청구법인은 OOO번지에서 장난감 및 오락용품 도매업을 영위하는 내국법인으로서, OOO소재 해외 현지법인인 OOO(이하 “갑법인 ”이라 한다)와 OOO(이하 “을법인 ”이라 한다)의 주식 100%를 보유하고 있었던 바, 청구법인은 2001.12.18 갑법인의 비상장주식 150만주(이하 “쟁점주식 ”이라 한다)를 을법인에게 상속세및증여세법상의 보충적평가규정에 의한 평가액 5,585,760,000원(이하 “쟁점평가액 ”이라 한다) 보다 낮은 가액인 5,035,135,950원(이하 “쟁점양도가액 ”이라 한다)에 양도하였다.

이에 처분청은 청구법인이 쟁점주식을 특수관계자에게 저가로 양도하여 법인세법상의 부당행위계산부인 대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점평가액과 쟁점양도가액의 차액인 550,624,050원을 청구법인의 당해사업연도 소득금액계산시 익금에 산입하고 2005.2.1 청구법인에게 2001사업연도 법인세 264,861,670원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.4.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점주식을 국외특수자인 을법인에게 양도한 것은 법인세법상의 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 아닌 국제조세조정에 관한 법률의 규정에 의한 정상가격에 의한 과세조정 대상에 해당하고, 청구법인이 100% 출자한 갑법인의 주식을 청구법인이 100% 출자한 을법인에게 양도한 것은 내부거래에 불과한 것으로서 정상가격 미달여부를 떠나 미달된 수입이 청구법인에게 귀속된 것이나 다름없으므로, 청구법인의 소득을 감소하거나 조세를 부당히 감소시킨 것으로 볼 수 없어 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점주식을 해외자회사인 을법인에게 저가에 양도한 것은 해외특수관계자와의 거래로서 국제조세조정에 관한 법률의 적용대상이며, 정상가격에 의한 과세조정대상임은 인정하나, 청구법인은 쟁점주식의 양도전에 회계법인에 쟁점주식의 평가를 의뢰하였고, 회계법인에서는 상속세및증여세법의 규정에 의거 1주당 가격을 3,628원/주(US＄2.88/주)로 평가하였으며, 청구법인은 동 평가서를 정상가격 산출근거로 제출하였으므로 쟁점주식의 정상가격은 위 금액으로 보아야 하며, 당초 처분청이 과세근거를 법인세법상의 부당행위계산부인 규정으로 잘못 적용하였다 하더라도 결과적으로는 부당행위계산부인액과 동일한 정상가격과의 차액이 과세조정되어 익금산입되므로서 법인세액의 산출은 동일하게 되는 것이므로 당초처분은 정당하고, 청구법인과 을법인은 특수관계법인이라 하더라도 별개의 법인격을 가진 법인으로서 을법인의 이익이 청구법인에게 귀속되어 내부거래라는 주장은 이를 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

내국법인인 청구법인이 국외특수관계자인 외국법인에게 해외자회사가 발행한 주식을 저가로 양도한 것으로 보아, 상속세및증여세법상 보충적 평가규정에 의하여 평가한 주식의 평가액과 양도가액과의 차액을 청구법인의 소득금액계산시 익금산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법

제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자 ”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산 ”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율이자율임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가 ”라 한다)을 기준으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

(2) 법인세법시행령(2001.12.31 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. (1998. 12. 31 개정)

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

2. 상속세 및 증여세법 제38조 동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 (1998. 12. 31 개정)

(3) 국제조세조정에 관한 법률(2002.12.18 법률 제6779호로 개정되기 전의 것)

제3조 【다른 법률과의 관계】 이 법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용한다.

제4조 【정상가격에 의한 과세조정】 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.

제5조 【정상가격의 산출방법】 ① 정상가격은 다음 각호의 방법중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

2. 재판매가격방법 거주자와 국외특수관계자가 자산을 거래한 후 거래 일방인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 동 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 차감하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 자산의 제조판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산의 판매자나 용역의 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 가산하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법

② 제1항의 규정에 의한 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.

제6조 【정상가격산출방법의 사전승인 등】 (2000. 12. 29 제목개정) ① 거주자는 일정기간의 과세연도에 대하여 정상가격산출방법을 적용하고자 하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 정상가격산출방법을 적용하고자 하는 일정기간의 과세연도중 최초의 과세연도 종료일까지 국세청장에게 승인신청을 할 수 있다. (2000. 12. 29 개정)

② 국세청장은 거주자가 제1항의 규정에 의하여 정상가격산출방법에 대한 승인을 신청하는 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 체약상대국의 권한있는 당국과의 상호합의절차를 거쳐 합의한 때에는 정상가격산출방법을 승인할 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 상호합의절차에 의하지 아니하고 정상가격산출방법을 승인할 수 있다.

(4) 국제조세조정에 관한 법률시행령(2004.12.31 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것)

제4조 【정상가격의 산출방법】 법 제5조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법 ”이라 함은 다음 각호에서 정하는 방법을 말한다.

1. 이익분할방법

거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어, 거래쌍방이 함께 실현한 거래순이익(제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 판매와 일반관리비를 차감한 금액)을 다음 각목에서 정하는 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들간의 상대적 공헌도에 따라 배부(거래형태별로 거래당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 이 경우 상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여 측정한다.

가. 자산의 매입제조판매 또는 용역의 제공을 위하여 지출하였거나 지출할 비용

나. 자산의 개발 또는 용역의 제공을 위하여 소요된 자본적 지출액, 사용된 자산총액 또는 부담한 위험정도

다. 각 거래단계에서 수행된 기능의 중요도

라. 기타 측정가능한 합리적인 배부기준

2. 거래순이익률방법

거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자간의 거래중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 다음 각목에서 정하는 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 다만, 당해 거래와 유사한 거래를 특수관계가 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 특수관계가 없는 제3자간의 국제거래중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

가. 거래순이익의 매출에 대한 비율

나. 거래순이익의 자산에 대한 비율

다. 거래순이익의 매출원가 및 판매와 일반관리비에 대한 비율 라. 기타 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

3. 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법

제7조 【정상가격산출방법의 제출 등】 ① 거주자는 제5조의 기준에 따라 가장 합리적인 정상가격산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 거주자는 실제거래가격이 정상가격산출방법에 의한 정상가격과 다른 경우에는 정상가격을 거래가격으로 보아 조정한 과세표준 및 세액을 다음 각호의 1에서 정하는 기한내에 재정경제부령이 정하는 거래가격조정신고서를 첨부하여 신고 또는 경정청구할 수 있다. 이 경우 조정되는 소득금액에 대하여는 제15조제16조 및 제18조를 준용한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 소득세법 제70조 내지 제74조의 규정 또는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의한 신고기한 (1998. 12. 31 개정 ; 법인세법시행령 부칙)

2. 국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정신고기한

3. 국세기본법 제45조의 2 제1항의 규정에 의한 경정청구기한

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점주식을 양도하기 위하여 쟁점주식의 평가를 회계법인에 의뢰하였고, 동 회계법인은 2001.11.30 기준으로 상속세및증여세법상의 비상장주식 평가방법을 적용하여 쟁점주식을 평가한 결과, 1주당 가격을 3,628원/주(US＄2.88/주)으로 평가(쟁점주식 1,500,000주를 미달러화 기준으로 환산하는 경우 1,500,000주×2.88$=4,320,000$)하였는 바, 청구법인은 해외특수관계법인인 을법인에 2001.12.18 쟁점주식을 3,894,150$에 매매하는 것으로 계약을 체결하여 양도하자, 처분청은 위 4,320,000$과 3,894,150$의 차액인 425,850$에 쟁점주식 매매계약 체결일자 기준환율인 1,293원/US$을 곱하여 계산한 550,624,050원을 법인세법의 규정에 의하여 부당행위계산부인하고 청구법인에 법인세를 과세한 것으로 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 그런데, 이 건 관련법령의 규정에 의하여 판단하여 보면, 쟁점주식의 양도는 내국법인인 청구법인이 국외특수관계자인 을법인과 한 거래이므로, 법인세법상의 부당행위계산부인 대상은 아닌 것으로 판단되며, 국제조세조정에 관한 법률규정에 따른 이전가격에 의한 과세조정 대상에 해당된다 하겠고, 이러한 점에 있어서는 처분청도 부당행위계산부인 대상으로 보아 과세한 것은 적합하지 않고, 국제조세조정에 관한 법률의 규정에 의하여 정상가격을 산출하여 정상가격과 양도가액과의 차액을 과세조정하여 법인세 과세표준을 산출하여 과세하여야 한다는 점을 인정하고 있다.

(3) 다만, 처분청은 쟁점주식의 정상가격을 청구법인이 당초 처분청에 제출한 상속세및증여세법에 의하여 평가한 가액으로 볼 수 있고, 국제조세조정에 관한 법률의 규정에 따라 과세하는 것으로 그 과세근거를 달리 하더라도 청구법인이 부담하거나 처분청이 고지하여야 할 법인세는 동일하므로 당초처분을 취소하지 않고 국제조세조정에 관한 법률의 규정에 근거한 정상가격에 의한 과세조정으로 그 처분근거만을 수정한다는 입장이다.

(4) 이상과 같이 청구법인이 한 쟁점주식의 양도가 법인세법상의 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않은 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없고, 처분청이 처분근거를 국제조세조정에 관한 법률의 규정에 따라 이전가격에 의한 과세조정으로 그 근거를 달리하는 경우, 당초 고지한 이 건 법인세 과세처분을 유지할 수 있는지에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점평가액을 국제조세조정에 관한 법률에서 규정하고 있는 정상가격으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면,

국제조세조정에 관한 법률에서는 정상가격 산출방법의 종류 및 각 방법간에 적용순서로서 ①비교가능 제3자 가격방법 ②재판매가격방법, 원가가산방법 ③기타의 방법(이익분할방법, 거래순이익률방법, 기타 합리적이라고 인정되는 방법)을 규정하고 있으며, 위 방법을 적용함에 있어 비교가능 제3자 가격이 존재할 경우 이를 우선 적용하여야 하며 다른 방법은 비교가능 제3자 가격이 존재하지 않는 경우에만 적용할 수 있고, 또한 기타의 방법은 앞의 세가지 방법을 적용할 수 없는 경우에만 적용하도록 하면서 이들 중에서도 위에 열거된 순서에 따라 순차적으로 적용하도록 규정하였으므로 적용의 우선순위는 위에 열거된 순서와 같다. 그런데, 이 건 쟁점주식은 비상장주식으로서 쟁점주식의 정상가격을 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법 등을 적용하여 산출하기는 어려운 것으로 보이고, 청구법인이 쟁점주식의 양도가액이 정상가격이라는 산출근거를 제시한 바도 없는 점에 비추어 보면, 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법에 의한 평가액을 국제조세조정에 관한 법률시행령 제4조 제3호에서 규정하고 있는 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법에 의한 가격으로 보아 이를 정상가격으로 인정할 수 있을 것(같은 뜻 : OOO)으로 판단되고, 청구법인이 2001사업연도 법인세를 신고하면서 상속세및증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 쟁점평가액을 국제조세조정에 관한 법률시행령 제7조 제1항의 규정에 따라 처분청에 제출한 점에 비추어 볼 때, 청구법인 스스로도 쟁점평가액을 정상가격으로 신고한 것으로 보이므로 쟁점평가액을 정상가격으로 보는 것이 합당한 것으로 판단된다.

(나) 이와 같이 쟁점평가액을 정상가격으로 볼 수 있으므로 처분청은 쟁점평가액과 쟁점주식의 양도가액과의 차액을 청구법인의 소득금액계산시 익금산입하여 청구법인에 대한 법인세 과세표준을 산출하여야 할 것이고, 이에 따라 과세될 법인세는 부당행위계산부인대상으로 보아 청구법인에게 과세한 당초처분과 산출세액 등 그 실질이 다르지 않는 것으로 보인다.

(다) 그렇다면, 처분청이 과세처분 당시 관련규정이나 적용세법을 달리 적용하였다 하더라도, 차후 이를 정상적으로 보완한 점이 인정되고, 과세근거가 되는 세법의 규정을 변경하여 새로이 과세처분을 한다고 하더라도 청구법인이 부담하는 법인세는 그 실질이 동일할 수 밖에 없는 점을 고려할 때, 당초 세법규정을 잘못 적용한 과세처분의 하자는 처분청이 과세근거를 국제조세조정에 관한 법률을 적용하는 것으로 변경함으로서 치유된 것으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(라) 또한, 청구법인은 「100% 출자한 갑법인의 주식을 을법인에게 양도한 것은 내부거래에 불과한 것으로서 정상가격 미달여부를 떠나 미달된 수입이 청구법인에게 귀속된 것이나 다름없으므로 청구법인의 소득을 감소하거나 조세를 부당히 감소시킨 것으로 볼 수 없어 이 건 처분은 부당하다」는 주장이나, 청구법인이 쟁점주식을 해외특수관계법인에게 양도한 것은 본․지점간의 거래가 아닌 각각 독립된 법인간의 거래에 해당하고 이전가격세제의 취지에도 합당하지 않은 주장이므로 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.