가. 청구법인은OOO제22조에 따라 취득세 및 등록세 등을 전액 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 2011.9.7. 4개의 택시회사와 쟁점토지 중 일부를 택시회사의 임시차고지로 사용하기로 하는 임대차계약을 체결하고 처분청의 현장조사일인 2014.8.27.까지도 이를 택시 차고지로 계속 사용하고 있는 것을 확인하여 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 OOO을 2014.9.17. 부과․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.15. 이의신청을 거쳐 2015.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO까지 총15개 블럭으로 계획되어 있는바,

청구법인의 경우와 같이 일단의 대규모 사업부지를 매수 및 수용 등을 통하여 취득한 후 택지개발 및 주택건설공급사업을 진행하고 있는 경우에는 전체적인 사업부지의 택지개발과 주택건설 현황 등을 고려하여 고유업무에 사용하고 있는지 여부를 판단하여야 할 것으로서,

청구법인은 쟁점토지가 속한 지역을 제외한 나머지 블럭은 정상적으로 사업을 추진하고 있는 상태이고, 쟁점토지가 속한 블럭의 경우에도 사업추진이 가능한 지역을 우선 분리하여 사업을 추진하면서, 쟁점토지에 소재한 군부대의 이전을 지속적으로 협의하고 있는 점을 보면, 처분청이 전체 사업부지의 극히 일부에 해당하는 쟁점토지만을 분리하여 유예기간 1년 이내에 사업추진이 이루어지지 아니하였다고 보는 것은 잘못이라 하겠다.

(2) 이 건의 경우, 군부대 이전지연이 쟁점부동산을 1년의 유예기간 이내에 고유업무에 사용하지 못한 가장 주된 사유라 할 것으로, 이 건 군부대의 이전은 2004년 7월부터 OOO가 군부대이전을, 청구법인은 도로개설 시행을 추진한 점 등으로 미루어 볼 때 청구법인이 쟁점토지 취득당시에 이미 군부대이전사업이 유예기간내에 진행 중임을 알 수는 있었으나, 3군사령부가 유예기간 내인 2010년 1월 청구법인에게 사업계획 재검토 보완협의를 요청하고 동년 5월 국방부가 군부대 재배치계획에 따라 군부대이전 사업계획을 전면 변경함으로써 관련기관 간의 재협의를 거치게 되었고, 이후 협의가 지연된 끝에 현재의 상황에 이르게 된 것이다.

OOO의 협상이 지연됨에도 불구하고 청구법인은 가능한 한 조속히 쟁점토지를 고유목적에 사용하기 위하여, 국방부의 사업계획 변경 이후에도 2010.7.14. 군부대이전 관계회의에 참여하고, 2011.6.8. 군부대이전 지연으로 공동주택착공이 지연되고 있으니 용도지역 변경 등의 업무를 추진해줄 것을 OOO하여 해당지역에 우선적으로 공동주택을 착공하였고, 2012년 7월부터 2013년 4월까지 총 11차례에 걸친 OOO주관 관계기관회의에 참석하면서 2012년 11월 강서구와 방화로 미개설 구간 사업시행 협약서를 체결하였다.

이상의 사정을 종합하여 볼 때 청구법인은 쟁점토지에 사업진행을 위한 진지한 노력을 다하였으나, 사안의 성질상 청구법인의 노력만으로는 해결될 수 있는 사안이 아닌바, 청구법인은 쟁점토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

설령, 처분청의 판단대로 쟁점토지에 대하여 과세처분을 한 주된 사유가 택시차고지 임시사용이라고 하더라도, 이는 OOO의 거듭된 택시차고지 임시사용부지 확보요청과 대체차고지 확보에 어려움을 겪고 있는 택시업체의 사정을 감안하여 법원의 화해권고결정에 따른 것으로써 OOO가 자신의 방침에 따른 임대행위의 책임을 청구법인에게 물어 과세를 한 것 역시 부당하다 할 수 있다.

또한, 임시택시차고지 위치를 공동주택용지 10-2블럭으로 결정한 사유도 관계기관간의 군부대 이전 협의가 지연되고 있어서 쟁점토지가 고유업무에 사용되지 못하고 있는 상황을 고려하여 법원의 화해권고결정에 따라 결정된 것이며, 임대보증금, 임대료 등 임대조건 역시 법원의 결정에 따른 것이다.

특히, 임대사업을 한다는 오해를 받을 수 있음에도 불구하고 임대보증금, 임대료 등 임대조건에 대하여 법원의 화해권고를 받아들일 수 밖에 없었던 사유도 택시업체에게 무상으로 임시택시차고지를 사용하게 할 경우, 오히려 특정업체에게 특혜를 준다는 시비에 휘말려 감사원 등 외부감사에서 지적을 받을 수도 있다는 판단에서였다.

청구법인이 공동주택용지 10-2블럭에 임시택시차고지를 사용토록 한 사실이 쟁점토지를 고유업무에 사용하지 못하고 있는 직접적인 원인이 아니라 군부대 이전지연으로 인해 쟁점토지를 고유업무에 사용하지 못하고 있던 중에도 행정대집행 계고 등으로 내부적인 노력이 충분히 이루어지는 과정에서 부득이 마곡지구 개발사업의 주체인 서울시특별의 거듭된 협조요청에 따라 다른 대체차고지를 마련하는 과정에서 미사용토지를 한시적으로 제공하게 된 것이다.

앞서 살펴본 바와 같이 공사착공을 위해서는 계획 수립, 물건기본조사, 보상, 재결, 이주 및 철거 등의 업무가 선행되어야 하고, 아파트 건축공사의 경우 선행업무가 종료된 후에 각 지구단위로 착공을 하게 된다. 특히 이주 및 철거단계에서는 다양하고 복잡한 이해관계가 얽혀 자진이주에 불응할 경우 공사착공이 계획한 일정대로 되지 않아 종국에는 행정대집행에 이르게 되며, 행정청에서 행정대집행 영장 발부를 거부할 경우 부득이하게 소송을 제기하게 되지만, 이 또한 상당한 기일이 소요된다.

처분청은 청구법인이 택시업체와 임대차계약을 맺은 날이 법원의 화해권고결정(2011.10.19.) 이전인 2011.9.7.이므로, 법원의 화해권고결정에 따라 임대차계약을 체결한 것이 아니라는 의견이나, 법원에서 택시업체는 해당 토지에서 이전하고 청구법인은 임시차고지를 제공하는 것으로 화해권고를 하여, 화해권고결정이 되려면 쌍방간 임시차고지 임대계약서가 제출되어야 하기에 화해권고결정 전에 임시차고지 임대차계약이 체결된 것이다.

결국, 위와 같이 볼 때 임시택시차고지 사용은 당초 청구법인이 의도하였던 바가 아니었으며 쟁점토지가 속한 10-2블럭 미사용의 주된 원인이 임시택시차고지 사용이 아니라 군부대 이전지연이라는 점, 또한 이러한 결정이 OOO의 협조요청과 법원의 결정에 따른 것이라는 점, 임대료 징수 또한 특혜시비 등으로 인해 부득이하였던 점 등에 비추어 청구법인에게 택시차고지 사용의 책임을 물어 과세한 처분은 부당하다.

위에서 살펴본 바와 같이 군부대 이전과 관련하여 청구법인은 OOO 등 관계기관과 오랜 기간 동안 수차례 협의를 하였지만 청구법인의 노력만으로는 불가능한 일이었으며, OOO도 이미 인지하고 있었던 사실이었기에 공동주택용지 10-2블럭 공사 미착공을 이유로 군부대 이전지연 책임을 청구법인에게 책임을 전가하여 과세한 행위는 부당하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

⑴ 청구법인은 쟁점토지가 유예기간 이내에 착공하지 아니하였다 하더라도 OOO 전체의 사업부지에 대해서 순차적인 사업추진 과정상 지속적으로 사업이 진행되고 있는 것으로서 “고유 업무에 사용”되고 있다고 보아야 한다고 주장하고 있으나,

쟁점토지는 각각 취득하여 각각 감면이 적용된 부동산으로서, 취득한 부동산의 사후관리에 대한 법령OOO 또한 취득한 각 물건에 대해 적용되는 것으로, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니함에 따라, 고유 업무 사용에 대한 판단은 쟁점토지에 대해서만 논의되어야 할 것이다.

(2) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내 고유 업무에 직접 사용하지 못한 사정은 “정당한 사유”에 해당한다고 주장하나,

“정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 고유 업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별 판단하여야 할 것이다.

OOO제22조 제3항에서 지방공사에 대해서 “1년 이내”라는 추징조항을 두고 있는 취지는 지방공사가 조속하게 고유 목적에 사용을 하라는 독려의 의미가 있는 것으로, 군부대 이전 관련 사업 추진 경위를 보면, 2004년 7월부터 OOO 청구법인은 취득하기 전부터 이미 이 지역이 여러 차례 협의가 지연됨을 알고 있었는바, 법령에 의한 금지, 제한 등 쟁점토지를 취득할 당시 1년 내에 그 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애 사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 취득하였고, 취득 후 1년 내에 쟁점토지를 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애 사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애 사유는 쟁점토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다.

청구법인은 쟁점토지를 취득할 당시에 군부대 이전 협의가 지연되고 있는 쟁점토지의 특수성을 감안하여 사전에 충분한 계획 및 대비책을 마련하여야 했으며, 이러한 사유는 모두 청구법인에게 귀책사유가 있다고 볼 수 있다. 또한, 착공과 관련하여 사용금지․제한 등 행정관청의 직접적인 외부적 사유가 존재하지 아니하며, 공사 착공이 지연되자 2011.7.8.에서야 10블럭을 10-1블럭과 10-2블럭으로 분할하여 군부대가 위치한 10-2블럭을 제외한 10-1블럭에 우선 공사 착공이 가능하도록 개발계획을 변경했던 점에서도 쟁점토지를 유예기간 이내에 그 용도에 사용하기 위하여 조속히 노력한 것으로 보이지 아니한바, 이는 청구법인의 내부사정에 기인한 것으로 보아야 한다.

또한, 임시택시차고지 사용과 관련하여 청구법인은 1년의 유예기간이 지났음에도 불구하고 그 고유 업무에 직접 사용하지 아니함은 물론이고 법원의 화해권고결정에 따른 것이라는 이유로 쟁점토지에 대해서 유상으로 임대차계약을 맺었지만 정작 청구법인이 택시업체와 임대차계약을 맺은 날은 법원의 화해권고결정(2011.10.19.) 이전인 2011.9.7.이며, 청구법인이 쟁점토지를 임대함에 있어 법령이나 행정관청의 규제 등 객관적으로 불가능한 사유가 있었던 것도 아니고, 청구법인이 예측하기 어려운 사회․경제적 환경 변화도 있었던 것도 아니며, 비록 법원으로부터 화해권고결정이 있었다고 할지라도, 화해권고결정은 당사자인 청구법인이 원하지 않을 경우 이의를 신청할 수 있어 마음대로 할 수 없는 외부적인 사항이라고도 볼 수 없는 이상, 결국 청구법인의 내부적인 의사 결정으로 쟁점토지에 임시택시차고지를 마련하였고 유상으로 임대차계약을 맺었다고 볼 수 있으므로, 고유 업무에 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOO을 위해 취득한 토지를 여러구획으로 나누어 유예기간 내에 일부구역부터 순차적으로 사업을 추진한 경우 사업 미추진 구역의 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 않은 토지로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점토지가 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 조례

(1) 서울특별시세 감면조례 제22조 [지방공사 등에 대한 감면] ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 「지방세법」제112조 제2항에 따른 과세대상의 경우에는 그 해당 부분을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 궤도차량에 대해서는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기와 구분 지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대해서는 등록세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 도시계획세와 공동시설세를 면제한다. 다만, 총 자산 중 민간 출자분 또는 민간 출연분이 있는 경우 그 부분에 대해서는 그러하지 아니하다.

② 지방자치단체가 출자(출연을 포함한다)한 법인 또는 단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기에 대해서는 등록세를 면제한다. 다만, 총 자산 중 민간 출자분 또는 민간 출연분이 있는 경우 그 부분에 대해서는 그러하지 아니하다.

③ 제1항 및 제2항의 경우 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인의 쟁점토지 취득 및 착공과 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

1) OOO 등 일대 3,665,722㎡를 개발하여 주택 및 산업시설용지 등을 공급하는 사업으로, 사업지역이 1～3지구(1지구 : 주거단지 1,066,132㎡, 2지구 : 산업․업무단지 1,902,671㎡, 3지구 : 공원복합단지 696,919㎡)로 나뉘어져 있고, 주거단지인 1지구는 1～15블럭으로 계획된 사실이 확인된다.

2) 청구법인은 2009.1.6.～2009.9.4. 기간 동안 1지구 내 10블럭(면적 46,269㎡)에 소재한 쟁점토지를 취득하였고, 1지구 주거단지 조성과 관련하여 2009.9.30. OOO 착공신고서’를 제출하여 공사에 착공한 사실이 확인된다.

(나) 쟁점토지가 포함된 10블럭에 소재한 군부대 이전과 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

1) OOO 추진 계획’을 수립하고, 2009.5.7. 청구법인에게 이를 통보하였다.

2) OOO에게 ‘합의서(안) 법률자문 결과 및 검토안’을 제출하였다.

3) 제3군사령부는 2009.12.4. ‘17사단 101연대 공항대대 이전사업 타당성 검토’와 관련하여 현장토의를 개최한 후 2010.1.14. OOO은 2010.2.12. 청구법인에게 ‘군부대 이전 대체시설 검토사항을 제출’하여 줄 것을 요구하였으며, 청구법인은 2010.3.8. 군부대 이전사업 타당성 조사 및 검토 용역을 시행한 후 그 결과를 2010.4.7. OOO에게 제출하였다.

4) OOO은 2010.7.14. 군부대 이전 관련 관계부서 회의를 개최하였다.

5) 청구법인은 2011.6.8. OOO에서 시행이 가능한 용도지역 변경 등의 업무 추진으로 군시설이 조속히 이전되도록 협조하여 달라”는 협조요청을 하였고, 2011.7.8. OOO이전 지연협의에 따른 개발계획을 변경 검토하여 공동주택용지 10블럭을 2개 블록으로 분할하여 군부대이전과 관련이 없는 블럭에 아파트를 우선 착공하기로 하였다.

6) 국방부장관은 2012.1.7. “국방부에서는 국방․군사시설 이전 특별회계 방식으로 이전을 추진하였으나, 군 구조개편 계획이 변경됨에 따라 상기 방식으로 이전이 어렵게 되어, OOO에서 주도하는 기부채납에 따른 양여방식으로 이전 추진을 요청한다”고 OOO에게 요청하였다.

7) 방화로 개설 비상대책위원장 OOO가 총 11회 열렸으며, 2013.5.27. 군사시설 이전 관련 관계기간 조정서가 체결되었다.

8) 처분청은 2014.8.27. 현장확인을 하였고, 쟁점토지 중 일부를 택시회사가 사용하고 있음을 확인하여 2014.9.10. 이 건 과세를 하였다.

(다) 쟁점토지에 위치한 택시회사의 임시차고지와 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

1) OOO 택시차고지 임시사용부지 확보 재협조를 요청하였다.

2) 청구법인은 택시회사의 기존 차고지인 OOO 외 3곳(12,269㎡)을 매수한 후 택시회사가 각 부동산을 인도하지 아니하자 2011.1.20. 택시회사를 상대로OOO에 “토지 등 인도 및 부당이득금 청구” 소송을 제기하였다.

3) OOO은 2011.4.4. 청구법인에게 “공사진행에 방해가 없는 범위 내에서 사업구역 내에서 임시차고지를 확보하여 사용할 수 있도록 적극 협조하여 줄 것”을 요청하였고, 청구법인은 2011.9.7. 택시회사와 쟁점토지 중 일부(1,983㎡)를 임시차고지로 사용토록 하는 임대차계약 체결하였으며, 2011.10.19. 택시회사를 한 상기 소송에 대하여 법원의 화해권고결정을 받았고, 2013.12.31. 택시임시차고지 임대차기간을 1년 더 연장하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 조례 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「서울특별시세 감면조례」제22조 제1항 및 제3항에서 “지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 등록세를 면제하고, 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 하였고, 취득세는 취득세 과세대상 물건에 대하여 각각 과세되고, 취득세 감면 대상 여부도 과세대상 물건마다 각각 검토하는 것이므로 추징 사유에 대한 검토도 각 과세물건별로 별도로 이루어지는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 전체 사업부지의 극히 일부에 해당하는 쟁점토지만을 분리하여 유예기간 1년 이내에 사업추진이 이루어지지 아니하였다고 보는 것은 잘못된 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점토지에 군부대 이전 관련 문제가 있다는 것을 쟁점토지 매수 전에 이미 알고 있었던바, 군부대 이전 협의의 지연에 대한 사전 대비를 하지 못한 책임은 청구법인에게 있다고 볼 수 있는바 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내 고유 업무에 직접 사용하지 못한 사정은 “정당한 사유”에 해당하지 아니하다는 의견이나,

제3군사령부가 2009.12.4. ‘17사단 101연대 공항대대 이전사업 타당성 검토’와 관련하여 현장토의를 개최한 후 2010.1.14. OOO이 2010년 5월 군부대 재배치 계획에 근거하여 사업계획을 변경하면서 요구조건을 수용하지 아니할 경우 2018년까지 부대를 존치할 계획이라 통보하였던 점 등에 비추어 군부대 이전 협상의 양 당사자인 OOO 간의 상호 이해관계에 따라 협상 진행이 원활이 이루어지지 아니하여 군부대 이전이 지체된 것으로, 군부대 이전은 청구법인의 노력만으로는 이루어질 수 없는 외부적인 사항에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 군부대의 신속한 이전을 위하여 관계기관과 수차례 협의를 진행하였고, 군부대 이전과 관련한 관계기관들의 요구사항에 협조하였으며, 군부대 이전을 위한 각종 노력에도 이전이 여의치 아니하자 최초 사업계획을 수정하여 10블럭 중 고유업무에 사용이 가능한 부분만을 분할하는 등 청구법인이 10블럭 내 토지들에 대하여 고유 목적에 직접 사용하기 위하여 성실히 노력한 것으로 보이는 점, 처분청에서는 군부대 이전 시기에 맞추어 인근 토지의 매입시기를 별도로 조정하였어야 한다는 의견이나 이는 대규모 개발사업의 특성 및 사업일정 등을 고려하지 아니한 것이라 할 것인 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과․고지한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.