가. 청구인은 1989.10.23. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중, 재건축으로 인하여 2003.5.10. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2008.4.30. OOO원에 양도하고, 양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 감면 신청하여 납부세액 OOO”으로하여 2008.6.16. 양도소득세 신고 하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」 제99조3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】규정을 적용함에 있어 “종전주택” 취득일로부터 “신축주택” 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아니라고 판단하여, 감면세액을 OOO원으로 경정하고 2012.7.5. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.4. 이의신청을 거쳐 2013.1.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 세법 해석은 법적안정성과 예측가능성을 본질적 기능으로 삼는 조세법정주의에 따라 문언에 충실한 문리해석을 근간으로 하여야 할 것이므로 「조세특례제한법」 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】은 신축주택의 준공일부터 양도일까지의 소득에 대해서만 면제하고 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일 까지의 발생한 소득에 대해서는 과세한다는 해석이 나올 수 없음. 따라서 신축주택 취득후 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대해서는 신축주택 취득일 전과, 후를 나누어 감면을 계산함은 부당하다.

(2) 재정경제부의 2001년 발간 「간추린 개정세법 2000」에서도 ‘거주자가 비수도권지역에 소재하는 신축국민주택을 취득하여 5년 이내에 양도시, 양도소득세를 100%감면한다.’ 라고 되어있으며, 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제37호 서식의 신축주택 양도소득세 감면신청서의 작성요령에서도 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을 감면대상 양도소득금액(5년 이내 발생한 양도소득금액)란에 기재하도록 되어있다.

(3) 법조문의 규정, 그간 유권해석기관의 해석, 감면신청서 작성서식과 작성요령 등에 의해서도 청구인의 당초신고가 정당하다는 것이 입증됨에도 새로운 해석에 의해 소급 과세함은 부당하고, 양도한지 4년여가 지나서 납부불성실가산세를 부과함은 더욱 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 종전주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득 당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 신축주택을 취득하여 양도한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택에 양도에 대한 양도소득세 감면과 관련하여, 종전주택 보유기간을 감면대상에 포함하는지 여부 및 납부불성실 가산세 부과 적법 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] [전문개정 2010.1.1] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(2) 조세특례제한법 시행령

제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제99조제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1989.10.23. OOO 취득하여 보유하던 중, 재건축 으로 인하여 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOOOO OOOO OOOO(203.99㎡)를 2003.5.10. 취득하여 2008.4.30. 양도하고, 양도소득세 산출세액 전부를 감면 신청하여 양도소득세 신고 하였음이 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인의 양도소득세 신고 및 경정 내역은 아래와 같다.

《양도소득세 신고 및 경정 내역》

(OO : O)

(3) 청구인은 신축주택 취득후 5년 이내에 양도하는 경우에 해당되어 양도소득세 산출세액 OOO,OOO,OOO 전부를 감면세액으로 신고하였음이 심리자료에 나타난다.

(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인의 주택취득일자 및 양도일자는 아래와 같다.

(5) 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는다고 보아, 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면소득을 OOO원으로 산정하였고, 이에 해당하는 감면세액은 OOO원으로 계산하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 나타난다.

(6) 처분청은 납부불성실 가산세를 1일 0.03%(연 10.95%)로 하여경정하였음이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 나타난다.

(7) 살피건대, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 할 것(조심2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임)이므로, 종전주택 취득부터 신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액은 감면적용 대상이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것으로, 이 건 과세와 관련하여 납세자의 법령 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.