가. 청구법인은 2004.7.1. 설립되어 건설용 석재를 생산하는 광업을 주업으로 하여 사업을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 소기업 감면율인 30%를 적용하여 감면세액을 OOO원으로 신고하였다.

다. 처분청은 청구법인의 2016사업연도 매출액이 OOO원으로 조특법 시행령 제6조 제5항의 소기업 기준을 충족하지 못하였다고 보아 조특법 제7조 제1항 제2호 바목의 감면율(중기업 15%)을 적용하여 2017.8.7. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

소기업의 고용촉진을 위하여 중소기업특별세액감면이 우대 적용되는 소기업 기준을 종전의 종업원 수 및 매출액 기준에서 매출액 기준으로 일원화함에 따라 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 조특법 시행 당시 종전의 같은 법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당하던 기업이 2016.2.5. 개정된 같은 법 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 동 개정 시행령에도 불구하고 부칙 제22조에서 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지는 소기업으로 본다고 규정하고 있는바, 동 부칙에 따라 청구법인은 2015사업연도의 상시 종업원 수가 23명이고, 매출액도 OOO원으로 종전 규정에 따르면 소기업의 기준에 해당하므로 소기업의 감면율인 30%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 소기업을 종전에는 고용근로자 수 및 매출액을 기준으로 판정하다가 2016.2.5. 조특법 시행령 제6조 제5항을 개정하면서 매출액 기준으로 단일화 함과 동시에 부칙 제22조에 경과규정을 두어 2016.1.1. 현재 개정 전 규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 2016.1.1. 이후에 개정 규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 경우에는 2019.1.1.까지 소기업으로 본다고 규정하였는바, 개정 법률은 시행일(2016.1.1.) 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것이고, 2016.1.1. 이후 개정 규정에 따른 소기업에서 제외되는 법인이 개정된 시행령 부칙 제22조에 따라 소기업을 적용받기 위해서는 개정 조특법의 시행 당시인 2016.1.1.에 종전 규정에 따라 소기업에 해당되어야 하므로 전년도가 아닌 2016.1.1.이 속하는 사업연도에 소기업에 해당하지 않은 청구법인의 경우 소기업 감면율을 적용받을 수 없다.

또한 청구법인은 2016.1.1. 당시에 종전 사업연도에 소기업인 법인에 대해서 그 2016.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 간주되므로 2016.1.1. 직전 과세기간에 소기업이기만 하면 이후 4년간은 아무런 조건없이 무조건 소기업의 조세혜택을 받아야 한다는 주장이나, 소기업 여부는 과세연도 단위로 당해 과세연도를 기준으로 판정하는 것이고 중소기업의 판정기준과는 달리 소기업은 유예기간을 적용하는 것이 아니므로(국심 2007서4037, 2008.3.20. 참조) 부칙 규정을 적용함에 있어서 개정 규정에 의하여 소기업에서 제외되는 경우 종전 규정에 따라 과세연도 단위로 소기업 여부를 판단하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2016사업연도분 중소기업특별세액감면 적용시 개정 조특법 시행령의 부칙 경과규정에 따라 소기업 감면율(30%)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률13560호로 개정된 것) 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

가. 작물재배업

나. 축산업

다. 어업

라. 광업

(중간 생략)

2. 감면 비율

가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30

라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10

바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15

(이하 생략)

부칙 ＜제13560호, 2015.12.15.＞

제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의5, 제126조의2 및 제127조 제2항ㆍ제3항의 개정규정과 제132조 제1항 제3호ㆍ제2항 제3호의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다) 및 제144조 제1항ㆍ제2항의 개정규정(제29조의5를 추가하는 부분만 해당한다)은 2015년 12월 31일부터 시행하고, 제104의26 제1항 제1호의 개정규정은 2016년 3월 2일부터 시행하며, 제107조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9(같은 조 제6항 중 가산세의 세율에 관한 부분은 제외한다), 제108조의2, 제108조의3 및 제122조의4의 개정규정은 2016년 10월 1일부터 시행하며, 제5장의9(제121조의25)의 개정규정은 2016년 10월 4일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

부칙 ＜제26959호, 2016.2.5.＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.

제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(4) 중소기업기본법 시행령 별표3(제8조 제1항 관련)

[별표3]

주된 업종별 평균매출액 등의 소기업 규모 기준

해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모기준

(전략)

19. 광업 B 평균매출액 등

80억원 이하

(후략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 청구법인의 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서에 의하면, 청구법인이 당초 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 소기업 감면율(30%)을 적용하여 감면세액을 OOO원으로 한데 대해, 2016사업연도에는 소기업에 해당하지 않는다고 보아 중기업 감면율인 15%를 적용하여 감면세액을 OOO원으로 경정한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 2015사업연도 및 2016사업연도 법인세 신고서 및 원천징수이행상황신고서, 연말정산자료입력현황표 등에 의하면, 2015사업연도의 경우 매출액(수입금액)은 OOO원, 연말정산대상 종업원 수는 23명으로 나타나고, 2016사업연도의 경우 매출액(수입금액)은 OOO원, 연말정산대상 종업원 수는 23명으로 나타나는바, 2015사업연도말 기준으로는 조특법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업으로 보이나, 2016년도말 기준으로는 매출액이 OOO원을 초과하여 소기업에 해당하지 아니한다.

(3) 처분청은 청구법인의 주장처럼 개정된 조특법 시행령 부칙 제22조의 경과조치를 해석함에 있어 종전 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당하는 시기를 2016.1.1. 전 과세기간(2015사업연도)으로 보게 된다면, 2016.1.1. 전 과세기간에 소기업이라는 이유만으로 이후 중기업 해당여부에 상관없이 4년간 무조건 소기업으로 간주되어 일부 법인에게는 과도한 조세혜택이 부여되는 반면, 2016.1.1. 전 과세기간에중기업이었다가 2016년 과세기간(2016사업연도)에 종전 규정에 의한 소기업에 해당하는 다른 법인에게는 상대적으로 조세혜택이 과도하게 제한되는 문제점이 있다고 의견을 제시하였다.

(4) 기획재정부에서 2016년에 발간한 2015 간추린 개정세법 해설책자에 의하면, 조특법 시행령 제6조 제5항의 개정취지가 소기업 판단기준에 있어 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 매출액 기준으로 일원화 하는데 있다고 하면서 적용시기는 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하고, 경과조치로 종전 규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다고 하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조특법 시행령 부칙 제22조에서 경과조치 적용대상 소기업이 개정 조특법 시행 당시(2016.1.1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이라고 하고 있어, 2016년도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016.1.1. 당시에는 종전 규정에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적이라 보이므로, 처분청이 개정된 조특법 시행령 부칙의 경과조치 규정을 해석함에 있어 2016사업연도 매출액을 기준으로 하여 종전 규정에 의한 소기업 해당 여부를 판단한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.