청구법인은 종합건설업을 영위하는 상장법인이며 외부조정계산서 첨부대상법인으로서, ’93.2.27 정기주주총회에서 ’92.1.1～’92.12.31 사업년도(이하 “’92사업년도”라 한다) 재무제표에 대한 승인을 받은 후 세무조정에 의하여 조세감면규제법(’93.12.31 전면개정 전의 것, 이하 같다) 제55조에서 규정한 증자소득공제액 1,455,258,795원을 각 사업년도 소득금액에서 공제하여 법인세과세표준 및 세액을 산출한 다음 ’93.3.29 처분청에 법인세 과세표준 및 세액을 신고납부하고, 위 증자소득공제를 함에 따라 적립해야 할 기업합리화적립금 494,787,990원을 ’94.2.26 ’93.1.1～’93.12.31사업년도(이하 “’93사업년도”라 한다)의 정기주주총회에서 승인한 이익잉여금 처분에 의하여 적립하였다.

처분청은 청구법인이 증자소득공제를 적용받은 ’92사업년도의 이익잉여금 처분시 미처분잉여금이 충분히 있었음에도 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 것은 조세감면규제법 제91조의 규정에 위배된다는 이유로 증자소득공제를 배제하여 법인세과세표준을 경정하고, ’94.12.16 청구법인에게 ’92사업년도분 법인세 716,835,040원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 ’95.2.9 심사청구를 거쳐 ’95.5.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 ’92사업년도의 법인세과세표준신고 및 세액을 신고납부하면서 증자소득공제를 적용받고도 ’92사업년도의 잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다는 이유로 증자소득공제를 배제하였으나,

① 청구법인은 ’92사업년도의 제무제표승인 및 이익잉여금처분을 위한 정기주주총회를 할 당시에는 증자소득공제에 관한 의사결정이 확정되지 아니하여 증자소득공제에 따른 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였지만 ’92사업년도의 미처분이익잉여금중 1,102,934,066원을 차기로 이월하였다가 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하였는 바, 기업합리화적립금으로 적립해야 할 금액이 비생산적으로 사용되거나 사외에 유출되지 아니하고 기업자체내에 유보되어 있었으며,

② 청구법인은 상장법인으로서 ’92.12.31 현재 주주가 9,397명으로 임시주주총회의 개최가 곤란할 뿐 아니라 또한, 당해 사업년도 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해사업년도에 적립해야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 다음 사업년도의 잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하여야 한다는 관련법령의 규정에 있어 그 규정에 따라 ’93사업년도의 잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적법히 적립하였으며,

③ 기업합리화적립금의 취지는 조세감면규제법에 의하여 세액공제 및 감면을 받은 기업이 그 감면받은 세액상당액을 기업내에 유보하도록 하여 당해 기업의 자본을 유지하기 위한 것으로서 기업합리화적립금의 적립은 증자소득공제를 받기 위한 선행요건이 아니라 소득공제를 받은 자가 이행하여야 할 사후요건이고, 적립해야 할 기업합리화적립금이 세무조정에 의하여 증액되었는지 여부, 당해 사업년도에 적립해야 할 기업합리화적립금에 상당하는 잉여금이 있었는지 여부에 관계없이 그 다음 사업년도의 잉여금 처분시 적립하면 된다는 대법원의 판례에 비추어 볼 때, 조세감면규제법 시행령(’93.12.31 전면개정 전의 것, 이하 같다) 제65조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 『… 세무조정으로 인하여 당해과세년도에 적립해야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우』라 함은 당해사업년도의 결산확정시 기업합리화적립금을 추산하여 적립한 상태에서 세무조정으로 세액공제·세액감면 또는 소득공제가 증가하여 기업합리화와 적립금으로 적립해야 할 금액이 증액된 경우는 물론 기업합리화적립금을 전혀 적립하지 아니한 상태에서 세무조정으로 인하여 세액공제나 세액감면 또는 소득공제를 하게됨으로써 기업합리화적립금으로 적립해야 할 금액이 신규로 발생된 경우도 포함되는 것으로 해석·적용함이 보다 타당할 것이다.

그러므로 청구법인이 ’92사업년도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 증액된 이 건 기업합리화적립금을 그 다음사업년도인 ’93사업년도의 잉여금 처분시 적립한 것은 기업합리화적립금을 적법하게 적립한 것이므로 증자소득공제를 배제한 처분청의 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

기업합리화적립금의 적립은 세액공제·소득공제를 받은 당해 사업년도의 잉여금 처분에 의하여 적립하여야 하고, 당해 사업년도의 잉여금 처분시 적립하지 아니하고 법인세 과세표준을 신고한 경우에는 국세기본법 제45조(’94.12.22 개정되기 전의 것)에 규정하는 수정신고 기한내에 소정의 절차에 따라 적립한 후 이에 대한 관계서류를 첨부하여 수정신고하여야 하는 바, 청구법인은 법정수정신고 기한까지 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였으므로 이 건 법인세 과세처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구는 증자소득공제를 적용받은 청구법인에 대하여 기업합리화적립금을 당해사업년도의 이익잉여금 처분으로 적립하지 아니하고 그 다음 사업년도의 이익잉여금 처분으로 적립하였다 하여 증자소득공제를 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

(1) 조세감면규제법 제55조 제1항에서 『내국법인(영리법인에 한한다)이 법인외의 자, 외국법인 또는 대통령령이 정하는 법인으로부터 대통령령이 정하는 기간내에 금전출자를 받아 자본을 증가하고 자본에 관한 변경등기를 한 경우(법인설립에 관한 등기후 2년 이내에 자본변경등기를 하는 경우를 제외한다)에는 그 변경등기를 한 날이 속하는 달의 다음달부터 24월간(제조업을 영위하는 법인의 경우에는 36월간) 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다.

공제금액=증가된 자본금액×× 금융기관의 이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 공제율』라고 규정하고 있다.

(2) 조세감면규제법 제91조 제1항에서 『… 제55조·제71조·제71조의2·제72조 … 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고 있고, 그 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.』고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 시행령 제65조 제1항에서 『법 제91조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로서 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해과세년도의 결산확정일( 법인세법 제26조 제3항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우』라고 규정하고 있고, 그 제3항에서 『제1항의 경우에 있어서는 그 다음 사업년도의 이익금 처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 청구법인이 상장법인으로서 외부회계감사대상법인(외부조정계산서 첨부대상 법인)이며, ’92사업년도의 경우 조세감면규제법 제55조에서 정한 증자소득공제요건에 해당되고, 결산확정일후 공인회계사의 세무조정을 거쳐 법인세 과세표준 신고시 조세감면규제법 시행령 제45조 제12항의 규정에 의한 증자소득공제신청서를 제출한 사실과 외부조정(세무조정)에 의하여 공제한 증자소득공제액이 1,455,258,795원이고 이 증자소득공제액에 대한 법인세 상당액이 세무조정후 법인세 과세표준을 기준으로 할 때 494,787,990원으로 산정되는 점에 있어서는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으며,

(2) 청구법인은 ’92사업년도의 대차대조표, 손익계산서와 이익잉여금처분계산서에 대하여 ’93.2.27 주주총회의 승인의결을 거쳐 결산을 확정하였고, 세무조정으로 증자소득공제액 1,455,258,795원을 각 사업년도 소득금액에서 공제하여 법인세 과세표준과 세액을 산정한 다음 ’93.3.29 이를 처분청에 신고하였으며, ’94.2.26 주주총회에서 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 ’92사업년도에 증자소득공제액 1,455,258,795원을 공제받음에 따라 적립해야 할 기업합리화적립금 494,787,990원을 포함하여 1,050,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하였음이 법인세과세표준 및 세액신고서, 이익잉여금 처분계산서에 의하여 확인되며,

(3) 청구법인은 ’93.2.27 ’92사업년도의 결산확정시 차기이월하여 보유하고 있던 미처분이익잉여금 1,102,934,066원을 ’94.2.26 주주총회에서 이익잉여금 처분으로 위 기업합리화적립금을 적립할 때까지 그대로 보유하고 사외에 유출시킨 바 없었음이 확인된다.

라. 판 단

이상 관련법 규정과 사실관계를 종합하여 살피건대,

(1) 조세감면규제법 제55조 제1항·제2항과 동법시행령 제65조 제1항·제3항에 의하면 증자소득공제를 적용받은 (※ “적용받을”이 아님) 소득금액에 대한 법인세 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고 이를 적립하지 아니한 경우에는 증자소득공제를 적용하지 아니하되, 당해 과세년도의 결산확정일(사업년도 종료일 이후 60일내) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우 등에는 그 다음 사업년도의 이익잉여금 처분에 있어서 이를 적립하도록 하고 있는 바,

① 세무조정이란 세법의 규정에 의한 익금산입, 손금불산입, 손금산입, 익금불산입 사항을 가감계산하는 협의의 세무조정과, 과세소득 및 과세표준의 산정은 물론 납부할 세액의 계산까지를 포함하는 광의의 세무조정이 있고, 일반적으로 세법상 세무조정이라 함은 후자의 경우를 말하는 바, 이 경우의 세무조정은 그 절차를 기준으로 기업이 스스로 기말의 결산정리를 통하여 장부에 반영하여야 하는 소위 “결산조정”과 장부에 계상함이 없이 결산서상의 당기순이익을 기초로 하여 법인세 과세표준 및 세액신고서(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에만 계상해도 되는 소위 “신고조정”으로 나누어지며,

② 증자소득공제는 회사의 대차대조표, 손익계산서와 이익잉여금 처분계산서에 대하여 주주총회의 승인의결을 거쳐 결산확정이 있은후 법인세 과세표준 및 세액신고를 함에 있어 세무조정계산서상에서 손금으로 조정하는 사항이고 신고조정된 각 사업년도 소득금액을 한도로 하여 공제하게 되어 있으며(결산서상 소득금액이 발생하였다 하더라도 세무조정에 의하여 결손이 될 수도 있음), 또 세무조정의 결과에 따라서는 최저한세 규정의 적용을 받게 되는 경우도 있고, 또한 경우에 따라서 당초 결산확정전에는 소득공제를 할 의사가 없었으나 그 후 소득공제를 받기로 의사결정을 새롭게 할 수도 있다 할 것이며, 한편 증자 소득공제에 따른 기업합리화적립금의 적립은 증자소득공제액 상당액을 곧바로 적립하는 것이 아니라 증자소득공제를 받은 금액에 대한 법인세상당액을 적립하는 것이므로 정확한 금액의 기업합리화적립금의 적립은 세무조정(신고조정)에 의하여 법인세 과세표준과 세액이 조정신고된 후 소집되는 주주총회의 의결을 통해서만 가능하다 할 수 있겠고,

③ 조세감면규제법 제91조 제1항은 그 문리상의 표현을 보더라도 증자소득공제를 “적용받을” 내국법인이 아니라 “적용받은” 내국법인으로 표현되어 있고 그 “공제받을” 소득금액이 아니라 “공제받은” 소득금액으로 표현되어 있어 이를 문리해석측면에서 볼 때, 외부조정계산서 첨부대상법인인 경우 주주총회의 의결에 의한 결산확정후 세무조정에 의하여 증자소득공제를 받은 경우 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하는 것이지 공제도 받기전에 장차 공제할 금액을 추정하여 미리 기업합리화적립금을 적립하는 것으로는 해석하기 어렵다 하겠고,

④ 대법원의 판례(대법 93누15601, 1994.1.4, 대법85누638, 1985.11.12, 대법85누190, 1985.9.10, 대법84누774, 1985.10.22, 대법82누462, 1983.3.22, 대법79누403, 1981.2.10)에 의하면, 기업합리화적립금의 적립은 감면이나 소득공제등의 사전요건이 아니라 사후요건이고, 기업합리화적립금이 세무조정에 의하여 증액되었는지 여부에 관계가 없으며, 당해 적립하여야 할 기업합리화적립금에 상당하는 충분한 이익잉여금이 있었던 경우에도 그 다음 사업년도에 적립하면 된다는 것이 대법원의 일관된 입장임을 볼 때, 조세감면규제법 시행령 제65조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 “… 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우”라 함은 당해 사업년도의 결산확정시 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액을 추산하여 이를 적립한 상태에서 세무조정으로인하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제가 증가되어 기업합리화적립금으로 적립한 금액이 증가된 경우는 물론 기업합리화적립금을 전혀 설정하지 아니하였던 상태에서 세무조정으로 인하여 세액공제나 세액감면 또는 소득공제를 하게 됨으로써 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액이 신규로 발생된 경우도 포함되는 것으로 해석·적용함이 보다 타당하고 합리적인 법해석·적용이라 하겠고,

(2) 조세감면규제법 제91조와 동법시행령 제65조에서 세액공제나 세액감면(소득공제의 경우에는 그 공제받은 금액에 대한 법인세 상당액)받은 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 한 것은 동 세액공제에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 기업합리화적립금으로 적립하였다가 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조를 개선하고 견실화하기 위한 것이라 하겠는데 청구법인의 경우 ’93.2.27 주주총회에서 ’92사업년도의 이익잉여금 처분시 미처분된 잔액 1,102,934,066원이 그대로 차기이월 이익잉여금으로 이월되어 ’94.2.26 주주총회에서 이 건 기업합리화적립금 484,787,990원을 적립할 때까지 그대로 유보하고 사외에 유출시킨 바 없었음이 확인되며,

(3) 청구법인은 상장법인으로서 ’92사업년도의 결산확정을 위한 정기주주총회는 ’93.2.27 이미 끝난 후였고 그 후 임시주주총회를 다시 소집하는 것은 사실상 어려우므로 ’92.3.29 세무조정으로 공제한 이 건 증자소득공제에 따른 기업합리화적립금을 ’92사업년도에 적립하지 못하고 다음해인 ’93사업년도의 결산확정을 위한 ’94.2.26 주주총회에서 승인의결을 거쳐 적립한 것이 확인되고 있고, 이와 같이 이 건 기업합리화적립금을 그 다음 사업년도 이익잉여금 처분시(’94.2.26) 적립한데에 기타 부당한 목적이 있었던 사실도 발견되지 아니한다.

이상내용을 종합하여 볼 때 이 건 증자소득공제(1,455,258,795원)에 따른 기업합리화적립금(494,787,990원)을 ’92사업년도에 대한 ’93.2.27 결산확정시 적립하지 아니하고 ’93사업년도에 대한 ’94.2.26 결산확정시 적립했다는 이유만으로 처분청이 동 증자소득공제액 1,455,258,759원을 공제부인하였음은 타당하지 못한 반면(국심 94서2222, ’94.11.28 같은 뜻임) 동 공제를 주장하는 청구주장은 이유있는 것으로 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.