1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고들의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고들이 부담한다....

1. 인정되는 사실

가. 원고들은 서울 양천구 D 대 188.3㎡ 및 E 대 153㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)과 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 서울남부지방법원 2005. 6. 30. 접수 제45686호로 각 2분의 1지분씩 소유권이전등기를 마쳤다.

원고들은 사업자등록을 마친 후 이 사건 건물에서 부동산임대업을 하고 있다.

나. F구역주택재개발정비사업조합(이하 ‘소외 조합’이라 한다)은 F주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 위한 사업시행인가를 받고, 원고들로부터 사업구역 내에 위치한 이 사건 토지 및 건물을 매수하려고 협의하였으나 협의가 되지 않자 서울특별시지방토지수용위원회(이하 ‘위원회’라 한다)에 재결을 신청하였다.

위원회는 2012. 8. 17. ‘사업시행자는 이 사건 사업을 위하여 이 사건 토지를 수용하고 이 사건 건물은 이전하게 하며 손실보상금은 원고들 각 1,521,568,560원(= 토지보상금 1,852,537,770원 건물 보상금 169,030,790원)으로 한다. 수용의 개시일은 2012. 10. 5.로 한다.’라고 수용재결을 하였다.

다. 사업시행자인 소외 조합은 이 사건 토지 및 건물에 관하여 서울남부지방법원 2012. 10. 5. 접수 제44014호로 같은 날짜 수용을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다. 라.

원고들은 수용재결에 따라 공탁된 수용보상금을 이의를 유보하고 수령하였다.

원고들은 2012. 11. 25. 양천세무서장에게 수용일인 2012. 10. 5.을 폐업일자로 이 사건 건물에 대한 손실보상금과 관련하여, 과세표준 307,328,709원, 매출세액 30,732,870원으로 2012년 2기 부가가치세 확정신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)를 하였고, 2012. 12. 25. 2012년 2기 부가가치세 31,009,460원(가산세 276,590원 포함)을 납부하였다.

[인정 근거] 갑 제1...