처분청은 청구인이 1997.8.20. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 283.4㎡ 및 그 지상건축물 737.88㎡(이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 취득한데 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 2000.12.29. 세무조사결과 이 사건 부동산은 수익(임대)사업에 사용되고 있고, 대도시내에서의 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되므로 취득세 등을 과세예고 하자 청구인이 그 취득가액(650,000,000원)에 구 지방세법(1998.12.

31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제112조 제1항 및 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 13,000,000원, 농어촌특별세 1,300,000원, 등록세 97,500,000원, 교육세 19,500,000원, 합계 131,300,000원을 2001.3.23. 신고납부 하므로 같은 날 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 사립학교법 제10조의 규정에 의해 교육부장관으로부터 학교법인 설립허가를 받아 1997.7.12. 종교·자선 등 사회복지를 위한 신학대학교를 설립 운영하는 비영리 학교법인으로서, 당초 학교법인 설립 허가조건에 수익용 기본재산에서 생긴 소득의 100분의 80이상에 해당하는 가액을 대학운영경비로 충당하도록 되어 있고, 대학설립·운용규정 제7조에서 학교법인은 대학의 연간 학교회계 운영수익 총액에 해당하는 가액의 수익용 기본재산을 확보하도록 규정하고 있어서 이 사건 부동산을 취득하게 된 것으로, 이는 고유목적사업을 위하여 수익용 기본재산으로 확보하도록 되어 있는 강제적 규정에 의해 불가피하게 취득하여 보유하고 있는 부동산이므로, 형식상은 수익용이지만 내용상으로는 기본재산에 속하는 데도 이미 비과세한 취득세 및 등록세를 추징하면서 등록세는 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구는 학교법인의 수익사업용 부동산이 비과세 대상인지 여부와 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 (2000.12.29 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 같은 법시행령 제79조제1항 제2호, 제94조 제1항에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득 등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 지방세법(1998.12.31 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 및 같은 법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항에서 대도시 내에서의 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여는 제131조에 규정한 당해 세율의 5배로 하여 등록세를 과세하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1996.12.6. 교육부장관으로부터 학교법인 설립허가를 받고, 1997.7.12. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 주사무소를 둔 학교법인 계약학원을 설립한 후 1997.8.20. 이 사건 부동산을 취득하여 1997.12.19. 이후 계속 임대(1층 : 미장원·제과점, 2층 : 교회, 3·4층 : 주택)하고 있으므로, 처분청은 이 사건 부동산이 수익사업용 부동산이고, 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득 등기하는 부동산에 해당되므로 비과세한 세액을 추징하고, 등록세를 중과세하는 과세예고를 하자 청구인이 신고납부 하므로 이를 징수하였음을 제출된 관련자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산은 관련규정에 의하여 불가피하게취득하여 수익(임대)사업에 사용하고 있으므로 이는 고유목적사업에 사용하는 부동산으로 보아 비과세 하여야 하고, 신앙지도자 양성을 위하여 설립된 공익법인에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장하지만, 지방세법에서 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득·등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하나, 임대사업과 같은 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있는 바, 학교법인 설립허가조건에 수익용 기본재산을 확보하여 그 소득으로 대학운영경비를 충당하도록 한 것은 허가조건에 불과한 것이고, 그 허가조건을 충족하기 위하여 이 사건 부동산을 임대하여 그 수익금으로 법인의 목적사업에 사용한다고 하여 부동산임대 그 자체가 비과세대상인 학교경영사업에 해당된다고는 볼 수 없고, 또한 청구인은 1997.7.12 대도시인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 주사무소를 둔 학교법인 계약학원을 설립하고서, 그로부터 5년 이내인 같은 해 8.20. 대도시내인 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 소재 이 사건 부동산을 취득하여 등기를 한 이상 등록세 중과세 대상에 해당되므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 1. 28.

행 정 자 치 부 장 관