처분청은 청구인이 교회관련시설 건축을 목적으로 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사로부터 2003. 1. 2. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 4,139㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 2003년도 정기분 종합토지세 21,955,389원, 지방교육세 4,391,060원, 도시계획세 1,250,540원, 농어촌특별세 3,245,890원, 합계 30,833,660원을 2003. 12. 10.부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2002. 7. 2.에 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사와 이 사건 토지에 대한 매매계약을 하고 2003. 1. 2.에 중도금 및 잔금을 모두 지급하였으나, 소유권이전등기를 2003. 7. 11.에 하였으므로 2003년도 종합토지세 과세기준일(2003.6.1.)현재 납세의무가 성립하지 않는 것이며, 2003년도 종합토지세 과세기준일 현재(2003. 6. 1.) 종교목적의 교회관련 건축물을 착공하지 못하고 있었으나 건축허가를 받기 위하여 2003. 1. 10.에 건축계획심의 신청서를 제출하였으며 2003. 9. 18. 건축허가를 받기까지 처분청에서 건축허가를 지연함으로써 이 사건 토지를 종교목적에 직접사용하지 못하게 된 것이므로 이러한 처분청의 부당한 행정처리에 대한 책임을 청구인에게만 전가시켜 종합토지세를 과세함은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 토지 취득 후 종합토지세 과세기준일이 경과된 후 소유권이전 등기를 경료한 경우 종합토지세 납세의무 성립여부 및 교회건축물의 건축허가 지연으로 목적사업에 직접사용하지 못하게 된 경우 종합토지세 비과세 대상에 해당하는지 여부가 쟁점이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제234조의9제1항의 규정에 의하면 종합토지세 납세의무자는 과세기준일 현재 사실상 토지를 소유하고 있는 자라고 하면서 동조제2항에서 소유권변동이 있었음에도 이를 신고하지 아니하여 사실상의 소유자를 알 수 없는 때에는 공부상 소유자를 납세의무자로 하고 있으며, 제3항에서는 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 종합토지세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고, 동법 제73조제1항제1호에서 취득의 시기와 관련하여 법 제111조제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상 잔금지급일을 취득일로 규정하고 있으며, 동법 제234조의12에서는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지를 비과세 대상토지로 하면서 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접사용하고 있는 것으로 본다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002. 7. 2.에 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사와 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하여 2003. 1. 2.에 잔금을 완납하였으며, 같은날 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사로부터 토지 사용승인을 받아 2003. 1. 10. 처분청에ㅇㅇ센터 건축계획심의 신청서를 제출하였고, 2003. 7. 11.에ㅇㅇ지방법원 등기 제30662호로 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였으며 2003. 9. 18.에 건축허가서를 교부받았음은 제출된 관계서류에서 알 수 있다.

이에 대하여청구인은 종합토지세 과세기준일 현재 소유권이전등기를 하지 아니하였기에 2003년도 종합토지세 납세의무자는 등기상 소유자인 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사라고 주장하고 있으나, 지방세법 제234조의9제1항에서 사실상 소유자가 되는 토지의 취득시점에 관하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 취득세에 있어서 지방세법시행령제73조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2004-0281&dem_ilja=20040901&chk2=1" target="_blank">취득시기에 관한 동법시행령 제73조를 준용하여 결정하여야 할 것인바(같은 취지 대법원 선고98두14549, 1999.9.7.), 청구인의 경우 비록 2003. 7. 11.에 소유권이전등기를 경료하여 2003년도 종합토지세 납세기준일 현재 공부상 소유자는 매도자인 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사라고 하더라도, 매매계약이 2002. 7. 2.에 이루어지고 그 잔금지급이 2003. 1. 2.에 완납되었음을 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사에서 송부한 ‘ㅇㅇ 택지개발지구 2003년 잔금완납자 내역’ 및 납부사실증명원 등 관계서류에서 분명히 알 수 있고 청구인도 청구이유에서 2003. 1. 2.에 잔금을 완납한 사실을 인정하고 있는 점과 잔금완납시점인 2003. 1. 2.에 청구인이 ㅇㅇ공사 ㅇㅇ지사로부터 토지사용승낙을 받은 사실 등으로 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 그 잔금지급일에 취득하였다고 할 것이므로 지방세법상 종합토지세 과세기준일(2003. 6. 1.)이전에 취득하고 사실상 소유하고 있었으므로 청구인의 종합토지세 납세의무는 성립하였다고 할 것이고,

또한 청구인은 건축허가를 위해 건축계획심의신청서 제출일로부터 약 8개월이 경과한 후에 건축허가를 받으므로써 종합토지세 납세기준일에 건축을 착공하지 못하게 되어 종교목적에 직접사용하지 못한 사실은 처분청의 귀책사유라고 할 것이므로 이 사건 토지에 대한 종합토지세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인은 종합토지세 과세기준일 현재(2003. 6. 1.) 건축 중인 경우도 아니고, 건축허가신청의 전 단계로서 건축계획 심의신청을 하여 심의 중이었으므로 이는 사업에 직접 사용될 건축물을 신축하기 위한 준비작업을 하고 있는 것에 불과하고 현실적으로 토지를 사업에 직접 사용하고 있다거나 건축물을 건축 중이었다고 볼 수는 없으며, 설령 토지를 목적사업에 직접 사용하지 못하게 된 것이 허가권자가 특별한 사유 없이 건축계획심의신청에 대한 결정을 보류하여 왔기 때문이라고 하더라도 현실적으로 사업에 직접 사용하지 아니한 이상 종합토지세 비과세 대상에 해당한다고 할 수는 없다고 할 것이므로(같은 취지 대법원 선고92누14809, 1993.6.8.) 처분청에서 이 사건 종합토지세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관