처분청은 청구인이 1996.8.23. 주택개량재개발조합 설립인가를 받고, 1999.3.29. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 182.1㎡, 건축물 191.48㎡(이하 “제1부동산”이라 한다)에 대하여 취득세와 등록세를 면제하였으나, 재개발사업구역 외의 부동산이므로 1999.10.30. 취득세 12,900,000원, 농어촌특별세 1,290,000원, 등록세 19,350,000원, 교육세 3,870,000원, 합계 37,410,000원을 징수하였고(이하 “제1처분”이라 한다), 2000.9.20. 취득한 같은 동 1141번지대지 687㎡, 건축물 1,498.29㎡(이하 “제2부동산”이라 한다) 및1141-1번지 대지 331.8㎡중재개발사업구역 내의 1141-1번지 대지 331.8㎡에 대하여는취득세와 등록세를 면제하고, 재개발사업구역외의 제2부동산에 대하여는2000.10.13. 취득세 52,501,100원, 등록세 78,751,650원, 교육세 15,750,330원, 합계 147,003,080원을 신고납부함에 따라 이를 징수하였으나(이하 “제2처분”이라 한다), 재개발사업구역 외의 부동산인 제1·2부동산(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)은 청구인이 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 지방세법 제138조제1항에서 규정하고 있는 등록세 중과대상으로 보아, 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 235,443,960원, 지방교육세 43,164,720원, 합계 278,608,680원(가산세 포함)과 제2부동산에 대한 취득세 신고납부 당시 누락된 농어촌특별세 5,250,110원을 2002.11.11. 부과 고지(이하 “제3처분”이라 한다)하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 재개발사업을 추진하기 위하여 부동산을 취득하는 과정에서 재개발사업지구내 도시계획시설인 20m 도로부지에 일부가 편입되어 있는 이 사건 부동산의 소유자가 재개발사업구역 내의 부동산만을 취득할 경우 잔여 건물과 토지로는 본래 용도로 사용할 수 없으므로 그 전부를 매수하도록 요구함에 따라 부득이 취득하게 된 것으로써, 도시재개발법에 의한 사업시행자로서 재개발사업의 대지조성을 위하여 취득한 것이므로 구 ○○시세감면조례(2000.12.30. 조례 제3813호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제16조에 의하여 이 사건 부동산은 감면대상이므로 이미 납부한 취득세 등은 환부하여야 하고, 또한 청구인은 구 도시재개발법(2002.12.30. 법률 제06852호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제26조에 의하여 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업자로 의제되기 때문에 이 사건 부동산의 취득 등기는구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항 단서 및 같은법시행령 제101조제1항제5호에 의하여 중과제외 대상에해당되므로 이 사건 등록세 등의 부과처분도 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 설립한 지 5년이 경과되지 아니한 재개발조합이 사업구역 외의 부동산을 취득 등기한 경우 감면대상 여부 및 등록세 중과대상 여부에 있다 하겠다.

먼저, 제1·2처분에 대한 심사청구가 적법하게 제기되었는지 여부에 대하여 살펴보면, 구 지방세법 제73조제1항 및 제74조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게 이의신청을 하여야 하고, 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있는 바,

청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.3.29. 취득하고 1999.4.12. 등기한 제1부동산에 대한 취득세 12,900,000원, 농어촌특별세 1,290,000원, 등록세 19,350,000원, 지방교육세 3,870,000원, 합계 37,410,000원을 1999.10.30.에 납부하였고, 2000.9.20. 취득하고 2000.10.14. 등기한 제2부동산에 대한 취득세 52,501,100원, 등록세 78,751,650원, 지방교육세 15,750,330원, 합계 147,003,080원을 2000.10.13.에 납부한 후 2～3년이 경과된 2003.2.10.에 이의신청도 거치지 아니한 채 심사청구를 제기하였으므로 제1·2처분에 대한 심사청구는 본안 심의대상이 될 수 없는 것이라 하겠다.

다음으로, 제3처분에 대하여 살펴보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과(…) 그 설립(…) 이후의 부동산 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항 후단에서 "그 설립(…) 이후의 부동산등기"라 함은 법인(…) 등이 설립(…) 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제138조제1항 단서 및 같은법시행령 제101조제1항제5호에서 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 대하여는 중과세율을 적용하지 않는다고 규정하고, 같은법시행령 제101조제2항에서 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일부터 정당한 사유없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용 부분에 대하여는 중과세율을 적용한다고 규정하고 있으며,구 도시재개발법 제13조제1항에서 조합은 법인으로 하며, 같은 법 제26조제1항제1호에서 시행자가 사업시행인가를 얻은 때에는 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의한 주택건설사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 762필지에 대하여 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업을 시행하기 위하여 1996.8.23.과 1996.12.31.에 각각 주택재개발조합설립인가와 사업시행인가를 받았고, 제1부동산은 1999.3.29. 취득하여 1999.4.12. 소유권이전등기를 하였다가 2002.7.8. 청구외 ○○○에게 매각하고, 제2부동산은 2000.9.25. 취득하여 2000.10.14. 소유권 이전등기를 하였다가, 2002.5.17. 청구외○○○에게 매각한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업자로 의제되기 때문에 이 사건 부동산은 주택건설용으로 취득 등기한 것에 해당되어 등록세 중과는 제외되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 법인설립후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여는 당해 세율의 3배로 중과하도록 하고 있고, 같은법시행령 제101조제2항에서 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일부터 정당한 사유없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우는중과세율을 적용한다고 규정하고있는 바, 청구인은 구 도시재개발법 제13조제1항의 규정에 따라 1996.8.23. 법인을 설립하고, 법인설립일부터 5년 이내인 1999.3.29.과 2000.9.20.에 재개발사업구역 외에 위치하고 있는 이 사건 부동산을 취득한 후 등기한 사실이 부동산등기부등본에서 입증되고 있는 이상 이 사건 부동산은 등록세 중과대상에 해당되는 것으로 보아야 하고, 또한 재개발사업 수행을 위하여 취득하였다면 재개발사업에 필요한 주택건설용으로 사용하여야 함에도 이 사건 부동산중 제1부동산은 취득 등기일부터 3년 3월이, 제2부동산은 취득 등기일부터 1년 8월이 경과하도록 방치하고 있다가 매각한 것은 주택건설용에 해당되지 아니하므로 처분청에서 이 사건 부동산을 법인설립 이후 5년 이내에 취득 등기한 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 부과 고지한 것은 적법하다고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 3. 24.

행 정 자 치 부 장 관