가. 청구법인은 2012.6.12. OOO 대지 932.5㎡ 및 그 지상 건축물 2,112.24㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO주식회사로부터 매매를 원인으로 취득한 후, 같은 날 이 건 부동산 중 기업부설연구소로 인정받은 건축물 726.07㎡ 및 그 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여는 「지방세특례제한법」제46조 제1항에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 감면받고, 그 나머지 부동산에 대하여는 취득세 등 OOO을 신고납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내인 2013.9.24. 그 기업부설연구소 인정면적이 726.07㎡에서 352.6㎡로 감소된 사실을 확인하고, 2014.5.21. 그 감소된 면적 373.47㎡ 및 그 부속토지(이하 “쟁점면적”)에 대하여 기 감면한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2012.4.9. 쟁점부동산에 대하여 OOO으로부터 기업부설연구소로 인증받아 연구소로 사용하던 중 2013년 9월경 OOO에 소재한 경쟁업체OOO를 통해 연구활동에 필요한 관련 시설을 직접 도입하려던 계획이 무산됨에 따라 청구법인의 관계회사인 OOO주식회사를 통해 설비를 도입할 목적으로 2013.9.24. 쟁점면적에 대한 기업부설연구소 명의를 OOO주식회사로 변경하였으나, 쟁점면적에 대한 연구소는 청구법인의 연구지원을 위한 시설이고, 그 실질 사용주체는 청구법인이라 할 것임에도 청구법인이 쟁점면적을 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용한 것으로 보아 기 과세면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO주식회사가 이 건 부동산을 본점 소재지로 하여 법인을 설립된 점, OOO으로부터 송달된 기업부설연구소 변경신고 처리결과 통보 문서에 따르면 2013.9.24. 청구법인의 기업부설연구소의 인정면적이 기존 726.07㎡에서 352.6㎡로 감소된 점, OOO주식회사가 2013.9.27. 기업부설연구소 면적(457.53㎡)을 별도로 인정받아 사용하고 있는 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점면적에 대하여는 청구법인이 이를 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하고 OOO주식회사에게 사용대차하고 있으므로 쟁점면적을 다른 용도에 사용하고 있는 경우로 보아 기 과세 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

기업부설연구소로 지정된 면적의 일부를 제3자 명의로 변경한 경우 그 감소된 면적에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은2004.7.5. 축전지 제조 및 판매업, 신재생에너지 관련 부품 제조 및 임대업, LED 및 LED응용제품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 아래 <표1>과 같이 전자부품 도소매, 제조 등을 사업의 종류로 하여 사업자등록을 한 사실이 확인된다.

<표1> 청구법인의 사업자등록 현황

OOO

(나) 청구법인은 2012.4.9. OOO으로부터 쟁점부동산에 대하여 아래 <표2>와 같이 기업부설연구소로 인정받은 것으로 나타난다.

<표2> 청구법인의 기업부설연구소 인정 내역

o o o

(다) 청구법인은 2013.9.24. 기업부설연구소로 인정받은 면적을 기존의 726.07㎡에서 352.60㎡으로 감소하여 인정받은 것으로 나타난다.

<표3> 청구법인의 기업부설연구소 변경 내역

o o o

(라) 청구법인의 기업부설연구소 감소 부분에 대하여는 청구법인의 관계회사인 OOO주식회사가2013.9.27. OOO으로부터 아래 <표4>와 같이기업부설연구소로 인정받아 사용중인 것으로 확인된다.

<표4> OOO주식회사의 기업부설연구소 지정 현황

o o o

(마)OOO주식회사는 2000.3.18. 이 건 부동산을 소재지로하여 설립된 법인으로서 아래 <표5>와 같이 전자상거래 소프트웨어 개발업, 전자부품판매업(도소매업) 등을 목적사업으로 하고 있는 것으로 나타난다.

<표5> OOO주식회사의 법인 현황

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조 제1항에 의하면, 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 OOO에게 신고하여 인정을 받은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 위 규정에서 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이라 함은 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 소정의 기간 내에 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 후, 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다 할 것인바(조심 2011지948, 2012.6.15. 외 다수, 같은 뜻임), 청구법인은 2012.4.9. 쟁점부동산(726.07㎡)에 대하여 OOO으로부터 기업부설연구소로 인증받은 후, 2012.6.12. 쟁점부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받았다 하더라도 기업부설연구소로 인정받은 날(2012.4.9.)로부터 4년 이내인 2013.9.24. 인정면적이 726.07㎡에서 352.60㎡로 감소되었고, 그 감소된 면적 부분을 청구법인의 관계회사인 OOO주식회사가 기업부설연구소로 인정받아 사용하고 있는 사실이 확인되는 이상 그 감소부분인 쟁점면적에 대하여는 청구법인이 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청에서 쟁점면적에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 지방세특례제한법

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지면제한다.다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

(3)기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조(특정연구개발사업의 추진) ① 교육과학기술부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 교육과학기술부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 교육과학기술부령으로 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과학기술부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

(5)기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙

제3조(기업부설연구소의 신고 등)① 영 제16조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제1호서식의 기업부설연구소 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 「민법」 제32조 및 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 교육과학기술부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회(이하 “협회”라 한다)에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

(6) 지방세법특례제한법 기본통칙

46-1 (기업부설연구소에 대한 감면) 「지방세특례제한법」제46조제1항 단서에서 규정한「연구소를 설치한 날」이라 함은 「기술개발촉진법 시행령」제15조의 규정에 의한 기준을 갖추고 교육과학기술부장관으로부터 인정을 받은 날을 말한다.