(특별부가세 1,562,5O0,O00원 포함) 및 동방위세 799,42O,890원

의 부과처분은

제①, ③호 부동산(다음 사실란 참조)의 양도에 OO 특별부

가세의 과세표준을 계산함에 있어서 취득가액은 법인세법 시

행령부칙(대통령령 제7464호) 제7조(81.12.O1 및 88.12.O1 개

정)의 규정에 의한 가액으로 하고 양도가액은 양도당시의 기

준시가에 의한 가액으로 하여 각 과세표준과 세액을 경정한

다.

2. 청구(4)는 각하하고 나머지 청구는 기각한다.

청구인들은 ① 충청북도 청주시 OO동 OOO에서 석유류를 도ㆍ소매하는 OO석유주식회사(이하 “청구법인 OO석유”라 한다)와, ② 같은도 같은시 OO동 OOOOO에 현주소를 두었고, 청구법인 OO석유의 대주주이자 회장인 청구외 OOO의 배우자(처)되는 OOO(이하 “청구인 OOO”이라 한다)으로서

가. 청구인 OOO은 동인의 소유인 충북 청원군 북일면 OO리 OOOOO 전 4,170평방미터중 O,107평방미터, 동소 OOOOOO 대지 8,O26평방미터, 동소 OOOOOO 답 1,9O0평방미터, 동소 OOOOOO전 1,O80평방미터 및 동소 OOOOOO 전 2,806 평방미터 이상 합계 5필지 17,549평방미터(이하 “제②호 부동산”이라 한다)를 88.11.10 청구외 OOO, OOO에게 소유권이전등기하였고 동 OOO, OOO이 제②호 부동산을 다시 청구법인 OO석유의 소유인 청주시 OO동 O 대지 902.5평방미터와 동소 OOO 대지 1O.2평방미터 및 동소 O 지상건물 78O.87평방미터 이상 합계 2필지 915.7평방미터와 건물 78O.87평방미터(이하 “제①호 부동산”이라 한다)와 88.11.11 등가교환한 후 89.1.20 위 제①호 부동산을 서울시 영등포구 OOO동 OOOO OO투자신탁주식회사에 41억원에 양도하였으며

나. 또 청구법인 OO석유는 동사 소유인 청주시 OO동 OOO 대지 548.6평방미터와 건물 214.65평방미터(이하 “제③호 부동산”이라 한다)를 89.1.20 청구외 OO투자신탁주식회사에 2,095,454,545원에 양도하였는 바,

이에 대하여 처분청은 위 제① ②호 부동산의 교환거래에 있어서 OOO, OOO은 차명된자들일 뿐 실제는 특수관계자인 청구법인 OO석유와 청구인 OOO간의 직접거래라고 보았고 또 88.11.11 교환당시 위 각 호 부동산의 시가를 제①호 부동산 41억원, 제②호 부동산 706,090,000원으로 본 후

(1) 청구법인 OO석유의 특별부가세 과세표준가액 계산을 위한 양도가액을, 88.11.11 양도한 제①호 부동산의 경우 41억원, 89.1.20 양도한 제③호 부동산의 경우 2,095,454,545원으로 하고, 취득가액은 법인세법시행령 부칙(대통령령 제7464호) 제7조(81.12.O1 및 88.12.O1 개정)에 의하여 제①호 부동산의 경우 75.1.1 현재의 기준시가와 물가상승율을 감안한 장부가액의 합계액 12O,021,515원, 제③호 부동산의 경우 77.1.1 현재의 기준시가27,7O9,104원으로 하여 양도차익을 계산하였고

(2) 법인세법 제59조의O 제2항 제2호에 의한 청구법인 OO석유의 특별부가세 감면세액 계산에 있어서, 제①, ③호 부동산의 양도차익중 임대건물과 이에 안분되는 토지(제①, ③호 전체토지를 기준으로 하여)에 상당하는 양도차익에 대하여는 업무용으로 직접사용하지 아니한 토지의 양도로 부터 발생된 소득으로 보아 감면대상에서 제외하고 나머지 1,O56,894,2O2원만 감면 대상으로 함으로써 감면세액을 OO9,22O,558원으로 계산하였으며

(O) 청구법인 OO석유의 각 사업년도 소득계산에 있어서 제①호 부동산(고정자산)의 처분이익을 양도가액 41억원에서 취득가액 706,090,000원 (교환취득한 제②호 부동산의 감정가액)을 공제한 O,O9O,910,000원으로 하여 익금 가산하고 청구인 OOO에 OO 기타소득으로 소득처분하였고

(4) 청구법인 OO석유가 교환취득한 제②호 부동산의 경우 그 감정가액이 706,090,000원임에도 회사계상 장부가액이 O91,170,072원이라 하여 차액 O14,919,928원을 각 사업년도 소득금액 계산상 익금산입하고 유보로 소득처분 하였으며

(5) 청구인 OOO에 OO 기타 소득처분자료(소득금액 변동 통지서)의 90.9.20자 통지에 의하여 동인에 OO 89년도 귀속분 종합소득세를 90.10.17자 로 과세함에 있어서 기장신고불성실 가산세 168,768,090원과 납부불성실 가산세 171,78O,O20원, 동 방위세분 가산세 66,905,900원 합계 407,457,O10원을 가산하여 과세함으로써 90.9.21 청구법인 OO석유에게 88.10.1-89.9.O0 사업년도분 법인세 O,252,07O,590원(각 사업년도 소득분 법인세 1,562,5O0,O00원 과 특별부가세 1,689,54O,290원) 및 동방위세 799,42O,890원을 부과처분하고,

90.10.17 청구인 OOO에게 89년도 귀속분 종합소득세 2,058,O84,640원(가산세 O40,551,410원 포함)및 동방위세 412,295,090원(가산세 66,905,900원 포함)을 부과 처분하자,

청구인들이 이에 불복하여 90.11.16 심사청구를 하고 91.1.11 심사결정서를 받은 후 91.O.9 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구법인 주장

청구(1): 청구법인 OO석유는 제①, ③호 부동산을 1974.12.O1 이전에 취득하였으므로 동부동산의 거래가액이 법인세법 제59조의2 제O항 단서의 규정에 의한 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”라는 조항에 해당되고, 위 조항에서 말하는 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라, 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 위 규정에 따라 두 가액을 모두 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하는 것으로 보아야 할 것이므로, 본 건 처분은 법인세법시행령 부칙(대통령령 제7464호) 제7조(81.12.O1 및 88.12.O1 개정)의 규정에 의거 계산한 가액과 양도당시 지방세법상의 과세시가표준액(양도당시 특정지역이 아님)을 쟁점부동산의 각 취득 및 양도당시 기준시가로 하여 경정되어야 한다는 주장이고

청구(2): 청구법인 OO석유의 제①, ③호 부동산에 OO 법인세법 제59조의O 제2항 제2호에 의한 특별부가세감면세액 계산과 관련하여 처분청이 청구법인의 업무용으로 직접사용한 토지등의 면적을 계산함에 있어서 건물의 경우 자가사용면적과 임대면적으로 나누어 자가사용면적에 한하여 이를 업무용으로 직접사용한 면적으로 하였음은 타당하다 하겠으나, 토지의 경우에 있어서는 그 전체토지가 본래부터 청구법인 OO석유의 고유목적 사업인 주유소용 토지이었을 뿐만 아니라 건물의 바닥토지를 제외한 나머지 토지전체의 면적이 주유소허가의 최저토지평수에도 미달하므로 건물바닥토지를 제외한 나머지 토지 그 전체를 업무용으로 직접사용한 토지로 보아야 하고, 건물바닥토지에 한하여 그 지상 건물의 자가사용면적과 임대면적의 비율로 안분하여야 할 것임에도 건물의 자가사용면적과 임대면적의 비율로 제①, ③호 부동산의 전체토지면적을 안분하여 업무용 직접사용분과 비사용분으로 하였음은 부당한 바 경정되어야 한다는 주장이며

청구(O): 처분청은 청구법인 OO석유의 각 사업년도소득 계산을 위하여 88.11.11 교환양도한 제①호 부동산의 고정자산처분이익을 계산함에 있어서 그 취득가액은 88.11.11 교환취득한 제②호 부동산의 감정가액 706,090,000원으로 하고, 양도가액은 그 후 제①호 부동산의 89.1.20자 매매가액 41억원을 88.11.11 교환 양도당시의 시가로 보아 41억원으로 함으로써 그 고정자산 처분이익을 O,O9O,910,000원으로 계산하여 익금가산하고 청구인 OOO에 OO 기타소득으로 처분하였으나, 이는 등가교환한 부동산에 대하여 한쪽은 감정가액으로하고 다른 한쪽은 교환당시의 시가가 아닌 70여일 후의 매매가액으로 한 것으로써 부당하므로 등가교환으로 인정하지 못할 바에야, 취득 및 양도가액을 지방세법상의 과세시가표준액(취득가액 40,O72,010원, 양도가액 274,580,665원)에 의한 가액으로 하거나, 아니면 공신력 있는 한국감정원의 감정가액으로서 교환일에 근접한 감정가액이 있고 이 감정가액은 일반적으로 시가로 인정되므로 이를 시가(양도가액: 제①호 부동산에 OO 88.12.12자 가격시점의 감정가액 O,279,608,500원, 취득가액: 제②호 부동산에 OO 88.12.15자 가격시점의 감정가액 706,090,000원)로 하여 고정자산처분이익을 계산하든지 또는 근저당권 설정 채권최고액(제1호 부동산 O4억 8백만원, 제②호 부동산 9억 5천8십만원)으로 하는 것이 타당하다는 주장이고

청구(4): 처분청은 청구법인 OO석유가 교환취득한 제②호 부동산의 경우 그 감정가액이 706,090,000원인데, 장부에 자산으로 계상된 가액이 O91,170,072원이라 하여 차액 O14,919,928원을 토지계상누락으로 하여 익금가산하고 유보로 소득처분하였으나 이는 미실현소득에 대하여 과세하는 것으로서부당하다는 주장이며

청구(5): 90.9.20자 소득(기타소득)금액 변경통지에 의하여 청구인 OOO에게 89년도 귀속분 종합소득세를 과세함에 있어, 추가신고자진납부기한이 지나기도 전인 90.10.17자로 과세처분하면서 가산세 407,457,O10원을 가산하여 과세하였음은 부당하다는 주장이다.

O. 국세청장 의견

청구(1)에 대하여 :

취득가액의 경우 법인세법시행령부칙(대통령령 제7464호) 제7조(81.12.O1 및 88.12.O1 개정)에 의거, 제①호 부동산중 68.9.19 취득하여 88.11.11 에 양도한 토지는 75.1.1 현재의 기준시가인 55,O97,72O원으로 하였고 71.1.10 취득하여 88.11.11 양도한 건물은 75.1.1 현재의 기준시가 25,O24,176원보다 장부가액 67,62O,792원이 더 큼으로 67,62O,792원으로 하였으며, 68.9.19(토지)및 70.6.1(건물)취득하여 89.1.20 양도한 제③호 부동산은 77.1.1 현재의 기준시가인 27,7O9,104원으로 하였고, 양도가액에 있어서는 제①호 부동산의 경우 그 교환거래시 중간에 개입된 청구외 OOO과 OOO은 조세부담을 부당히 감소시킬 목적으로 차명된 자들일 뿐이고 실제는 특수관계자인 청구법인 OO석유와 OOO간의 직접거래이고 OOO이 그 후 얼마 안되어 89.1.20 청구외 OO투자신탁주식회사에 41억원에 양도하였으므로 동 41억원을 88.11.11 양도당시의 시가로 본 것이고 제③호 부동산의 경우에는 동 OO투자신탁주식회사에 89.1.20 양도한 가액 2,095,454,545원을 양도가액으로 한 것으로서 당초 처분은 정당하며,

청구(2)에 대하여 :

처분청의 감면소득결정 내역을 보면 청구법인 OO석유는 제①, ③호 부동산을 양도하고 청원군 북일면 OO리 OOO외 12필지 6,842평을 88.11.17 및 89.9.6에 취득하였다는 특별부가세 면제신청서를 제출하여 검토한 바 적법하고, 다음 감면소득금액의 계산에 있어서는 각 지번별로 건물의 경우, 동지상건물을 자가사용부분과 임대부분으로 나누고, 토지의 경우에는 건물의 자가사용대 임대부분의 비율로 나눈 후, 이들 자료에 의거 양도차익중 업무용으로 직접사용(자가사용)한 부분에 안분되는 금액을 계산함으로써 양도차익 합계액 5,9O4,1O9,O79원중 감면소득금액을 1,O56,894,2O2원으로 산정하였음은 정당하고

청구(O)에 대하여 :

청구법인 OO석유는 제①호 부동산과 제②호 부동산의 교환 당시 제①호 부동산의 감정가액이 O,279,608,500원이었으나 실제매도가액은 25% 할증한 4,100,000,000원으로 이루어졌으므로, 제②호 부동산의 경우에도 당초 감정가액 681,681,000원에 25% 할증한 852,101,250원을 취득가액으로 하여야 한다고 주장하나 이는 뚜렷한 증빙서류와 신빙성이 없다고 보아지므로 처분청이 취득가액 706,090,000원과 양도가액 4,100,000,000원으로 결정하였음은 잘못이 없고 또한 이 금액에 의하여 계산한 양도차익 O,O9O,910,000원을 청구인 OOO에 OO 기타소득으로 소득처분한 것은 정당하다는 의견이다. (단, 청구법인은 이 부분 청구의 경우, 같은 고정자산처분이익에 대하여 다투고 있으면서도 그 주장이유를 심사청구시와 달리 변경한 반면, 국세청장은 심사결정서의 내용으로서 심판청구에 OO 의견을 대신하고 있는 관계상 이 부분 국세청장의 의견은 심판청구 내용에 부합되지 아니하는 내용임)

청구(4)에 대하여 :

(이 부분은 심사청구시 전혀 주장하지 아니하였던 사항이고 심판청구에서도 91.6.11 추가로 주장한 것이어서 이 부분에 OO 국세청장의 의견은 제출되지 아니함)

청구(5)에 대하여 :

청구인 OOO이 이 건 소득금액변동 통지서를 받은 날이 90.9.20임에도 처분청이 90.10.16자로 과세하면서 가산세를 과세한 것은 잘못된 것이 발견되어 처분청 스스로 당초 처분을 90.11.22 경정하여 가산세를 취소하고 이에 따른 가산금도 감소시킨 한편, 청구인 OOO으로 부터 법정신고기한인 90.10.O1까지 당해 종합소득세와 방위세가 신고납부된 바 없었으므로 처분청이 같은 날 (90.11.22) 다시 가산세를 부과하였음은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

청구(1): 법인이 당해 의제취득일 이전에 취득한 자산으로서 그 의제취득일 현재의 시가가 불분명한 경우, 특별부가세 과세표준계산을 위한 양도차익 계산을 어떤 가액으로 할 것인지와

청구(2): 법인세법 제59조의O 제2항 제2호(89.12.O0 삭제되기전의 규정)에 의한 특별부가세감면세액계산에 있어서 업무용으로 직접 사용한 토지등의 면적을 어떻게 산정할 것인지

청구(O): 각 사업년도 소득계산을 위한 고정자산처분이익을 계산함에 있어서 교환양도한 제①호 부동산과 교환취득한 제②호 부동산의 가액을 어느가액으로 할 것인지

청구(4): 본안 심리대상인지 여부(본안 심리대상인 경우에는 교환 취득한 제②호 부동산의 장부가액을 그 시가보다 적게 장부에 계상한 경우 그차액이 익금가산대상인지 여부)와

청구(5): 소득(기타소득)금액 변동통지에 의하여, 추가자진신고납부기한전에 종합소득세를 과세하면서 가산세를 과세한 것이 적법한 것인지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

가. 청구(1)에 대하여 본다.

이 건 부동산의 양도당시 관계법령규정을 보면 법인세법 제59조의2(특별부가세 과세표준) 제O항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서, 같은법 시행령 제124조의2 제6항에서 “법 제59조의2 제O항에서 규정하는 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고, 81.12.O1 개정되어 82.1.1이후와 88.12.O1이전 양도분에 적용되는 법인세법 부칙(1974.12.O1 법률 제2686호) 제1O조(토지등의 취득시기의 의제, 81.12.O1 개정)에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 1974.12.O1 이전에 취득한 것은 1975.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 동 같은법 시행령 부칙(1974.12.O1 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례 81.12.O1 개정)에서는 “1974.12.O1 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1975.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1975.1.1 현재의 기준시가, 이하같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 1974.12.O1이전의 장부가액에 1974.12.O1 이전의 취득일로부터 1974.12.O1까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1975.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다”고 규정하였고, 또한 88.12.O1 개정되어 89.1.1 이후 양도분부터 적용되는 법인세법 부칙(1974.12.O1 법률 제2686호) 제1O조와 동법시행령 부칙(1974.12.O1 대통령령 제7464호) 제7조에서도 76.12.O1 이전에 취득한 것은 77.1.1에 취득한 것으로 본다고 단지 그 기준일만 변경하여 규정한 후 나머지는 그 개정전의 내용과 같은 방법으로 규정함으로써 74.12.O1(88.12.O1이전 양도자산인 경우, 이하같음)이전 취득자산과 76.12.O1(89.1.1이후 양도자산인 경우, 이하같음)이전 취득자산에 대하여는 특례규정을 두고 있음을 알 수 있다.

살피건대, 이 건 제①, ③호 부동산의 양도가액 및 취득가액의 산정에 있어서는 취득시기가 1974.12.O1 또는 76.12.O1 이전인 쟁점부동산의 취득가액은 앞에서 열거한 법인세법부칙(1974.12.O1 법률 제2686호) 제1O조 및 같은법 시행령부칙(1974.12.O1 대통령령 제7464호) 제7조(81.12.O1 및 88.12.O1개정)의 규정에 의하여 1975.1.1 또는 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 당시의 시가는 불분명하며 그외 기준시가나 물가상승율을 감안한 가액등으로 계산한 가액은 시가가 아니므로 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되고 또한 법인세법 제59조의2 제O항 후단에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서 같은법시행령 제124조의2 제6항에서 위의 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정된 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 같은법시행령 어디에도 소득세법시행령 제170조 제4항 제1, 2호(국가ㆍ지방자치단체ㆍ기타법인과의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 OO 양도차익계산방법을 규정한 소득세법시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준 계산방법을 규정한 위 법인세법 및 같은법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래 유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라하더라도 조세법률주의의 원칙상 같은법시행령 같은조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다.

이러한 취지에서 대법원판례는 물론 취근의 심판결정례에서도 법인세법 제59조의2 제O항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 1974.12.O1 또는 76.12.O1 이전에 취득한 자산의 경우 1975.1.1 또는 77.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나, 그 시가를 알 수 없다면 1975.1.1 또는 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 취득가액을 결정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다.

[동지 대법원판례 86누9O5(1986.10.28), 86누671(1987.10.26), 심판결정 88서1427(1989.2.5), 88전165O(1989.O.22) ].

처분청은 제①호 부동산과 제③호 부동산의 경우 그 실지양도가액은 확인되는 경우이고 취득가액에 있어서는 법인세법시행령부칙(1974.12.O1 대통령령 제7464호) 제7조에 의하여 계산한 금액을, 75.1.1 및 77.1.1 현재의 시가로서 각 취득가액으로 볼 수 있으므로 이 건 과세한 처분이 정당하다 하나 위 법인세법시행령부칙에 의하여 계산한 의제가액은 시가가 아니므로 1974.12.O1 또는 76.12.O1 이전에 취득된 동 부동산의 경우 1975.1.1. 또는 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 한, 이는 위에서 설시한 바와같이 실지거래가액이 불분명한 것으로 볼 수 밖에 없다 하겠고 따라서 취득가액은 1975.1.1 또는 77.1.1 현재의 기준시가로 밖에 할 수 없어, 결국 법인세법시행령부칙(74.12.O1 대통령령 제7464호) 제7조가 규정하는 의제가액에 따라서 할 것인데 동 규정에 의하면 1975.1.1 또는 77.1.1 현재의 기준시가를 취득가액으로 하거나 1974.12.O1 또는 76.12.O1 이전의 장부가액에 1974.12.O1 또는 76.12.O1까지의 보유기간에 물가상승을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1975.1.1 또는 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 평가한 가액보다 많은때에는 그 금액을 취득가액으로 하게 되어있고, 양도가액은 양도당시의 기준시가(국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 하고 일반지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액으로임)로 하게 되어있다.

따라서 이 건 의제취득일 이전에 취득한 부동산이고 그 양도당시 국세청 특정지역이 아니었던 제①호 부동산과 제③호 부동산의 양도에 OO 특별부가세 과세표준계산에 있어서 취득가액은 법인세법시행령부칙(1974.12.O1 대통령령 제7464호) 제7조(81.12.O1 및 88.12.O1개정)에 의한 가액으로 하고 양도가액은 그 양도당시의 기준시가에 의한 가액으로 하여 양도차익을 계산하여야한다는 청구주장은 이유있는 반면, 이와다른 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.

나. 청구(2)에 대하여 본다.

먼저 이 건 양도당시의 법인세법 제59조의O 제2항 제2호 (89.12.O1 삭제되기전)의 규정을 보면 “양도일까지 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용(목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접사용한 토지등으로서 대통령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다”고 규정한 후 법인세법시행령 제124조의 6에서는 업무용과 기타의 용도에 겸용하는 토지등을 양도한 경우에 그 양도차익을 각각 구분하여 계산할 수 없는 때에는 그 면적의 비율에 따라 양도차익을 안분계산하며, 업무용으로 직접사용한 토지등의 면적은 양도일(토지등을 양도하기 전에 새로운 토지등을 취득하여 사업장을 전부 이전한 경우에는 이전일)로부터 소급하여 2년동안 업무용으로 직접 사용한 토지등의 면적이 가장 적은때의 면적을 기준으로 하여 양도차익을 계산하는 것이라고 규정하는 이외에 기타감면신청등 제감면요건에 대하여 규정하고 있다.

다음 본 건 과세기록과 청구주장에 의하면, 법인세법 제59조의O 제2항 제2호의 규정에 의한 특별부가세감면과 관련하여 여타감면요건이나 절차이행에 있어서는 다툼이 없고, 단지 제①호 부동산과 제③호 부동산을 청구법인 OO석유가 전부 업무용으로 직접사용하지 아니하고 그중 일부건물 부분을 타인에게 임대(제①호 부동산의 건물 2O7.12평중 OO상호신용금고주식회사에 169평, OO관광주식회사에 O0평, 제③호 부동산의 건물 64.94평중 OO실업주식회사에 29평, OO운수주식회사에 4평, OO식당에 4평)하고 있었던 사실과 관련하여 청구법인의 업무용으로 직접사용된 토지등의 면적을 어떻게 계산할 것인가가 쟁점으로서, 처분청은 제①호 부동산과 제③호 부동산중 건물의 경우에는 임대부분을 제외한 나머지 자가 사용(주유소로 사용) 부분에 대하여 이를 업무용으로 직접사용한 면적으로 보았고 토지의 경우에는 건물의 임대면적과 자가사용면적의 비율을 적용하여 안분한 면적중 그 자가사용비율에 안분되는 면적을 업무용으로 직접사용한 면적으로 보았음이 확인되는데 이에 대하여 청구법인 OO석유는 건물의 경우 위 처분청과 같이 계산하고 토지의 경우에는 그 전체토지가 본래부터 청구법인 OO석유의 고유목적사업인 주유소용 토지이었을 뿐만 아니라 건물의 바닥토지를 제외한 나머지 토지 전체의 면적이 주유소 허가의 최저토지 평수에도 미달하므로 건물바닥 토지를 제외한 나머지 토지 그 전체를 업무용으로 직접사용한 토지로 보아야 하고 건물바닥면적토지에 한하여 그 지상건물의 임대면적과 자가사용면적의 비율로 안분하여, 업무용으로 직접사용한 토지의 면적을 계산하여야 한다고 주장하는 것임을 알 수 있다.

살피건대,

충청북도 고시 제17호(87.6.12)에 의하면 주유소허가시 요구되는 토지의 법정최소면적이 1,000평방미터(O02.4평)이상으로 되어있으며 이와같은 요건은 동고시전에도 같았던 것으로 인정되나 법인세법 제59조의O 제2항 제2호의 감면규정을 적용함에 있어서 업무용(목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접사용한 토지에 해당되는지 여부의 판정은 주유소허가시 요구되는 토지의 법정최소면적이 얼마인지에 불구하고 실질적인 사용내용에 따라 가리어야 할 것으로서 쟁점토지와 건물을 보면 제①호 부동산의 토지와 제③호 부동산의 토지는 서로 연접하여 사용되고 있고 제①호 부동산의 내용으로서는 OO동 OOO 대지27O평(902.5평방미터)과 OOOOO 대지 O.99평(1O.2평방미터)이 있고 OOO 지상에 1, 2층 연면적 2O7평(78O.87평방미터, 바닥면적은 11O.O평)의 건물이 있는데 이 건물중 202평은 임대하고 O5평은 자가사용하고 있으며, 제③호 부동산의 내용으로서는 OO동 OOOOO 대지 166평(548.6평방미터)과 동지상에 1ㆍ2층 연면적 65평(214.65평방미터, 바닥면적은 O5평)이 있는데 이 건물중에서 OO평은 임대하고 나머지 O2평은 자가사용하였음이 관계기록에 의하여 확인되는바,

첫째, 쟁점토지의 면적과 주유소허가시 요구되는 토지의 법정최소면적 및 건물의 면적등을 서로 비교하여 볼 때 쟁점토지중 주유소허가시 요구되는 토지의 법정최소면적에 상당하는 면적은 주유소허가시는 물론, 건물 건축허가시에도 계상됨으로써 2중으로 사용된 것으로 인정되고

둘째, 일반적으로 임차인들이 세들은 건물만 사용할 수는 없고 그 부수토지도 함께 사용하는 것은 필연적이라 할 것인데 이 건의 경우 임차인들의 업종(금융기관, 관광회사, 운수회사, 식당등)이 다수의 고객을 상대로 하고 그 부수토지를 많이 필요로 하는 사업이란 점과 임차규모(전체 건물면적 O02평중 2O5평)가 큰점등을 고려할 때 쟁점토지중 상당히 많은 부분을 임차인들이 사용한 것으로 인정되며

셋째, 법인세법시행령 제124조의 6에서, 업무용으로 직접사용한 토지등의 면적은 양도일(토지등을 양도하기전에 새로운 토지등을 취득하여 사업장을 전부 이전한 경우에는 이전일)로 부터 소급하여 2년동안 업무용으로 직접사용한 토지등의 면적이 가장 적은때의 면적을 기준으로 하여 양도차익을 계산하는 것이라고 규정하고 있는 데 이 건의 경우에는 위 2년동안 가장 적은 때의 면적을 가리는 것은 물론 평상시의 업무용으로 직접 사용한 면적을 구분하는 것도 사실상 불가능한 점등

이상 내용을 모두어 볼 때, 쟁점토지중 업무용으로 직접 사용한 토지의 면적은, 전체 토지면적을 건물의 자가사용면적과 임대면적의 비율로 안분한 면적중 자가사용건물에 안분되는 토지면적으로 함이 타당하다 할 것이다.

따라서 위와같이 안분하여 업무용으로 직접 사용한 면적을 구하고 특별부가세 감면세액을 계산한 처분은 정당한 반면, 이와다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

다. 청구(O)에 대하여 본다.

[본 건 청구부분은 전심(심사청구)에서 주장했던 내용과 차이가 있으나 전심 과정에서 청구하지 아니하였던 사항을 전혀 새로이 청구한 것이 아니라 전심에서 청구했던 범위내에서의 관련성있는 이유변경이라 봄이 타당할 것이므로 본안 심리를 하기로 한다.]

먼저, 본 건 과세기록과 청구주장에 의하면 청구법인 OO석유와 청구인 OOO은 서로간에 법인세법시행령 제46조 제1항에서 정한 “특수관계있는 자”로서 청구법인 OO석유가 제①호 부동산을 외형상으로는 청구외 OOO과 OOO에게 제②호 부동산과 교환하여 88.11.11 양도하고 동 OOO과 OOO이 동 제①호 부동산을 89.1.20 청구외 OO투자신탁주식회사에 41억원에 양도한 것으로 되어있으나 실질적으로는 청구법인 OO석유가 특수관계 있는자인 청구인 OOO(OO석유의 대주주이자 회장인 OOO의 처임)의 소유인 제②호 부동산을 706,090,000원으로 하여 동법인 소유인 제①호 부동산과 등가교환함으로써 이를 88.11.11 취득하였고 청구인 OOO은 OOO, OOO 명의로 교환취득한 제①호 부동산을 89.1.20 청구외 OO투자신탁주식회사에 41억원에 양도하였으며, 이와 같은 우회적 방법을 택한 결과, 이는 제①호 부동산을 그 시가에 미달하게 특수관계자에게 교환양도하여 청구법인 OO석유의 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 바, 법인세법 제20조 및 동법시행령 제46조의 규정에 의한 부당행위계산 부인대상이 된다는 점에 있어서는 다툼이 없고, 다만 위 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가를 어느가액으로 할 것인지에 대하여 그 다툼이 있음을 알 수 있으며

한편 법인세법 시행규칙 제16조의2(시가, 86.O.O1 개정)에 의하면 법인세법 시행령 제46조등을 적용함에 있어서 “시가가 불분명한 경우에는 감정평가에 관한 법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받은 감정회사가 감정한 가액에 의하고 감정가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.(이하생략)”고 규정하고 있다.

살피건대,

(1) 청구법인 OO석유가 88.11.11 교환으로 취득한 제②호 부동산의 경우에는 상속세 기본통칙O9-9의 시가로 볼 수 있는 가액중에서 공신력있는 감정기관의 감정가액을 제외하고는 여타가액이 없으므로, 처분청이 본 바와 같이 한국감정원의 88.12.15자(가격시점) 감정가액 706,090,000원을 그 시가로 봄이 타당하다 하겠으며

(2) 88.11.11 양도한 제①호 부동산의 경우에는, 청구법인 OO석유가 시가로 인정해 달라고 주장하는 한국감정원의 88.12.12자 가격시점의 감정가액 O,270,900,000원이 있고 또 처분청이 시가로 채택한 가액으로서 동 부동산이 OO투자신탁주식회사에 양도된 가액 41억원이 있으므로 어느가액을 88.11.11 당시의 시가로 하는 것이 타당한 것인지가 문제되나

첫째, 쟁점부동산인 위 제①호부동산이 OO투자신탁주식회사에 양도됨에 있어서는 그 소유권이전등기가 89.1.20에 되었으나 그전 88.12.28에 양도가액 41억원으로 매매계약이 체결되었음이 88.12.28자 검인계약서에 의하여 확인되고 또 같은날(88.12.28) OO투자신탁주식회사 앞으로 소유권이전 청구권 가등기된 사실이 동 부동산의 등기부등본에 의하여 확인되는 점과

둘째, 동 제①호 부동산은 당초 청구인 OOO의 소유이다가 88.11.10 청구외 OOO, OOO에게 소유권이전등기된 제②호 부동산과 교환으로 88.11.11 동 OOO 및 OOO 앞으로 소유권이전등기된 후 동 OOO 및 OOO이 41억원에 OO투자신탁주식회사에 매도(매매계약일 88.12.28 소유권이전등기일 89.1.20)한 형식으로 되어있으나 이는 특수관계자인 청구법인 OO석유와 청구인 OOO이 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 청구외 OOO 및 OOO을 사실과 다르게 개입시켜 우회적으로 거래한 것이라 조사되어 부당행위 계산 부인대상이된 점에서 볼 때, 동 제①호 부동산은 그 우회적 거래를 하기 위하여 교환양도한 88.11.11 당시에 이미 청구외 OO투자신탁주식회사와 41억원 상당에 매도하기로 의사합치가 있었던 것으로 추정되는점

셋째, 한편 위 88.11.11자 교환양도일로 부터 OO투자신탁주식회사에 88.12.28자 매매계약일까지는 그 기간이 47일에 불과하고 동 기간동안에 당해 토지의 등급변동도 없었으며 시가의 급동이 있었을 만한 상황적 변동이 있다고 인정되지 아니하는 점에서 볼 때 동 기간내인 88.12.12자 가격시점의 감정가액 O,279,608,500원은 그 당시의 시가를 다 반영하지 아니한 저평가된 가액인 것으로 인정되는 점등으로 미루어 보아,

이 건 제①호의 부동산의 경우에는 법인세법 시행규칙 제16조의2에서 말하는 시가가 불분명한 경우에 해당되지 아니한다고 인정되므로, 88.12.12자 감정가액을 88.11.11 교환 당시의 시가로 하여야 한다는 청구주장은 이유없는 반면, 위 매매가액 41억원을 88.11.11 당시의 시가로 봄이 타당하다 할 것이다.

그리고 그외 청구주장 가액중 지방세법상의 과세시가표준액은 앞의 심리 내용에서 본 바와 같이 이 건의 경우 시가가 불분명한 경우가 아니므로 받아들이기 어렵다 하겠고 또 상속세법 제9조 제4항의 근저당권설정 채권최고액을 시가로 인정해 달라는 청구주장도 동 채권최고액은 법인세법 시행규칙 제16조의2의 해석상 법인세법령을 적용함에 있어서 시가로 볼 수 있는 가액은 아닌 것으로 해석되므로 이를 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

따라서 이상의 내용을 모두어 볼 때, 88.11.11 교환 양도한 제①호 부동산의 시가를 매매실례가액에 의하여 41억원으로 하고 88.11.11 교환취득한 제②호 부동산의 시가를 감정가액에 의하여 706,090,000원으로 한 처분은 정당한 반면, 이와다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 【다만, 참고적으로 언급하건대, 이 건 법인세 결정결의서를 보면 처분청은 교환 양도한 제①호 부동산의 시가 41억원에서 교환 취득한 제②호 부동산의 시가 706,090,000원을 차감한 O,O9O,910,000원을 고정자산처분이익으로 계산하여 익금가산하고 청구인 OOO에 OO 기타소득으로 소득처분하였으나 정확히 하면, 위 706,090,000원 대신에 제①호 부동산의 장부가액인 O91,170,072원을 차감하여 고정자산처분이익을 O,708,829,928원(41억원-O91,170,072원)으로 계산하여 익금가산하고 이중에서 O,O9O,910,000원(41억원-706,090,000원)은 청구인 OOO에 OO 기타소득으로 처분하고 나머지 O14,919,928원(706,090,000원-O91,170,072원)은 유보로 소득처분함이 옳다 하겠다.

그러나 청구법인 OO석유의 장부상 제②호 부동산의 장부가액이 706,090,000원으로 계산되지 아니하고 종전 제①호의 장부가액인 O91,170,072원 그대로 되어있는데 대하여 처분청이 그 차액 O14,919,928원(706,090,000원-O91,170,072원)을 토지계상누락으로 익금가산하고 유보로 소득처분하였음이 조사서상 나타나므로 결과적인 면에서 각 사업년도 소득금액이나 소득처분 금액에는 영향이 없다 하겠다. 그리고 처분청이 위에서 고정자산처분이익으로 명칭한 O,O9O,910,000원은 엄격한 의미에서 볼 때 저가양도차액이라고 하는것이 보다 타당한 명칭인 것으로 사료된다.】

라. 청구(4)에 대하여 본다.

먼저, 적법한 심판청구인지에 대하여 보건대, 국세기본법 제55조 제2항에 의하면 심판청구는 적법한 전심절차(심사청구)를 거친 자만이 할 수 있는데 이 건 청구부분(4)은 심사청구시 전혀 주장하지 아니한 것이어서 전심절차를 거치지 아니한 것일 뿐 만 아니라 심판청구에 있어서도 심판청구시 당초부터 청구한 것이 아니라 심사결정서를 수령한 날인 91.1.11부터 160일이 지난 91.6.11자에 추가로 청구함으로써 법정청구기간(60일)이 지나서 청구한 것이므로 부적법한 청구인 바, 각하대상인 것으로 판단된다.

마. 청구(5)에 대하여 본다.

살피건대, 소득세법시행령 제17O조 제1항에 의하면 소득금액변동통지서를 받은날이 속하는 달의 다음달 말일까지 종합소득세등을 추가신고자진납부한 때에는 확정신고기한내에 신고납부한 것으로 보아 가산세가 과세되지 아니하게 되어있으므로 처분청이 90.9.20 청구인 OOO에게 89년도 귀속분 기타소득금액 O,O9O,910,000원의 소득금액변동통지를 한 후 그 법정 추가신고자진납부기한이 지나기도 전인 90.10.17자로 청구인 OOO에게 동 소득에 OO 종합소득세와 방위세를 과세하면서 신고납부불성실 가산세를 함께 부과하였음은 잘못이라하겠으나 90.11.22에 이르러 처분청 스스로 당초 처분을 경정하여 그 가산세부분을 취소한 한편, 청구인으로 부터 법정신고기한인 90.10.O1까지 그 종합소득세와 방위세를 신고납부된 바 없었음이 확인되므로 처분청이 같은날(90.11.22) 동 가산세를 다시 부과한 것은 비록 같은날 취소와 재부과가 이루어졌다 하더라도 추가신고자진납부기한전에 동 가산세를 부과했던 하자는 치유되었다 할 것인 바, 동 가산세의 취소를 구하는 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부는 이유있고 나머지는 부적법한 청구이거나 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1, 2, O호에 의하여 주문과 같이 결정한다.