청구인은 경기도 군포시 OO동 OOOOO 소재 대지 1,480.4㎡, 건물 3개동 652.32㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 임대업을 영위하다가 이를 1998.10.30 재단법인 천주교 OOOOOO재단(이하 “양수법인”이라 한다)에 양도하고 쟁점부동산중 토지가액을 1,164,280,000원, 쟁점건물가액을 0원으로 하여 건물에 대한 부가가치세를 신고납부 하지 않았다.

처분청은 쟁점부동산의 양도가액이 1,164,280,000원에 거래된 사실을 인정하고 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 건물가액을 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 86,758,320원으로 하여 1999.4.14 청구인에게 1998년 제2기분 부가가치세 10,410,990원을 경정 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.6.18 심사청구를 거쳐 1999.11.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

쟁점부동산은 가압류된 상태로 법원으로부터 경매개시가 결정되어 처분해야 할 절박한 사정이었으나, IMF로 매매가 이루어지지 않는 상황에서 양수법인이 쟁점부동산중 건물 3개동 652.32㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)는 필요없으므로 철거하겠다고 하여 토지만 공시지가 보다 약간 높은 1,164,280,000원으로 양도하게 된 것으로서,

쟁점부동산의 매매계약서에 토지가액 1,164,280,000원으로, 쟁점건물가액을 0원으로 구분하여 기재하여 양도하였고, 청구인이 제시하는 증빙자료에 의하여 쟁점건물 양도가액이 0원이라고 확인할 수 있음에도 처분청이 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 지방세법상 과세시가표준액에 의하여 안분계산한 가액으로 부가가치세를 과세한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

나. 국세청장 의견

국세청예규 부가46015-2062(1998.9.10)에서 「사업자가 토지 및 건물 등을 양도함에 있어 건물 등은 양도자의 부담으로 철거하여 나대지 상태로 양도하는 것을 원칙으로 하되 양도자가 철거하지 않고 양도하면 건물 등의 양도가액은 없는 것으로 한다는 내용을 계약서에 명시하였다 하더라도 양도당시 건물 등을 철거하지 않은 상태로 양도하는 경우에는 당해 건물 등에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것임」이라고 회신하고 있으며, 사업자가 토지와 그 토지에 장착된 건물 및 기타구축물을 함께 공급하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의하여 그 건물 및 기타구출물의 공급가액은 실지거래가액에 의하는 것이며 이 경우 실지거래가액은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시가 되어 있으며 구분표시된 토지의 가액과 건물의 가액등이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 실지거래가액으로 보는 것(같은 뜻, 부가46015-1193, 1997.5.28)이므로 살펴보면,

청구인은 매매계약서상 쟁점건물가액이 없는 것으로 명시되어 있고 양수법인이 거래사실을 확인하고 있다고 주장하나, 신축한 지 1년도 되지 않은 쟁점건물을 건물가액 ‘0’원으로 평가하여 매도한 점과 양수법인이 쟁점부동산을 곧바로 헐지 않고 현재까지도 양수법인 고유의 목적인 성당건물로 사용하고 있는 사실 등의 정황을 종합하여 볼 때 청구인이 주장하는 구분표시된 토지와 건물가액은 정상적인 거래 등에 비추어 합당한 가액으로 인정되기 어려우므로 처분청이 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 지방세 과세시가표준액을 적용하여 건물부문에 대한 과세표준을 산출하여 결정고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건은 쟁점부동산을 토지가액과 건물가액이 불분명한 것으로 보아 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 가액을 건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제13조【과세표준】 제1항에서 「재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액에 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고자산에 대하여는 시가」로 규정하고 있으며,

같은조 제5항에서 「제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다」고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】「③ 사업자가 토지와 그 토지에 장착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

④ 제3항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 공시지가 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액」으로 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산중 토지를 1991.12.23 구획정리에 의한 환지로 취득하였고, 1997.12.1 쟁점건물을 신축하여 임대업을 영위하다가 1998.10.30 천주교 OOOOOO재단(양수법인)에 양도하였음이 관련자료에 의하여 확인되며, 쟁점부동산의 거래대금 총액이 1,164,280,000원이라는 사실에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 양도시 쟁점건물가액이 없는 것으로 하여 부가가치세를 신고납부하지 않았으나, 처분청은 쟁점부동산의 거래대금 총액을 인정하였으나 토지 및 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 위 거래대금 총액을 지방세법에 의한 과세표준으로 안분계산하여 산출한 건물가액에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 확인된다.

(3) 쟁점부동산의 거래대금 총액이 토지가액과 쟁점건물가액으로 구분되는지 본다.

청구인은 쟁점부동산의 양도시는 IMF하로서 정상적인 거래가 어려웠던 시기이며 임의경매신청이 들어오는 등 급박한 상황에서 토지만을 필요로 하는 양수법인과의 거래를 하면서 건물을 “0”원으로 평가하여 매매하였고, 이에 대하여 매매계약서, 양수법인의 장부사본 및 양수법인의 회의록 등을 제시하면서 거래대금총액에 쟁점건물의 실거래가액이 “0”원으로 확인된다는 주장이므로 살펴보면,

첫째, 전시한 부가가치세법 제13조 제1항 제3호에서 “재화의 공급에 있어서 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가”라고 규정하고 있고, 이건 쟁점건물의 경우 양도(1998.10.30)하기 1년이내인 1997.12.1 총공사비 110,000,000원(공급가액)으로 신축한 것이라고 처분청이 확인하고 있으므로 쟁점건물의 가액을 “0”원이라고 보는 것은 위 전시 규정에 반한다고 인정된다.

둘째, 양수자가 토지만 필요한 경우라 하더라도 양도자는 재산적 가치가 있는 건물에 대한 가액을 요구할 수 있고, 양수자도 필요한 토지를 취득하기 위하여는 건물가액을 계산해 주어야 하는 것이 거래관행인 바, 신축한지 1년도 안된 쟁점건물의 가액을 재산적 가치가 없는 것(0원)으로 보기는 어렵다고 판단된다.

셋째, 양수법인은 1998.10.30 쟁점부동산을 취득한 이후 쟁점건물을 철거하지 않고 성당의 고유목적으로 사용하고 있음이 2000.3.31 양수법인의 토지구입경위 및 확인서에 의하여 확인된다.

(4) 위의 사실을 종합하여 보면, 쟁점건물이 건축한지 1년도 지나지 않은 건물이며, 양수법인이 이를 철거하지 않고 계속 고유목적으로 사용하고 있는 것으로 미루어 볼 때, 청구인이 주장하는 쟁점건물의 가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당한 가액으로 인정하기 어렵다고 판단되므로 처분청이 쟁점부동산의 토지가액와 건물가액의 실거래가액 구분이 불분명한 것으로 보아 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 가액을 쟁점건물의 공급가액으로 보아 이 건 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.