가. 청구법인OOO OO (O)OOOOOOO)O은 금융업을 주업으로 하면서 2003.8.29. 경기도 OOO OOO OOO OOOO 외 3필지상에 신축중인 OOOOOOOOO의 토지 및 건물지하 1층～지상 3층(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 주식회사 OOOOO(OO OOOOOOOO OO)로부터 분양을 받아 2003년 제2기～2007년 제1기 부가가치세 과세기간동안 쟁점부동산 중 지하 1층～지상 3층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)에 대한 세금계산서 7매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 부가가치세 신고시 관련 매입세액에 대하여 매입가액비율로 안분계산하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 그 후 2010.7.7. 청구법인은 쟁점건물에 대한 매입세액의 안분계산방식을 예정사용면적기준으로 안분하여야 함에도 매입가액비율로 잘못 안분하여 신고하였으므로 쟁점건물의 사용면적비율로 재계산하여 과다신고·납부한 부가가치세 229,723,230원을 환급하여 달라고 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2010.9.27. 위 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 면세사업인 금융업을 주업으로 하면서 임대업 등을 영위하는 법인으로서 2003년도에 본점사옥으로 사용할 목적으로 쟁점부동산을 신규분양 받아 2006년 9월 완공 후 지상 3층은 2007.4.1.부터 타 법인에게 임대(과세사업)하고 지하 1층 및 지상 1～2층을 본점(면세사업)사옥으로 입주하여 사용하고 있으며, 당초 부가가치세 신고시 업무착오로 건축기간동안 지급한쟁점건물분 공사대금(세금계산서 수취분)의 부가가치세액을 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항 제1호의 규정에 따라 과세기간의 총 매입가액에 대한 면세사업 관련 매입가액의 비율로 안분계산한 후 신고·납부하여 전체 매입세액 2,129,022,000원 중 1,160,395,702원을 과세분 공통매입세액으로 공제받았고 2006년 9월 쟁점건물 완공 후 2006년 2기 확정신고와 2007년 1기 확정신고시에도 위와 동일한 기준인 매입가액기준 비율로 하여 659,330,452원(1차 정산)과 76,513,108원(2차 정산)을 납부하였으며, 과세 및 면세비율 산정오류의 추가발견으로 2010년 1기 확정 신고시 수정신고를 통해 부가가치세 3,615,342원과 가산세 1,494,944원(수정신고)을 추가 납부하여 쟁점건물 중 임대한 지상 3층의 매입세액에 대한 최종정산액이 420,936,800원으로 되었다.

「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 및 제4항 단서에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 ‘총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율’을 적용할 수 있도록 규정하고 있고, 분양받은 쟁점건물의 경우 공통매입세액의 안분계산은 면적기준으로 하는 것이 실지귀속에 더 부합하는 것이므로 건물매입가액 기준이 아닌 면적기준으로 하여 쟁점건물 전체면적기준 대비 과세면적비율(3층 임대부분 29.32%)로 공통매입세액을 계산하여 과다신고·납부된 부가가치세액을 환급하여야 함에도 쟁점건물을 층별로 계약하고 구분등기가 되어 있어 계약서상의 층별 매입가액으로 산정(3층 임대부분 총 매입가액 대비 19.77%)하여야 한다고 본 것은 건물구입의 특성상 층별로 계약하여 구분등기할 수 밖에 없는 현실과 쟁점건물에 입주하여 실제 사용하고 있는 현실을 부정하는 것으로서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 주장

「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항에서사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하도록 규정하고 있으므로공통매입세액에 대한 안분계산 규정은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에만 적용하는 것으로서, 청구법인은 쟁점부동산의 매매매계약서에 의하여 쟁점건물의 각 층별로 별도 구분계약을 한 사실이 확인되어 명백히 과세사업(임대업) 및 면세사업(금융업)의 실지 귀속 구분이 가능하므로 그 실지귀속에 따라 과세사업에 관련된 지상 3층(임대)의 매입가액에 해당하는 부가가치세액(420백만원)을 공제하는 것이 타당한바, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분대상으로 보아 쟁점건물의 사용면적에 따라 안분하여 추가공제를 하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 신축중인 건물의 분양취득시 층별 공급계약에 따라 세금계산서를 수취한 경우, 건물분 매입세액의 안분과 관련하여 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보아 건물의 사용면적 비율로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제12조 【면 세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

10. 금융ㆍ보험용역으로서 대통령령이 정하는 것

제17조 【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 면세공급가액

매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만，건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제61조의2 【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총 공통매입세액 ×

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 면세공급가액

[1－ ─────────────────] － 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 ×

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 면세사용면적

[1－ ─────────────────] － 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 총사용면적

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 부가가치세 경정청구 검토보고서(2010년 9월)를 보면, 청구법인은 과세·면세 겸용 쟁점부동산의 매입에 대하여 확정된 면적비율로 재계산하여 공제받지 못한 매입세액을 환급신청하였으나, 쟁점부동산의 매매계약서 등 관련서류를 검토한바, 부동산매입시 각 층별로 작성한 계약서에 의하여 매입한 사실이 확인되므로 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 규정에 의하여 실지귀속에 따라 매입세액을 공제함이 타당한 것으로 판단하였다.

(2) 2003.8.29. OOOOO와 청구법인간에 체결한 쟁점부동산의 공급계약서 내역을 보면, 물건지가 지하 비101～103호, 지상 101～102호, 201호, 301호로 되어 있고, 매매계약은 아래 <표>와 같이 쟁점부동산 각 층의 호별로 체결(7건)하였으며, 매매대금 납부는 각 7회 분할(계약금 20%, 중도금 1～5차 각 10%, 잔금 30%)납부로 하였다.

<쟁점부동산의 공급계약서 체결 내역>

(단위 : 천원)

(3) 청구법인의 쟁점건물에 대한 세금계산서 수취 내역을 보면, 아래 <표>와 같이 각 호별 7회 분할납부 금액의 합계액에 따라 수취를 하였다.

(단위 : 원)

(4) 청구법인의 쟁점건물에 대한 부가가치세 신고내역을 보면, 아래 <표>와 같이 당초 신고시에는 쟁점건물의 사용 구분을 지상 1층 일부 및 지상 2층을 본점사용(면세)으로, 나머지 지하 1층과 지상 1층 일부 및 지상 3층을 임대(과세)로 구분하고, 매입세액 안분을 쟁점부동산의 공급계약서상 층별 건물 매입가액(지상 1층은 매입가액 비율로 안분)대로 신고하였다가 최종 건물사용 내역에 따라 지상 3층(임대)의 건물매입가액에 해당하는 매입세액(420백만원)을 공제하였다.

<과세기간별 쟁점건물 부가가치세 신고내역>

(단위 : 원)

(5) 청구법인의 쟁점건물에 대한 실제 사용현황을 보면, 아래 <표>와 같다.

(6) 쟁점건물의 사용면적·매입가액 기준별 면세·과세 비교내역은 아래 <표>와 같다.

(7) 청구법인이 경정청구한 내용을 보면, 쟁점건물의 면적 및 매입가액기준 과세비율 및 경정청구 금액 산정내역은 각 아래 표와 같다.

<쟁점건물의 면적 및 매입가액기준 과세비율>

<부가가치세 경정청구 금액 산정내역>

(단위 : 원)

(8) 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 및 제4항의 규정을 보면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액의 비율 등에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있는바, 원칙적으로 매입세액의 안분계산은 그 실지 귀속에 따라 하고, 공통매입세액의 안분계산은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에만 적용되는 것이라 하겠다.

쟁점건물의 경우 쟁점부동산의 공급계약서상 각 층 및 호별로 분양가액을 정하여 공급받는 것으로 계약체결이 이루어졌고 그에 따라 쟁점세금계산서가 7회에 걸쳐 층·호별로 정하여진 공급가액을 합산하여 각 발행된 사실이 확인되므로 당해 매입세액은 과세사업과 면세사업의 층·호별 실지귀속을 구분할 수 있는 경우로서 공통매입세액 안분계산의 적용대상이 아닌 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2007중1004, 2007.7.11. 같은 뜻).

따라서, 처분청이 당초 부가가치세 신고시 매입세액이 층별로 귀속되는 것으로 보아 쟁점세금계산서상의 층별 매입가액 기준으로 안분하여 신고하고 쟁점건물의 층별 사용용도가 확정된 후 쟁점건물이 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분대상이라 하여 쟁점건물의 사용면적에 따라 재안분하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.