법인세과-38(2010.01.12)

법인

국가로부터 출연금의 형태로 지급 받아 이를 세부연구 기관에 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 지급하는 경우 동 출연금에 대하여는 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것임

○○○이 국가와 역무계약에 의하여 사업비를 지원받아 기업에 해외 환경프로젝트 타당성조사 사업비를 지출하는 경우 계산서 교부여부에 대하여는 아래 회신사례를 참고하여 처리하시기 바람◈ 서면2팀-1976, 2005.12.05비영리법인이 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정에 의하여 정부 또는 국가기관과 연구 개발협약을 체결하고 연구개발에 소요되는 비용을 주관연구기관의 자격으로 국가로부터 출연금의 형태로 지급 받아 이를 세부연구 기관에 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 지급하는 경우 동 출연금에 대하여는 법인세법 제121조의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이므로, 귀 질의의 경우가 연구용역의 대가관계에 의하여 지급되는 것인지 위의 경우에 해당하는 것인지에 대하여는 사실판단 하여야 하는 것임. ◈ 법인세과-1152, 2009.10.16기업의 연구기관 등이 국가연구개발 사업에 참여하여 정부로부터 출연금 또는 국고보조금을 직접 수령하지 않고 해당 연구의 주관연구기관으로부터 수령하는 경우 해당 출연금 또는 국고보조금이 연구관련 재화 또는 용역 제공에 대한 대가에 해당되지 않는 경우에는 계산서를 교부하지 아니하는 것이며, 이 경우 출연금 또는 국고보조금이 재화 또는 용역 제공의 대가인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발 결과물의 소유권을 출연금 또는 국고보조금의 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실 판단할 사항임

법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부등】

1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

-정부출연기관인 ○○○이 환경부와 대행역무계약을 체결하여 해외 환경프로젝트 타당성조사 지원사업을 진행중임

-○○○과 기업은 지원금액과 기간이 명시된 협약을 체결하며, 기업은 중간보고서와 최종보고서 제출의무가 있음

-사업종료시 정산을 실시하며, 최종보고서는 ○○○에서 특정용도로 활용하지 않음

-○○○이 국가로부터 지원사업비 수령시 계산서를 수취하여야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

② 「부가가치세법」 제12조제1항제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 시행령 제164조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 「소득세법 시행령」 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다.

② 법 제121조제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우"라 함은 위탁자 또는 본인의 명의로 「소득세법 시행령」 제212조제2항의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다.

○ 소득세법 시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

3. 공급가액 4. 작성연월일 5. 기타 참고사항

② 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 교부할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 교부를 요구하는 때에는 계산서를 교부하여야 한다.

1.「 부가가치세법 시행령」 제79조의2제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업

2.「 부가가치세법 시행령」 제79조의2제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업

3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

4. 토지 및 건축물을 공급하는 경우

③ 「부가가치세법」 제25조의 규정을 적용받는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항 및 제2항 단서의 규정에 불구하고 계산서를 교부할 수 없으며, 영수증을 교부하여야 한다.

④ 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 계산서 또는 영수증을 교부하지 아니할 수 있다.

1. 노점상인ㆍ행상인 또는 무인판매기 등을 이용하여 사업을 하는 자가 공급하는 재화 또는 용역

2. 「부가가치세법」 제12조제1항제6호의 용역중 시내버스에 의한 용역

3. 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인과 거래되는 재화 또는 용역

4. 기타 「부가가치세법 시행령」 제57조 및 제79조의2의 규정에 의하여 세금계산서 또는 영수증의 교부가 면제되는 재화 또는 용역

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법인세과-1152, 2009.10.16

기업의 연구기관 등이 국가연구개발 사업에 참여하여 정부로부터출연금 또는 국고보조금을 직접 수령하지 않고 해당 연구의 주관연구기관으로부터 수령하는 경우 해당 출연금 또는 국고보조금이 연구관련 재화 또는 용역제공에 대한 대가에 해당되지 않는 경우에는 계산서를 교부하지 아니하는 것이며, 이 경우 출연금 또는 국고보조금이 재화 또는 용역 제공의 대가인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발 결과물의 소유권을 출연금 또는 국고보조금의 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실 판단할 사항임

○ 서면2팀-1976, 2005.12.05

비영리법인이 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정에 의하여 정부 또는 국가기관과 연구 개발협약을 체결하고 연구개발에 소요되는 비용을 주관연구기관의 자격으로 국가로부터 출연금의 형태로 지급 받아 이를 세부연구 기관에 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 지급하는 경우 동출연금에 대하여는 법인세법 제121조의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이므로, 귀 질의의 경우가 연구용역의 대가관계에 의하여 지급되는 것인지 위의 경우에 해당하는 것인지에 대하여는 사실판단 하여야 하는 것임.

○ 서면2팀-1720, 2004.08.18

기업의 연구기관이 국가연구개발사업에 참여하여 정부로부터 출연금을 지급받는 경우, 정부로부터 출연금을 직접 수령하지 않고 해당 연구관련 주관연구기관으로부터 출연금을 수령하며, 해당 출연금이 연구관련 재화 또는 용역의 제공에 대한 대가에 해당하지 않는 경우에는 계산서를 교부하여야 하는 대상에 해당하지 않는 것임.

○ 법인-787, 2009.07.14

「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따라 설립된 산학협력단이 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 따른 국가연구개발사업과 관련하여 정부 또는 연구관리전문기관과 협약을 체결하고 그 연구개발사업의 소요경비를 용역제공에 대한 대가관계 없이 출연금 형태로 지급받는 경우 해당 출연금은 「법인세법」 제3조 제3항의 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 해당 출연금에 대하여는 같은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이며, 이 경우, 출연금이 대가관계에 있는 것인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발에 따른 결과물의 소유권을 출연금 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실판단할 사항임.

○ 서면2팀-1141, 2005.07.20

산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의거 설립된 비영리법인이 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 연구 및 개발업을 수행하면서 기술개발에 대한 지역컨소시엄 협약을 맺고기술개발에 소요되는 비용을 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 국가등으로부터 출연금 형태로 지급받는 출연금은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당되지 아니하는 것이며, 동 출연금에 대하여는 세금계산서나 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것임.