가. 청구인은 2009.5.26. OOO으로부터 OOO원에 취득한 아래 <표1> OOO 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2017.4.26. OOO원에 양도한 후, 쟁점부동산이 하나의 울타리 안에 있고, 주택 연면적(339.73㎡)이 근린생활시설 부분의 연면적(237.37㎡)을 초과하므로 전체를 한 개의 고가주택으로 보아 양도가액 OOO원까지는 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 1세대1주택 비과세로, OOO원을 초과하는 부분에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2017.5.31. 양도소득세를 신고·납부하였다.

<표1> 쟁점부동산 현황

나. 처분청은 2017.10.12.부터 2017.10.31.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 결과, 주택부분①·②를 사실상 음식점으로 판단하고, 주택의 연면적(146.17㎡)이 근린생활시설 부분의 연면적(430.93㎡) 보다 적은 것으로 보아 쟁점부동산 중 주택부분①·②를 제외한 주택 부분에 대하여만 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 나머지 부분은 상가로 보아 2017.12.8. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.29. 이의신청을 거쳐 2018.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인의 쟁점부동산 취득시부터 양도시까지의 임대 현황(아래 <표2> 참조) 및 임차인들의 사업 현황은 다음과 같다.

<표2> 쟁점부동산 임대차 현황

(가) 청구인은 쟁점부동산을 ‘OOO’이라는 상호로 음식점을 운영하던 OOO으로부터 2009.5.26. 매수하였고, 청구인이 이를 취득 후에도 OOO이 임차하여 계속 ‘OOO’을 운영하다가 건강상의 이유로 2009.6.17. 폐업하였다.

(나) 2009.6.10.부터 2011.8.4.까지는 OOO가 쟁점부동산을 임차하여 ‘OOO’이라는 상호로 음식점을 운영하였으며, 2011.8.5.부터 2013.10.31.까지는 OOO이 ‘OOO식당’이라는 상호로 음식점을 운영하다가 사업부진으로 폐업하였다.

(다) 2013.11.1.부터 2015.12.31. OOO이 쟁점부동산을 임차하여 ‘OOO’이라는 상호로 메밀국수집을 운영하다가 사업이 부진하자 ‘OOO’로 상호를 바꾸었으나 사업부진으로 결국 2016.2.29. 폐업하였고, 이후 청구인의 쟁점부동산 양도시점(2017.4.26.)까지 공실 상태이었다.

(2) 주택부분①·②는 음식점이 아니라 주택이다.

(가) 쟁점부동산은 건축물관리대장 등에 의하면 양도당시 위 <표1>과 같이 주택의 연면적(339.73㎡)이 근린생활시설 부분의 연면적(237.37㎡) 보다 크므로 「소득세법」상 하나의 주택에 해당한다.

* (참고) 쟁점부동산은 중 547-4 지번 1층에 2017.8.14. 다가구주택 84.75㎡ 증축

(나) 청구인이 쟁점부동산을 양수할 당시 작성한 부동산매매계약서 특약사항 5호에 쟁점부동산은 주소상 2개의 필지로 되어있으나, 동일 용도인 주택으로 사용하고 있는 건물이라고 기재되어 있고, 청구인이 쟁점부동산 임차인과 작성한 부동산임대차계약서 제3조(용도변경 및 전대 등)에 “임차인은 임대인의 동의 없이는 위 부동산의 용도나 구조 등을 변경하거나 전대, 임차권 양도 또는 담보제공을 하지 못하며 임대차 목적 이외의 용도에 사용할 수 없다”고 되어 있다.

(다) 청구인은 위와 같이 쟁점부동산은 하나의 주택으로 매수하였고, 매수 후 용도나 구조를 변경한 사실이 없으며, 청구인이 이를 허락한 사실도 없고, 양도시에도 매매계약서상 기재내용과 같이 주택으로 양도한 사실이 확인된다.

(라) 2013.11.1.부터 2016.2.29.까지 쟁점부동산을 임차하여 음식점을 운영한 OOO의 확인서에 의하면 “쟁점부동산은 3층 주택OOO과 별채(같은 동 547-4)로 구성되어 있고, 3층 주택은 본인이 거주하는 주택으로 사용하였으며, 2층(주택부분①)은 종업원 숙소로 사용하였고, 1층은 식당으로 지하1층은 창고로 사용하였으며, 별채 주택부분②는 옷장과 가구 등을 보관하는 주택으로 사용하였고, 영업부진으로 종업원이 절반으로 줄고 월세도 못 낼 형편이 되어 주택부분①을 전전세로 하여 주택으로 임대할 것을 청구인에게 요청하였으나 청구인이 거절”한 사실이 나타난다.

(마) 쟁점부동산을 청구인이 매수한 이후 임차인의 연 매출액이 OOO원 정도였던 2011년까지는 손님이 많을 때 주택부분①·②를 간혹 음식점 홀로 사용한 사실이 있으나, 이후 매출이 크게 줄어들었고, 특히 임차인 OOO이 ‘OOO’을 운영한 2013년 이후에는 매출액이 연간 OOO원에 남짓할 정도로 사업이 극히 부진하여 폐업하기 전에 6개월분의 월세 합계액 OOO원을 미납하여 보증금에서 상계한 후 보증금을 반환받은 사실이 있는 등 주택부분①·②까지 식당으로 사용할 상황이 아니었으며,

인근 주민 OOO의 확인서상 손님이 많지 않아 주택부분①·②를 식당으로 사용하지 아니한 당시 상황이 구체적으로 나타나고, 이러한 영향으로 쟁점부동산의 월세는 2009년 매수당시에는 OOO원이었으나, 2013년 OOO에게 이를 임대할 당시에는 OOO원으로 크게 감소하였다.

(바) 또한, OOO에게 OOO이 회신한 ‘OOO’ 영업신고(허가) 현황에 의하면, 쟁점부동산 중 547-3번지 지하 1층 ～ 지상 1층만 영업장으로 신고한 사실도 확인된다.

(3) 주택부분①·②는 본래 그 구조·기능이 주택이므로 일시적으로 주거 외의 용도로 사용되었더라도 이를 주택으로 보아야 한다.

(가) 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결 등, 같은 뜻임)인바,

「소득세법」상 주택이라 함은 기능이나 시설 등이 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 관리ㆍ유지되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것(조심 2009중3134, 2009.12.3. 외 다수, 같은 뜻임)이다.

(나) 건축 당시 주택으로 건축되었고 구조가 변경되지 아니한 주택부분①·②을 임차인이 성업이었던 기간 중에 일시적으로 식당 홀로 사용하였다 하여 이를 주택이 아닌 음식점으로 보는 것은 부당하다.

(4) 주택부분①·②의 실제 사용 용도가 불분명한 것으로 보더라도 그러한 경우 공부상의 용도에 의하여야 한다.

(가) 주택부분①·②의 실제 사용 용도가 불분명하다면 「소득세법」제88조 제7호 및 같은 법 통칙 89-154…3에 따라 공부상의 용도에 의하여야 할 것인바, 건축물대장상 용도가 주택인 주택부분①·②는 설령 그 실제 사용 용도가 불분명한 것으로 보더라도 주택으로 보아야 한다.

(나) 사업자(쟁점부동산 임차인)가 홍보를 위하여 인터넷에 게시한 몇 개의 내용을 근거로 주택부분①·②의 실제 사용 현황 및 공부상의 용도(구조)를 무시하고 처분청이 이를 음식점으로 단정한 것은 잘못이다.

(다) 쟁점부동산 임차인인 ‘OOO’ 식당을 운영 시기에 주택부분①·②를 음식점 홀로 사용하였다 하더라도, 임차인 OOO이 ‘OOO’를 운영하던 2014년 이후부터 폐업일(2016.2.29.)까지 주택부분①·②를 식당으로 사용하지 아니하였고, 위 폐업일부터 청구인의 쟁점부동산 양도일(2017.4.26.)까지 공실 상태이었으므로 주택부분①·②는 주택으로 봄이 타당하다.

(라) 처분청의 주장과 같이 임차인 OOO이 ‘OOO’ 운영시 주택부분①·②를 손님이 많을 때 한두 차례 홀로 사용하였다고 하더라도 위 대법원 판례 및 조세심판례에 따라 주택으로 신축 후 구조를 변경한 사실이 없는 주택부분①·②는 본래의 용도인 주택으로 보아야 하고, 설령 그 실제 사용 용도가 불분명하다고 보더라도 공부상의 용도에 따라 이를 주택으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 쟁점부동산은 주택의 연면적이 상가 부분의 연면적 보다 크고, 그 보유기간이 2년 이상인 1세대 1주택에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 현장확인시 ‘OOO’의 대표자 OOO 및 그 배우자에게 질문하자, 쟁점부동산 본채 및 별채의 지하는 연결되어 있어 주로 음식재료를 저장하거나 김치·소스 등을 만드는 공간으로 사용하였고 본채 1층 및 주택부분②는 식당으로 사용하였으며, 주택부분①은 단체손님이나 가족행사 모임을 위한 장소로 이용하고자 하였으나 손님이 없어 거의 공실이었고, 본채 3층에서 본인이 직접 거주하였다고 진술하였다.

(2) 쟁점부동산은 OOO 식당으로 사용하던 그대로 구조 변경 없이 OOO이 인수한 것으로 보이고, OOO 식당의 인터넷 사진상으로 볼 때 주택부분①은 한정식집으로 각종 모임이나 잔치에 사용한 것으로 확인되며, 비록 손님이 없어 2～3번 정도 이용하고 거의 공실상태로 가끔 종업원들의 숙소로 사용하였다고 하나, 그 본래의 용도는 음식점으로 봄이 타당하다.

(3) 쟁점부동산의 임차인 OOO은 음식점 ‘OOO’를 이용할 수 있는 쿠폰을 인터넷(OOO)에 올려 판매하였던 사실이 있고, 당시(2015.4.11.) 인터넷(OOO)상 상품문의 및 답글을 보면, 16인실 단체룸과 30인실 가족룸이 있다고 문답한 것으로 나타나며, 16인실은 본채 1층이고, 30인실은 별채라고 진술한 바 있으므로 주택부분②도 음식점으로 사용된 사실을 알 수 있다.

(4) 또한, 동일자 인터넷상 홍보 사진에 다음과 같은 글을 띄운 사실 등으로 볼 때 주택부분①·②가 모두 식당으로 사용된 사실을 알 수 있다.

(5) 청구인의 쟁점부동산 양도당시 주택부분①의 구조는 테이블이 설치된 넓은 홀과, 3개의 룸, 샤워시설 없이 변기만 있는 화장실, 컵 정도만 씻을 수 있는 싱크대로 이루어져 있었고, 취사를 할 수 있는 가스시설은 설치되어 있지 않았으며, 각 방에도 식탁이 설치되어 있어 언제든지 손님을 받을 준비가 되어 있었던 점, 그 외에도 2009년∼2015년 온라인상에 OOO, OOO 등 본채 2층에서 각종 모임을 가졌다는 블로거들의 글을 확인할 수 있는 바, 본채 2층은 상시적으로 음식점의 용도로 사용된 사실을 알 수 있다.

(6) 처분청에서 2017.8.11 OOO에 유선으로 확인한 바, 쟁점부동산 본채에는 계량기가 가정용과 상업용 각 1개가 설치되어 있고, 별채에는 상업용 계량기 1개만 설치되어 있다는 답변을 들었는바, 주택부분②가 상가로 사용되었음을 알 수 있다.

(7) 실제 주택으로 사용하던 쟁점부동산 본채 3층은 내부계단을 통해 별도의 출입구를 두고 1·2층과 완전히 분리(세콤 설치)되어 있는 구조이나, 2층은 외부로 통하는 별도 계단이 없어 1층을 통해서만 출입이 가능해 음식점과 별개로 사용이 불가능한 상태이고, 현장확인 시 임차인 OOO은 영업부진으로 외부계단을 설치하는 등 구조를 변경하여 전대를 놓을 수 있도록 건물소유주에게 요청하였으나 구조변경을 해주지 않아 2층은 인수시 상태 그대로 사용할 수 밖에 없었다고 진술하였으며, 본인은 가족이 없어 본채 3층에 있는 방 3개 중 1개만 사용하였다고 진술하였던바, 청구인이 제출한 OOO의 확인서상 3층의 주택이 협소하여 별채를 주택을 사용하였다는 진술은 신빙성이 없고, 주택부분①·②를 음식점 홀로 사용한 사실이 있으나 사업부진으로 인해 이를 식당으로 사용할 상황이 아니었다는 주장은 그 본래의 용도는 사업용이라는 사실을 스스로 인정한 것으로 보아야 한다.

(8) 인근주민 OOO의 확인서상 과거 ‘OOO’은 영업이 잘되어 2층 등에 단체손님을 받았으나, 2014년 이후 OOO으로 상호를 변경하고 주인이 바뀐 뒤부터 메뉴도 다르고 음식맛이 없어 손님이 줄자 간혹 단체예약을 하더라도 본채 2층(주택부분①)과 별채(주택부분②)는 장기간 사용하지 않아 난방이 안되어서 사용할 수 없다고 하였으며 이후 영업부진으로 본채 1층에서만 음식점을 운영하다 폐업을 하였다는 내용은 종전 임차인이 경영하던 ‘OOO식당’이 사용하던 그대로 구조변경 없이 영업장을 인수하였다는 OOO 대표자 OOO의 진술과 부합하고, 주택부분①·②가 사실상 음식점의 용도이나 영업부진으로 사용을 하지 못한 사실을 확인할 수 있다.

(9) 영업신고증상 영업장 면적은, 쟁점부동산 임차인들 모두 149.61㎡로 되어 있으나, 처분청이 OOO 담당자에게 확인한 바, 최초 영업신고를 할 때만 영업장에 대한 실사를 하고, 대표자가 바뀔 때는 실사 없이 그대로 대표자 변경만 해주고 불법영업에 대한 민원신고가 있는 경우 이외에는 실사를 하지 않기 때문에 최초 영업신고증에 있는 면적 그대로 계속해서 영업을 하고 있는지는 알 수 없다고 답변하였다.

(10) 주택부분①·②는 최초 임차인인 OOO이 운영하던 ‘OOO’부터 마지막 임차인인 OOO이 운영하던 ‘OOO’에 이르기까지 같은 구조, 같은 용도이었음에도 매출이 많아서 자주 사용하였던 ‘OOO’ 운영기간에는 음식점이고, 손님이 거의 없어 자주 사용하지 않았던 ‘OOO’ 운영기간에는 주택으로 보아야 한다는 청구주장은 설득력이 없다.

(11) 청구인은 쟁점부동산 임대수입에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고시 사업개시일부터 폐업일까지 계속하여 전체를 주거용이 아닌 사업용으로 신고하였다.

(12) 주택부분①·②가 주택인지 여부는 양도 시점을 기준으로 판단하여야 하고, 주택부분①·②의 경우 공부와 다르게 실제로 음식점으로 사용을 하다가 영업부진으로 일시적으로 공실 상태에 있었기 때문에 장기간 사용되지 않았다 하더라도 언제든지 상가로 사용할 수 있었으므로 이를 사실상 상가로 보아 주택부분①·②를 제외한 주택 면적에 대하여만 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 사실상 상가에 해당하는 부분에 대하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

처분청이 공부상 주택 일부를 사실상 상가로 보고 주택 면적이 상가 면적 보다 적은 것으로 보아 「소득세법 시행령」제154조 제3항 단서를 적용하여 1세대 1주택 비과세를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인의 쟁점부동산 보유기간(2009.5.26.～2017.4.26.) 동안 임차인들의 사업현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점부동산 임차인들의 사업현황

(2) 청구인의 쟁점부동산 보유기간 동안 임차인들의 매출현황 등은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점부동산 임차인들의 매출현황 등

(3) 처분청은 2015.11.2. 및 2015.12.1. ‘OOO’에서 점심을 먹고 건물 2층에서 모임을 할 예정이라는 인터넷 카페의 글 등을 캡쳐하여 제출하였고, 처분청이 제출한 인터넷 블로그에 게재된 사진 중 ‘OOO’와 관련된 2014.1.15. 게재된 사진을 보면, 본채 1·2층 및 별채를 외식공간으로 소개한 것으로 나타나며, 본채 2층에 거실과 방에 식탁이 다수 놓여 있는 것으로 나타난다.

(4) 쟁점부동산 건축물대장에 의하면 공부상 용도는 위 <표1>과 같고, 주택부분①·②의 용도는 주택으로 등재되어 있다.

(5) OOO의 음식점 영업신고 면적 확인요청에 대한 회신문(2018.2.8.)에 의하면 쟁점부동산 중 OOO의 영업장 면적은 149.61㎡(주택부분①·② 미포함)로 되어 있다.

(6) 주민등록정보에 의하면, 쟁점부동산 임차인 중 ‘OOO’ 대표자 OOO은 2015.12.28. 퇴거한 것으로 나타나고, 동 식당의 종업원 OOO은 2015.3.24. 전입하여 2016.3.7. 퇴거한 것으로 나타난다.

(7) 청구인의 쟁점부동산 취득당시 매매계약서(계약일자 2009.4.10., 매매대금 OOO원)를 보면, 매매목적물 중 건물 용도 및 면적이 공부와 동일(주택 339.73㎡, 근린생활시설 237.37㎡)하고, 특약사항을 보면 동 매매물건은 주소상 2개의 필지(547-3, 547-4번지)로 되어 있으나, 동일 용도인 주택으로 사용하고 있는 건물이라고 기재되어 있으며, 청구인의 쟁점부동산 양도당시 매매계약서(2017.1.4.)를 보면, 용도가 다가구주택으로 기재되어 있다.

(8) 청구인과 OOO간의 쟁점부동산 임대차계약서(2009.4.10.) 제3조에 임차인은 임대인의 동의 없이는 용도나 구조 등을 변경하거나 전대, 임차권 양도 또는 담보제공을 하지 못하며 임대차 목적 이외의 용도에 사용할 수 없다고 되어 있다.

(9) 청구인이 이 건 양도소득세 부과처분에 불복하여 제기한 이의신청에 대한 OOO의 결정서(2018.4.6.)상 판단의 취지를 요약하면, 쟁점부동산 매매계약서 및 임대차계약서상 주택으로 취득·임대·양도한 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산 임차인들이 주택의 구조변경을 하지 않은 점, 음식점 ‘OOO’(구 OOO)를 운영한 쟁점부동산 임차인이 주택부분①을 주택 전대계약을 할 수 있도록 청구인에게 동의를 요청하였던 점, 양도일 직전 약 1년간 공실상태이었던 점 등에 비추어 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거에 적합한 상태로 볼 수 있고, 「소득세법」제88조 제7호에 따라 용도가 불분명한 것으로 볼 경우 공부상의 용도로 따라야 한다는 청구주장이 타당성이 있다고 볼 수 있으며, 최종 임차인 폐업 후 청구인의 쟁점부동산 양도 직전 약 1년간 공실 상태이었으므로 주택부분①·②는 양도일 현재 주택에 해당한다고 보는 것이 타당하나, 청구인이 주택부분①·②를 주택으로 보유한 기간이 2년에 미달하는 것으로 보아 ‘기각’결정을 한 것으로 되어 있다.

(10) 쟁점부동산 임차인 OOO의 확인서(2017년 11월)에 의하면, 2013.10.31.부터 2016.2.29. 폐업시까지 쟁점부동산에서 ‘OOO’을 운영하였고, 본채 3층 주택은 본인이 주거용으로 사용하였으며, 2층 주택은 종업원들의 숙소로 사용하였고, 1층은 식당으로 지하는 창고로 사용하였으며, 별채는 3층 주택이 협소한 관계로 이사올 때 가져온 옷장과 가구 등을 보관하는 장소로 사용하였고,

2013년 11월 개업 이후 1년이 지난 시점부터 영업이 부진하여 월세와 종업원들의 급여 등을 감당하기 어려워 종업원을 절반으로 줄였으며, 종업원들의 숙소로 사용한 본채 2층을 전전세로 하여 주택으로 임대하고자 건물주에게 요청하였으나 거절당하였고, 장사가 잘 안되어 임대료도 5개월 이상 연체하다가 2016.2.29. 폐업을 한 후, 밀린 월세를 보증금에서 차감하고 지급(보증금 OOO원에서 미수임차료 OOO원을 상계하였다는 내용의 확인서도 제출함)받게 되었다는 등의 내용이 나타난다.

(11) 쟁점부동산 인근 주민 OOO의 확인서(2018.2.28.)에 의하면, 과거 ‘OOO’은 음식맛도 좋고 메뉴도 냉면과 갈비 등 대중이 선호하는 음식을 판매한 관계로 학부형들의 모임장소로 자주 사용하고 그 당시에는 본채 2층 등에 단체 손님을 받고 있어 영업이 잘 되었으나,

2014년 이후 상호를 ‘OOO’으로 변경하고 식당 주인이 바뀐 뒤로는 예전 ‘OOO’과는 메뉴도 다르고 음식 맛도 없어 한 번간 사람은 다시는 안 간다는 얘기를 자주하였고, 간혹 단체예약해서 가면 1층만 운영하였고, 종업원도 예전과 같이 많지 않았으며, 본채 2층과 별채에 예약을 하면 장기간 사용하지 않아 난방이 안되어서 사용할 수 없다고 하였고, 영업이 점점 안되어서 2017년도에 폐업을 한 것으로 알고 있다는 내용이 나타난다.

(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

(가) 처분청은 주택부분①·②를 사실상 상가로 보고 쟁점부동산 중 주택 부분의 면적이 상가 부분의 면적 보다 적은 것으로 보아 「소득세법 시행령」제154조 제3항 단서에 의거 1세대 1주택 비과세를 배제하여 이 건 양도소득세 부과처분을 하였으나,

(나) 쟁점부동산은 건축물대장 등 공부에 의하면, 주택 부분의 면적이 근린생활시설 부분의 면적 보다 큰 겸용건물로 신축된 것으로 나타나고, 공부상 주택 부분은 청구인이 이를 취득 및 양도할 당시의 매매계약서에도 그 용도가 주택으로 명시되어 있으며, 이 건 부과처분에 대하여 청구인이 제기한 이의신청에 대한 OOO의 결정서에도 쟁점부동산 임차인들이 주택부분①·②의 구조를 변경하지 않아 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거에 적합한 상태로 볼 수 있으므로 청구인의 쟁점부동산 양도일 현재 주택에 해당한다고 봄이 타당하다고 사실판단한 것으로 나타나는 점,

(다) 쟁점부동산 본채 1층에서 OOO 및 OOO가 1999년 11월부터 2011년 8월까지 갈비·냉면 등을 주 메뉴로 하는 ‘OOO’이라는 상호의 음식점을 운영하던 당시에는 성업중이어서 주택부분①·②를 음식점의 홀로 활용한 사실은 있어 보이나, 그 음식점의 주인이 OOO으로 바뀐 후인 2012년부터 메밀국수를 주 메뉴로 하는 ‘OOO(구 OOO)’라는 상호의 식당을 OOO이 운영한 2015년까지는 사업부진으로 연간 매출액이 2009년 대비 OOO 수준으로 감소하여 OOO이 임차료를 연체하다가 보증금과 상계 후 퇴거(폐업)한 사실이 확인되는바, 쟁점부동산 중 근린생활시설 이외에 본채 2층(주택부분①) 및 별채 1층(주택부분②)까지 음식점의 홀로 이용할 상황은 아니었던 것으로 보이는 점,

(라) 청구인의 쟁점부동산 보유기간 중 마지막 임차인인 OOO이 운영하던 음식점의 영업이 부진하여 근린생활시설인 쟁점부동산 본채 1층 이외에 주택부분①·②를 음식점의 홀로 활용할 필요가 없어 본채 2층을 주택으로 전대하고자 청구인에게 요청하였으나 동의하지 아니하여 종업원들의 숙소로 사용하였고, 별채 1층은 자신의 가구, 옷장 등을 보관하는 용도로 사용한 사실을 일관되게 진술하고 있으며, 쟁점부동산 인근 주민도 ‘OOO’ 영업당시 본채 1층만 음식점으로 사용된 사실 및 그 당시 영업현황을 구체적으로 진술하고 있는 점,

(마) 쟁점부동산을 주소지로 한 주민등록 이력 및 그 건물의 구조를 보면, 본채 1층에 소재하였던 음식점 ‘OOO’의 사업주 OOO은 본채 3층에서 거주하고, 그 음식점의 종업원인 OOO이 2015년 3월에 전입하여 2016년 3월 전출시까지 본채 3층과 출입문 등이 달라 각각 독립된 거주공간으로 사용할 수 있는 본채 2층에서 거주한 것으로 보이는 점 등에 비추어

(바) OOO의 이의신청에 대한 결정과 같이 청구인이 쟁점부동산을 양도하기 전에 이를 임차한 OOO이 퇴거하고 건물이 공실상태에 있었던 1년의 기간 동안만 본채 2층(주택부분①)을 주택으로 인정하는 것은 타당하지 않고, 청구인의 쟁점부동산 양도일(2017년 4월)로부터 적어도 직전 2년 이상의 기간 동안 주택부분①을 공부상 용도인 주택으로 사용한 사실을 인정함이 타당하다 할 것이다.

(사) 또한, 쟁점부동산 별채 1층(주택부분②)의 경우 ‘OOO(구 OOO)’의 영업기간(2013.11.1.～2016.2.29.) 동안 주택부분②가 음식점의 홀로 이용된 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증거가 제시된 바 없고, 그러한 실례도 확인되지 아니하며, ‘OOO(구 OOO)’의 영업이 별채 1층까지 음식점의 홀로 이용할 만큼 성업중이었다고 보이지 아니하고, 주택부분②의 이용현황에 대한 청구주장과 부합하는 임차인 OOO 및 인근 주민의 진술내용 등에 비추어 청구인의 쟁점부동산 양도일로부터 적어도 직전 2년 이상의 기간 동안 주택부분②도 주택의 용도로 사용되었다고 봄이 타당하다 할 것이다.

(아) 설령, 위 기간 동안 그 실제 사용 용도가 불분명한 것으로 보더라도 그러한 경우 「소득세법」제88조 제7호의 규정에 따라 공부상 용도에 의하여야 하므로 주택부분①·②는 주택으로 볼 수 밖에 없다고 판단된다.

(자) 따라서, 청구인의 양도당시 주택 부분의 면적이 상가 부분의 면적 보다 큰 쟁점부동산은 그 전체를 주택으로 보아야 하고, 양도당시 주택 부분을 주택으로 보유한 기간이 2년 이상이므로 쟁점부동산에 대하여 「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항 및 제3항에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용함이 타당하므로 처분청이 이와 배치되는 전제하에서 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.