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제주지방법원 2021.01.12 2019구합5926
양도소득세부과처분취소
주문

이 사건 소 중 피고가 2018. 5. 9. 원고에게 한 양도 소득세 279,553,340원의 부과 처분 가운데 253,200...

이유

1. 처분의 경위 원고는 1975. 5. 17. 농지인 서귀포시 B 전 2,853㎡( 이하 ‘ 이 사건 토지’ 라 한다 )에 관하여 1975. 5. 13. 자 매매를 원인으로 하는 소유권 이전 등기를 마쳤다.

국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라, 1993. 11. 27. 이 사건 토지 중 동쪽 가장자리의 339.87㎡ 부분( 별지 1 도면 표시 ① 부분, 이하 ‘ 제 1 부분’ 이라 한다) 이 녹지지역으로, 제 1 부분에 길게 연접한 495.55㎡ 부분( 별지 1 도면 표시 ② 부분, 이하 ‘ 제 2 부분’ 이라 한다) 과 나머지 2,017.58㎡ 부분( 별지 1 도면 표시 ③ 부분, 이하 ‘ 제 3 부분’ 이라 한다) 이 주거지역으로 각 지정되었다.

원고는 2016. 2. 15. 이 사건 토지를 C에게 1,560,000,000원에 매도하고, 2016. 4. 8. C 앞으로 소유권 이전 등기를 마쳐 주었다.

원고는 2016. 6. 30. 피고에게 2016년 귀속 양도 소득세로 188,637,920원을 예정신고 ㆍ 납부하였다.

위 금액은 이 사건 토지 전체의 양도에 소득 세법 제 95조의 특별 공제( 이하 ‘ 장기 보유 특별 공제’ 라 한다) 규정이 적용되고, 제 1, 2 부분의 양도에 관하여 구 조세 특례제한 법 (2016. 12. 20. 법률 제 14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제 70조의 농지 대토 감면 원고는 2016. 3. 10. 서귀포시 D 외 2 필지( 합계 4,319㎡ )를 취득하였는바, 원고가 전제로 삼은 농지대 토 감면은 이와 관련된 것이다.

이 적용됨을 전제로 산출된 것이다.

피고는 2018. 5. 9. 원고에게 당초 처분을 하였다.

피고는 당초 처분의 고지 세액을 산출하면서, 제 1 부분의 양도에 관하여 구 조세 특례제한 법 제 69 조의 감면( 이하 ‘8 년 자경 감면’ 이라 한다) 이 적용된다고 판단 하기는 하였으나 그 적용을 누락하였고, 제 1, 2 부분을 비사업용 토지로 보지 아니하여 그 양도에 장기 보유 특별 공제 규정을 적용하였으며, 그 외에는 감면 규정을 일체 적용하지...

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