분 법인세 54,109,840원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 경상남도 울산시 울주구 온산읍 OO리 OOO에서 자동차부품제조업을 영위하는 법인으로서 93사업연도중 중소기업투자세액공제 7,182,000원, 기숙사투자에 대한 투자세액공제 57,802,634원 합계 64,984,634원을 세액공제받고 93사업년도 이익금처분시 22,094,775원을 기업합리화적립금으로 적립하였다.

처분청은 청구법인이 당해사업년도의 공제받은 세액상당액인 64,984,634원 전액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하는데도 22,094,775원만을 적립함으로써 42,889,859원을 과소적립하였다 하여 과소적립한 42,889,859원에 대한 세액공제를 배제하고 가산세를 더하여 96.1.18 청구법인에게 93사업연도분 법인세 54,109,840원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 96.3.16 심사청구를 거쳐 96.7.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구 주장

청구법인은 경리책임자의 업무미숙으로 93사업연도에 42,889,859원의 기업합리화적립금을 과소적립하였으나, 동 사업연도에 250,000,000원의 임의적립금을 적립하였고 94사업연도에도 200,000,000원의 임의적립금을 적립하는 등 꾸준히 재무구조 개선을 위하여 노력하고 있으며, 95.11.10 임시주주총회(의안 : 93사업연도분 이익잉여금 처분 수정 및 94사업연도 이익잉여금 재처분의 건)를 통하여 93사업연도에 과소적립하였던 42,889,859원을 기업합리화적립금으로 계정대체하여 적립하였으므로 이에 대한 세액공제를 배제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 93사업연도에 공제감면받은 세액이 64,934,634원이므로 동 공제세액상당액 64,984,634원을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고 당해 사업년도말 현재 미처분이익잉여금으로 동 공제세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립할 여유가 있었음에도 불구하고 22,094,775원만을 기업합리화적립금으로 적립함으로써 42,889,859원을 과소적립하였는바, 세액공제받는 당해사업년도의 이익금처분시 기업합리화적립금으로 적립하지 않은 금액에 대하여 처분청이 조세감면규제법 제91조 제2항(93.12.31 개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 세액공제받은 당해사업연도의 이익금처분시 과소적립한 기업합리화적립금에 대한 세액공제를 배제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

(1) 조세감면규제법(93.12.31 개정되기전의 것) 제91조 제1항에서 『제14조의2.........중략.....제72조의5 또는 제72조의7의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고 있고, 동조 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제65조 제1항에서 『법 제91조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해과세연도의 결산확정일( 법인세법 제26조 제3항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 93사업연도에 중소기업투자세액공제 7,182,000원 기숙사투자에 대한 투자세액공제 57,802,634원 합계 64,984,634원을 세액공제받았고 93사업연도 결산시 367,410,629원의 미처분이익잉여금이 발생하여 위 세액공제 상당액인 64,984,634원을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하는데도 22,094,775원만을 적립함으로써 42,889,859원을 과소적립한 반면, 임의적립금이란 항목으로 250,000,000원을 적립한 사실이 93사업연도 이익잉여금처분계산서 및 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.

한편, 청구법인은 95.11.10 『93사업연도분 이익잉여금 처분수정 및 94사업연도분 이익잉여금 재처분의 건』이라는 의안으로 임시주주총회를 개최하여 94사업연도분 이익잉여금 처분내역중 93사업년도 이익금 처분시 과소적립된 기업합리화적립금 42,889,859원에 상당하는 임의적립금을 기업합리화적립금으로 계정대체하는 것으로 승인가결하여 결산에 반영하였음이 청구법인의 임시주주총회의사록 및 95사업연도 이익잉여금처분계산서에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구법인이 93사업연도에 42,889,859원의 기업합리화적립금을 과소적립하였으므로 동 금액은 당연히 세액공제를 배제하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 청구법인은 경리책임자의 업무미숙으로 42,889,859원의 기업합리화적립금을 과소적립하였으나 과소적립금보다 훨씬 많은 250,000,000원이 임의적립금으로 적립되어 있고 95.11.10 임시주주총회를 통하여 과소적립한 기업합리화적립금에 상당하는 금액을 임의적립금에서 기업합리화적립금으로 대체하였으므로 동 금액에 대한 세액공제를 배제한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 기업합리화적립금제도는 감면 및 공제세액의 혜택을 계속 기업내에 유보시켜 법정용도에만 사용하게 함으로써 당해산업의 육성과 자본의 충실을 기하는데 그 취지가 있다 할 것인바, 청구법인이 93사업연도 결산시 367,410,629원의 미처분이익잉여금이 발생하여 위 잉여금중 93사업연도의 공제세액 상당액 64,984,634원을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하는데도 불구하고 결산사무를 담당하던 경리책임자의 조세감면규제법에 대한 소양부족과 회계기장의 미숙으로 인하여 22,094,775원만 기업합리화적립금으로 적립하고 250,000,000원은 임의적립금이란 항목으로 적립하였으며 40,000,000원은 배당하였으나, 기업합리화적립금과 동일한 사내유보금액인 임의적립금이 다른 용도로 처분되거나 사외유출되지 아니한 상태에서 95사업연도에 위 임의적립금중 청구법인이 과소적립한 기업합리화적립금 상당액 42,889,859원을 과목을 수정하여 기업합리화적립금으로 적립하였으므로 청구법인은 구 조세감면규제법 제91조에서 규정하는 기업합리화적립금을 적립하였다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.(대법원85누638, 85.11.12, 같은 뜻임)

(4) 그렇다면, 청구법인이 93사업연도에 기업합리화적립금으로 과소적립하였다가 95사업연도에 임의적립금에서 계정대체를 통하여 기업합리화적립금으로 적립한 42,889,859원에 대하여 세액공제를 배제하고 이를 추징한 처분은 부당하다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.