법인세과-254(2010.3.18)

법인

비영리법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상 권리·의무가 신설된 법인으로 포괄 승계되는 조직변경의 경우 고유목적사업의 직접 사용기간은 조직변경전의 사용기간을 포함하는 것임

비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업( 「법인세법 시행령」제2조제1항에 따른 수익사업은 제외)에 직접 사용한 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상이 아니며,이 경우 비영리법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상 권리·의무가 신설된 법인으로 포괄 승계되는 조직변경의 경우 고유목적사업의 직접 사용기간은 조직변경전의 사용기간을 포함하는 것임

법인세법제3조【과세소득의범위】

1. 질의내용 요약

□ 사실관계

- ○○○법에 의하여 설립된 ◇◇◇원은 ○○○법에 의하여 해산되면서 동법에 의하여 □□□원이 설립(’09.5.4)되어 동법 부칙에 의하여 ◇◇◇원의 모든 권리와 의무가 □□□원이 승계함

- 산업기술혁신촉진법 시행 당시 등기부나 그 밖의 공부에 표시된 ◇◇◇원 등의 명의는 개편계획에 따라 □□□원 명의로 보며 동법 시행전 ◇◇◇원의 행위도 □□□원 등의 행위로 봄(부칙4③④)

＊ ◇◇◇원 등이 보유한 채권·채무, 그 밖의 권리·의무 및 재산처분은 지경부장관의 인가를 받은 개편계획에 의하여 □□□원등에 귀속됨(부칙§3③2)

□질의요지

- ◇◇◇원이 2005년에 취득한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 개편계획에 따라 □□□원으로 승계되어 고유목적사업에 사용하다 처분할 경우◇◇◇원에서의 사용기간이 포함되는지 여부

【關聯法令】

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만,비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업년도의 소득

2. 청산소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략)

5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(이하생략)

□ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙>

□ 법인세법 제78조 【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 「상법」의 규정에 의하여 조직변경하는 경우 (2006. 12. 30. 개정)

2. 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직변경하는 경우 (2006. 12. 30. 개정)

3. 그 밖의 법률에 의하여 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우 (2003. 12. 30. 개정)

□ 산업기술혁신 촉진법 38조 【한국산업기술진흥원의 설립 등】

① 산업기술혁신을 촉진하기 위한 사업을 효율적이고 체계적으로 추진하고 산업기술혁신 관련 정책의 개발을 지원하기 위하여 한국산업기술진흥원(이하 "기술진흥원"이라 한다)을 설립한다.

② 기술진흥원은 법인으로 하고, 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 기술진흥원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 산업기술혁신 관련 정책연구

2. 산업기술혁신 관련 중장기 기획 및 성과분석

3. 산업기술기반조성사업

4. 산업기술의 이전 및 사업화 촉진

5.그 밖에 지식경제부령으로 정하는 산업기술혁신에 관한 사업(이하생략)

□ 산업기술혁신 촉진법제39조 【한국산업기술평가관리원의 설립 등】

① 산업기술혁신사업의 과제기획ㆍ관리 및 평가 등을 효율적으로 지원하기 위하여 한국산업기술평가관리원(이하 "평가관리원"이라 한다)을 설립한다.

② 평가관리원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 지식경제부령으로 정하는 산업기술혁신사업의 과제기획ㆍ관리 및 평가

2. 그 밖에 산업기술혁신을 위하여 지식경제부령으로 정하는 사업 (이하생략)

□ 산업기술혁신 촉진법 부칙 <제9369호,2009.1.30>

◦ 제1조(시행일)

이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

◦ 제2조(국가연구개발사업의 참여제한 등에 관한 경과조치)

제11조의2의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 사업비를 출연받아 사업을 수행하고 있는 자에 대하여도 적용한다.

◦ 제3조(기술진흥원 및 평가관리원의 설립준비)

① 지식경제부장관은 이 법 공포일부터 30일 이내에다음 각 호의 기관의 해산, 부칙 제6조제1항 각 호의 기관이 수행하는 연구개발사업의 재편성과기술진흥원 및 평가관리원의 설립에 관한 사무 등을 처리하기 위하여 지식경제부에 기술개발지원기관설립위원회(이하 "설립위원회"라 한다)를 설치한다.

1. 종전의 제38조에 따른 한국산업기술평가원

2. 종전의 제39조에 따른 한국산업기술재단

3. 부칙 제8조제2항에 따라 개정된 종전의 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제9조에 따른 한국기술거래소

4. 부칙 제8조제4항에 따라 개정된 종전의 「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제36조의2에 따른 한국부품ㆍ소재산업진흥원

② 설립위원회는 지식경제부장관이 위촉하는 위원장을 포함한 5명 이내의 위원으로 구성하되, 위원장은 위원 중에서 지식경제부장관이 위촉하는 자가 된다.

③ 설립위원회는 다음 각 호의 사항을 작성하여 지식경제부장관의 인가를 받아야 한다.

1. 기술진흥원 및 평가관리원의 정관

2. 기술진흥원 및 평가관리원이 각각 승계하게 되는 다음 각 목의 사항에 관한 계획

가.제1항 각 호의 기관(이하 "한국산업기술평가원등"이라 한다)이 보유하는 채권ㆍ채무, 그 밖의 권리ㆍ의무 및 재산의 처분

나.한국산업기술평가원등에 소속된 직원의 승계(이하생략)

◦ 제4조(기술진흥원 및 평가관리원의 설립에 따른 경과조치)

① 한국산업기술평가원등은 해당 법률에 따라 준용되는 「민법」 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 기술진흥원 및 평가관리원의 설립과 동시에 해산된 것으로 보며, 한국산업기술평가원등의 모든 권리와 의무 및 직원은 부칙 제3조제3항제2호에 따라 지식경제부장관의 인가를 받은 계획(이하 "개편계획"이라 한다)의 내용에 따라 각각 기술진흥원 또는 평가관리원이 승계한다.

② 제1항에 따라 기술진흥원 또는 평가관리원에 승계될 재산의 가액은 각각의 설립등기일 전일의 장부가액으로 한다.

③ 이 법 시행 당시 등기부나 그 밖의 공부에 표시된 한국산업기술평가원등의 명의는 개편계획의 내용에 따라 각각 기술진흥원 또는 평가관리원의 명의로 본다.

④ 이 법 시행 전에 한국산업기술평가원등이 행한 행위는 개편계획의 내용에 따라 기술진흥원 또는 평가관리원이 행한 행위로 본다.

□ 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 제36조의2 【한국부품ㆍ소재산업진흥원】(2009.01.30 삭제전)

① 정부는 부품ㆍ소재분야의 기술개발촉진 및 진흥을 위한 사업을 체계적으로 추진하고 부품ㆍ소재관련 정책의 개발을 지원하기 위하여 한국부품ㆍ소재산업진흥원(이하 이 조에서 "진흥원"이라 한다)을 설립한다.

② 진흥원은 법인으로 한다.

【關聯例規】

○ 법인-803(2009.07.14)

관련법령의 변경에 따라 수익사업을 영위하고 있는 3개의 비영리법인이 새로이 하나의 비영리법인으로 통합되는 경우 법인세 신고방법에 대하여는 기 회신사례(법인-548, 2009.5.11.)를 참고하기 바람.

(참고 : 법인-548, 2009.5.11.)

법인이 상법 ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로,

비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리ㆍ의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미 도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임.

○ 지방세운영과-357(2009.1.23)

신설법인이 승계받는 부동산 등에 대한 관계법령의 의제규정을 보면 이 법 시행 당시 등기부, 그 밖의 공부에 표시된 한국산업기술진흥원 등의 명의는 재편계획의 내용에 따라 각각 기술진흥원과 평가관리원의 명의로 본다고 하고 있고, 이 법 시행전에 종전 법인이 행한 행위는 개편계획의 내용에 따라 기술진흥원 또는 평가관리원이 행한 행위로 본다고 하고 있는 점을 보면, 폐지된 법인과 신설법인의 동일성이 인정되므로 이들 법인이 포괄승계받는 부동산에 대하여는 소유권의 새로운 변동이 있었다고 보기 어려우므로

부동산 등 취득에 따른 취득세 납세의무는 없는 것이라 할 것이고, 등록세의 경우 등기명의인 표시변경등기가 이행되는 경우라면 변경등기에 따른 등록세의 세율을 적용하여야 할 것으로 사료됨