가. 청구법인은 2006.12.22. 조합설립인가를 받아 설립된 OOOOOOOOO 주택재개발정비사업조합(조합장 OOO)으로서, 2007.8.10. 사업시행인가를 받고 2008.9.10. OO구청장으로부터 관리처분계획 인가를 받아 재개발정비사업을 추진중에 있으며, 2008년 제2기 확정 부가가치세 신고시 매입세액 752,129,461원 중 토지관련 매입세액 15,726,075원을 제외하고 시공사 등(설계회사 및 철거회사 포함) 매입세액 309,099,598원, 기타 공통매입세액 427,303,788원에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제61조의2에 의거 과세·면세 비율에 따라 매입세액을 안분 계산하여 180,848,548원을 환급 신청하였다.

나. 처분청은 아래 <표>와 같이 청구법인이 신고한 매입세액을 토지관련 매입세액 553,828,393원, 시공사 등 매입세액 38,099,600원, 기타 공통매입세액 160,201,468원으로 경정 분류하여 토지관련 매입세액을 매입세액 공제대상에서 제외하고, 2009.2.25. 청구법인에 2008년 제2기 부가가치세 22,297,715원을 환급 결정하였다.

(OO O OO)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.26. 이의신청을 거쳐 2009.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조합원이 재개발사업의 추진을 위하여 조합에 출자한 종전 토지상의 건축물 철거와 관련된 철거공사비는 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호의 어디에도 해당하지 아니한다.

즉, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 해당하지 아니하고 이미 조합원들이 기보유하고 있던 종전 건축물의 철거비용에 해당하며, 이는 재개발정비사업의 추진과정에서 종전 건축물의 철거가 토지의 가치를 상승시켜 주는 자본적 지출에 해당하지 않고 그야말로 재개발정비사업의 추진과정상 하나의 절차에 불과한 것이고, 종전 건축물을 철거하지 않고서는 조합원 아파트와 일반분양분 아파트를 건축할 수 없기 때문이며, 철거공사비에 대한 매입세액은 법령에서 정하는 토지관련 매입세액이 아니라 과세·면세 비율에 의해서 안분해야 하는 공통매입세액에 해당한다.

(2) 교통영향평가비와 환경영향평가비의 매입세액도 재개발 정비사업을 추진하기 하기 위한 절차 중 사업시행인가를 얻기 위한 전단계에 「환경, 교통, 재해 등에 관한 영향평가법」제4조 및 같은 법 시행령 제2조에 의거 일정 사업면적 이상의 건설공사에 대해서 의무적으로 영향 평가 용역을 수행하도록 규정하고 있는 바, 토지관련 매입세액과는 전혀 무관한 안분대상의 공통매입세액에 해당한다.

(3) 주택재개발정비사업 관련 감정평가는 「도시 및 주거 환경정비법」 제48조 규정에 의한 관리처분계획을 득하기 위한 관리처분계획의 수립 전단계에 조합원별 종전의 토지 및 건축물을 평가하여 조합원의 권리가액을 확정하고 일반 분양가 책정의 기초자료로 활용하여 자금운용계획을 수립하기 위함이지 토지를 신규로 취득하기 위한 취득가액을 결정하기 위한 감정평가가 아니며, 즉 감정평가의 목적이 무엇이냐에 따라 토지취득 전 취득가액을 결정하기 위한 감정평가이면 당연히 토지관련 매입세액에 해당하지만 청구법인의 경우와 같이 감정평가의 목적이 「도시 및 주거환경정비법」의 규정에 따라 주택재개발사업을 추진하는 절차상 법령에 의해 요구되는 절차인 경우에는 토지관련 매입세액에 해당하지 아니한다.

(4) 소송관련 변호사비용 역시 신규 토지를 구입하는 과정에서 취득부대비용으로서의 소송비용이 아니라 일련의 정비사업 추진과정에서 조합원 및 이해관계인이 소송을 제기한 결과 사업추진 기간을 낭비하지 않기 위한 방어적 성격의 소송비용이다.

(5) 지적 현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비 관련 매입세액 역시 토지의 신규취득과는 전혀 관계가 없는 공통매입세액에 해당하므로 토지관련 매입세액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 이주 및 건축물 철거, 건축폐기물 처리용역공사 계약을 체결 후 지출한 철거공사비 관련 매입세액은 건축물을 철거하는 일련의 비용으로서 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출된 비용이므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항의 규정에 의한 토지관련 매입세액이다(OO OOOOOOOOO, 2008.11.7. 등).

(2) 재개발 정비사업을 추진하기 위한 절차 중 사업시행인가를 얻기 위한 교통영향평가 및 환경영향평가 용역비에 대한 매입세액은 재개발 추진 사업중 일정 사업면적 이상의 건설공사에 대해서 의무적으로 수행하도록 규정하고 있는 비용이기는 하나, 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출된 비용이며, 교통영향평가의 경우 대규모 재개발사업으로 토지조성 이전에 대량의 교통수요를 유발할 우려가 있어 미리 당해 사업시행으로 인한 문제점 및 그 효과 등을 평가하는 것이므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항에 의한 토지관련 매입세액이다.

(3) 종전 토지 및 건축물의 감정평가 용역비에 대한 매입세액은 재개발 정비사업을 추진하기 위한 과정에서 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출된 비용이므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항에 의한 토지관련 매입세액이다.

(4) 조합원 소송과 관련한 매입세액은 재건축사업 시행과정에서 조합원 지위확인 소송 등 조합원자격과 관련하여 조합원이 토지 등의 취득을 위한 소송에 관련된 비용이므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항에 의한 토지관련 매입세액이다(OO OOOOOOOOO, 2008.11.7.).

(5) 지적현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비 관련 매입세액도 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출된 비용으로서 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항에 의한 토지관련 매입세액이므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조합원이 재개발사업의 추진을 위한 ①청구법인에 출자한 종전 건축물의 철거와 관련한 철거공사비, ②교통영향평가비와 환경영향평가비, ③종전 토지 및 건축물의 감정평가용역비, ④소송관련 변호사비용, ⑤지적현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비 관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 2006.12.22. 조합설립인가를 받아 설립된 청구법인은 2007.8.10. 사업시행인가를 받고 2008.9.10. OO구청장으로부터 관리처분계획 인가를 받아 재개발정비사업을 추진중에 있으며, 2008년 제2기 확정 부가가치세 신고시 매입세액 752,129,461원 중 토지관련 매입세액 15,726,075원을 제외하고 시공사 등 매입세액 309,099,598원, 기타 공통매입세액 427,303,788원에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제61조의2에 의거 과세·면세 비율에 따라 매입세액을 안분 계산하여 180,848,548원을 환급 신청하였으나, 처분청은 청구법인이 신고한 매입세액을 경정 분류하여 토지관련 매입세액을 매입세액 공제대상에서 제외하고, 2009.2.25. 청구법인에 2008년 제2기 부가가치세 22,297,715원을 환급 결정한 것으로 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구법인의 2008년 제2기 확정 부가가치세 신고 및 처분청의 경정 내용은 아래 <표>와 같이 나타난다.

(OO O O)

(3) 청구법인의 기존주택 철거공사비 등 관련 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호는 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 토지관련 매입세액을 제1호에서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 제2호에서 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, 제3호에서 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있다.

(나) 청구법인이 제출한 조합 정관 제5조 제1항은 조합원은 소유한 토지, 건축물 또는 지상권을 조합에 현물로 출자하고,조합은 법 제48조 규정에 의하여 인가받은 관리처분계획에 따라 주택 및 부대·복리시설을 건설하여 공급하거나, 법 제43조 제2항의 규정에 의하여 환지로 공급한다고 규정하고 있고, 제33조 제1호는 조합의 운영 및 사업시행을 위한 자금은조합원이 현물로 출자한 대지 및 건축물에 의하여 조달한다고 규정하고 있으며, 제54조 제2항은관리처분계획의 인가 고시가 있은 때에는 종전의 건축물의 소유자·지상권자·전세권자·임차권자 등 권리자는 법 제56조 규정에 의한이전의 고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없다고 규정하고 있다.

(다) 청구법인이 이주철거 및 폐기물처리, 정비기반시설 설치 등의 공사대금으로 아래 <표>와 같이 지급한 것으로 나타난다.

(라) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 청구법인은 조합원의 토지를 신규 취득하는 것이 아니라 조합원이 조합에 현물출자의 방식으로 출자를 하고 조합은 현물출자 받은 조합원의 종전 토지상의 건축물을 철거하여 조합의 구성원인 조합원 자신의 아파트 및 상가를 건축하는 것이므로 토지관련 매입세액이 아니라는 주장이나,조합은 법인으로 설립하도록 하고 있고, 세법상법인은 별도의 사업주체로 인식되어 납세의무가 있으며, 조합의 실체를 부인하는 것은 아니므로청구법인이 토지를 취득한 사실이 없다고 주장하는 것은 타당하지 않은 것으로 보이고(OO OOOOOOOOO, 2009.6.10. 같은 뜻),

청구법인은 조합원으로부터 기존주택을 현물출자 받아 취득한 후 이를 멸실하고 새로운 주택을 건설하기 위하여 설립되었는 바, 조합원으로부터 현물출자받은 기존주택의 철거비용은 주택신축을 위한 토지확보를 위하여 소요되는 비용으로 보이므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항 제2호의 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 해당한다 할 것이다.

따라서, 청구법인이 조합원으로부터 현물출자 받은 기존주택의 철거비용에 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 교통영향평가비와 환경영향평가비 관련 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 교통영향평가비 및 환경영향평가비로 지급한 금액을 아래 <표>와 같이 나타난다.

(나) 청구법인은 2007.3.6. 서울특별시로부터 환경영향평가 심의를 통과하였고, 2007.7.20. 교통영향평가 심의를 통과하였으며, 2007.8.10. 사업시행인가를 받은 것으로 나타난다.

(다) 살피건대, 청구법인은 재개발 정비사업을 추진하기 하기 위한 절차 중 사업시행인가를 얻기 위한 전단계에 「환경, 교통, 재해 등에 관한 영향평가법」제4조 및 같은 법 시행령 제2조에 의거 일정 사업면적 이상의 건설공사에 대해서 의무적으로 영향 평가 용역을 수행하도록 규정하고 있으므로 토지관련 매입세액과는 전혀 무관한 안분대상의 공통매입세액이라고 주장하나, 교통영향평가비 및 환경영향평가비는 토지와 건물에 공통적으로 관련되어 있는 경우, 건물 착공시기를 기준으로 하여 그 전에 용역을 제공받고 지급한 비용은 토지에 대한 자본적지출로, 그 이후에 용역을 제공받고 지급한 비용에 대하여는 건물에 대한 자본적지출로 보는 것이 타당하다 할 것인 바(OO OOOOOOOOO, 2009.6.10. 같은 뜻),

이 건 교통환경평가비 및 환경영향평가비는 청구법인이 주택재개발사업을 위하여 토지조성 사업에 따른 평가비용으로서 신축주택 착공 이전에 용역을 제공받고 지급한 것이므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항의 토지관련 매입세액에 해당한다고 판단된다.

(5) 감정평가용역비 관련 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 감정평가용역비로 지급한 금액은 아래 <표>와 같이 나타난다.

(나) 「도시 및 주거 환경정비법」 제48조 제1항 제3호 및 제4호는 사업시행자는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 분양대상자별 분양예정인 대지 및 건축물의 추산액, 분양대상자별로 종전의 토지 및 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있는 날을 기준으로 한 가격 등의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장‧군수의 인가를 받아야 한다고 되어 있고, 같은 조 제5항은 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 재산을 평가할 때에는 시장‧군수가 추천하는 「부동산가격공시및감정평가에관한 법률」에 의한 2인 이상의 감정평가업자의 감정평가 의견을 참작하여야 한다고 규정하고 있으며, 청구법인은 2007.2.5. OO구청에 감정평가업자 추천 의뢰를 요청한 것으로 나타난다.

(다) 살피건대, 청구법인은 주택 재개발정비사업관련 감정평가의 목적은 「도시 및 주거 환경정비법」 제48조 규정에 의한 관리처분계획 인가를 득하기 위하여 관리처분 계획의 수립 전단계에 조합원별 종전의 토지 및 건축물을 평가하여 추정비례율을 산정하고 그 비례율을 기초로 조합원별 분양기준가액을 산정한 후 일반분양가 책정의 기초자료로 활용하여 자금운용계획을 수립하기 위한 것이라고 주장하나, 감정평가비는 토지와 건물에 공통으로 관련될 경우, 건물 착공시기를 기준으로 하여 그 전에 용역을 제공받고 지급한 비용은 토지에 대한 자본적지출로, 그 이후에 용역을 제공받고 지급한 비용에 대하여는 건물에 대한 자본적지출로 보는 것이 타당할 것인 바(OO OOOOOOOOO, 2009.6.10. 같은 뜻),

청구법인이 지급한 감정평가비는 관리처분계획 인가를 받기 위하여 조합원들의 기존주택 및 토지에 대한 평가비용으로서 주택신축이전에 토지 사용을 위하여 기존주택 및 토지의 감정평가에 소요되는 비용으로 볼 수 있으므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항의 토지관련 매입세액에 해당한다고 판단된다.

(6) 소송을 위한 변호사수수료 관련 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 계약한 소송관련 변호사 선임 약정서를 보면, 청구법인은 법무법인 등과 국공유지무상양여, 주거이전비, 건물명도, 부동산점유이전금지가처분, 명도단행가처분, 강제집행정지, 매각명령, 관리처분계획 취소, 조합원지위 확인 등에 대하여 소송대리 사무를 위임하는 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 소송관련 변호사수수료로 아래 <표>와 같이 지급한 금액에 대하여 처분청이 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 것으로 나타난다.

(다) 살피건대, 청구법인은 재개발정비사업과 관련하여 조합원으로부터 제기된 총회개최금지 가처분신청, 관리처분계획 등 취소의 소, 조합원지위 확인의 소, 청산금지급 청구의 소, 부동산점유이전 금지 가처분, 영업보상관련 소, 공사방해금지 가처분신청, 주거이전비 등에 관련된 변호사비용으로서 토지의 취득과는 전혀 관련이 없는 소송비용이라고 주장하나, 조합원들로부터 제기된 소송관련 비용은 주택신축 이전에 주택 신축을 위한 토지의 확보를 위하여 소요되는 비용으로 볼 수 있으므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항의 토지관련 매입세액에 해당한다고 판단된다.

(7) 지적현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비 관련 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 지적 현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비로 지급한 금액은 아래 <표>와 같이 나타난다.

(나) 살피건대, 청구법인은 지적 현황 및 건축물의 실측을 위한 측량비 관련 매입세액은 토지의 신규 취득과는 전혀 관계가 없는 매입세액이라고 주장하나, 지적 현황 및 기존 건축물의 실측을 위한 측량비는 주택 신축 이전에 토지를 사용하기 위하여 지출된 비용으로 볼 수 있으므로 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항의 토지관련 매입세액에 해당한다고 판단된다.

(8) 따라서, 청구법인이 2008년 제2기 부가가치세를 신고한 것에 대하여 처분청이 위 (2)의 <표>와 같이 토지관련 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.