청구법인은 인천직할시 남구 OO동 OOOOO에서 주택신축판매업을 영위하는 법인으로, 청구법인이 85.6.5 인천직할시 북구 OO동 OOO 소재 대지 13,381평방미터(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 국민주택건설용지로 사용하기 위하여 OOO주택개발주식회사로부터 매입한 후 85.10.8 위 지번을 분할하여 아파트와 상가등을 건설하여 86.4-86.5 사이에 준공, 86-87년 동안에 수요자에게 분양한데 대하여,

처분청은 청구법인이 상가를 신축한 위 같은곳 OOOOO 대지 766평방미터, OOOOOO 대지 187평방미터 및 공지인 OOOOO 대지 501평방미터에 대하여는 당해 토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날까지 국민주택을 건설하지 아니하였다고 하여 조세감면규제법 제62조 제2항의 규정에 의하여 OOO주택개발주식회사가 기 면제받은 법인세(특별부가세)중 위 면적부분의 85사업년도 법인세(특별부가세)와, 청구법인이 86-87년 분양한 상가에 대하여 동 상가분양가액 상당액에 대하여 86, 87사업년도 법인세(특별부가세) 및 방위세, 상가분양액중 부가가치세가 과세되는 건물부분은 토지보다 과소계상신고하였다고 하여 공시원가에 따라 안분한 건물가액상당액에 대한 86년 1, 2기 및 87년 1기 부가가치세를 88.12.17 각각 아래와 같이 부과처분하자 청구법인은 이에 불복 89.2.10 심사청구를 거쳐 89.6.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

아 래

(원)

2. 청구법인 주장

청구법인은 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자로서 85.6.5 쟁점 토지를 청구외 OOO주택개발주식회사로부터 매입하여 국민주택규모 이하의 아파트 235세대(건물면적 16,837.22평방미터)와 상가(건물면적 1.804.8평방미터)를 신축하여 분양하였는데,

가. 처분청은 청구법인이 매입한 토지중 상가 및 공지부분의 토지에 대하여 국민주택건설용지로 인정하지 아니하고 청구외 OOO주택개발주식회사가 기면제받은 특별부가세 상당액을 청구법인에게 법인세로서 과세하였으나 청구법인이 신축한 상가와 녹지등은 주택건설촉진법령상 필수적으로 건축내지 설치하도록 되어 있고 또한 아파트단지내의 상가건물은 주택의 범위에 포함되는 것이므로 위 상가 및 공지등의 토지부분을 국민주택건설용지로 인정하지 아니하였음은 부당하고,

나. 청구법인이 같은 아파트 단지내에 신축하여 분양한 상가는 국민주택건설용지 매입당시의 지번(OO동 OOOOO)에서 분할된 지번(OO동 OOOOOO OO)에 신축한 것이고 동 상가면적이 주택의 면적보다 작은 경우는 그 전체를 주택으로 보도록 되어 있어 이는 특별부가세 과세대상이 아님에도 처분청이 상가분양분에 대하여 특별부가세(법인세)를 과세한 것은 부당하고,

다. 청구법인은 상가분양시 분양계약서상에 토지와 건물의 가액을 구분하고 그 구분된 건물가액에 대하여 부가가치세를 신고납부하였음에도 처분청이 청구법인의 신고내용을 무시하고 건물가액이 과소계상된 것으로 보아 부가가치세를 추징한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

가. 청구법인은 국민주택건설용지로 매입한 토지에 국민주택규모이하의 아파트를 건축하면서 관계법령에 따라 필수적으로 신축한 상가등의 토지부분에 대하여 이를 국민주택건설용지로 인정하지 아니한 것은 부당하다고 주장하나, 조세감면규제법 제62조 제2항, 같은법 시행령 제50조 제4항 제1호의 규정을 종합하여 보면 주택건설등록업자가 국민주택의 건설용지로 매입한 토지에 국민주택규모이하의 주택을 건설하지 아니한 경우에는 동 토지의 양도자가 기 면제받은 특별부가세등을 주택건설등록업자로부터 징수하도록 되어 있고, 같은 법 시행규칙 제19조 제2항 제1호 및 제3항의 규정에 의하면 아파트인 국민주택을 건설하는 경우에 있어 국민주택건설용지의 면적계산에 포함되는 공공시설용지는 학교, 공원, 공공시설, 노인복지시설등으로 한정하고있는 바, 청구법인이 국민주택건설용지로 매입한 토지에 건축한 상가 및 공지부분의 토지는 국민주택건설용지로 볼 수 없다 할 것이므로 처분청이 동 토지부분에 대하여 청구외 OOO주택개발주식회사가 기 면제받은 특별부가세에 상당하는 금액을 청구법인에게 과세한 것은 타당한 것으로 인정되고,

나. 청구법인이 국민주택을 건설하면서 매입한 토지의 지번을 분할하여 주택지번과 다른 지번에 신축한 상가를 양도한 것과 관련하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부에 대하여 보건대,

법인세법 제59조의 2 제1항 및 같은법 시행령 제124조의 3 제5항 및 제6항을 보면, 주택을 신축하여 판매하는 경우 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배 이내의 토지는 특별부가세 과세표준계산에서 제외되는 것이고 주택건물의 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에 주택면적이 다른 목적의 건물면적보다 같거나 그보다 큰 경우 그 전체를 주택으로 보도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우를 보면 주택은 “OO동 OOOOO”에 상가는 “OO동 OOOOOO OO”에 각각 위치하고 있어 주택과 상가가 동일지번상에 설치된 것이라 할 수 없는 것이므로 동 상가의 양도와 관련하여 특별부가세를 과세한 당초처분에는 달리 잘못이 없으며,

다. 청구법인은 상가분양계약서상 토지와 건물의 가액을 구분하였고, 그 구분된 건물가액에 의하여 부가가치세를 신고납부하였음에도 처분청이 상가신축에 소요된 공사원가를 기준으로 안분계산한 건물가액에 의하여 부가가치세 과세표준금액을 결정한 것은 부당하다고 주장하고 있으나 살피건대,

청구법인은 신축한 상가 대부분을 86년 1월 및 2월중에 분양계약하였는데 분양계약서상의 토지가액과 건물가액을 보면 같은시기에 분양한 상가의 경우에도 그 구분된 가액의 산정기준이 분명하지 아니한 바, 이는 청구법인이 토지와 건물가액을 일정한 기준이 없이 임의계상한 것으로 보여지고 동 상가신축시 소요된 공사원가에 의하여 안분계산한 건물가액과 비교해보더라도 현저한 차이가 있음을 알 수 있어 상가분양계약서상에 토지와 건물의 가액이 구분되었다는 것만으로 청구법인이 계상한 건물가액을 실지거래가액으로 볼 수 없다 할 것이어서 이부분 청구주장도 이유 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건의 다툼은

(1) 국민주택을 건축함에 있어 주택건설촉진법 제31조의 “주택건설의 기준”에 의거 의무적으로 상가를 설치한 경우 동 상가부지를 조세감면규제법 시행규칙 제19조 제3항에서 규정하는 공공시설용지로 보아 국민주택건설용지에 포함시킬 수 있는지 여부와

(2) 지번을 분할하여 각 지번에 주택 및 상가를 건축한 경우, 주택면적이 상가면적 보다 크면 법인세법 시행령 제124조의 3 제6항 규정에 따라 그 전체를 주택으로 볼 수 있는지 여부 및

(3) 상가분양시 토지와 건물가액을 분양계약서대로 신고한 경우, 분양계약서에 기재된 건물가액이 공사원가의 구성으로 볼 때 과세하게 계상되었다 하여 토지 및 건물가액의 구분의 불분명한 경우로 보아 공사원가에 의해 안분할 수 있는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 이 건 과세처분경위 및 청구인의 주장을 보면, 청구법인이 85.6.5 쟁점 토지를 국민주택건설용지로 사용하기 위하여 OOO주택개발주식회사로부터 1,173,800,000원에 매입하여 85.10.8 쟁점 토지의 지번과 면적인 “OO동 OOOOO 13,381평방미터”를 각각 분할하여 국민주택규모아파트등을 건축함에 있어, “같은곳 OOOOO 10,183평방미터”에는 국민주택규모아파트 5층 5동 235세대를 건축하였고, “같은곳 OOOOO OO 193평방미터와 OOOOO OOO 173평방미터 및 OOOOO OOO 209평방미터”에는 다세대주택 6세대분 1동 3층을 건축하였고, “같은곳 OOOOO OO 1,068평방미터와 OOOOO OOO 101평방미터”에는 도로를 시설하였으며, “같은곳 OOOOO OO 766평방미터”에 지하1층 지상3층의 상가를 건축하였고, “같은곳 OOOOO OO 501평방미터”에는 아무런 시설도 하지 아니하였으며, “같은곳 OOOOO OOO 187평방미터”에는 주택이 포함된 상가 1동 3층을 건축하여 아파트와 상가등을 86년과 87년 동안에 분양한 사실에 대하여, 처분청은 청구법인이 조세감년규제법 제62조, 동법시행령 제50조 제2항에서 규정하고 있는 기간인 토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날까지 국민주택건설용지로 사용하지 아니하고 상가를 건축한 위 OOOOO OO 766평방미터와 공지인 OOOOO OO 501평방미터, 상가주택을 건설한 OOOOO OOO 187평방미터, 합계면적 1,454평방미터에 대하여 조세감면규제법 제62조 제2항의 규정에 의하여 쟁점 토지 13,381평방미터 양도자인 OOO주택개발주식회사가 기 면제받은 160,009,721원 중 위 토지면적분 17,386,900원을 85사업년도 법인세(특별부가세)로서 징수하기 위하여 부과처분하였고, 86년도 상가분양가액 520,740,464원, 87년도 상가분양가액 21,390,909원에 대하여는 취득가액을 각각 379,195,416원과 17,481,339원으로 산출하여 양도차익 141,545,048원고 3,909,570원에 대하여 86, 87사업년도 법인세와 방위세로서 부과처분하였으며, 청구법인이 상가분양가액중 부가가치세 과세대상인 건물분양가액을 86년도에 290,950,525원, 87년도에 6,090,900원으로 신고한데 대하여,

처분청은 상가공사원가에 있어서의 토지와 건물의 구성비와 비교하여 볼 때, 청구법인이 신고한 위 건물가액은 86년도에 115,514,103원, 87년도에 9,592,829원 만큼 과세신고하였다고 하여 86년 1,2기 및 87년 1기 부가가치세로서 부과처분하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 위 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 쟁점별로 청구법인 주장의 당부를 본다.

먼저쟁점 (1)에 대하여 청구법인은 상가나 녹지는 주택건설촉진법 제31조 제1항이 규정하는 〔주택건설기준〕에 해당되어 공동주택의 준공검사를 받기 위해서 의무적으로 설치하여야 하는 시설이므로 위 상가나 녹지의 대지면적은 국민주택건설용지로 인정하여야 한다고 주장하는 바, 조세의 감면에 관한 사항은 조세감면규제법이 정한 바에 따라야 할 것이어서 위 토지가 조세감면을 받을 수 있는 국민주택건설용지에 해당되는지가 문제된다 할 것이므로, 국민주택건설용지에 포함되는 공공시설용지에 관하여 규정하고 있는 조세감면규제법 시행규칙 제19조 제3항 각호를 보면 제1호는 도시계획법 제2조 제1항 제3호의 규정에 의한 도시계획시설중 학교 또는 공원, 제2호는 주택건설촉진법 시행규칙 시행령 제18조의 규정에 의한 공공시설, 제3호는 주택건설기준에 관한 규칙에 의한 도로·어린이놀이터시설·노인복지시설·녹지시설의 용지라고 규정하고 있고, 위 제2호의 공공시설은 3천세대 이상의 주택을 건설하는 대지에 확보하여야 할 동사무소, 파출소, 우체국이라고 한정하고 있어, 상가는 위 각호의 어디에도 해당되지 않으며, 청구법인이 녹지라고 주장하는 토지도 처분청이 조사한 비에 따르면 녹지시설이 되어 있지 않은 공지에 불과하여 이 부분은 청구주장을 받아들일 수 없고,

다음으로 쟁점 (2)를 보면, 청구법인은 아파트 단지내 한울타리 안의 주택과 상가는 주택의 면적이 상가의 면적보다 클 경우 그 전체를 주택으로 보아야 하므로 법인세법 시행령 제124조의 3 제5항 및 제6항의 규정에 의하여 특별부가세를 과세할 수 없다고 주장하는 바, 위 같은조 제6항에서는 “동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우”라고 한정하고 있어 이 건의 경우가 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우라고 볼 수 있는지가 문제이므로 지적법 시행령 제3조 제2항을 보면 본번에 부번을 붙여서 지번을 설정하는 것으로 규정하고 있어 청구법인의 경우 본번이 “OO동 OOO”와 상가를 건축한 “OO동 OOOOO은 동일지번으로 인정할 수 없으므로 이부분 청구주장도 이유 없다고 판단되며,

끝으로 쟁점 (3)에 대하여 보면, 청구법인은 상가분양가액중 토지와 건물가액은 상가분양계약서에 구분하여 분양하였고 건물분양가액은 실지거래가액이므로 이 가액에 의하여 부가가치세를 신고납부하였음은 정당하다고 주장하는 바, 부가가치세법 제48조의 2 제3항은 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구출물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정되어 있어 청구법인이 분양한 상가의 건물가액을 토지의 가액과 구분이 분명한 실지거래가액으로 인정할 수 있는지가 문제이므로 청구법인이 분양한 상가분양내역을 검토해보면, 상가는 토지와 건물이 함께 분양되었고 층별 건물가액도 일정하지 않은 뿐만 아니라 토지와 건물가액의 비율도 일정한 기준이 없이 청구법인 임의대로 건물가액을 산정하였음이 인정되므로 이러한 경우를 가액의 구분이 분명한 실지거래가액이라고 할 수는 없다고 할 것이어서 전시한 부가가치세법 제48조의 2 제3항의 규정에 의하여 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하여 건물가액을 산정하여야 할 것인바, 처분청이 공사원가비율에 따라 안분계산하여 건물가액을 산정하였음은 위법하다고 하겠으나, 처분청은 건물가액을 86년도에는 상가분양가액의 78%, 87년도에는 동가액의 73.3%로 산정하였음을 알 수 있어 지방세법상의 과세시사표준액에 의하여 안분계산한 80% 보다 낮아 전시한 부가가치세법 제48조의 2 제3항의 규정에 따라 건물가액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한다면 오히려 청구법인에게 불이익하게 될 것이므로 이부분 청구주장도 받아들일 수 없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.