가. 청구법인은 2004.7.12. 자본금을 360,000,000원으로 하여 설립된 법인으로, 설립일로부터 3월 이내인 2004.9.7. 청구법인의 공동대표이사인 OOOOOOO의 개인사업체(OOO OOOO)를 사업양수도방법에 의하여 승계하면서 OOOOOOO의 개인사업체의사업용 고정자산인 OOO OOO OOO OO OOO 외 4필지 토지2,093㎡ 및 지상 건축물 867.85㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하였고, 이 건 부동산이「조세특례제한법」(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제4항 및 제120조 제5항 규정에 의한 개인사업체의 법인전환에 따라 취득한 부동산에 해당한다 하여 2004.9.10. 처분청에 취득세 등 감면신청을 하였고, 처분청은 2004.9.16. 이에 대해 취득세 등을 면제하였다.

나. 이후 처분청은 청구법인의 법인설립 당시 OOOOOOO가 출자한 금액(350,000,000원)이 사업양수도 이전에 OOOOOOO가 운영하던 개인사업체의 순자산가액(360,000,000원)에 미달한다 하여, 이 건 부동산의 취득가액 778,046,550원을 과세표준으로하고 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 26,907,950원, 농어촌특별세 1,711,690원, 등록세 40,361,920원, 지방교육세 7,605,530원, 합계 76,587,090원(가산세 포함)을 2009.8.7. 부과고지 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2009.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2004.6.1. 사업양도양수계약을 체결한 후 2004.6.30. 개인사업체를 포괄 양수받고, 2004.7.1.(사업자등록증 개업년월일)부터 이 건 부동산에서 사업을 영위하면서, 2004.7.12. 법인설립등기한 사실이 있는바, 법인설립등기 이전에 국세기본법이나 부동산등기법 등에 규정된 ‘법인격 없는 단체’의 자격으로 이 건 부동산을 무상 인수하였기에 그 취득일은 사업양도양수계약일인 2004.6.1.이 될 것이나, 이 건 부동산에 대한 실효적 지배가 가능한 날을 취득일로 보더라도 2004.7.1.이 사실상 취득일이 됨. 설령, 취득일을 주식의 배정을 양수가액의 지급으로 보더라도 그 배정과 설립등기일인 2004.7.12.이 사실상 취득일이 되므로「지방세법」상 취득세 등을 부과할 수 있는 부과제척기간 종료일은 적어도 2009.8.11.이므로 청구법인이 부과고지서를 2009.8.12. 수령한 이 건의 경우 부과제척기간이 경과된 부적법한 처분에 해당한다.

(2) 청구법인은 조세특례제한법에 규정된 대로 개인사업체 공동대표인 OOOOOOO가 발기인이 되어 소멸된 개인기업의 순자산가액인 360,000,000원을 출자하여 설립되었는데, 실제적으로는 현물출자이나 업무미숙으로 사업양수도로 처리하였고, OOOOOOO가 순자산가액만큼 출자한 다음 그 일부를 상법규정에 따라 법인등기시 이사·감사가 있어야 하는 이유로 OOO(OOOO O, OOOO)OOOO(OOOO O, OOOO)에게 20여년을 사업 뒷바라지한 것에 대한 보상차원에서 출자지분 일부에 대한 증여가 있었는바, 법인전환시의 지방세감면 취지대로 1원도 남기지 않고 법인에 이전하였음에도 ‘개인사업체의 출자액이 소멸하는 개인기업의 순자산가액에 미달’한다는 처분청의 논리는 탁상논리로 이 건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 이 건 부동산의 취득일을 사업양도양수계약일(2004.6.1.)이나이 건 부동산에 대한 실효적 지배가 가능한 날인 2004.7.1. 아니면 주식배정일이면서 법인설립등기일인 2004.7.12.를 취득일로 보아 자진신고기간(30일)인 2004.8.11. 다음날인 2004.8.12.를 부과제척기간의 기산일로 보아5년이 만료되는 2009.8.11.에서 1일 지난 2009.8.12.에 청구법인이고지서를 수령하였으므로 부과제척기간이 경과된 부적법한 부과처분이라고 주장하나,청구법인은 2004.9.7. 이 건 부동산을 표시하여 양도양수계약서를 작성하고 2004.9.17. 소유권이전등기를 하였으므로, 취득세는 이 건 부동산을 표시하여 계약한 2004.9.7.을 취득일로 보고, 등록세는 소유권이전등기한 2004.9.17.를 등기일로 보아야 하는바, 이로부터 각각 30일이 경과한 날의 다음날을 부과제척기간의 기산일로 보아야하므로 부과제척기간이 경과하였다는 청구인은 주장은 이유 없다.

(2) 「조세특례제한법」제119조 및 제120조에서 거주자 사업용 고정자산을 현물출자하거나 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 소멸하는 개인사업체의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 설립일로부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우 법인이 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 사업양수도방법에 의하여 개인사업체의 모든 자산과 부채를 인수하였다 하더라도 법인설립시 종전 개인사업체를 운영하던 개인사업자(OOOOOOO)의 출자액(350,000,000원)이 소멸하는 개인사업체의 순자산가액(360,000,000원)에 미달하는 이상 면제대상인 사업양수도방법에 의한 법인전환으로 볼 수 없는 것이므로 처분청의 이 건 부동산에 대한 이 건 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

개인사업자의 법인전환시 개인사업장의 순자산가액 이상으로 출자하였는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법

제29조【납세의무의 성립시기】① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

제30조의4【부과의 제척기간】① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세, 법인세 또는 부가가치세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

(2) 지방세법 시행령

제14조의2【제척기간의 기산일】① 법 제30조의 4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날. 이 경우 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고납부기한에 포함되지 아니한다.

2. 제1호의 규정에 의한 지방세외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무성립일

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부 기한의 다음 날

제73조【취득의 시기 등】② 무상승계취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 본다. 다만 권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록을 요하는 재산의 경우에는 등기·등록을 하지 아니하고 30일이내에 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

(3) 조세특례제한법

제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

제119조【등록세의 면제 등】④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제120조【등록세의 면제 등】⑤ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(4) 조세특례제한법 시행령

제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 ① 법 제31조제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인( 「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2.통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가)개인사업체인 OOOO의 폐업사실증명원 및 청구법인의 사업자등록증명원에 의하면 OOOO은 1989.4.15. OOO O OOO를 공동대표로 하여 개업하고 2004.6.30.폐업하였으며, 청구법인은 개인사업장의 공동대표인 OOO O OOO를 공동대표이사로 하여 2004.7.1. 법인설립 후 2004.7.13. 사업자등록을 한 것으로 나타난다.

(나)2004.6.1. 청구법인은 종전 개인사업체인 OOOO과 2004.6.30.을 양도양수 기준일로 하여 개인사업체의 동일 현재 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 하는 사업양도양수계약 체결한 사실이 법무법인 디지털이 2004.7.13. 인증(OO OOOOO OOOOOOO)한 계약서상 나타난다.

(다)개인사업체인 OOOO의 2004.6.30. 현재 수정대차대조표와청구법인의 2004.7.1. 현재 개시대차대조표의 자산총액(965,317,780원)과 부채총액(605,317,780원)의 차액은 360,000,000원인 것으로 나타난다.

(라)2004.7.12. 청구법인은 자본금을 360,000,000원으로 하여 법인설립 등기를 하였고, 발행주식 총수 72,000주(360,000,000원)는 OOO이 35,000주(175,000,000원), OOO가 35,000주(175,000,000원), OOO이 1,000주(5,000,000원), OOO이 1,000주(5,000,000원)를 각각 소유한 것으로 주주명부상 나타난다.

(마)2004.9.7. 청구법인과 개인사업체간 이 건 부동산을 표시하여 양도양수계약서를 작성하였고, 계약내용에는 “위 부동산은 양도인 OOO, OOO의 소유인바 이를 양수인 주식회사 OOOO에게 양도할 것을 사업양도양수계약서에 따라 약정하고 양수인은 이를 수락하였으므로 이를 증명하기 위하여 각자 서명날인한다”고 기재되어 있다.

(바)2004.9.7. 처분청은 이 건 부동산 중 OOO OOO OOO OO OOOOO 1,449㎡ 토지(공작물 철근콘크리트조 1층 326.40㎡, 슬래브지붕 2층 공장 2층 326.40㎡)에 대해 토지거래계약허가 (OOOOOOOOO OOOOOOOO OO, OOOO OOOOO)를 하였다.

(사)신고관련 서류에 의하면 2004.9.10. 청구법인은 처분청에 이 건 부동산에 대해 취득신고를 하면서 지방세 감면신청(취득세 15,560,930원, 등록세 23,341,390원)을 하였고, 2004.9.16. 처분청은 지방세 감면통지(OOOOOOOOO)를 하였다.

(아)2009.8.7. 처분청은 개인사업자인 OOOOOOO가 청구법인 설립시 출자한 금액 350,000,000원이 개인사업장의 순자산 가액 360,000,000원에 미달한다 하여 취득세 등 합계 76,587,090원을 부과고지하였고, 2009.8.12. 청구법인은 위 고지서를 수령한 사실이 국내등기우편 종적조회서에 나타난다.

(자)한편, 이 건 부동산 관련 등기필증(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOO)을 보면, 소유자는 청구법인으로, 등기목적은소유권이전, 등기원인과 그 연월일은 매매 및 2004.6.1.로 나타난다.

(차)청구법인 제출한 감사보고서(2004.7.10. 작성)상 현물출자 내역을 보면, 기준일을 2004.6.30.로 하여 순자산가액이 360,000,000원(자산총액 965,317,780원, 부채총액 605,317,780원)으로 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 2004.6.1. 사업양도양수계약을 체결한 후 2004.6.30. 개인사업체를 포괄 양수받고, 2004.7.1.(사업자등록증 개업년월일)부터 이 건 부동산에서 사업을 영위하면서, 2004.7.12. 법인설립등기한 사실이 있는바, 법인설립등기 이전에 국세기본법이나 부동산등기법 등에 규정된 ‘법인격 없는 단체’의 자격으로 이 건 부동산을 무상 인수하였기에 그 취득일은 사업양도양수계약일인 2004.6.1.이 될 것이나, 이 건 부동산에 대한 실효적 지배가 가능한 날을 취득일로 보더라도 2004.7.1.이 사실상 취득일이 된다고 주장한다.

(3) 하지만, 위 사실관계에 의하면, 2004.9.7. 청구법인과 개인사업자간에 이 건 부동산을 구체적으로 표시하여 양도양수계약서를 작성한 사실이 확인되고 있고, 당초 2004.6.1. 사업양수도계약은 법인전환을 위한 포괄적 성격의 계약으로 동 계약상에는 자산·부채 등을 구체적으로 확정한 사실이 없는 반면, 2004.9.7. 작성한 양도양수계약서상에는 이 건 부동산이 특정되어 있으며, 계약내용에도 “위 부동산은 양도인 OOO, OOO의 소유인바 이를 양수인 주식회사 OOOO에게 양도할 것을 사업양도양수계약서에 따라 약정하고 양수인은 이를 수락하였으므로 이를 증명하기 위하여 각자 서명날인 한다”라는 내용이 나타나고 있으므로, 출자자가 주금을 납입하여 발생된 자금으로 매매대금을 지급하여 부동산을 취득한 날인 2004.9.7.을 이 건 부동산의 취득시기로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(4) 그렇다면, 청구법인이 2009.8.12. 수령(OOOO OOOOOOOOOOOOO)한 취득세 및 농어촌특별세의 부과처분은 부과제척기간(2004.10.6.～2009.10.5.)내에 이루어진 적법한 처분으로 판단된다.

(5) 또, 청구법인은 조세특례제한법에 규정된 대로 개인사업체 공동대표인 OOOOOOO가 발기인이 되어 소멸된 개인기업의 순자산가액인 360,000,000원을 출자하여 설립되었는데, 실제적으로는 현물출자이나 업무미숙으로 사업양수도로 처리하였고, OOOOOOO가 순자산가액만큼 출자한 다음 그 일부를 상법규정에 따라 법인등기시 이사·감사가 있어야 하는 이유로 OOOOOOO의 처에게 출자지분 일부에 대한 증여를 하였는바, 법인전환시의 지방세감면 취지대로 1원도 남기지 않고 법인에 이전하였음에도 ‘개인사업체의 출자액이 소멸하는 개인기업의 순자산가액에 미달’한다는 이유로 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장한다.

(6)위 사실관계에 의하면, 청구법인은 2004.7.12. 자본금을 360,000,000원(72,000주)으로 하여 법인설립 등기하였으며, 동 일자 청구법인의 주주명부를 보면 공동개인사업자인 OOOO OOO가 각각 175,000,000원(35,000주)을 출자하여 개인사업자의 법인출자금액이 총 350,000,000원(70,000주)임을 알 수 있고, 제3자인 OOOO OOO이 각각 5,000,000원(1,000주)씩 총 10,000,000원을 출자한 사실이 나타나, 개인사업자의 청구법인 출자금은 개인사업장의 순자산가액 360,000,000원에 10,000,000원 미달한 사실이 확인되고 있다.

(7) 그렇다면, 청구법인의 경우에는 「조세특례제한법」제32조 및 같은 법 시행령 제28조, 제29조의 규정에 의한 법인전환의 요건을 충족하고 있지 못하므로 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.