처분청은 청구인이○○도○○○시 소재○○고등학교 신설 부지로 편입되는○○도○○○시○○읍○○리 산45번지외 4필지 토지 11,670㎡(이하 “이 사건 수용부동산”이라 한다)를 2006.12.22.○○도교육감에게 협의매각하고, 2007.1.3. 최초보상금을 수령한 후,2007.6.28.○○○○시○○○구○○동 45-70번지 토지 268㎡와 그 지상건축물 685.4㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 대체취득한 다음, 구 지방세법(2006.12.28. 법률 제8099호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제109조제1항 및 제127조의2제2항의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 신청하였으나, 이 사건 부동산을 2006.12.28. 개정된 지방세법(법률 제8099호, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 제109조제1항 및 제127조의2제2항에서 규정하고 있는 비과세대상 제외 지역에서 취득한 경우로 보아 이를 반려함에 따라 이 사건 부동산의 취득가액 2,854,160,000원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 57,083,200원, 농어촌특별세 5,708,320원, 등록세 57,083,200원, 지방교육세 11,416,640원, 합계 131,291,360원을 신고하고 납부하자 이를 수납하고 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2006.12.28. 개정 지방세법시행 이전인2006.12.22. 청구외○○도 교육감과 이 사건수용부동산에 대한 손실보상 협의계약을 체결하면서 보상금 지급을 신청하였으나, 청구외○○도 교육감이 이 사건 수용부동산의 등기 접수일 이후인 2007.1.3. 최초보상금을 지급하였으므로 개정 지방세법 시행이전에 보상금을 수령하지 못한 귀책사유는 행정기관인 청구외○○도 교육감에 있음에도 취득세 등을 비과세하지 아니하는 것은 부당하며, 개정 지방세법 시행이전인 2006.12.27. 이 사건 수용부동산에 대한 소유권이전등기가 경료 되었으므로 이 사건 수용부동산은 개정 지방세법 시행이전에 수용된 것으로 대체취득에 대한 감면조항도 그 당시의 지방세법의 규정을 적용하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 비과세하지 아니하는 것은 부당하다고 주장하면서 기 신고납부한 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 개정 지방세법 시행 이전에 수용부동산에 대한 협의계약을 체결하고, 사업시행자에게 보상금 지급을 신청하였으나,사업시행자의 사정으로 보상금 수령이 지체되어 개정 지방세법 시행 이후보상금을 수령한 경우 대체취득한 부동산에 대한 취득세 등이 비과세되는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면,구 지방세법 제109조제1항에서 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」·「도시계획법」·「도시개발법」 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득 할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 이에 대체할 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 지방세법 제127조의2제2항에서 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.”고 규정하고 있었으나,개정 지방세법 제109조제1항에서는 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」·「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」·「도시개발법」등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체 취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고,그 제1호에서 농지외의 부동산 등을 규정한 후, 가목에서 매수·수용·철거된 부동산등이 소재하는 특별시·광역시·도 내의 지역, 나목에서 가목 외의 지역으로서 매수·수용·철거된 부동산등이 소재하는 시·군·구와 연접한 시·군·구 내의 지역, 다목에서 매수·수용·철거된 부동산등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다.”라고 규정하고, 같은 법 부칙 제1조에서 이 법은 공포한 날부터 시행한다고 규정하면서, 동 부칙 제2조에서 제109조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 보상금을 수령하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2006.12.22. 이 사건 수용부동산의 손실보상 협의계약을○○도○○○시○○고등학교 신설부지 편입사업시행자인 청구외○○도교육감과 체결하고, 2006.12.27. 청구외○○도교육감 명의로 이 사건 수용부동산의 소유권이전등기를 경료하였으며, 2007.1.3. 이 사건 수용부동산의 보상금을 최초로 수령한 후, 2007.6.28. 이 사건 부동산을 취득하였음은 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은개정 지방세법 시행 이전에 사업시행자에게 보상금 지급을 청구하였으나, 사업시행자의 사정으로 보상금 수령이 지체되어 2007.1.3. 보상금을 수령하였음에도 개정 지방세법 시행이후에 보상금을 수령하였다하여 처분청이 개정 지방세법을 적용하여 이 사건 부동산을 대체취득에 따른 비과세 대상에서 제외하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 조세의 규정은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하여야 할 것으로(같은 취지의 대법원 2003.1.24.선고, 2002두9537판례 참조)서 개정 지방세법 제109조제1항다목에서 비과세 대상인 대체취득부동산의 지역범위에 매수·수용·철거되는 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도내의 지역을 포함하되, 소득세법 제104조의2제1항의 규정에 따른 투기지역을 제외하도록 규정하면서 같은 법 부칙제2조에서는 제109조의 개정규정은 2006.12.28.부터 시행하고 이 법 시행 후 최초로 보상금을 수용하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로청구인의 경우,비록 청구인의 사정이 아닌 사업시행자의 사정으로 보상금 수령이 늦어졌다 하더라도개정 지방세법 시행 이후인 2007.1.3.에 이 사건 수용부동산에 대한 보상금을 최초로 수령한 사실이 관련 증빙서류에서 입증되는 이상, 개정 지방세법의 적용대상이라 할 것이며, 청구인이 대체취득한 이 사건 부동산의 소재지인○○○○시○○○구는 이 사건 수용부동산의 소재지인○○도와 연접하였으나,○○○시와는 연접한 시·군·구가 아니며, 소득세법 제104조의2제1항의 규정에 의하여 2005.6.30. 투기지역으로 지정되어 있어 이 사건 부동산의 취득은 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세 대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 신고납부한 취득세 등을 수납한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2008. 1. 28.

행 정 자 치 부 장 관