가.청구법인은 주식회사 OOO라 한다)로부터 2012년 제1기에 공급가액 OOO원 및 2012년 제2기에 공급가액 282,112천원 합계 OOO원(이하 “쟁점운송비”라 한다)의 운송용역을 공급받고 대금을 지급한 것으로 하여 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세 및 법인세를 신고한 후 2013.12.31. 쟁점운송비를 익금산입하고 그 중 청구법인 통장으로 회수된 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 사내유보, OOO원은 대표자 상여로 소득처분하여 2012사업연도 법인세 수정신고를 하였다.

나.처분청은 2014.4.9.부터 2014.4.28.까지 청구법인에 대하여 부가가치세부분조사(가공매입 혐의자료)를 실시한 결과 청구법인이 쟁점운송비 관련 세금계산서를 가공매입하였다가, OOO가 교부한 2012년 제1기분 가공매입세금계산서와 관련하여처분청이 청구법인에게 과세자료 해명안내문을 2013.9.11. 발송하자 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고사외유출된 금액을 익금산입하여 법인세를 수정신고한 것으로 보아 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 2014.7.16. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2014.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1)청구법인은 OOO로부터 쟁점운송비 관련 세금계산서를 수취하고 운반비로 계상하여 부가가치세 매입세액을 공제받았으며, 청구법인이 OOO와의 약속에 따라OOO원과 OOO에 대한 중개료 상당액OOO원을 청구법인 대표이사 OOO가 되돌려 받아 쟁점금액을 청구법인 통장에 입금하였다.

(2)처분청은 수정신고가 과세자료해명안내 통지일 보다 늦었다는 이유로 청구법인 대표자에게 상여로 소득처분을 하였으나, 청구법인은가공운반비로 사외유출된 금액 중 쟁점금액은 과세자료해명안내 통지를받기 전인 2012.6.27.부터 2013.1.14.까지 회수하여 청구법인 예금으로 입금하였으므로 “경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우”가 아니고, 과세자료 해명안내문 통지 이전에 이미 회수하여 회사 자산으로 계상된 금액을 수정신고하였으므로 쟁점금액은 사내유보로 소득처분함이 적법하다.

나.처분청 의견

(1)청구법인은 과세자료 해명안내문을 받기 이전에 가공운송비를 회수하였다고 주장하나, 실제 회수된 것으로 볼 수 없는 대표이사 가지급금의 반제로 처리하거나 가수금으로 회계처리할 것을 선급금의 감소로 임의 회계처리하는 등 실질적으로 대표이사에게 귀속되거나, 대표이사가 인출할 수 있는 상태에 있어 청구법인에게 회수되지 않고 대표이사에게 귀속된 것으로 볼 수 있다.

(2) 「법인세법 시행령」제106조 제4항에서 가공경비 등으로 인한 사외유출금액과 관련하여 내국법인이 “ 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한 내”에 “사외유출된 금액을 회수”하고 “세무조정으로 익금에 산입하여 신고”한다는 3가지 요건을 모두 갖출 경우 사내유보로 소득처분 하도록 규정되어 있으면서 동 조항 단서에 “다만, 다음 각 호의 어느하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우”, 같은 조 같은 항 제4호 “관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우”에 해당하면 사내유보로 소득처분할 수 없도록 되어 있으므로 청구법인의 경우는 「법인세법시행령 」제106조 제4항의 요건을 모두 갖추기 전에 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우에 해당되어 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알고 쟁점금액을 익금산입하여 수정신고한 것으로 보아 대표자에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)

제67조(소득처분)제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2)법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(중 략)에게 귀속된 것으로 본다.

나.귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

2.익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④내국법인이 「국세기본법」제45조의 수정신고 기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

4.납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

6.그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

다.사실관계 및 판단

(1)처분청은 2013.9.11. 청구법인에게 쟁점운송비 중 2012년 제1기 위장가공자료에 대한 부가가치세 해명자료 제출 안내를 한 것으로 확인되고, 청구법인은 그 이후인 2013.12.31. 쟁점운송비에 대하여 익금산입후 쟁점금액OOO원은 기타사외유출로 소득처분하여 법인세를 수정신고한 것으로 나타난다.

(2)처분청이 제시한 자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가)처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사 종결보고서에 2013년 7월 쟁점운송비 관련 매입세금계산서가 가공세금계산서임을 확인하고 쟁점운송비 중 수수료 지급분 등을 제외한 쟁점금액은 청구법인 계좌로 회수되었으며, 2013년 9월 처분청이 청구법인에게 과세자료해명안내문을 발송하고 2013년 12월 청구법인이 수정신고한 것을 경정이있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 쟁점금액을 사내유보가 아닌 대표자에게 상여로 소득처분한 것으로 나타난다.

(나)청구법인이 제출한 과세전적부심사청구 추가참고자료에 청구법인의 OOO 금융거래내역 중 OOO이라고 표기된 것은 OOO에서 회수된 금액을 청구법인 직원을 통하여 회사예금에 입금시 입금자를 OOO으로 은행입금표에 표기하여 입금한 것으로 나타난다.

(3)청구법인이제시한 자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가)청구법인은 소득금액변동통지서를 2014.7.16. 수령하여 2014.8.11.원천징수이행상황신고서를 제출하고 원천징수세액 OOO원을 납부하였다.

(나)청구법인은 대표자로부터 되돌려받은 쟁점금액에 대하여 2012사업연도에 OOO원은 거래처OOO 선급금 회수, 나머지 OOO원은 2013사업연도에 거래처 선급금 회수로 회계처리한 것으로 거래처 가지급금 및 선급금 원장에 나타난다.

(다)청구법인이 제출한 2013사업연도 선급금 거래처원장OOO에 따르면 당초 대표자 가지급금 회수액으로 처리된 OOO원이 2013.1.1. “전기 선급금 계정 가지급으로 오류 입력”을 원인으로 거래처OOO 선급금 회수액으로 처리되어 있고, 2012사업연도 법인세 수정신고시(2013.12.31.) 상기 OOO원에 대한 가지급금 인정이자 OOO원을 익금산입 유보로 소득처분한 사실이 확인된다.

(라)처분청에서 OOO에게 선급금 발생경위 등을 유선으로 확인한 바, 2011년경 고철 등 납품조건으로 선수금 OOO원을 청구법인으로부터 수령하였으나, 고철 등은 납품하지 못하였고 현재까지 선수금을 변제하지 못하고 있다고 답변한 것으로 나타난다.

(마)청구법인은 대표자OOO로부터 되돌려 받은 쟁점금액이 청구법인명의 예금통장에 입금되었다고 주장하며, 청구법인의 2012.6.27.부터2013.1.14.까지의 OOO 등의 금융거래내역을 제출하였다.

(4)국세청 국세통합전산망 등에 따르면 OOO이 2000.7.25.개업한 재활용폐자원 도매업을 영위한 사업자로 2012.11.21. 폐업하였으며, 청구법인에게 매출세금계산서를 교부한 사실은 없는 것으로 확인된다.

(5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은과세자료 해명안내 이전에 쟁점금액을 회수하여 청구법인의 예금통장에 입금하였음에도 불구하고, 수정신고를 해명안내 이후에 하였다고 하여대표자에게 상여로 소득처분함은 부당하다고 주장하나, 「법인세법시행령」제106조 제4항의 사내유보로 소득처분하는 경우란 경정이 있을것을 알기 전에 사외유출 금액의 회수와 수정신고가 이루어진 경우에 한하여 적용하는 것이 납세자의 자기시정 기회를 주고자 하는 입법취지에 부합하는 점, 청구법인이 쟁점금액 중 일부를 대표이사 가지급금을 회수한 것으로 회계처리한 것은 사실상 대표이사에게 사외유출되었다가 대표이사가 가지급금을 변제한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점금액을 선급금과 상계처리한 것은 금융거래 조작을 통하여 상대방으로부터 선급금을 회수한 것처럼 회계처리한 것으로, 당해 선급금은 회수처리된 금액 범위 내에서는 언제든지 사외유출할 수 있는 것으로이를 회수하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.