가. 청구인은 1998.8.22. 취득한 OOO를 2008.2.22. ㈜OOO에게 매매금액 OOO에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고, 매매대금 잔금 OOO을 수령(2008.3.3.)하였으며, 쟁점토지는 토지거래허가구역 내 토지로 2009.12.15. 토지거래허가를 받아 2010.3.2. 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 토지거래허가구역 내 토지를 양도하는 경우 양도시기는 2009.12.15.(토지거래허가일)이 아닌 쟁점토지의 잔금청산일(2008.3.3.)이라 하여, 2008.3.4. 당시의「소득세법」에 의한 소득세율(비사업용 토지중과세율 60%)을 적용하여 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여2012.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 토지거래허가구역 내의 토지를 거래한 경우 이는 무효이므로 잔금을 받았다 하더라도 세법상 양도가 이루어졌다고 볼 수 없으나 허가를얻으면 유효하게 되므로 이른바 유동적 무효가 되는 것이고 유동적 무효인 거래는 토지거래허가를 얻음으로써 비로소 소급하여 유효가 되는 것이고 유효가 되는 시점은 허가를 얻은 날이 되는 것이며 양도및 취득시기도 허가를 얻은 날이 되는 것이 원칙이나「소득세법」집행기준에 의하면 양도 및 취득시기는 허가가 난 경우 소급하여 유효하다고 보아 잔금청산일을 양도 및 취득시기로 보고 있다.

이렇게 거래가 유효하다고 보는 시점과 양도 및 취득시기를 모두 허가시점으로 보면 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여 양도소득세를 결정하는 경우에는 아무런 문제가 없지만 기준시가에 의하여양도차익을 계산하는 경우에는 잔금청산일과 허가일 사이에 간격이 많이 벌어져 있는 경우에는 허가시점의 기준시가에 의한 양도가액이 잔금청산일의 기준시가와 큰 괴리가 생겨서 담세력에 맞는 과세가 이루어지지 아니하므로 조세심판원 합동회의(1999.4.10.)에서 허가를 얻은 경우 양도시점은 잔금청산일로 보는 것이 타당하다고 보았고 예정신고 및 확정신고 시점은 허가시점을 기준으로 하도록 결정한 바 있다.

따라서, 허가지역 내의 토지양도의 경우 양도시기를 허가일 이전의잔금청산일로 본 것은 순전히 담세력에 맞는 과세를 하기 위한 합목적적인 해석에 기인한 것인데 이를 운용함에 있어서 모든 경우에 허가를 얻은 경우 잔금청산일을 양도시기로 본다면「국토의 이용 및 계획에관한 법률」이 토지의 합리적 이용 등을 위하여 토지거래시 허가를 얻도록 하고 허가를 얻지 못하면 무효로 보는 본래의 목적달성과는 너무 거리가 있게 된다.

토지거래 허가가 나기 이전의 경우 허가가 나기 이전까지는 토지소유자는 종전의 토지소유자인 양도인이고, 그 양도인에게 재산세가부과되는 것은 당연하고 상속이 이루어진 경우에는 이는 종전 소유자의상속인이 상속을 받게 되므로 해당 자산에 상속세가 과세되고 기왕에 받은 잔금은 부채로 공제되게 되는 것이며, 잔금청산일 이후 허가일 이전에 정부의 정책이 변하여 비사업용 토지에 대하여 중과하거나 비사업용 토지에 대하여 일반세율을 적용하는 정책의 변화가 있을 때 그 정책의 변화로 인한 위험과 혜택은 종전의 토지소유자에게 귀속되는 것이 합당하고, 장기보유특별공제도 허가가 나기 이전의 소유자가 누리는 것이 타당하며, 잔금을 지급한 자는 잔금을 지급한 후 소유자로서 그 토지를 보유하고 있지 아니함에도 잔금청산일 이후 허가일까지의 기간분에 대하여 장기보유특별공제를 받는 것도 합당하지 아니하다.

결국, 토지거래허가구역 내의 토지를 양도하고 나서 허가를 받는경우 잔금청산일을 양도 및 취득시기로 본다는 것은 기준시가에 의하여양도차익을 계산하는 경우 양도시기가 달라지는 것으로 인하여 양도가액이 높아져서 발생하는 담세력에 맞지 않는 과세를 방지하기 위하여합목적적으로 해석하여 구체적 타당성을 위한 예외적인 해석임에도 불구하고 이를 확대해석하는 것은 법률해석의 일반원칙에도 반하는 것이다.

토지거래허가구역 내의 토지거래시 과세요건 충족여부는 허가일을기준으로 하여 허가가 나기 이전까지는 종전의 토지소유자를 중심으로양도소득세 등 신고시기, 상속세 과세대상 여부 판정, 적용세율, 장기보유특별공제기간 계산, 재산세 부과대상 여부를 판정하여야 하는 것이며, 기준시가로 양도차익을 계산할 때에만 그 양도 및 취득시기를 허가를 얻은 경우 잔금청산일로 해석하는 것이 타당하다.

(2) 토지거래허가구역이 아닌 지역내의 토지를 양도하는 경우에는 양도일이 속하는 달의 말일이 납세의무의 성립일이고 납세의무자는그 양도일로부터 2개월 내에 예정신고 하는 것이며( 「소득세법」제105조제1항 제1호 본문), 토지거래허가구역 내의 토지를 양도하는 경우에는허가를 받기 전에 잔금을 청산한 경우에도 납세의무의 성립일은 허가일이 속하는 달의 말일이 되는 것이고, 납세의무자는 그 허가일로부터2개월 내에 예정신고하는 것이므로 그 때 적용되는 세율은 일반지역의경우에는 납세의무의 성립일인 양도일(잔금치룬 날)의 세율이 되는 것이며, 토지거래허가구역인 경우에는 허가일이 속하는 과세기간의 세율이 적용되는 것이다.

그리고, 확정신고의 경우에도 납세의무의 성립일인 허가일이 속하는과세기간의 종료일의 세율이 적용되어야 하고 이 건의 경우에는 「소득세법」제104조 제1항 제1호 및 제8호와 제6항 그리고 제55조의 규정에 의한 세율인 35%를 적용하여야 하므로 이 건 중과세율은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

토지거래허가구역 내에서 토지를 허가받지 않은 상태에서 토지를 양도하고 잔금을 수취한 경우 양도일(양도시기)은 「소득세법」제98조의 규정에 의하여 자산의 대금을 청산한 날로 규정되어 토지거래허가구역 내 토지양도에 대하여 양도시기 예외 규정을 두고 있지 않으며,

다만, 양도소득세 신고의 경우에만 「소득세법」제105조 제1항의 단서규정으로 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세 예정신고를 할 수 있도록 하고 있으므로 청구인이 토지거래허가일을 양도일(양도시기)로 하여 양도소득세 신고한 것을 부인하고 잔금청산일을 양도일로 하여 잔금청산일 당시의「소득세법」(세율)에 따라 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

토지거래허가구역 내의 쟁점토지를 양도하고 잔금을 청산한 후 토지거래허가를 얻은 경우, 양도시기를 잔금청산일로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 자금출처조사 종결보고서에 의하면, 청구인은 건설업 및 부동산임대업을 영위하고 있으며, OOO 토지를 2008.3.4. OOO에, 같은 리 814-1 외 1필지(쟁점토지)를 2009.12.15. OOO에 ㈜OOO에 소유권이전 등기하였다.

(2) 청구인은 위 5필지를 OOO에 양도하는 과정에서 쟁점토지를 2009.12.15. OOO에 양도한 것으로 신고하였으나 자금출처 확인과정에서 양도대금 이체내역을 확인한 결과, 2007.9.6. 계약금 OOO, 2008.3.3. 잔금 OOO 등 양도대금 OOO이 (주)OOO으로부터 청구인 명의 OOO에 입금된 것으로 나타난다.

(3) 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 계약일은 2008.2.22.이고, 매매대금은OOO이며 그 특약사항으로 토지거래신고 및 허가사항은 매수자가 책임지기로 하고, 잔금시기는 토지거래허가일로 하며, 매매계약서 계약일로부터 2년 이내에 토지거래허가가 되지 않을시에는 본 계약을 해약하고 전액을 매수자에게 반환하기로 기재되어 있다.

(4) 토지거래계약허가증에는 2009.12.15. 매수인을 ㈜OOO으로 하고,매도인을 OOO(주)로 하여 쟁점토지를 사업용으로 이용하는 목적으로 OOO이 허가한 것으로 나타나고, 등기부등본에 의하면, 2008.3.3. 신탁을 등기원인으로 하여 2008.3.4. OOO(주)로 소유권이전등기 되었다가 2009.12.12. 토지거래계약허가 후 2010.1.26. 신탁재산의 귀속을 등기원인으로 하여 2010.1.26. ㈜OOO으로 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(5) 「소득세법」제88조에서 “양도란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항에서는 ‘양도차익을 산정하기 위한 자산의 취득시기 및 양도시기는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 하되 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일로 한다’라고 규정하고 있으며, 이러한 취득시기 및 양도시기에 관한 규정은 자산의 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부를 가리는 기준시기도 되고, 나아가 법령 적용의 기준시기도 된다고 할 것이다OOO.

(6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,청구인은유동적 무효상태의 토지매매계약이 허가를 받게 됨으로써 효력이 발생하고 납세의무가 성립하게 되며, 이러한 경우에는 특별히 예외를두어 그 허가일을 기준으로 신고의무를 이행하도록 되어 있으므로 토지거래 허가일 당시의 세율을 적용하여야 한다고 주장하나,토지거래계약 허가구역내 토지의 매매에 따른 양도시기 및 취득시기를 판정함에 있어「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제117조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약에 관한 허가를 받지 아니한 경우에는 당해 토지에 대하여 대금을 청산한 경우라도 당해 토지 거래계약은 효력이 발생하지 아니하여 자산의 양도 또는 취득으로 보지 아니하는 것이나, 대금청산 후 허가를 받은 경우 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 「소득세법 시행령」제162조 제1항의 규정에 의하여 당해 자산에 대한대금을 청산한 날이 양도시기가 되고다만, 양도소득세 신고의 경우에만 「소득세법」제105조 제1항에서 그 허가일이속하는 달의 말일부터2개월 이내에 양도소득세 예정신고를 하며,같은 법 제110조 제1항에서양도소득 과세표준 확정신고는그 허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 신고하도록 규정하고 있다. 청구인은 쟁점토지의 양수인인 ㈜OOO으로부터 2008.3.4. 대금을 모두 지급받은 후 쟁점토지를 OOO에 신탁등기하였고, ㈜OOO은 대OOO으로부터 소유권을 매수하는 것으로 하여 2009.12.12. 토지거래허가를 받은 이 건의 경우쟁점토지에 대한 대금청산일이 양도시기이고 대금청산일 당시의 세율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 잔금청산일을 양도시기로 하여 잔금청산일 당시의 세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법

제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1.토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제104조 [양도소득세의 세율] ①거주자의 양도소득세는 당해연도의양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율

2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지

양도소득과세표준의 100분의 60

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 가산한 세율을 적용한다. <개정 2009.5.21.>

3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의3부터제2호의8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다.<개정 2009.5.21>

부칙 <법률 제9672호, 2009.5.21.>

①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

②(양도소득세의 세율에 관한 적용례) 제104조 제4항 및 제6항의 개정규정은 2009년 3월 16일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제105조 [양도소득과세표준 예정신고] ① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항의 규정에 의한거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

제110조 [양도소득과세표준 확정신고] ① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조 [양도 또는 취득의 시기] ①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 국세기본법

제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지] ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

제21조 [납세의무의 성립시기] ①국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 소득세 또는 법인세는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때

② 다음 각호의 국세를 납부할 의무는 제1항의 규정에 불구하고 당해 각호의 시기에 성립한다.

2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는예정신고납부하는 소득세는 그 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일

제22조 [납세의무의 확정] ② 다음 각 호의 국세는 제1항의 규정에 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 그 세액이 확정된다.