청구법인은 태안화력발전소 부지를 조성할 목적으로 1992.6.25충청남도지사로부터 충청남도 태안군 원북면 방갈리 산4-1번지 일원162,749.4㎡(이하 “1차매립지”라 한다)에 대한 공유수면매립실시 계획승인을 받아 공사를 진행하던중 1992.10.24 1차매립지중 일부인 61,000㎡(이하 “쟁점가사용승인매립지” 이라한다)를 준공전 사용허가를 받아 도로, 취수로, 염소주입실로 사용하다가 1차매립지 전체면적을 1997.4.23 준공인가를 받았고

같은 목적으로 1994.3.7 충청남도지사로부터 충청남도 태안군 원북면 방갈리 산34-3번지 지선에 2,850,000㎡(이하 “2차매립지”라 한다)에 대한 공유수면매립 실시계획 승인을 받아 공사를 진행하던중 1998.1.24. 2차매립지를 1공구·2공구로 나누어 공유수면매립 실시계획 변경인가를 받은 다음 1998.4.3. 1공구 482,392.5㎡(이하 “2차매립지1공구”라 한다)에 대해 준공인가를 받았으며, 2공구 2,367,608㎡(이하 “2차매립지2공구”라 한다)중 1,068,000㎡(이하 “쟁점회사장축조매립지”이라한다)에 회사장 제방축조공사(이하 “쟁점회사장축조공사”라 한다)를 1996.8.16완공하여 1996.10.29 충청남도지사로부터 일반폐기물 매립시설 사용개시 신고수리를 받아 그 날부터 공유수면에 석탄회를 투척하기 시작하였다.

처분청은 청구법인에 대한 조사결과, 청구법인이 충청남도지사로부터 공유수면매립공사 실시계획 승인을 받아 매립공사용역을 제공한 것에 대하여, 1차매립지중 가사용승인매립지에 대한 용역의공급시기는 준공인가일(1997.4.23)로 하고, 2차매립지2공구중회사장축조공사에 대한 용역의 공급시기를 석탄회투척시점(1996.10.29)으로 하여1999.3.13 청구법인에게 부가가치세 1996년 제1기분 82,917,600원,1996년 제2기분 1,401,252,710원, 1997년 제1기분 부가가치세 2,299,638,370원,1998년 제1기분 862,442,100원 합계 4,646,250,780원을 경정고지하였다.

청구법인은 위 부가가치세 부과처분 중 1996년 제2기분 1,401,252,710원,1997년 제1기분 부가가치세 2,299,638,370원 부과처분에 불복하여 1999.5.14 심사청구를 거쳐 2001.12.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 가사용승인에 따라 설치된 취수로, 염소주입시설 등은 발전설비를 위한 부대시설로서 공유수면매립의 목적에 부합하는 시설이고, 공유수면매립지에 대한 용역의 공급시기는 선결정례 및 예규 등에서 가사용승인일이 당해용역의 공급시기라고 해석하고 있으므로 1992.10.24. 1차매립지의 일부를 가사용승인 받아 사용한 쟁점가사용승인매립지에 대한 용역의 공급시기를 1차매립지 전체의 준공인가일로 보아 과세한 처분은 잘못이므로 취소되어야 한다.

(2) 쟁점회사장축조공사는 2차매립지2공구 2,367,608㎡중 일부 1,068,000㎡매립을 위하여 설치한 제방축조공사로서, 이는 2차매립지2공구 공유수면매립공사의 일부이고, 석탄회는 단순히 2차매립지2공구 매립시 매립용재로 사용한 것에 불과하며, 폐기물처리시설로 승인받은 것은 폐기물관리법상의 허가대상에 따른 행정협조에 불과하며 이로 인하여 공유수면매립이라는 성질이 변하는 것이 아님에도 쟁점회사장축조공사를 별개의 매립용역으로 보아 쟁점시설에 석탄회를 투척한 시점을 용역의 공급시기로 하여 과세한 처분은 잘못이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 1차매립지중 쟁점가사용승인매립지는 발전소 부지조성 목적에 사용한 것이 아니라 1차매립지중 일부면적을 공작물을 설치하기 위하여 사용허가를 받은 것이므로 1차매립지준공검사를 받기 위한 공사진행과정 중 하나에 불과하고, 공유수면매립공사 용역의 공급시기는 일반적으로 용역의 제공이 완료되는 때이고 용역제공 완료여부가 불분명한 경우는 준공검사일 또는 준공인가일로 보는 것이고, 변경된 예규에 의하면 용역의 공급시기가 도래하기전에 매립지의 일부에 대하여 쟁점가사용승인을 받았다 하더라도 최종준공일을 공급시기로 보도록 되어있으므로, 쟁점가사용승인매립지에 대하여 준공인가일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점회사장축조매립지는 청구법인이 발전소에서 발생하는 석탄회의 회처리장으로 사용하여 매립이 완료되면 석탄장부지로 사용하기로 되어 있고, 2차매립지2공구 매립이 완료된 후에도 20년 이상 계속 폐기물시설로 사용하도록 되어 있으며, 대전지방환경청장 및 충청남도지사에게 폐기물시설로 사용할 것을 승인·수리받았으므로 쟁점회사장축조공사는 매립공사와는 별개의 축조공사이며 회처리장으로 사용하기 시작한 석탄회 투척시점을 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 1차매립지 중 가사용승인매립지에 대하여 1차매립지 전체 준공인가일을 용역의 공급시기로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 2차매립지2공구 중 회처리축조공사를 별도의 공사로 보아 석탄회 투척시점을 용역의 공급시기로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 용역의 공급시기 관련 법령

부가가치세법 제7조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

부가가치세법시행령 제9조【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

부가가치세법시행령 제22조【용역의 공급시기】

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

(2) 공유수면매립 관련 법령

공유수면매립법 제13조【매립지의 사용】

매립의 면허를 받은 자는 제12조(준공인가)의 규정에 의한 인가 전에 그 매립지를 사용할 수 있다 다만, 매립에 관한 공사용이 아닌 공작물을 설치하고자 할 때에는 건설부장관에게 허가를 받아야 한다

공유수면매립법 제38조【국가등이 시행하는 매립】

① 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 해양수산부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 한다

② 제1항의 규정에 의하여 매립을 협의하거나 승인을 얻은 기관은 제3항의 규정에 의한 준공인가 전에 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관 외의 자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 없다.

③ (생략)

④ 제1항의 규정에 의하여 매립공사를 시행한 기관은 제3항의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다. 다만, 공용 또는 공공의 사용에 필요한 매립지는 그러하지 아니하다

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다

(가) 처분청은 청구법인이 가사용승인을 받아 사용한 매립지는 1차매립지 준공검사를 받기 위한 공사진행과정 중 하나에 불과한 것으로 보아, 가사용승인매립지에 대하여 1차매립지 전체의 준공인가일을 용역의 공급시기로 보아 과세하였음이 결정결의서 및 과세자료에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 쟁점가사용승인매립지는 발전소 부대시설인 취수로, 염소주입시설 등을 설치하기 위하여 1차매립지의 일부를 가사용승인 받아 사용한 것이고, 가사용승인 받아 사용한 매립지는 선결정례 및 예규 등에서 가사용승인일이 당해용역의 공급시기라고 해석하고 있어 1차매립지 전체의 준공인가일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 잘못이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

1) 청구법인은 발전소부지 조성 목적으로 1992.6.25 충청남도지사로부터 1차매립지에 대한 공유수면 매립실시계획승인을 받고 공사를 진행하던 중 1992.10.24. 1차매립지의 일부인 61,000㎡를 충청남도지사로부터 사용허가를 받아(치수 1107호) 취수로, 염소주입실 등으로 사용하였고, 1차매립지 전체면적을 1997.4.23 준공인가 받았음(수산 제97-2호)이 충청남도 공문서 등에 의하여 확인된다.

2) 쟁점가사용승인매립지는 1차매립지 허가승인(1992.6.25)를 받은 4개월여만에 1차매립지 일부를 가사용승인(1992.10.24)을 받은 것으로서, 1차매립지 전체 공정기간(1992.6.25 ～ 1997.4.23)중 극히 일부의 공정만 진행된 상태에서 쟁점가사용승인매립지만 가사용승인 받아 사용하였고, 쟁점가사용승인매립지를 제외한 나머지 매립지는 공사진행중으로서 매립지가 미완성 상태였음을 알 수 있다.

3) 부가가치세법 제7조에「용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다」라고 되어 있고 부가가치세법시행령 제22조에서 「용역의 공급시기는 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때」로 되어 있으며, 공유수면매립지 용역의 공급시기에 관한 국세청 유권해석을 보면 2000.7.1 이전에는 「공유수면매립공사 용역의 공급시기는 용역의 제공이 완료되는 때(용역제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일 또는 준공인가일)로 하는 것이나준공인가전에 가사용 승인에 의하여 당해 매립지 사용이 가능한 때에는가사용승인일을 당해 공급시기로 한다(부가46015-1144, 1998.5.27)」고 되어 있다. 이 예규는 공유수면 매립공사 용역의 공급시기가 원칙적으로 용역의 제공이 완료되는 준공인가일이지만 과세단위별 공사의 용역 제공이 사실상 완료되었으나 준공검사 등을 필하지 않은 상태에서 가사용승인에 의하여 매립지 사용이 가능한 때에는 가사용승인일을 예외적으로 용역의 공급시기로 보아 과세할 수 있게 한 것으로 보아야 하므로, 이 건과 같이 전체 매립공사는 진행중인 상태에서 그 중 일부분만을 가사용승인 받아 사용한 쟁점가사용승인매립지의 경우에는 위 예규(가사용승인일을 공급시기로 보는 예규)를 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점가사용승인매립지에 대하여 가사용승인일을 용역의 공급시기로 보지 않고 과세단위별 공사의 역무제공이 완료된 날인 1차매립지 준공인가일(1997.4.23)을 용역의 공급시기로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없다 하겠다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다

(가) 처분청은 쟁점회사장축조공사를 2차매립지2공구의 매립공사와는 별도의 공사로 보아 동 회사장축조공사가 완료된 후 회처리장으로 사용하기 시작한 석탄회 투척시점을 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 과세하였음이 결정결의서 및 과세자료에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 쟁점회사장축조공사는 2차매립지2공구 2,367,608㎡중 일부 1,068,000㎡ 매립을 위하여 설치한 제방축조공사로서 이는 2차매립지2공구 공유수면매립공사의 일부이며 석탄회는 단순히 매립용재로 사용한 것에 불과하므로 쟁점회사장축조공사를 별도의 축조용역으로 보아 석탄회를 투척한 시점을 용역의 공급시기로 하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

1) 충청남도지사가 허가한 공유수면매립공사 실시계획인가증(1994.3.7) 및 공유수면매립공사 실시계획변경 인가증(1998.1.24)에 의하면 2차매립지2공구의 공사는 공유수면매립법에 의한 매립공사이며쟁점회사장축조공사 또한 이 법에 의하여 설치된 시설임을 알 수 있다.

2) 청구법인이 제시한 태안화력공유수면 매립설계도에 의하면, 회사장축조공사는 2차매립지2공구중 일부인 쟁점회사장축조매립지의 매립시 매립용재를 석탄회로 사용하기 위하여 제방을 축조한 것으로서 이는 석탄회 투척시 발생하는 부유토사의 확산방지와 매립공사를 용이하게 하기 위하여 축조된 시설임을 알 수 있다.

3) 청구법인은 회사장을 축조하여 일반폐기물처리장으로 사용하는 것으로 1993.5.29 대전지방환경청장에게 일반폐기물 처리시설 설치승인 신청을 하여 1993.7.1 승인통보를 받았고 (대전지방환경청 관리67513-1068), 1996.10.29 충청남도지사에게 일반폐기물 매립시설로 사용개시 신청하여 수리·통보(충청남도 환경67513-1822) 받았으나, 공유수면매립 관련기관으로부터는 가사용승인 등을 받은 사실이 없으므로 공유수면매립지를 사용허가 받은 것은 아님을 알 수 있다.

4) 살피건대, 쟁점(1)에서 본 바와 같이 공유수면 매립공사에 있어서 용역의 공급시기는 원칙적으로 용역의 공급이 완료되는 준공인가일로 보도록 되어 있고, 쟁점회사장축조공사는 석탄회를 매립용재로 사용하기 위한 공사이며, 쟁점회사장축조매립지는 가사용 등 사용허가를 받은 사실이 없는 점 등으로 보아, 쟁점회사장축조공사는 2차매립지2공구 공유수면매립공사 공정의 일부로서 2차매립지2공구 역무의 제공이 완료된 날인 준공인가일을 용역의 공급시기로 보아야 할 것으로 판단된다.

따라서, 쟁점회사장축조공사를 2차매립지2공구의 매립공사와 구분되는 별도공사로 보아 회처리장으로 사용한 회투척시점을 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003년 12월 31일

주심국세심판관김도형

배석국세심판관최정상

배석국세심판관강인애

배석국세심판관허병우