가. 청구법인은 2011.9.15. 개업하여 부동산 분양·매매업을 영위하는 법인으로 2013.11.26. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 매입하고 2014.1.10. 공급가액 OOO원의 전자세금계산서 2매(작성일자는 2013.12.1.로 표기, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2013년 제2기 확정 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 부가가치세 과세기간을 경과하여 수취한 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하였다.

나. 청구법인은 당초 거래상대방으로부터 종이세금계산서를 수취한바 있는 등 매입세액공제대상이라 하여 2014.4.29. 처분청에 2013년 제2기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2014.6.27. 쟁점세금계산서는 과세기간이 경과하였다 하여 경정청구 거부처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2013.11.26. 아파트분양시행사인 OOO에 쟁점아파트 분양잔금 지급 후 OOO에 사업자등록증을 제시하고 세금계산서 발급을 요청하였고, 청구법인의 수차례에 걸친 전자세금계산서 발급 요청에도 불구하고 OOO은 차일피일 세금계산서 발급을 미루어 「부가가치세법」제34조 제3항 제3호에 의한 전자세금계산서 발급시기인 2013.12.10.이 경과할 때까지 발행하지 않았다.

이에 아파트시공사인 ㈜OOO에 OOO이 세금계산서를 발급해주지 않는다고 도움을 요청하였고, 청구법인의 끊임없는 세금계산서 발급 요청과 ㈜OOO의 설득으로 세금계산서를 교부받기로 하였으나, OOO은 2014.1.10. 현재 2013년 11월 매매거래분 전자세금계산서를 2014년 1월에 발급하면 국세청에 전송이 되지 않는다며 작성일자를 공급시기인 2013.11.26.로 발급할 수 없고 가장 가까운 2013.12.1.로 하여 쟁점세금계산서를 발급하였다.

세법적 지식이 부족했던 청구법인은 세금계산서만 수취하면 매입세액공제를 받을 수 있는 줄 알고 수취한 쟁점세금계산서로 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고시 해당 매입세액 OOO원을 환급신고하였다.

(2) 청구법인은 납세자간 상호검증의 기능을 해하지 않았는바, 수취한 쟁점세금계산서의 작성일자가 공급시기인 2013.11.26.이 아닌 2013.12.1.로 기재되어 있어도 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항과 쟁점아파트 분양계약서 및 통장지급내역을 통하여 해당 거래사실이 확인된다.

또한, 공급시기인 2013.11.26.을 경과하여 2014.1.10.에 쟁점세금계산서를 수취하였지만 이는 2013년 제2기 부가가치세 확정 신고기한인 2014.1.25. 이내에 발행된 것으로서 부가가치세 확정 신고시 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 신고가 되었으므로 세금계산서의 작성 및 발급이 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어 졌다고 볼 수 있다.

이에 거래당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세 뿐만 아니라 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 해하지 아니하였으며, 해당 거래가 있었다는 사실을 증명하는 법적증빙서류로서의 역할을 다했다 할 것이다.

(3) 청구법인은 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였다.

세금계산서 발급기한인 2013.12.10.이 경과하였음에도 OOO이 세금계산서를 발급해 주지 않았으나, 청구법인은 세금계산서를 수취하기 위해 아파트시공사인 ㈜OOO의 도움까지 받아가며 세금계산서를 수취하기 위하여 갖은 노력을 다하였다.

2013.12.31.이 되도록 세금계산서를 교부받지 못하자 세무대리인의 자문에 의하여 「조세특례제한법」제126조의4에 따라 매입자 발행 세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례가 있다는 것을 알게 되었고, 관련서류를 준비하려고 하는 시점에 2014.1.10. OOO로부터 쟁점세금계산서를 수취하였다.

단지 공급자인 OOO이 의도적으로 전자세금계산서의 발급을 지연했을 뿐 OOO원이나 되는 매입세액이 불공제되는 불이익을 감수하면서까지 청구법인이 고의로 사실과 다르게 쟁점세금계산서를 작성 및 지연 수취할 사유가 없다.

따라서, 청구법인은 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보아야 하며, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고, 세금계산서를 거래시기에 작성·교부하게 한 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 세금계산서 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 그 거래에 따른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 해당 거래의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에도 예외적으로 매입세액의 공제가 허용되어야 한다.

나. 처분청 의견

「부가가치세법」제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 같은 법 제32조 제1항 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 시실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만, 「부가가치세법 시행령」제75조에 의하여 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 수취한 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 수취한 경우에 한하여 공제받을 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점세금계산서를 공급시기(2013.11.26.)가 속하는 과세기간을 달리하여 2014.1.10.에 수취하였으므로 당해 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하고, 또한 청구법인은 공급자가 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 세무서장의 확인을 거쳐 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있으며, 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 공제받을 수 있었음에도 이러한 주의의무를 다하지 아니하였고, 세금계산서를 교부받을 때 작성일자 등 필요적 기재사항을 확인하지 아니하는 등 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하지 아니한 것으로 보이므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급시기가 경과한 후에 작성·교부한 것으로 보아 부가가치세 환급 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(1) 부가가치세법

제15조 [재화의 공급시기] ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

제34조 [세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5.법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조 제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

(3) 조세특례제한법

제126조의4 [매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례] ① 「부가가치세법」제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기가 경과한 후 작성된 세금계산서로 보아 다음〈표1〉의 쟁점세금계산서 공급가액에 대한 부가가치세 매입세액불공제 처분하였다.

〈표1〉부가가치세 고지내역

(나) 청구법인은 2013.11.26.(잔급지급일) 쟁점아파트 102동 1803호를 분양가액 OOO원 및 102동 1902호를 분양가액 OOO원에 분양받은 것으로 확인된다.

(다) 쟁점아파트 분양시행사인 OOO은 청구법인에게 쟁점아파트 건물분에 대하여 작성일자를 2013.12.1.로 하여 2014.1.10. 전자세금계산서 2매(공급가액 OOO원)를 발급한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인의 대표 OOO이 청구법인의 쟁점세금계산서에 대한 2013년 제2기 부가가치세 환급현지확인과 관련하여 다음〈표2〉와 같이 진술하였다.

〈표2〉OOO 확인서

(마) 청구법인의 경정청구서에 대한 처분청의 검토조서에는 다음〈표3〉과 같은 내용이 확인된다.

〈표3〉검토조서

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 세금계산서 교부기한인 2013.12.10.이 경과하였음에도 OOO이 세금계산서를 발급해 주지 않았으나 청구법인은 세금계산서를 교부받기 위해 아파트시공사인 ㈜OOO의 도움까지 받아가며 세금계산서를 교부받기 위하여 갖은 노력을 다하였던 것인바, 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 주장하나, 쟁점세금계산서는 공급시기가 경과한 2014.1.10. 작성·교부된 것으로 확인되고 세금계산서를 교부받을 때 작성일자 등 필요적 기재사항을 확인하지 아니한 점, 「조세특례제한법」제126조의4 제1항에 따라 「부가가치세법」제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 같은 법 제34조에 따른 세금계산서 발급시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있었음에도 이를 해태한 점 등에 비추어 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하지 아니한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 경과한 후에 작성·교부한 것으로 보아 부가가치세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.