가. 청구법인은 2016.4.26. OOO농지 2,446㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 「지방세특례제한법」 제14조 제3항에 따른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 면제받았다.

나. 처분청은 2017년 4월 쟁점농지에 현지출장한 후, 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점농지를 취득일부터 1년 이내에 고유 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 청구법인에게 취득세 등을 자진 신고·납부할 것을 안내하였고, 이에 따라 청구법인은 2017.5.24. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다가 2018.7.9. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.9.11. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.6. 이의신청을 거쳐 2019.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세특례제한법」 제178조 본문 및 제1호는 부동산에 대한 취득세 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인이진 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애정도 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결 참조)하여야 하는바,

청구법인은 2016년 4월 쟁점농지를 취득한 후 육묘장 사업계획을 수행하기 위하여 지방자치단체에서 보조금 교부결정을 받은 후 공유지분이 쟁점농지 잔여지분을 주변시세보다 높은 가격을 제안하였음에도 시세의 3～4베 이상인 금액을 요구하는 등 당초 예산으로 매매계약을 체결하는 것이 어려웠으며, 지분 소유자들은 청구법인의 대토 및 임대 요청도 거절하고 공유토지의 지분확인도 하여주지 않아 구분 소유권에 대한 협의가 이루어지지 않는 등 전체 토지 중 공유 지분의 소유권 행사에 어려움이 발생하여 사업이 지연되었으며,

청구법인은 내부의사결정을 거쳐 쟁점농지를 2016년 11월 시범포 단지로 운용하기로 결정하고 예산안을 수립하여 2017년 2월부터 준비에 착수하여 2017.4.14. 증식포 운영계획을 수립한 후 2017년 5월 중 시범포 단지에 파종하는 등 고유 업무에 사용하고 있다.

청구법인이 이러한 일련의 과정을 거치면서 쟁점농지를 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는바, 청구법인이 쟁점농지를 취득일부터 1년 이내에 고유 업무에 사용하였거나 다소 유예기간을 도과하였다 하더라도 정당한 사유가 있다 할 것이므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 공유지분인 쟁점농지를 전체지분으로 취득하기 위하여 소유자와 장기간에 걸친 매수협의를 하는 과정에서 육묘장 신축이 지연되어 유예기간 내에 쟁점농지를 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것은 청구법인의 내부적인 사정으로서 정당한 사유라고 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점농지에 육묘장 신축이 어려워 2016년 11월 시범포 단지로 운용하기로 결정하였다고 하나, 처분청에서 2017년 4월 고유업무 미사용에 따른 신고․납부 안내를 하고, 2017.4.10. 취득세 신고를 한 후에 2017.4.14. 증식포 운영계획을 수립하였고, 증식포장 관리비 등 지출일자가 2017년 9월인 점 등으로 보아 쟁점농지를 감면 유예기간(1년) 내에 고유 업무에 직접 사용한 것으로 보기는 어려우므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점농지를 감면 유예기간(1년) 내에 농업협동조합의 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2016.4.26. 쟁점농지를 OOO원에 취득하고, 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 면제받았다.

(나) 처분청은 2017년 4월 쟁점농지에 대하여 직접 사용 여부를 확인하고자 현지출장 결과 고유 업무에 사용하지 아니한 것으로 판단하고 쟁점농지 미사용에 따른 취득세 등을 자진 신고·납부할 것을 청구법인에게 안내하였다.

(다) 청구법인은 2016.3.4. 제4차 이사회에서 쟁점농지에 육묘장 및 향후 경제사업 복합매장 활용도 증대를 위하여 업무용 부동산 취득을 승인하였다.

(라) 청구법인은 2016년 11월 쟁점농지를 시범포로 용도 변경하여 운용하기로 예산계획을 수립하였고, 청구법인의 2017년 우량종자 확보를 위한 증식포 운영계획 수립시행 공문에 의하면, 2017.4.14. 쟁점농지에 우량종자 증식포장을 운영하기 위하여 관리자 및 관리비용 등을 확보한 것으로 나타나며, 2018년에도 같은 방식으로 시행한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인의 정관에서 수행하는 교육지원사업에 신품종의 개발, 보급 및 농업기술의 확산을 위한 시범포, 육묘장, 연구소의 운영을 포함하고 있다.

(바) 청구법인은 2017.4.10. 쟁점농지를 취득일부터 1년 이내 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 사유로 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고하였고, 2017.5.24. 납부한 후, 2018.7.9. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.9.11. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」 제14조 제3항에서 「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2020년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

위 조항에서 규정된 “정당한 사유”라 함은 토지를 취득한 이후에 발생한 법령상, 사실상의 장애사유로 당해 토지를 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 토지 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결, 같은 뜻임)인 바,

청구법인은 쟁점농지를 취득일부터 1년 이내에 고유 업무에 사용하였거나 그렇지 않다 하더라도 이를 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인은 쟁점농지를 육묘장으로 사용하지 못하게 됨에 따라 취득일부터 1년이 경과한 후에 시범포를 설치한 것으로 나타나므로 취득일부터 1년 이내에 고유 업무에 직접 사용한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 취득할 당시 쟁점농지의 일부 지분만을 취득하여 나머지 지분을 취득하지 못하면 육묘장 건설이 어렵다는 사실을 알 수 있었거나 알 수 없었다 하더라도 조금만 주위를 기울였다면 알 수 있었을 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점농지를 1년 이내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것은 취득 당시부터 알 수 있었던 사유인 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점농지를 취득일부터 1년 이내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.