부가46015-255 (2000.01.27)

부가

사업자가 축산업용기자재를 농민에게 공급하는 경우에는 당해 사업자의 사업자등록 여부에 관계없이 영세율이 적용되는 것임.

사업자가 “농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에대한부가가치세영세율적용에관한특례규정” 시행규칙 제2조의2 규정에 의한 [별표 4]에 규정된 축산업용기자재를 농민에게 공급하는 경우에는 당해 사업자의 사업자등록 여부에 관계없이 영의 세율이 적용되는 것이나, 귀 질의의 경우에 축산업용기자재를 농민에게 공급하였는지 여부는 거래증빙을 확인하여 사실판단 할 사항인 것입니다.

농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에대한부가가치세영세율적용에관한특례규정 시행규칙 제2조의2

1. 질의내용에 대한 자료

가. 유사사례

○ 부가46015-1221, 1995.7.5

【질의】

농민 중 복합농업에 종사하는 자 중 축산업의 사업자등록을 한 자에게 축산업용기자재(농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율적용에 관한 특례규정 시행규칙 별표 4의 축산업용기자재)를 공급시 영세율을 적용할 수 있는지를 질의함.

(갑) 축산업에 대한 사업자등록을 한 자는 무조건 축산업자이기 때문에 영세율적용을 할 수 없음.

(을) 농ㆍ축산ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율적용에 관한 규정 제2조에서 "대통령령이 정하는 농민이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물생산 및 원예업과 복합농업에 종사하는 개인 및 영농조합법인과 위탁영농회사"라고 규정하고 있으며, 한국표준산업분류표상의 복합농업이란 "작물생산활동과 축산활동을 복합적으로 수행하면서 그 중 한편의 전문화율이 66% 미만으로 운영되는 산업활동" 이라고 정의하고 있으며,

또한 소득세법 제12조 비과세소득 내용 가운데 농가부업소득세 중 농가부업적인 축산의 범위가 있고 또한 소득세법기본통칙 1-2-2…5 (농가부업적인 축산의 범위) 제4항에 "농가부업적인 축산에 해당하는 경우에는 사업자등록의 여부에 불구하고 농가부업적인 축산으로 본다."라고 되어 있는바와 같이 농민으로서 농가부업적인 축산의 범위에 해당하는 자는 축산업자 사업자등록을 한 자라도 복합농업의 생산활동을 한 자로 보아 영세율 적용을 할 수 있음.

다만 축산업자등록을 한 자가 전업이 축산업(축산활동 66% 이상 )일 경우 또는 소득세법상 비과세되는 농가부업소득세 초과되는 자는 영세율 적용을 배제하여야 함.

【회신】

사업자가 한국표준산업분류표상의 농업 중 축산업 또는 복합농업에 종사하는 개인 및 농어촌발전특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인과 위탁영농회사(이하 "농민"이라 함)에 "농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에 대한부가가치세영세율적용에 관한 규정" 시행규칙 제2조의 2 규정에 의한 [별표4]의 축산업용기자재를 공급하는 경우에는 농민의 사업자등록 여부에 관계없이 조세감면규제법 제99조의 규정에 의한 부가가치세 영세율이 적용되는 것임.

○ 심사부가99-162, 1999.4.23

【제목】

축산농민에게 판매한 축산 기자재인 파이프라인 착유기와 냉각기에 대한 간이영수증 자료에 의해 매출누락으로 부가가치세를 과세하면서 영세율 적용 않음은 부당함

【주문】

1. ○○세무서장이 1998. 12. 5 청구인에게 결정고지한 1998년 1기분 부가가치세 490,900원은 과세자료의 금액 4,500,000원을 영세율을 적용하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 기각한다.

【이유】

1. 처분내용

처분청은 농어촌 구조개선사업과 관련하여 수집된 과세자료에 의하여 청구인이 축산 농민인 청구외 현○○에게 축산 기자재를 판매하였으나 부가가치세신고 누락한 것으로 보아 1998. 12. 5 1998년 1기분 부가가치세 490,900원을 경정결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999. 3. 3 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구인은 축산 기자재를 판매하는 사업자로서 거래처인 청구외 현○○에게 축산 기자재를 300,000원에 판매하고 청구외 현○○의 요구에 의하여 금액 기재가 없는 영수증을 교부하였으며, 이 영수증을 청구외 현○○이 축산시설을 직접 시공하면서 소요된 건축비를 임의 기재하여 해당군청에 제출한 서류일 뿐 청구인이 축산 기자재를 영수증에 기재된 금액만큼 판매한 사실이 없음에도 과세함은 부당하며, 과세하더라고 영세율로 과세하여야 한다.

3. 처분청 의견

청구인이 청구외 현○○에게 축산 기자재를 판매하였다고 간이세금계산서를 발행하였고, 청구외 현○○이 ○○군청에 제출한 것으로 이는 청구인과 청구외 현○○이 거래내용을 스스로 인정한 것이므로 수집된 과세자료에 의거 과세한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점 1.

과세자료로 수집된 간이영수증의 금액을 과세표준으로 하여 과세한 처분이 정당한지 여부와

쟁점 2.

축산 기자재의 판매에 대하여 영세율을 적용하지 않은 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

부가가치세법 제21조(경정) 제1항에서 「사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방 국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3.~4.(생략)」

조세감면규제법 제99조(부가가치세 영세율의 적용)에서 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.

1.~3. (생략)

4. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 것.

라. 축산인력부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령이 정하는 것.

농ㆍ축ㆍ임ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특별규정 별표 4호 제26호 착유기 제29호 우유냉각기

다. 사실관계 및 심리판단

먼저, 쟁점 1에 대하여 본다.

이 건 심리판단에 앞서 청구인이 1998. 9. 28 심사청구를 제기한 내용과 그에 대한 결정문을 보면, 이 건 심사청구의 처분과 동일한 처분에 불복하여 간이영수증의 거래를 부인하는 것으로 심사청구하였고, 심리결과 청구주장이 이유 없는 것으로 결정되었으나 거래기간과 과세기간이 서로 다르다고 하여 경정하라는 결정이 있었음이 확인되는 바, 이 심사결정에 의하여 처분청이 과세기간을 정정하여 과세한 처분에 다시 같은 주장으로 심사청구하였음이 확인되므로 거래를 부인하는 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

다음, 쟁점 2에 대하여 본다.

처분청이 수집하여 과세한 간이영수증을 보면 품목이 파이프라인 착유기와 냉각기임이 확인되고 있고, 이는 전시한 법령에 의거 영세율이 적용되는 축산기자재에 해당하는 바, 처분청에서 간이영수증의 내용이 진실하다고 보고 청구인의 매출누락을 인정하여 부가가치세를 과세하면서 영세율을 적용하지 아니하고 과세한 처분은 잘못되었다고 판단된다.

따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

○ 국심99중135, 1999.3.31

【제목】

당초 부가가치세 무신고분으로서 농어촌 구조개선 사업관련 자료에 의해 과세했으나 실제로 축산농민에 공급한 것으로 확인되는 ‘축산용 기자재’ 분은 영세율 적용대상임

【주문】

○○세무서장이 1998. 7. 16 청구인에게 결정고지한 1996년 1기분 부가가치세 1,920,000원, 1996년 2기분 부가가치세 9,643,630원, 1997년 1기분 부가가치세 3,536,720원 합계 15,100,350원의 부과처분은,

1. 1996년 1기분 부가가치세 과세표준 26,590,910원중 9,090,910원과 1996년 2기분 부가가치세 과세표준 114,550,028원중 80,363,636원 합계 89,454,546원에 대하여는 영세율을 적용하고,

2. 1997년 1기분 부가가치세 과세표준 61,472,727원중 29,472,727원을 제외하여 부가가치세의 과세표준과 세액을 경정한다.

【이유】

1. 원처분 개요

청구인은 축산기자재를 제조ㆍ판매하는 ○○산업이라는 업체를 운영하면서 1996년~1997년도중에 청구외 조○○등 6인에게 착유기 등 축산업용 기자재(이하 “쟁점기자재” 라 한다)를 납품하고 부가가치세 신고를 누락하였다.

처분청은 농어촌 구조개선사업 관련자료를 근거로 청구인이 신고누락한 매출액 125,836,363원(이하 “쟁점판매액” 이라 한다)에 대하여 부가가치세 1996년 1기분 1,920,000원, 1996년 2기분 9,643,630원 및 1997년 1기분 3,536,720원 합계 15,100,350원(이하 “쟁점세액” 이라 한다)을 1998. 7. 16 청구인에게 결정고지하였다가 국세청장의 심사결정에 따라 14,271,259원으로 감액경정결정하였다.

청구인은 이에 불복하여 1998. 9. 9 심사청구를 거쳐 1999. 1. 6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청에서는 청구인이 쟁점판매액 중 청구외 김○○에게 32,420,000원 상당의 축산시설을 제공하였다고 하나, 청구인은 김○○을 알지도 못하며 축산시설을 시공해준 사실도 없으므로 이는 과세대상에서 제외되어야 하며, 청구외 신○○등 6인의 축산농민에게 공급한 쟁점기자재는 조세감면규제법 제99조 제4호 라목에 해당하는 축산업 인력부족을 보완하고 축산농민의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용기자재로서 마땅히 영세율이 적용되어야 함에도 일반세율 10%를 적용하여 쟁점세액을 결정고지함은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인은 당초 부가가치세 신고시 쟁점기자재의 공급과 관련하여 부가가치세를 신고한 사실이 없으며, 처분청은 수보한 농어촌구조개선 관련자료에 의하여 쟁점세액을 과세한 사실이 경정결의서에 의하여 확인된다.

청구인은 쟁점기자재가 조세감면규제법 제99조에 규정하는 영세율이 적용되는 재화의 공급이라고 주장하며 자신이 제조하는 제품의 홍보물과 처분청의 과세자료 사본을 제시하고 있으므로 이를 살펴보면,

청구인이 제조하는 제품은 홍보물에 의하여 축산업용 기자재임을 알 수 있으나, 동 제품이 공급되었는지의 여부와 공급받는 자가 축산농민인지의 여부를 입증하지 못하고 있으며, 쟁점기자재의 공급이 조세감면규제법 제99조에서 정한 부가가치세 영세율이 적용되는 재화의 공급에 해당하는지의 여부를 알 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점기자재를 실제로 공급하였는지의 여부와 실제 공급하였다면 영세율이 적용되는 재화인지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제21조 제1항 제1호 및 제2호에는 “사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 확정신고를 하지 아니하거나 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다” 고 규정하고 있다.

조세감면규제법 제99조 제4호 라목에는 “대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법ㆍ축산업협동조합법ㆍ엽연초생산협동조합법ㆍ인삼협동조합법 또는 임업협동조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 축산인력 부족을 보완하고 농업생산성 향상에 기여할 수 있는 농업용기계로서 대통령령이 정하는 기자재의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다” 고 규정하고 있다.

또한, 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에 대한 부가가치세 영세율적용에 관한 특례규정 제1조에는 “이 영은 조세감면규제법(이하 『법』이라 한다) 제99조 제4호 및 제5호에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다” 고 규정하고 있고, 같은 규정 제2조 제1항에는 “법 제99조 제4호에서 『대통령령이 정하는 농민』이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업중 작물생산업ㆍ축산업 또는 복합농업에 종사하는 다음의 자(이하 『농민』이라 한다)를 말한다(단서 생략)” 고 규정하고 있으며, 같은 규정 제4조 제1호에는 “법 제99조 제4호 및 제5호의 규정에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 경우에 부가가치세법에 의하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 함에 있어서는 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재를 농민, 임업에 종사하는 자 또는 어민(이하 『농어민』이라 한다)에게 직접 공급하는 경우에는 총리령이 정하는 월별판매액합계표(단서 생략)를 신고서에 첨부하여 제출하여야 한다” 고 규정하고 있다.

같은 규정 시행령 제3조 제4항에는 “법 제99조 제4호 다목에서 『축산업용 기자재로서 대통령령이 정하는 것』이라 함은 축산업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 축산업용 기자재로서 총리령이 정하는 것을 말한다” 고 규정하고 있고, 같은 규정 시행규칙 제2조의2에는 “영 제3조 제4항에서 『축산업용기자재로서 총리령이 정하는 것』이라 함은 별표 4의 축산업용 기자재(제26호 착유기, 제37호 축산분뇨제거기)를 말한다.”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 시ㆍ군에서 수집한 농어촌구조개선 관련자료에 의하여 부가가치세를 과세하면서 청구인이 공급한 재화가 실제 공급되었는지, 공급받는 자가 실제 농민인지, 영세율 적용대상인지의 여부가 불분명하므로 일반세율(10%)을 적용하여 부가가치세를 과세하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

처분청은 수집된 농어촌구조개선 관련자료를 근거로 1997. 1. 25 청구인이 청구외 김○○에게 축산시설 32,420,000원(공급가액 29,427,727원)을 공급하였다 하여 청구인에게 부가가치세를 과세하였으나, 당초 당해 과세자료 파생처인 ○○시 ○○센터소장이 1999. 1. 2 처분청에 발송한 수정공문(농기 51521-4587, 1998. 12. 31)에 의하면, 당초 김○○이 32,420,000원 상당의 축산시설을 청구인에게 설치의뢰하기로 추진하였다가 공사도중 계획을 변경하여 청구외 ○○축산(대표 : 강○○, 사업자등록번호 : 000-00-00000)에 공사를 의뢰하여 청구인 대신 ○○축산이 기자재를 설치하였다고 관련 대금지급영수증을 첨부하여 통보하였음이 확인되며, 처분청도 청구인이 당해 재화를 공급하지 아니하였음이 인정된다는 의견을 당 심판소에 제출하였으므로 당해 재화의 공급가액 상당액은 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이다.

다음, 청구외 ○○목장 조○○등 축산농민 6인에게 판매가액 98,400,000원(공급가액 89,454,543원) 상당의 축산분뇨처리기등 쟁점기자재를 공급하였다는 내용에 대하여 본다.

청구인의 사업자등록증과 청구인이 제시한 팜프렛등 홍보물에 의하면, 청구인이 운영하고 있는 ○○산업은 착유기(○○, ○○), 착유틀, 밀크펌프, 오일재생기, 전자식맥동기, 집유판넬등 축산업에 사용되는 주요 축산기자재를 취급하는 업체임이 확인된다.

청구인이 당 심판소에 제출한 각 거래처별 자료를 보면,

거래상대방중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 ○○목장 조○○(000000-0000000)의 경우, 1996. 6. 10 청구인과 조○○간에 체결한 납품계약서, 1998. 11.27 조○○와 1998. 12월 ○○연합 ○○회장 이○○외 2인이 진술한 거래사실확인서, 1998. 9. 6 ○○은행이 발행한 원유납유 및 공제현황 등에 의하여 당해 거래사실과 공급받는 자가 농민이라는 사실이 확인되고,

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 신○○(000000-0000000)의 경우, 1996. 6. 17 청구인과 신○○간에 체결한 납품계약서, 1998. 12월 신○○이 진술한 거래사실확인서, 1998. 12. 19 ○○시 ○○면장이 발급한 가축자가사육확인원, 1998. 12. 21 ○○(주)에서 발급한 납유실적증명서 및 매매대금영수증 등에 의하여 거래사실과 공급받은 자가 농민임이 확인되며,

○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 이○○(000000-0000000)의 경우, 1996. 4. 27 청구인과 이○○간에 체결한 납품계약서, 이○○이 진술한 거래사실확인서, 1998. 12. 9 ○○군 ○○면장이 발급한 가축자가사육확인원 및 1998. 11. 15 ○○유업(주)가 발급한 우유대금명세서 등에 의하여 거래사실과 공급받은 자가 농민임이 확인된다.

또한, ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 강○○(000000-0000000)의 경우, 1996. 2. 10 청구인과 강○○간에 체결한 납품계약서, 1998. 12. 10 강○○이 진술한 거래사실확인서 1998. 12. 11 ○○군 ○○면장이 발급한 가축자가사육확인원 및 1998. 11. 20 ○○유업(주)가 발급한 집유전표 등에 의하여 거래사실과 공급받은 자가 농민임이 확인되고,

○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 최○○(000000-0000000)의 경우, 1996. 8. 15 청구인과 최○○간에 체결한 납품계약서, 최○○이 진술한 거래사실확인서, 1998. 12. 10 ○○군 ○○면장이 발급한 가축자가사육확인원 및 1998. 11. 30 ○○은행장이 발급한 납유증명서 등에 의하여 거래사실과 공급받은 자가 농민임이 확인되며,

○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 최○○(000000-0000000)의 경우, 1996. 5. 14 청구인과 최○○간에 체결한 납품계약서, 최○○가 진술한 거래사실확인서, 1998. 12. 11 ○○군 ○○면장이 발급한 가축자가사육확인원 및 1998. 12. 17 (주)○○유업이 발급한 납유실적증명서 등에 의하여 거래사실과 공급받은 자가 농민임이 확인된다.

위의 사실을 종합해 볼 때, 청구외 김○○에게 축산기자재를 공급한 것은 사실이 아닌 것으로 확인되므로 부가가치세 과세표준에서 제외하고, 축산농민으로 인정되는 청구외 조○○등 6인에게 공급한 쟁점기자재는 전시 법령에 의한 축산업용 기자재에 해당하므로 영세율을 적용하여 부가가치세를 과세함이 타당할 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

○ 심사94-273, 1994.12.16

【제목】

단순한 협력의무인 판매기록표 작성ㆍ비치하지 아니하였다고 농ㆍ임ㆍ어업용 자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정적용을 배제함은 부당

【주문】

○○세무서장이 1994. 6. 16자로 청구인에게 결정고지한 1994년 1기 예정과세기간 부가가치세 4,781,160원의 부과처분은 이를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정한다.

【판결이유】

1. 사실관계 및 과세내용

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 농약판매업(상호 : ○○농약사)을 경영하고 있는 자로서 1994년 1기 예정과세기간 부가가치세 신고시, 조세감면규제법 제99조 제4호( 구법 제73조 제4호)의 규정에 의거 동 과세기간(1994. 1. 1~1994. 3. 31)의 공급가액 39,843,000원을 영세율 적용대상으로 신고하였다. 처분청은 이에 대한 환급조사 결과, 청구인이 농ㆍ임ㆍ어업용 자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정(이하 “특례규정” 이라 함) 제5조(판매기록표의 작성ㆍ비치) 및 동시행규칙 제4조 제4항에 의한 판매기록표를 작성ㆍ비치하지 아니하였다고 하여 이에 대한 영세율 적용을 배제하고 1994. 6. 16 청구인에게 부가가치세(1994년 1 예정과세기간) 4,781,160원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복, 1994. 8. 3 이의신청을 거쳐, 1994. 10. 24 이건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 처분청 의견

가. 청구주장

청구인은 농약수요자인 농민들의 협조부족 등으로 비록 위 특례규정에 의한 판매기록표를 작성ㆍ비치하지는 못하였지만 외상매출부분에 대하여는 외상매출장을 기록하고 있고, 이에 의하면 그 수요자가 농민임을 충분히 확인할 수 있음에도 단지, 위 판매기록표를 작성ㆍ비치하지 아니하였다는 사유로 영세율 적용을 배제한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

농민에게 공급하는 농약에 대하여 영세율 적용을 받고자 하는 자는 위 특례규정에 의한 판매기록표를 작성ㆍ비치하지 아니하였으므로 그 공급가액에 대하여 영세율적용을 배제한 당초 결정은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

위 특례규정 제5조 및 동시행규칙 제4항의 판매기록표를 작성ㆍ비치하지 아니하였다는 사유만으로 영세율적용을 배제한 이 건 처분의 당부

나. 관계법령

조세감면규제법 제99조(부가가치세 영세율의 적용, 구법 제73조) 제4호의 규정에 의하면, 대통령령이 정하는 농민에게 공급하는 농약관리법에 의한 농약으로서 대통령령이 정하는 재화의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의세율을 적용하도록 규정되어 있고, 위 특례규정 제5조의 규정에 의하면 「법 제73조 제4호 및 제5호의 규정에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 농ㆍ임ㆍ어업용 기자재를 농ㆍ어민 등에게 직접 공급하는 자는 재무부령이 정하는 판매기록표를 작성ㆍ비치하여야 한다」라고 규정하고 있다.

다. 청구주장에 대한 당부를 본다.

처분청이 제시한 조사복명서등 심리자료를 보면, 처분청은 단지 청구인이 위 특례규정에 의한 판매기록표를 작성ㆍ비치하지 아니하였다는 사유만으로 이 건 공급가액에 대하여 영세율 적용을 배제하였으나, 위 특례규정 및 조세감면규제법 어디에서도 「위 판매기록표를 작성ㆍ비치하지 아니한 경우에는 영세율적용을 하지 아니한다」라는 배제규정과 「위 특례규정 제5조의 규정은 동 규정에 의한 판매기록표를 작성ㆍ비치한 경우에 한하여 적용한다.」라는 제한규정이 없으므로 위 특례규정 제5조의 규정은 단순히 협력의무를 규정한 것이라 해석된다(조세감면규제법기본통칙 2-12-18…41). 그렇다면 단순히 협력의무를 이행하지 아니하였다는 사유만으로 영세율적용을 배제한 이 건 처분은 관계법령을 오해한 잘못이 발견되므로 처분청은 청구인이 비치ㆍ기장하고 있는 제장부 및 증빙을 재조사하여 위 공급가액 중 실지로 농민에게 공급한 사실이 확인되는 부분에 대하여는 부가가치세영세율을 적용하여야 할 것이다.

따라서 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.