가. 청구법인은 2008.7.1. 분할하기 전 OOO주식회사(이하 “분할법인”이라 한다)가 물적분할 방식으로 분할되어 신설된 법인으로, 2011·2012사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에서 규정하고 있는 연구·인력개발비(이하 “연구개발비”라 한다)에 대한 세액공제액을 2011사업연도에는 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 3) 규정(이하 “당기발생액 방식”이라 한다)을 적용하였고, 2012사업연도에는 조특법 제10조 제1항 제3호 가목 규정(이하 “증가분 방식”이라 한다)을 적용하여 계산하였다.

나. 이후 청구법인은 2011사업연도 및 2012사업연도 모두 증가분 방식을 적용하여 세액공제액을 재계산하면서 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제9조 제5항에 따라 청구법인의 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 계산함에 있어 분할일이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일 전일(2008.1.1.부터 2008.6.30까지로, 이하 “쟁점기간”이라 한다)까지 분할법인에서 발생한 연구개발비 OOO원을 분할신설법인인 청구법인의 연구개발비에서 제외하고 세액공제액을 재계산하여 2011·2012사업연도 법인세 OOO원(2011사업연도분 OOO원 2012사업연도분 OOO원)을 환급해 달라는 취지로 2017.1.2. 경정청구를 제기하였다.

다. 이에 대해 처분청은 2017.3.30. 쟁점기간 동안 분할법인에서 발생한 연구개발비 OOO원에 청구법인의 2008년 상반기 부문별 매출액 비율(87.20%)을 곱한 OOO원을 청구법인의 직전 4년간 발생한 연구개발비에 합산하는 한편, 청구법인의 2011사업연도 연구개발비 세액공제액에 대하여는 증가분 방식을 적용하여 2011사업연도 법인세 OOO원을 환급하는 결정(일부경정)을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점기간 동안 발생한 연구개발비는 분할법인의 비용으로서 청구법인의 연구개발비에 해당하지 않는다.

(1) 청구법인은 분할일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도(이 건의 경우 2007사업연도, 아래 <표1> 참조)의 연구개발비 중 승계할 금액의 산정이 불분명하다고 판단하여 2011사업연도 연구개발비 세액공제 신청시 당기발생액 방식으로 세액공제를 신청하였다.

2012사업연도 연구개발비 세액공제 신청시에는 국세청 예규(법인-676, 2010.7.14.)에 따라 직전 4년 연평균액 산정 시 쟁점기간을 제외한 분할일 이후부터 직전 사업연도(2008.7.1.～2011.12.31.)에 발생한 연구개발비 합계액에 대해 3.5년을 기준으로 평균하여 세액공제를 신청하였다.

OOO

이후 청구법인은 기획재정부의 유권해석(재조특-824, 2013.9.24.)에서 직전 4년간 연구개발비 연평균액은 쟁점기간을 제외한 기간의 연구개발비 합계액을 4로 나누어 계산하도록 해석한 것을 근거로 경정청구를 하였다.

(2) 직전 4년간의 연구개발비 연평균액 산정시 쟁점기간의 연구개발비는 분할법인의 연구개발비로서 청구법인은 쟁점기간의 연구개발비를 승계할 수 없다.

조특법 기본통칙 10-9…3 및 기획재정부 유권해석(재조세-157, 2004.3.15.)에 따르면, 당해 과세연도에 발생한 연구개발비를 계산함에 있어서 내국법인이 분할한 후 존속하는 경우 분할일이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일 등의 전일까지 분할을 하기 전에 분할법인으로부터 발생한 연구개발비는 분할을 한 후 분할법인에서 발생한 것으로 보고 있다.

조특법 시행령 제9조 제5항 단서에서 분할신설법인이 분할법인의 연구개발비를 승계할 때 분할법인의 각 사업연도 말을 기준으로 안분하여 승계하도록 규정하고 있으므로 분할법인의 사업연도 중인 분할일까지의 연구개발비를 분할신설법인이 승계할 근거가 없어 쟁점기간의 연구개발비는 분할신설법인이 승계하지 않도록 해석한 것으로 판단된다.

즉, 승계의 기준시점은 사업연도말이고 분할을 하기 전에 발생한 연구개발비는 분할을 하기 전 사업연도의 비용으로 해석되므로 쟁점기간은 청구법인의 연구개발비 발생기간에 포함되지 않는다.

국세청 유권해석(법인-676, 2010.7.14.)에서는 분할일이 속하는 사업연도의 그 다음 사업연도에 직전 4년간 발생한 일반 연구개발비의 합계액 계산시 분할신설법인의 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액은 다음의 2가지를 합산하여 계산하도록 하고 있다.

OOO

또한, 분할로 인해 사업부문 중 투자사업부문만 남은 경우의 분할존속법인의 연구개발비 세액공제 적용에 관한 국세청 유권해석(법규과-627, 2013.5.30.)에서도 분할일이 속하는 사업연도 개시일부터 분할등기일 전까지 발생한 연구개발비는 분할존속법인에서 발생한 것으로 해석하고 있다.

(3) 청구법인의 직전 4년간 연평균액을 계산할 때에는 쟁점기간을 제외한 직전 4년간 발생한 연구개발비 합계액을 4로 나누어 계산하여야 한다.

내국법인이 분할 후 존속하는 경우 분할일이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일까지 분할법인에서 발생한 연구개발비는 분할법인에서 발생한 것으로 보아야 하는바, 분할신설법인의 분할일이 속하는 사업연도의 연구개발비는 분할일 이후부터 과세연도 종료일까지 발생한 연구개발비가 되어 일반적으로 발생기간은 12개월 미만이 된다.

조특법 시행령 제9조 제4항에서 4년간의 연구개발비의 연평균 발생액 계산 시 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 연구개발비가 발생한 과세연도의 수로 나누어 해당 과세연도의 개월 수를 환산하도록 하고 있어 분할신설법인의 연구개발비가 발생한 과세연도수가 4년에 미달하지 않는 경우에는 해당 과세연도 직전 4년간 발생한 연구개발비의 합계액을 4로 나누어 계산하는 것으로 하여야 한다.

기획재정부 유권해석(재조특-824, 2013.9.24.)에서도 분할신설법인의 연구개발비 발생기간이 4년에 미달하지 않으므로 쟁점기간을 제외한 직전 4년간 연구개발비의 합계액을 48개월로 환산하는 것은 법령상 그 근거가 없으므로 직전 4년간 발생한 연구개발비 합계액을 4로 나누어 계산하는 것으로 해석하였다.

기획재정부(재조세-157, 2004.3.15.) 및 국세청 예규(법인세과-676, 2010.7.14.)에서 분할일이 속하는 사업연도의 그 다음 사업연도에 직전 4년간 발생한 일반 연구개발비의 합계액 계산 시 과거 4년간 발생한 합계액은 분할일이 속하는 사업연도의 직전 3년간 비용과 분할일 이후부터 사업연도 종료일까지인 쟁점기간을 제외한 4년간의 연구개발비용을 합산하도록 해석하였다.

국세청 예규(법인-385, 2011.5.31.)에서는 직전 4년간 연구개발비용의 연평균액을 계산함에 있어 쟁점기간을 제외한 4년간의 연구개발비용을 합산하였으므로 기간이 48개월에 미달한다고 보아 상기의 합계액을 월환산하여야 한다고 해석하였으나, 기획재정부(재조특-824, 2013.9.24.)는 국세청 예규에 대하여 쟁점기간의 연구개발비용을 제외하더라도 분할신설법인의 최초로 발생한 과세연도 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월에 미달하지 않아 쟁점기간을 제외한 직전 4년간 연구개발비의 합계액을 48개월로 환산하는 것은 법령상 근거가 없으므로 연구개발비 합계액을 4로 나누어 계산하는 것으로 그 해석을 변경하였다.

2013년 9월 국세청은 기존 국세청 유권해석(법인-385, 2011.5.31.)을 삭제하고 기재부 유권해석을 유지하도록 세법해석사례를 정비하였다.

직전 4년간 발생한 합계액의 월환산 여부에 대한 국세청과 기획재정부의 해석이 분분했던 이유는 쟁점기간의 연구개발비는 분할신설법인이 승계하지 않아 연구개발비 발생기간이 48개월에 미달할 수 밖에 없다는 전제 하에서 비롯된 것으로서, 이러한 전제에 따르면 분할신설법인인 청구법인이 쟁점기간의 연구개발비를 승계하지 않는 것은 당연하다.

나. 처분청 의견

직전 4년의 연평균액을 계산하는 경우 쟁점기간의 연구개발비를 분할신설법인인 청구법인의 지출액에 포함하여야 한다.

(1) 2011사업연도의 경우 분할법인의 2008년 상반기 지출액을 분할신설법인(청구법인)의 지출액에 포함하지 아니하고 직전 4년의 평균지출액을 계산하였음이 확인되므로 이를 재계산하여 OOO원을 환급결정한 처분은 정당하다.

(2) 2012사업연도의 경우 관련 법령에 규정된 바와 같이 분할법인의 지출액을 청구법인에 귀속시켜 직전 4년 평균지출액을 계산(4년 적용)하지 않았으므로 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(3) 청구법인은 쟁점기간에 발생한 분할법인의 연구개발비를 승계할 수 없다고 주장하나, 조특법 시행령 제9조 제5항에는 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인 등의 경우에는 분할법인, 합병법인의 연구개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다고 규정하고 있으므로 청구주장은 법령을 잘못 이해한 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2008.7.1. 분할한 청구법인(분할신설법인)의 2011·2012사업연도 연구개발비 세액공제액 계산 시 직전 4년간 발생한 연구개발비 합계액을 산정함에 있어 쟁점기간 동안 발생한 분할법인의 연구개발비(OOO원)를 청구법인에서 발생한 연구개발비로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액

3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다.

(해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)

⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 분할 전 OOO주식회사는 2008.7.1. 물적분할의 방식으로 주식회사 OOO(존속법인, 분할법인), OOO주식회사(분할신설법인, 청구법인), OOO(분할신설법인)의 3개사로 분할되어 지주회사 체제로 전환되었다.

(나) 청구법인은 1981년 설립된 기업부설연구소를 승계하여 운영하고 있고 기업부설연구소에서 전력, 통신 및 에너지 시스템 분야의 신제품 자체개발 등을 수행하고 있다.

(다) 청구법인의 연구개발비 발생내역은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(라) 분할법인의 분할전 매출액 및 자산가액 비율은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(마) 청구법인이 당초 신고 및 경정청구한 연도별 연구개발비 세액공제액 산정 방법은 아래 <표4>와 같다.

OOO

(바) 청구법인의 경정청구 및 거부처분 세액은 아래 <표5>와 같다.

OOO

(사) 처분청의 세액공제액 계산내역은 아래 <표6>과 같다.

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점기간 동안 발생한 연구개발비 전액이 분할법인의 비용으로서 청구법인의 연구개발비에 해당하지 않는다고 주장하나, 조특법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있고(대법원 2001.1.19. 선고 99두8718 판결 참조), 세법을 해석·적용함에 있어 과세의 형평성과 합목적성을 고려하여야 할 것인바,

이 건의 경우, 청구법인의 2011사업연도 및 2012사업연도 연구개발비에 대한 세액공제액 계산시 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에서 규정하고 있는 증가분 방식을 적용하는 것에 대하여 청구법인이나 처분청 간 다툼이 없으며, 이 때 증가분 방식은 해당 과세연도에 발생한 연구개발비와 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액을 비교하여 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 공제하는 방식으로서, 이러한 증가분 방식에 대하여 입법취지를 살리려면 그 비교대상은 동질성이 있어야 할 것이다.

청구주장에 의할 경우 쟁점기간 동안 발생한 연구개발비는 모두 분할법인에서 발생한 비용이 되어 결국 분할신설법인인 청구법인의 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 계산기간은 0.875년(3.5년/4년)에 불과하고, 분할법인의 연평균 발생액 계산기간은 1.125년(4.5년/4년)이 되어 비교대상이 되는 해당 과세연도(1년)와 그 기간이 달라지게 되고 결국 분할법인과 분할신설법인간 과세의 형평성 문제가 발생된다.

한편, 처분청의 계산방식은 쟁점기간 동안 분할법인에서 발생한 연구개발비에 대하여 분할일 전일까지 부문별 매출액 비율과 자산가액 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 기준으로 안분계산한 결과, 분할신설법인인 청구법인과 분할법인 모두 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 계산기간은 1년(4년/4년)으로서 그 비교대상이 같아지게 되어 결국, 처분청의 이러한 계산방식이 연구개발비 세액공제 제도의 입법취지, 과세의 형평성 등에 비추어 더 합리적이라고 판단된다.

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 일부만 경정한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.