가. 청구인은 1972.3.21. 매매를 원인으로 취득한 OOO목장용지 621㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2018.12.14. 양도하였고, 1978.1.1.과 1988.2.23. 취득한 같은 리 251-1 과수원 378㎡, 같은 리 251-2 과수원 633㎡ 및 같은 리 255-10 과수원 923㎡(위 3필지 토지를 합하여 이하 “양도토지”라 한다)를 2019년에 양도하고 쟁점토지와 양도토지를 합하여 2018년 귀속으로 양도소득세 신고를 하면서 자경농지 및 축사용지에 대한 양도소득세 감면(OOO억원)을 적용하였다.

나. 처분청은 2019.9.23.부터 2019.10.12.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 양도토지는 과세물건에서 제외하고 쟁점토지는 2015년 2월부터 축사로 임대하여 축사용지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아, 청구인이 적용한 자경농지 및 축사용지에 대한 감면을 배제하는 것으로 하여 2019.12.6. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 재촌요건을 충족하였고, 축산업 사업자등록 내역과 같이 쟁점토지에서 1978.2.2.부터 1996.12.31.까지 축산업을 영위하였으므로 8년 이상 직접 축산업을 영위하였다.

청구인은 2015.2.28.부터 쟁점토지를 양계용 축사로 OOO에게 임대하였으나, OOO이 선월세를 지급하지 아니함에 따라 약정금 청구 및 부동산 인도소송을 제기하여 2018.1.16. 대전지방법원 천안지원으로부터 이행권고 결정을 받았고, 2018.3.5. OOO으로부터 이행각서를 받았으나 이를 이행하지 아니하여 2018.3.30. 5개월분 사료와 양계 3,000수를 인수하여 축산업을 영위하였다. 닭을 구매하겠다는 사람이 있을 때마다 계속하여 처분하였고, 2018.11.23. 축사를 자진 철거하였으며 그때까지 처분하지 못한 닭은 첨부된 사신과 같이 닭장에서 임시 보관하다가 2018.12.14. 남은 닭은 더 이상 키울 수 없어 공사인부들에게 주었다.

따라서 청구인은 쟁점토지에서 축산업을 영위하다가 축사를 폐업할 목적으로 쟁점토지를 양도하였으므로 축사용지에 대한 양도소득세 감면요건을 모두 충족하였다.

(2) 쟁점토지의 일부에는 실제 지목이 과수원으로 양도농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다.

청구인은 재촌요건을 충족하였고, 쟁점토지를 취득할 당시에 과수원이었다. 쟁점토지가 2008.8.8. 농지원부에서 삭제될 당시에도 공부상 지목은 목장용지이고 실제지목은 과수원이었다. 이는 청구인이 제시한 사진에서와 같이 배나무가 심어져 있음을 확인할 수 있다.

(3) 처분청 의견에 대한 항변내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 축사용지라고 하면서 동시에 농지라고 하여 모순된 주장을 하고 있다는 의견이나, 쟁점토지 중 축사용지에 해당하는 부분은 축사용지에 대한 양도소득세 감면을, 농지에 해당하는 부분은 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받아야 한다고 주장하는 것이다.

(나) 처분청은 청구인이 축산업에 종사하였다는 객관적인 증빙이 없다는 의견이나, 청구인은 사업자등록을 하고 19년간 직접 축산업에 종사하였고, OOO의 사실확인서(2019.10.5.)에서도 확인되는 바와 같이 2018년 3월부터 5개월 사료와 닭을 인수받아 쟁점토지를 양도할 때까지 축산업에 종사한 것으로 확인된다.

(다) 처분청은 자경농지와 축산용지에 대하여 수확한 농산물과 축산물 판매거래처 및 판매대금의 증빙을 제시하지 못하였다는 의견이나,「조세특례제한법」상 자경농지와 축산용지에 대하여 수확한 농산물과 축산물의 판매처 및 판매대금의 입증을 요구하지 않고 있으므로 농산물과 축산물의 처분은 감면요건과 전혀 관련이 없다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지가 양도 당시 축산용지이며 동시에 농지라는 모순된 주장을 하고 있으며 이를 뒷받침할 구체적인 자료를 제출하지 못 하였으므로 청구인에게 자경농지 및 축사용지에 대한 감면을 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

(1) 쟁점토지에는 1998년부터 축사가 존재한 것으로 OOO항공사진과 폐쇄 건축물대장에 의하여 확인할 수 있고, 2008.8.8. 농지원부에서 삭제되었다. 청구인은 2015.2.28.부터 2018.3.30.까지 OOO지소에게 쟁점토지를 임대하고 부동산임대 사업자등록을 하였다. 이후 3년간 임차인이 쟁점토지에서 축산업을 영위하였으며 임차료 미납으로 닭 3천마리를 인수받아 축산업을 영위하였다고 하나 이와 관련한 거래처 및 판매 대금 등의 증빙을 제시한 바가 없다. 또한 청구인이 제출한 판결문 및 각서 등을 검토한바, 쟁점토지를 임대하고 임대료를 받지 못해 임차인이 퇴거한 후 미납된 임대료를 닭과 사료 등으로 변제받은 것에 불과하다.

청구인은 쟁점토지를 8년 이상 축산업에 사용하고 폐업을 위하여 양도하였다고 주장하나, 축사용지에 대한 양도소득세를 감면 받기 위해서는 해당 축사용지 소재지의 시장․군수․구청장으로부터 축산기간 및 폐업확인서에 폐업임을 확인받아야 함에도 청구인은 이와 관련한 증빙을 제시하지 않아 실제 청구인의 축산기간과 폐업시기를 확인할 수 없다.

축사용지에 대한 양도소득세 감면의 취지가 FTA로 어려움을 겪는 축산농가의 구조조정을 지원하기 위한 것임을 감안하면, 양도 전 3년 동안 쟁점토지를 임대하고 임차인 퇴거일부터 양도일까지 약 8개월 동안 축산업을 영위하였다며 축사용지에 대한 양도소득세 감면 대상이라고 하는 청구주장은 받아들일 수 없다.

거주자가 8년 이상 직접 축산에 사용한 축사용지를 타인에게 임대하고 3년간 임차인이 축산에 사용한 후 거주자가 해당 축사용지를 양도하는 경우에는 감면을 적용 받을 수 없으므로(국세청 질의회신 2015-법령해석재산-2260, 2016.6.23.), 청구인은 축사용지에 대한 양도소득세 감면을 적용 받을 수 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지에 배나무가 심어져 있어 양도 당시 농지라고 주장하나, 과수원으로 사용되고 있었던 인접한 토지와는 달리 쟁점토지에는 축사가 건축되어 있었고 2018.11.23. 철거되어 양도일까지 20여일의 기간 밖에 없었다. 또한 OOO의 2019년 항공사진을 보면, 쟁점토지 및 인접한 토지가 모두 토지 공사가 이루어져 양도 당시 농지였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없고 자경농지임을 확인할 수 있는 종자 및 비료 구입에 대한 영수증 등 객관적인 증빙 제시가 없다.

청구인은 쟁점토지 중 축사면적을 제외한 나머지 면적은 축사 그늘 형성을 위해 배나무와 은행나무를 심어 과수원으로 자경농지에 해당한다고 주장하나, 자경사실을 입증할 만한 농기자재 구매영수증, 농산물 판매내역 등 객관적인 증빙을 제시하지 않았고, 쟁점토지의 공부상 지목이 목장용지로 표기되어 있으며, 포털사이트 및 OOO에서 제공하는 항공사진에는 과수원으로 관리·경작되는 것처럼 보이는 인접토지와는 달리 쟁점토지는 단순 축사 부수토지로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 8년 이상 자경농지 및 축사용지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제69조의2(축사용지에 대한 양도소득세의 감면) ① 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조 및 제71조에서 “축사용지”라 한다) 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산에 사용한 대통령령으로 정하는 축사용지를 폐업을 위하여 2020년 12월 31일까지 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 해당 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대하여만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 감면받은 거주자가 해당 축사용지 양도 후 5년 이내에 축산업을 다시 하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 다만, 상속 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 축사용지의 보유기간, 폐업의 범위, 감면세액의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조의2(축사용지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조의2 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자” 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(축산 개시 당시에는 그 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자로서 축사용지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조 및 제68조에서 축“사용지”라 한다)가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 축사용지로부터 직선거리로 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조의2 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유 축사용지에서 「축산법」 제2조 제1호에 따른 가축의 사육에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유 축사용지에서 축산작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 수행하는 것.

③ 법 제69조의2 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 축사용지”란 해당 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 직접 축산에 사용한 축사용지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1～2. 생략

④ 제3항을 적용할 때에는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 축사용지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 축사용지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 해당 축사용지가 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 축산을 하지 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 축사용지를 기준으로 한다.

⑤ 제3항에 따른 축산에 사용한 기간을 계산할 때 축사용지를 교환·분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 축사용지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 교환·분합 및 대토 전의 축사용지를 축산에 사용한 기간을 포함하여 계산한다.

⑥～⑦ 생략

⑧ 법 제69조의2 제1항 본문에 따른 폐업은 거주자가 축산을 사실상 중단하는 것으로서 해당 축사용지 소재지의 시장(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따른 행정시장을 포함한다)·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 축산기간 및 폐업 확인서에 폐업임을 확인받은 경우를 말한다.

⑨～⑪ 생략

⑫ 법 제69조의2 제3항에 따라 양도소득세 감면신청을 하려는 사람은 해당 축사용지를 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 및 제8항에 따른 축산 기간 및 폐업 확인서( 「축산법」 제22조 제3항에 따른 가축사육업으로서 이 조 제8항에 따른 축산기간 및 폐업 확인을 할 수 없는 경우에는 축산기간 및 폐업 여부를 확인할 수 있는 서류)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑬ 제3항에 따른 축산에 사용한 기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제27조의2(축사용지의 범위 등) ① 영 제66조의2 제3항에 따른 축사용지는 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 가축의 사육에 사용한 축사와 이에 딸린 토지로 한다.

② 영 제66조의2 제3항에 따른 축사용지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년 이상 소유한 축사용지임이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인될 것

가. 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상 축사용지 소재지에 거주하면서 직접 가축의 사육에 종사한 사실이 있고 양도일 현재 축사용지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인될 것

가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 제7항 나목의 축산기간 및 폐업 확인서의 확인

③ ～⑥ 생략

⑦ 영 제66조의2 제8항에 따른 폐업 여부는 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되어야 한다.

가. 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인

나. 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 발급하는 축산기간 및 폐업 확인서의 확인

⑧ 생략

※ 조세특례제한법 시행규칙 [별지 제51호의2서식]