌지도사업·농민교육훈련사업 “등”으로 규정하였는바, OOO은 그 설치단위가 도ㆍ특별자치도이고, 청구법인들은 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 시ㆍ군으로 설치단위에 차이가 있을 뿐 OOO에서 수행하는 시험·연구사업은 농촌지도사업·농민교육훈련과 더불어 수행하는 사무 중 하나에 불과하고, 관세법령상 ‘시험소ㆍ연구소’ 해당 여부를 해당 기관의 주된 설립목적을 기준으로 판단하도록 한 규정이 없다. 청구법인들은 OOO가 관세감면대상기관이 아니라는 OOO자 재정기획부장관의 유권해석 이후, 관련 법령에 따라 농촌진흥청과 공동연구사업 등을 수행하기 위해 시험ㆍ연구장비를 본격적으로 구입한 사정변경이 있었고, 실제로 교육 또는 학술연구를 수행하여 학술의 진흥, 연구개발의 촉진 및 과학기술의 진흥에 기여하고 있으므로 학술연구용품 감면대상기관에 해당한다. (나) 감면물품은 수입신고시 서류제출 대상이고 「관세법」 제38조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제8조 제1항에서 수입신고수리 전에 감면의 적정여부를 심사하도록 규정하고 있는데, 처분청은 관세청장이 “OOO는 학술연구용품감면 대상기관에 해당하지 않는다”고 회신한 사실을 알고 있었음에도 불구하고 지난 수년간 OOO가 학술연구용품 감면세 적용대상으로 수입신고한 쟁점물품 등을 수입신고수리전 세액심사과정을 거쳐 신고수리하였다. 이는 관세청장의 유권해석에도 불구하고 동일한 OOO에 대해 국세청장이 여러 차례에 걸쳐 “시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있으며 시험·연구 장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 「부가가치세법 시행규칙」에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 상이한 해석을 내린 것과 실제 청구법인들이 시험·연구의 사무를 수행하기 위해 해당 물품을 수입한다는 사실을 확인하였기 때문이다. 따라서, 처분청이 청구법인들에 대해 수년 간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 수입신고수리전 세액심사를 하는 때에 관세청장의 유권해석을 근거로 학술연구용품감면 적용을 배제할 수 있음을 알면서도 그러지 아니한 것은 쟁점물품에 대하여 과세하지 않겠다는 묵시적 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있다고 할 수 있으므로 비과세 관행이 성립되었으며, 이를 신뢰한 청구법인들에게 귀책사유가 없음에도 불구하고 처분청이 이에 반하는 처분을 함으로써 청구법인들의 이익이 침해되었으므로 이 건 처분은 위법·부당하다.

(1) 청구법인들은 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 수행하기 위해 설립되었으므로 학술연구를 주요 목적으로 하여 설립된 학술연구용품 감면대상기관이라 할 수 없고, 기획재정부 및 관세청에서 일관되게 OOO는 감면대상기관이 아니라고 유권해석하여 왔다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2001.3.15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등). 「관세법」 제90조 제1항 제2호에서 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용‧교육용‧훈련용‧실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품을 수입할 때 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 ‘기획재정부령으로 정하는 기관’에 대해 “「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소‧연구소 등”으로 규정하고 있으나, 청구법인들은 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 ‘시험소ㆍ연구소’에 해당하지 않는다. (나) 학술연구용품 감면제도의 취지는 국가기관이나 학교, 공공의료기관 등에서 학술·교육의 진흥, 연구개발의 촉진 및 문화·과학기술의 진흥을 위하여 수입하는 학술연구용품, 실험실습용품, 교육용품 등에 대하여 관세를 감면하는 것이나, 과세의 형평을 위하여 필요한 최소한의 학술연구용품에 대해서만 관세가 감면되어야 한다. 「관세법」에서 ‘시험소ㆍ연구소’와 관련하여 명확하게 정의하고 있지 않으나, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호의 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위는 위와 같은 학술연구용품에 대한 관세 감면의 취지 및 법리에 따라 학술연구용품 감면대상기관은 교육 또는 학술연구만을 위하여 설립되었거나 교육 또는 학술연구가 주요한 설립목적의 하나인 기관에 한정되어야 한다. 청구법인들과 같이 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 설립된 지방농촌진흥기구인 OOO와 달리 시험ㆍ연구사업을 주요 설립 목적으로 명시하고 있고, 이에 따라 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에서 학술연구용품 감면대상기관으로 명시적으로 규정하고 있는 것이다. 청구법인들이 시험 또는 연구사무를 수행한다 하더라도 그러한 사무는 부속사무에 해당할 뿐이고, 청구법인들은 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항에 따라 특별시‧광역시‧특별자치시 및 시‧군에 설치된 기구로서 주요 설립목적이 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 수행하기 위함이 분명하므로 학술연구용품 감면대상기관에 해당하지 않으며, 만일 청구법인들의 주장과 같은 이유로 OOO를 학술연구용품 감면대상기관으로 적용할 의도였다면 OOO과 같이 「관세법 시행규칙」에 감면대상기관임을 명시적으로 규정했을 것이다. (다) 기획재정부장관은 “OOO는 「지방자치법」 시행에 따라 OOO의 명칭이 변경된 기관으로서 시‧군에 설치되어 주로 농촌지도‧농민교육‧농업특화사업 등의 기능을 하는 기관으로서, 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소에 해당하지 아니”하여 학술연구용품 감면대상기관에 해당하지 않는다고 유권해석하였고, 관세청장도 OOO가 학술연구용품감면 대상기관이 아님을 일관되게 유권해석하였으며, OOO 유사쟁점과 관련한 과세전적부심사에서 관세청장은 OOO의 경우 학술연구용품 감면대상기관이 아니라고 결정한 바 있다. 위와 같이 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 수행하기 위해 설립된 청구법인들은 학술연구를 주요 목적으로 설립된 학술연구용품 감면대상기관이라 할 수 없으므로 쟁점물품에 대한 감면을 배제하고 과세한 이 건 처분은 적법‧타당하다. (2) 청구법인들이 소관사무로 시험‧연구사무를 규정하고 있고, 예산 배정, 연구실, 장비 등을 갖추어 시험‧연구사무를 수행한다는 사정만으로 학술연구용품 감면대상기관에 해당한다고 할 수 없다. (가) 청구법인들은 소관사무로 시험‧연구사무를 규정하고 있고, 시험‧연구사무를 수행하기 위해 예산을 배정하고 인력을 배치하고 있으며 시설 및 장비를 갖추어 시험‧연구사무를 수행하고 있으므로 학술연구용품 감면대상기관인 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위에 해당한다고 주장하나, 지방자치단체에 따라 조례에 시험‧연구사무를 소관사무로 규정하고 있지 않은 곳도 있고, 설사 조례에 시험‧연구사무를 소관 사무로 규정하고 있고 청구법인들이 그러한 사무를 수행하고 있다고 하더라도, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인들의 주요 설립목적은 시험ㆍ연구사업의 수행이 아니기에 시험‧연구사무는 부속사무에 불과할 뿐이므로 학술연구용품 감면제도의 취지 등을 고려해 볼 때 시험‧연구사무를 소관사무로 규정하여 수행하고 있다는 사정만으로는 청구법인들이 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제1호의 ‘시험소ㆍ연구소’라 할 수 없다. (나) 청구주장처럼 일부 시험‧연구업무를 수행한다고 해서 청구법인들을 학술연구용품 감면대상기관으로 인정한다면 앞서 살펴본 학술연구단체 및 교육기관 등의 연구조직을 효율적으로 육성‧지원하여 우리나라 학술‧교육 등의 진흥을 위한 학술연구용품 감면제도의 취지에 부합하지 않을 뿐만 아니라, 일부 시험‧연구업무를 수행하는 모든 정부기관을 감면대상으로 인정하게 되는 불합리를 초래하게 되므로, 청구법인들이 실제 시험‧연구 사무를 수행한다는 이유로 학술연구용품 감면대상기관인 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위에 해당한다는 청구주장은 모두 이유 없다. (3) 신의성실원칙 내지 비과세관행이 성립되었다고 하려면 과세관청의 이에 대한 묵시적 또는 명시적인 의사표시가 있어야 할 것인바, 청구법인들이 감면신청한 쟁점물품에 대하여 처분청에서 어떠한 문제를 제기한 적이 없이 수입신고수리하였다고 하여 OOO가 관세감면대상기관에 해당한다는 처분청의 묵시적 또는 명시적인 의사표시가 있었다고 볼 수 없고, 다수의 OOO에서는 청구법인들이 감면 적용 신청한 물품과 동일한 품목번호의 물품 수입시 학술연구용품 감면 적용 신청을 하지 않고 다른 감면조항을 적용하여 감면신청을 하였거나 감면 적용 신청없이 일반수입물품으로 수입신고하고 있어 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수도 없으므로 청구법인들의 감면 적용 착오에 따른 부족세액에 대하여 경정ㆍ고지한 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배되지 않는다.

① 지방자치단체 조례에 따라 설치된 OOO가 「관세법」 제90조에 따른 학술연구용품 관세감면대상기관에 해당하는지 여부 ② 이 건 처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배되는 처분인지 여부

[쟁점물품설명] [사실관계및판단] (1) 이 건 처분경위는 다음과 같다. (가) 청구법인들은 「조달사업에 관한 법률」에 따라 조달청장과 조달계약을 체결하고, OOO까지 수입신고번호 OOO으로 쟁점물품을 수입하면서 「관세법」 제90조에 따른 학술연구용품 감면 적용을 신청하여 관세 및 부가가치세에 대하여 100분의 80을 감면받았는데, 청구법인들 중 일부는 수입신고서상 감면코드를 “OOO”(「관세법」 제90조 제1항 제1호 : 감면대상기관이 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관)으로 신고하였고, 일부는 감면코드를 “OOO”(「관세법」 제90조 제1항 제2호 : 감면대상기관이 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관)로 신고하였다. (나) 청구법인들의 대리인OOO 관세청에 「관세법」 제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소”의 범위 및 같은 법 제90조 제1항 제1호의 학술연구용ㆍ실험실습용 및 과학기술연구용에서 그 용도의 범위, OOO가 같은 법 제90조에서 규정한 감면대상 기관에 해당하지 않는 경우 기(旣) 감면처리된 건에 대해 신의성실원칙에 의거 추징하지 아니하는지 여부 등을 질의OOO하였다. (다) 관세청장은 OOO 위 질의에 대하여 기획재정부 및 관세청에서 일관되게 OOO는 학술연구용품 관세감면대상기관에 해당하지 않는다고 회신하였고, OOO는 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 지정되어 있는 OOO과는 달리, 일부 농업개발시험연구를 수행하나 주 업무가 농촌지도사업, 농민교육훈련사업 등을 하는 기관으로서 별다른 사정변경이 없으므로 관세감면대상기관이 아니며, 비록 국세청에서 OOO가 부가가치세 면제대상기관이라고 회신한 사례가 다수 있으나 「부가가치세법 시행령」 제51조에서 과학용 등으로 수입하는 재화의 부가가치세가 면세되는 범위를 ‘관세가 감면되는 것으로 한정하여 적용한다’고 규정하고 있고, 관세청에서 일관되게 OOO는 관세감면대상이 아니라고 회신하였으므로 신의성실원칙에 위배된다고 할 수 없다는 취지로 회신OOO하였다. (라) 처분청은 OOO 쟁점물품에 대해 감면적용을 받아 온OOO에게 감면받은 세액에 대해 경정ㆍ고지할 예정임을 과세전통지하였고, 과세전통지를 받은 OOO는 OOO 전후 처분청에 과세전적부심사를 청구하였는데, 일부 청구법인들은 OOO가 「관세법」 제90조 제1항 제2호의 ‘시험소ㆍ연구소’에 해당한다고 주장한 반면, 일부 청구법인들은 OOO가 같은 법 제90조 제1항 제1호의 ‘지방자치단체’에 해당한다고 주장하였다. (마) 이에 처분청은 OOO 관세청에 OOO가 「관세법」 제90조 제1항 제1호의 ‘지방자치단체’에 해당하는지 여부에 대해 질의하였고, 관세청장은 OOO 처분청에 OOO의 학술연구용품 관세감면대상기관 여부는 같은 법 제90조 제1항 제1호의 지방자치단체 해당 여부가 아닌 제2호에 명시된 기관 해당 여부로 판단함이 적정하고, 기존 유권해석에서 OOO는 학술연구용품 관세감면대상기관이 아님을 일관되게 회신하였으며, 감면대상기관으로 판단할 별다른 사정변경이 없으므로 학술연구용품 관세감면대상기관으로 볼 수 없다는 취지로 회신OOO하였다. (바) OOO세관(처분청) 관세심사위원회는 OOO는 지방자치단체에 해당하지 않고, 「관세법」 제90조 제1항 제1호의 기획재정부령으로 정하는 기관을 같은 법 시행규칙에서 직접 규정하고 있지 않아 같은 법 제90조 제1항 제2호에 해당하는지 여부를 검토하여 OOO는 같은 법 시행규칙 제37조 제2항에서 규정한 감면대상기관에 해당되지 않으므로 청구법인들의 과세전적부심사청구를 채택하지 아니한다고 결정OOO하였다. (사) 처분청은OOO가 적용받은 학술연구용품 감면을 배제하고 관세 등을 경정ㆍ고지하였고, 경정ㆍ고지 받은 <별지1> 기재 청구법인들은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다. (2) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) OOO는 과거 OOO가 「지방자치법」 시행에 따라 기관명이 변경된 것으로, 「농촌진흥법」 제3조에서 지방자치단체는 해당 지역의 농촌진흥사업을 수행하기 위하여 「지방자치법」 제113조에 따른 직속기관으로 지방농촌진흥기관을 둘 수 있도록 규정하고 있고, 「지방자치법」 제113조에서 지방자치단체의 조례로 교육훈련기관, 시험연구기관, 소방기관 등을 직속기관으로 설치할 수 있도록 규정하고 있으며, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에서는 농사에 관한 지역적인 시험연구사업·농촌지도사업·농민교육훈련에 관한 사업을 분장하기 위하여 도지사·특별자치도지사 소속으로 ‘OOO’을, 지역별 특화작목에 관한 시험·연구를 행하기 위하여 농업기술원장 소속으로 ‘특화작목시험장’을 둘 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 지방자치단체의 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등을 분장하게 하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 ‘OOO’를 두도록 규정하고 있으며, 각 지방자치단체에서는 조례로 ‘OOO’를 설치하고 있다. (나) 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 도지사ㆍ특별자치도지사 소속으로 설치된 ‘OOO’은 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, 같은 규정 제16조 제2항에 따라 시ㆍ군에 설치된 ‘OOO’는 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항에 감면대상기관으로 규정되지 않았다. 두 기관의 설치근거 등을 비교하면 아래 <표2>와 같다.<표2> OOO 비교 (다) 각 지방자치단체의 조례에서 대부분의 청구법인들의 소관사무에 시험ㆍ연구사무를 분장(소관사무에 명시적으로 시험ㆍ연구사무를 분장하지 않았더라도 “지역 특화작물에 대한 기술개발”이 소관사무로 분장된 경우를 포함하였다)하고 있으나, 시험ㆍ연구사무가 분장되지 않았거나 특정 시험ㆍ연구분야를 지정하지 않고 ‘그 밖에 연구사업’으로 소관사무가 분장된 청구법인들이 다수 확인된다. (라) 청구법인들이 제출한 시험ㆍ연구사업 관련 예산 배정 현황은 청구법인별로 전체 예산의 OOO로 다양하고, 예산 배정기준 및 근거자료는 제출되지 않았다. (마) 청구법인들이 제출한 청구법인별 시험ㆍ연구인력(연구사 외 이를 보조하는 실무자를 포함하였고, 농촌지도인력은 제외하였다) 및 청구법인들이 운영하는 연구실, 보유하고 있는 시험ㆍ연구장비의 수량(종)은 아래 표<3>과 같으며, 청구법인 중에는 일부 시설 및 장비를 사료, 비료, 식품가공사업 등에 이용하는 곳도 있다.<표3> 청구법인들의 인력 및 연구실, 보유 장비 현황 (바) 청구법인들은 주요 시험ㆍ연구실적으로 농촌진흥청과 공동연구사업인 대표필지 및 주요 작물 재배지 토양검정을, 기타 자체 연구사업으로 주로 지역특화작목 시험연구 실적 등을 제출하였고, 청구법인들 중에는 연구성과를 책자 형태로 발간하는 곳도 있다. (사) 농업진흥청에서 2015년 발표한 “2015년 시ㆍ군센터 종합검정실 운영 결과”는 아래 <표4>와 같다.<표4> OOO 운영 결과OOO (아) 재정경제부장관은 OOO는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소에 해당하지 아니한다고 유권해석OOO하였고, 관세청장은 OOO는 학술연구용품 관세감면대상기관이 아니라고 유권해석OOO하였으며, 재무부장관은 유사기관인 ‘OOO’이 학술연구용품 관세감면대상기관이 아니라고 유권해석OOO하였다. (자) 국세청장은 OOO 등이 「부가가치세법 시행규칙」 제12조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세가 감면되는 국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소ㆍ연구소에 해당하는지 여부에 대하여, 국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 ‘시험소ㆍ연구소’의 의미는 기관의 명칭이 시험소ㆍ연구소로 직제되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소ㆍ연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험ㆍ연구를 관장하게 되어 있고, 시험연구장비를 갖추어 실제 시험ㆍ연구를 수행하고 있으면 같은 시행규칙에서 규정하는 ‘시험소ㆍ연구소’에 해당한다고 유권해석OOO하였고, OOO가 수입한 외자기기에 대하여 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 기관이 토양 및 잔류 농약분석을 위하여 필요한 장비를 직접 수입하여 사용하는 경우 그 수입하는 장비에 대하여는 같은 시행규칙 제12조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제된다고 유권해석OOO하였다. (차) OOO까지 전국 OOO가 수입한 동일품목번호의 물품 중 학술연구용품 감면 적용을 신청한 비율은 아래 <표5>와 같이 전체 수입건수 대비 OOO인데, 이 중 관련 법조항을 「관세법」 제90조 제1항 제1호(국가기관ㆍ지방자치단체)를 적용하여 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 OOO이고, 같은 항 제2호(시험소ㆍ연구소)를 적용하여 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 OOO이며, 학술연구용품 감면이 아닌 다른 감면조항을 적용한 비율은 전체 수입건수 대비 OOO로, 감면 적용 신청없이 일반수입물품으로 수입한 비율은 전체 수입건수 대비OOO로 확인된다.<표5> 최근 5년간 전국 OOO 감면적용 현황 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「지방자치법」 제2조에서 도ㆍ시ㆍ군ㆍ구까지만 지방자치단체로 규정하고 있으므로 OOO를 지방자치단체로 보기 어렵고, 「관세법」 제90조 제1항 제1호의 위임에 따라 기획재정부령으로 별도로 규정하고 있는 기관도 없으므로 쟁점물품에 대하여 「관세법」 제90조 제1항 제1호를 적용하기는 어려워 보이는 점, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 설치된 ‘OOO’은 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, 같은 규정 제16조 제2항에 따라 설치된 ‘OOO’는 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항에 규정되지 않은 점, 설립 목적이 주로 농촌지도사업, 농업인 교육 등인 청구법인들을 같은 시행규칙 제37조 제2항 제1호의 ‘지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소’ 등으로 보기 어려운 점, 청구법인들 중에는 시험ㆍ연구활동을 수행한 것으로 보기 어려운 곳도 있을 뿐만 아니라 시험ㆍ연구활동을 수행하였다고 하더라도 이는 청구법인들의 소관업무에 부수적인 활동으로 보이고, 그 시험ㆍ연구활동이 통상적인 업무수행의 하나로 수행되는 것인지 학술연구활동 차원에서 수행되는 것인지 여부가 불분명한 점, ‘OOO’가 부가가치세 면제대상기관에 해당한다는 국세청장의 유권해석을 「관세법」에 따른 관세감면대상기관에 그대로 적용하기 어렵고 기획재정부(구 재정경제부) 및 관세청에서 일관되게 ‘OOO’는 관세감면대상기관이 아니라고 유권해석한 점 등에 비추어 청구법인들을 학술연구용품 관세감면대상기관이 아니라고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 수입신고수리전 세액심사를 거쳤음에도 관세감면을 적용하여 수입신고수리하였다는 이유만으로 청구법인들이 관세감면대상기관이라거나 쟁점물품에 대해 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점, 동일 또는 유사물품에 대해 다른 감면조항을 적용하여 수입통관하거나 감면 적용 신청을 하지 않고 일반수입통관한 OOO가 상당하여 비과세 관행이 성립되었다고 보기 어려운 점, 더욱이 대부분의 ‘OOO’가 「관세법」 제90조 제1항 제2호(시험소ㆍ연구소)가 아닌 제1호(국가기관ㆍ지방자치단체)를 적용하여 감면신청한 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」제131조와 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.