가. 청구인은 2006.3.7.부터 OOO식당 이라는 상호로음식점업을 영위하는 사업자로, 구내식당 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련하여 2007.8.31. ㈜OOO(이하 “OOO”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라한다)를 수취하여 2007년 제2기 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 2012.8.6. OOO세무서장으로부터 쟁점공사의 공급시기가2007.6.29.이고 쟁점세금계산서가 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에해당한다는 과세자료를 통보 받고, 쟁점세금계산서상의 관련 매입세액을 불공제하여 2013.1.18. 청구인에게 2007년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 2013.1.22. 2007년 제1기 부가가치세 신고시 공급가액 OOO원의 매입분을 신고누락하였다 하여 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 위 경정청구에 대하여 「국세기본법」제26조의2 제1항의 국세부과제척기간이 경과된 것으로 보아 2013.3.11. 청구인에게 경정거부 통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.5. 심판청구(경정거부 처분도 포함)를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 OOO대학교 구내식당을 2007년 상반기에 개업하면서 쟁점공사 및 주방기구의 매입 등을 OOO에 공급가액 OOO원에도급하면서 2007.7.31. OOO원, 2007.8.31. OOO원, 2007.8.31. OOO원의 매입세금계산서 3매를 수취하여 2007년 제2기 부가가치세를 신고하였으며, 그 후 2013.1.18. 처분청으로부터 이 건 납세고지서를 받고 쟁점세금계산서가 2007.6.29. 공사대금의 재발행분으로 2007년 제1기 부가가치세 신고대상임을 확인하고 2013.1.12. 이 건 경정청구를 제기한 바, 처분청이 국세부과제척기간을 1주일 앞둔 시점에서 이 건 부가가치세를 경정·고지하였고, 처분청의 지연처리로 인하여 경정청구 기한이 경과된 바, 경정청구나 고충청구가 불가능하게 되어 부당하다.

또한, 쟁점세금계산서는 실거래이므로 처분청이 「부가가치세법」제17조 제2항의 규정에 의하여 관련 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 2013.1.22. 신고 누락한 2007년 제1기 매입세금계산서와관련하여 경정청구를 하였으나, 경정청구 기한(2010.7.25.)이 도과되었고,국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키기 위하여 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의중단이나 정지가 없으므로 청구인의 주장대로 실질거래가 있다고 하더라도 국세부과제척기간이 경과되었다면세액을 변경하는 어떠한 처분도 할 수 없으므로쟁점세금계산서의 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①경정청구 거부처분의 당부

② 쟁점세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간에 발급받은 것으로 볼 수 없다 하여 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제45조의2 [경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 부가가치세법

제17조 [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 부가가치세법 시행령

제60조 [매입세액의 범위] ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3.재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 주방기구 구입 및 쟁점공사와 관련하여 2007년 제2기에 OOO로부터 아래 <표>와 같이 공급가액OOO원(쟁점세금계산서는 공급시기가 2007.6.29.인 쟁점용역에 대한 세금계산서 재발행분임)의 세금계산서 3매를 수취하고 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

<표> 쟁점세금계산서 등 내역

(OO : OO)

(2) 처분청은 2012년 8월 세금계산서합계표 불부합 자료에 의하여, 쟁점공사의 공급시기는 2007.6.29.이고, 쟁점공사의 공급자인 OOOOO가 2007년 제1기 부가가치세를 신고한 사실을 확인하고 2007년제2기에 발행된 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2013.1.18. 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(3) 청구인은 쟁점세금계산서는 실제 거래가 있었고, 2007.6.29. 쟁점공사 대금의재발행분으로 2007년 제1기 부가가치세 신고 대상에 해당한다 하여2013.1.22.경정청구를 하였고, 처분청은 경정청구 기한 및 국세부과제척기간이 경과된 것으로 보아 2013.3.11. 경정거부 통지하였다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 경정청구를 해당 부가가치세의 법정신고기한(2007년 제1기 : 2007.7.25.)으로부터 3년을 초과한 2013.3.11.에 제기하여 경정청구기간이 경과한 후에 이루어진 부적법한 경정청구에 해당하고, 이에 대한 처분청의 거부통지도 단순한 민원회신에 불과하다 할 것이므로, 처분청의 경정거부 처분에 대한 심판청구는 불복대상이 없는 부적법한 청구로 판단된다(조심 2012서5219, 2013.2.4.외 다수 같은 뜻).

또한,쟁점공사의 공급시기는 2007.6.29.이고 2007년 제2기에 발행된쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 쟁점세금계산서상의 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서상의 관련 매입세액을 불공제하여부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.