가. 청구인은 2008.9.9. OOO OOO OO OOOOO 답 외 2필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고, 쟁점토지가 8년 자경 감면 농지임에도 2006년에 이미 1억원의 감면을 받아 쟁점토지에 대하여 감면하지 아니하고, 2008.11.30. 양도소득세 260,746,650원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 「조세특례제한법」 제69조가 2008.12.26. 개정되어 과세기간별 1억원 및 5개 과세기간별 1억원이었던 농지 감면한도가 과세기간별 2억원 및 5개 과세기간별 3억원으로 확대되자, 2009.2.18. 개정된 규정을 적용하여 양도소득세 감면을 신청하였다.

다. 처분청은 감면액을 당초 2억원으로 결정하였다가, 2009.5.7. 5개 과세기간 한도 3억원에서 2004년 ～ 2006년 감면세액 합계액 238,454,590원을 차감한 61,545,410원으로 하여 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

구 「조세특례제한법」(2005.12.31. 법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항에 의하여 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세 합계액에는 2005.12.31. 이전의 감면세액이 합산되지 아니하므로 2008.12.26. 개정된 「조세특례제한법」 제133조 제2항을 적용할 때에도 2006.1.1. 이후의 감면세액만을 합산하여 감면한도를 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

5개 과세기간의 감면세액 계산시 2005.12.31. 이전에 감면한 세액을 합산하지 아니한다는 「조세특례제한법」 부칙 제36조 제2항의 규정은 2008.12.26. 개정전 규정에 적용되는 것으로서 2008.12.26. 법개정 시에는 달리 부칙 등으로 규정하지 아니하였으므로 양도일이 속하는 과세기간을 포함한 5개 과세기간을 모두 합산하여야 하며, 확장해석에 의하여 종전법의 부칙을 신법에 적용하는 것은 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」 제133조 제2항의 5개 과세기간 농지감면 세액 합산시 2005년 이전 감면세액은 제외되는지 여부

나. 관련 법령

⑴ 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조，제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1.과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조，제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2.5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.

나. 5개 과세기간의 제69조와 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

부칙(2008. 12. 26. 법률 제9272호) 제1조【시행일】 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제85조의3, 제89조의2, 제91조의9, 제91조의10, 제100조의3, 제100조의5, 제100조의6, 제100조의11, 제132조, 제133조의 개정규정은 공포한 날부터(생략) 시행한다.

제29조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례】제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

⑵ 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제133조【양도소득세 감면의 종합한도】 ① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조，제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 “농지감면한도액”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.

부칙(2005. 12. 31. 법률 제7839호) 제1조【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제36조【양도소득세 감면 종합한도액에 관한 적용특례】② 제133조 제2항 후단의 개정규정을 적용함에 있어서이 법 시행 전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

⑴ 부동산매매계약서, 부동산등기부등본, 토지대장에 의하면, 청구인은 1988.3.11. 매매로 취득한 OOO OOO OO OOOOO 답 747㎡, 142-2 구거 251㎡, 143-2 구거 26㎡, 합계 1,024㎡를 2008.9.9. 355,000,000원에 양도하였고, 2008.12.9. 양도소득금액을 211,300,271원, 납부할 세액을 68,461,280원으로 하여 쟁점토지의 양도소득세를 신고하였으며, 동 신고금액은 쟁점토지가 1974년부터 1999년까지 농지소재지에 거주하면서 자경한 감면대상 농지임에도 2006년에 이미 1억원의 감면을 적용받았으므로 쟁점토지에 대하여는 감면을 적용받지 아니하고 계산한 금액임이 확인된다.

⑵ 청구인은 2008.12.26. 「조세특례제한법」 제133조가 개정되어 과세기간별 1억원, 5개 과세기간 1억원이었던 종전의 농지감면한도가 과세기간별 2억원, 5개 과세기간 3억원으로 확대되면서, 부칙 제29조에서 제133조의 규정은 시행일인 2008.12.31.이 속하는 과세연도 양도분부터 적용하도록 하여 2008.9.9. 양도된 쟁점토지가 개정된 법률에 의한 감면한도가 적용된다고 보아, 2009.2.18. 확대된 감면한도를 적용하여 양도소득세 감면을 신청한 것으로 나타난다.

⑶ 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 2009.2.24. 쟁점토지의 감면세액을 2억원으로 결정하였다가, 국세청 및 기획재정부(재산세제과)에 문의한 결과 “5개 과세기간의 감면받을 양도소득세 합계액과 관련하여 종전에는 2005.12.31. 이전의 자경농지 감면세액은 합산하지 아니하였으나(부칙 제36조 제2항, 2005.12.31. 법률 제7839호), 이번 개정시에는 달리 경과규정이 없으므로 직전 4개 과세기간(2008년 양도분은 2004.1.1.부터 기산)의 감면세액을 합산하여 판정한다.”라는 답변을 받아, 2009.5.7. 5개 과세기간 한도 3억원에서 2004년 38,454,597원, 2005년 1억원, 2006년 1억원 합계 238,454,597원의 감면세액을 차감한 61,545,403원을 감면세액으로 경정·고지한 사실이 확인된다.

⑷ 청구인은 5개 과세기간의 감면세액 합산시 2005.12.31. 개정된 「조세특례제한법」 부칙 제36조 제2항에 의하여 2005.12.31. 이전의 감면세액을 합산하지 아니하여야 한다고 주장하나, 종전 법의 부칙은 종전 법에만 적용되고 그 후 개정된 신법에는 적용되지 아니하는 것으로서, 양도일이 2008.9.9.인 쟁점토지에 대하여는 2008.12.26. 개정된 「조세특례제한법」의 규정이 적용되고, 동 개정법에는 2005년 이전 감면세액 배제에 관한 별도의 규정이 없으므로, 쟁점토지의 감면한도에는 2005년 이전의 감면세액을 배제하지 아니함이 타당하다.

⑸ 따라서 처분청이 2005년 이전 과세기간을 포함한 5개 과세기간의 감면세액을 합산하여 감면한도를 계산한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.