가. 청구인은 2004.10.12. 대전광역시 OOO동 19-1 답 449㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 소유권 이전등기를 경료하였다가 2017.4.3. 이를 양도하고 2017.5.11. 양도소득세 예정신고를 하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면(감액세액 OOO원) 등을 신청하였다.

나. 처분청은 2017.10.11.부터 2017.10.20.까지 세무조사를 실시하여 쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당하지 아니하고 청구인이 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면적용을 배제하여 2017.11.7. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.16. 이의신청을 거쳐 2018.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1990년부터 쟁점토지를 임차하여 경작하던 중 2003.10.22. 잔금을 지급하여 해당 토지를 취득한 후 2017.3.27.까지 자경하였는바, 농지원부, 농업경영체등록(변경등록) 확인서, 농협조합원 증명서, 농자재 구입내역, 재산세 환급내역, 경작사실 확인서 등에 의하면 청구인의 쟁점토지 보유기간(2003.10.22.～2017.4.3.) 중 폐플라스틱 용기 등을 보관하였던 시기(2011～2014년)를 제외한 9년 4개월 이상 자경한 사실을 확인할 수 있고, 설령 처분청의 의견과 같이 자경기간이 8년(5년 7개월)에 미치지 못하는 것으로 보더라도 2016.8.31. 충청남도 OOO리 245-1 전 2,279㎡(이하 “대체농지”라 한다)를 취득하였고 동 대체농지의 취득일부터 쟁점토지를 양도(2017.4.3.)하였으므로 대토농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족한 것으로 인정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지의 실제 취득일이 2003.10.22.(잔금청산일)이라고 주장하고 있으나 청구주장과 같은 잔금청산일을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료가 없으므로 등기접수일(2004.10.12.)을 취득일로 보는 것이 타당한 점, 쟁점토지의 경우 항공사진 및 현지확인 내용 등에 의하면 양도 당시 폐적물이 야적되어 있는 등 나대지 상태인 것으로 확인되는 반면, 농업에 사용한 흔적 등을 발견할 수 없어 농지에 해당하지 아니한 것으로 보이고 청구인도 자필 확인서(2017.10.11.) 등을 통하여 양도 당시 농지가 아니었음을 확인한 사실이 있는 점, 청구인이 제시하고 있는 인우보증서 등 영농증빙은 작성시점 및 청구인의 토지보유 면적 등을 볼 때 신빙성 있는 자료로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 생략] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년(괄호 생략) 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(괄호 생략)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ① 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

(4) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(5) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항전부증명서 및 주민등록정보에 의하면 청구인은 2004.10.12. 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기를 경료하여 2017.4.3. 이를 양도한 것으로 등기되어 있고, 1985.9.10.부터 현재까지 대전광역시 OOO동 118-2번지에 거주하고 있는 것으로 되어 있다.

(2) 국세청 전산망에 의하면 청구인은 1985.6.10. 폐품 및 고철 등 도소매업(상호명 : OOO)을 개업하여 현재까지 운영하고 있는바, 청구인의 사업장 변경이력 및 소득세 신고내역은 각각 아래 <표1>, <표2>과 같다.

<표1> 청구인의 사업장OOO 변경이력

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<표2> 청구인의 소득세 신고내역

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(3) 청구인의 부동산(전, 답) 취득·양도내역 및 쟁점토지에 대한 재산세 과세유형은 각각 아래 <표3>, <표4>와 같고, 처분청은 2018.5.15. 관할 지방자치단체(대전광역시 OOO구청 세무과)에 재산세 과세유형 변경사유를 조회 요청하였는바, 2015년·2016년 분리과세 정정은 항공사진에서 드럼통의 야적 여부가 판단근거이고 농지 이용여부는 확인하지 않은 것으로 회신받은 것으로 나타나고 있다.

<표3> 청구인의 부동산(전, 답) 취득·양도내역

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<표4> 쟁점토지에 대한 재산세 과세유형

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(4) 쟁점토지에 대한 처분청의 주요 조사내용은 아래와 같다.

(가) 쟁점토지에 대한 처분청의 현장확인 내용은 아래와 같다.

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(나) 청구인의 확인서(2017.10.11.)에는 쟁점토지를 2011.3.28.부터 양도시까지 OOO(고물상)의 사업장으로 사용하였으나, 농산물품질관리원에서 해당 농지에 드럼통을 적치되어 있어 이를 철거하라고 하여 조금씩 철거를 하고 2015년 8월까지는 농사를 지었으나 양도 당시는 농지가 아니었음을 확인하는 내용이 기재되어 있고, 청구인 문답서(2017.10.18.)의 주요 진술내용은 아래와 같다.

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(5) 한편, 청구인이 제출한 주요 증빙자료는 아래와 같다.

(가) 김OOO 외 1명(쟁점토지의 양수인)의 확인서(2018.2.5.)에는 2013년부터 쟁점토지를 매입하려 시도하였으나 2014년도에 물건 적재(PVC통) 등을 이유로 거절되었고 2015년과 2016년에 현장에 수차례 방문하였을 당시 옥수, 들깨 등이 경작되고 있는 것을 목격하였으며 유실수 포함하여 매입하기로 하였다는 내용이 기재되어 있고,

이OOO의 확인서(2018.2.14.) : 2017.10.19. 세무서 직원이 방문하여 쟁점토지 등에 대한 경작 여부를 문의하였는바, 2015년 봄부터 매각전까지 농사를 지었다고 진술하였음을 확인하는 내용이 기재되어 있으며,

박OOO 외 2명의 확인서(2018.1.26.～2018.2.11.)에는 청구인으로부터 2015년, 2016년경 옥수수 등 수확한 농작물을 받아 소비한 사실이 있고, 남OOO 외 2명(인근 주민)의 확인서(2017.12.5.)에는 청구인 부부가 쟁점토지를 경작한 것을 목격한 사실이 있음을 확인하는 내용이 각각 기재되어 있다.

(나) 청구인은 단위농협 조합원 증명서(가입일자 : 1998.10.9.), 농지원부, 농업경영체 등록(변경등록) 확인서(2017.11.23. 쟁점토지가 ‘휴경’으로 기재), 농사일지(2015년 및 2016년도에 옥수수 및 들깨 등을 재배한 것으로 기재), OOO농업협동조합의 농자재 공급확인서 및 거래자별 상품별 매출집계 등을 증빙자료로 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청의 현장확인 내용 및 제시된 항공사진 등에 의하면 청구인은 고물상을 운영하면서 쟁점토지를 폐드럼통 등 폐적물의 적치장으로 사용한 사실이 있고 양도 당시 인근 사업장의 폐기물이 적치되어 있는 것으로 나타나고 있는 점, 청구인도 확인서 등을 통하여 쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당하지 아니한다고 확인한 사실이 있는 점, 청구인은 농자재 구입내역 등 영농관련 자료를 제시하고 있으나 청구인의 농지보유 현황 등을 볼 때 쟁점토지의 영농과 직접 관련된 자료인지 여부가 불분명한 점 등에 비추어 쟁점토지의 경우 양도 당시 농지에 해당한다고 보기 어려우므로 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.