가. 청구인은 OOO동 312-1 전 986㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO지구 도시개발사업의 시행사 OOO랜드 주식회사(이하 “OOO랜드”라 한다)에 2009.12.29. 양도하기로 하는 계약을 체결하고 2011.7.26. 그 지상 건물을 철거한 다음 2011.12.28. OOO랜드에 이전등기하고 이에 대하여 「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것으로 양도소득세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 업무 감사시 쟁점토지가 감면대상 농지에 해당하지 아니한다고 보고 청구인의 감면신청을 부인하여 청구인에게 양도소득세를 과세하도록 처분청에 처분 지시를 하였다.

다. 처분청은 이에 따라 쟁점토지에 대한 현지확인조사를 실시하여 청구인이 쟁점토지에 무허가 건물을 지어 임대하는 등 사실상 공장용지로 전용하여 사용하다가 양도한 사실을 확인하고 청구인의 감면신청을 부인하여 2013.8.5. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 OOO시에서 출생하여 1963년경 아버지 신OOO의 사망으로 5필지 약 6,100㎡에 이르는 토지를 상속(부동산등기부에는 청구인이 형으로부터 매수한 것으로 되어 있으나, 이는 1981년경 「부동산등기이전특별조치법」에 따라 상속재산을 청구인의 형 명의로 등기하였다가 상속재산분할협의를 거쳐 그 중 쟁점토지를 다시 청구인에게 이전하면서 편의상 등기원인을 매매로 하였기 때문이다)받았고, 1967년경 초등학교를 졸업한 후 중학교 진학을 포기한 채 30년간 어머니를 모시고 살면서 쟁점토지 등의 농지에서 농사를 지어 생계를 유지하여 왔다.

그 후 OOO일대가 개발되기 시작한 1999년경부터는 쟁점토지를 타인에게 임대하여 그 지상에 구조물이 설치된 적도 있었지만, 이는 토지임대기간이 끝나면 청구인이 언제든지 철거할 수 있는 무허가 가구조물에 불과한 것으로, 실제로 쟁점토지를 양도하기 전인 2011년 7월경 그 지상의 구조물을 철거하고 가을에는 보리를 파종하여 경작하다가 쟁점토지를 양도(2011.11.28.)하였고, 이에 따라 쟁점토지가 농지인 것으로 2011년 귀속 재산세가 부과되고 농지원부도 작성되었다.

그 밖에 청구인이 제시한 증빙에 의하여 청구인이 30년 이상 쟁점토지 소재지에서 거주하면서 이를 경작하다가 농지인 상태로 복구하여 양도한 사실이 확인됨에도 처분청은 그 반대사실을 입증하지도 못하면서 쟁점토지 양도당시 농지가 아니었다고 보고 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 공장이 밀집한 지역에 소재한 토지로, 그 부동산등기부에는 1993.3.2.부터 2011.12.1.까지 건물 소유를 목적으로 하는 지상권이 설정되어 있었고, 국세통합전산망에는 청구인이 쟁점토지를 1999.4.11.부터2001.12.31.까지 OOO에 임대한 것으로 신고되어 있으며,2008～2010년도 위성촬영지도에는 쟁점토지와 그 인접토지를 한울타리로 하여 공장건물 내지는 창고건물로 보이는 건물이 있었던 것으로 나타나고, 쟁점토지의 토지특성검사표에도 2010년까지는 공장용지로 되어 있었으며, 청구주장에 의하더라도 쟁점토지 지상건물을 철거를 완료한 때가 2011년 7월경으로 쟁점토지 양도시기인 2011년경에 쟁점토지가 농지로 사용되었다거나 그 실질이 농지였다고 볼만한 증빙이 없다.

설령 청구주장과 같이 청구인이 쟁점토지를 매도하기로 하고 매매잔금을 수령하기 직전인 2011년 하반기에 그 지상 건물을 철거한 후 그 곳에 농작물을 식재하였더라도, 그러한 일시적·잠정적 이용 양태만을 이유로 오랫동안 건물부지로 사용되던 쟁점토지에 대하여 장기간의 농지 사용을 유도하기 위해 도입된 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하기는 어렵다.

또한 청구인은 쟁점토지를 경작하였다는 주장에 대한 증빙으로 주민들의 확인서를 제시하나, 처분청 조사자 현지확인시에는 그 확인서 작성자들은 청구인이 농사를 지었다는 것이지 쟁점토지에서 농사를 지었다는 취지는 아니었다고 진술을 하였고, 그 밖에 청구인이 제시한 것만으로는 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 인정하기 부족하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지가 양도일 현재 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본, 토지대장 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점토지는 청구인의 아버지 신OOO이 1940.11.12. 취득하여 1981.8.27. 청구인의 형을 거쳐 1987.7.22. 청구인에게 이전된 OOO동 312 소재 전 1,656㎡(이하 “모번지 토지”라 한다)에서 1989.3.9. 분할된 토지이다.

(나) 모번지 토지에서 쟁점토지를 분할하고 남은 OOO동 312 소재 전 670㎡(이하 “연접토지”라 한다)과 쟁점토지 일대가 총 5,000여 세대의 주택공급 등을 목적으로 하는 OOO지구 도시개발사업의 사업구역으로 지정되자, 청구인은 2006.12.28. 연접토지를 OOO지구 도시개발사업 시행자인 OOO랜드에게 매도하기로 하는 계약을 체결하면서 그 계약 이행을 위하여 주식회사 생보부동산신탁에 그 처분신탁하고 이에 따른 이전등기를 하는 한편, 2009.12.29. 쟁점토지를 OOO랜드에게 매도하기로 하는 계약을 체결하고 2011.11.28. 그 이전등기를 하였으며, 현재 쟁점토지 일대에서는 OOO지구 도시개발사업이 진행 중이다.

(다) 부동산등기부나 건축물대장에는 쟁점토지 지상에 건물이 있었던 것으로 나타나지 아니하나, 위성촬영 사진을 보면 2008년경부터 2010년경까지 쟁점토지와 연접토지를 한울타리로 하여 그 지상에 건물이 있었다가 2012년경에는 쟁점토지와 연접토지가 나지로 환원된 것으로 나타나고, 쟁점토지에 대한 개별공시지가 토지특성조사표·결정조서에는 쟁점토지의 현황이 2010년 이전에는 공장용지, 2011년에는 주거용 나지인 것으로 기재되어 있으며, OOO지구 도시개발사업조합장은 쟁점토지 지상 건물이 2011.7.26. 철거된 사실을 확인해주었다.

(라) 또한, 국세청 통합전산망기록에 의하면 연접토지에서 청구인이 1988.12.1.부터 2006.10.25.까지 부동산임대업을, 쟁점토지에서 OOO이 1999.4.11.부터 2001.12.31.까지 제조업을 영위한 것으로 사업자등록이 되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지 등의 농지를 상속받아 30년 이상 쟁점토지 소재지에서 거주하면서 이를 경작하였고, 일시적으로 다른 용도로 사용되기는 하였으나 양도전에는 농지로 환원되었다고 주장하며 재산세 물건별 세액계산서(쟁점토지의 현황 : 2010년 공장용지, 2011년 전), 주민등록초본, 농지원부, 거래자별 매출상세내역(청구인의 2008～2012년의 OOO 농약 등 구매내역), 입학증서(청구인이 2007.3.29. OOO에 입학하였다는 취지), 수료증(청구인이 2012.7.18. OOO의 교육과정을 이수하였다는 취지), 농지경작확인서(2012.12.20. 이OOO, 이OOO, 신OOO, 이OOO가 청구주장과 같은 취지로 작성), 사진 등을 제출하였다.

(3) 「조세특례제한법」 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항, 제5항은 농지소재지에 거주하는 자가 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지는 양도소득세의 감면대상인 자경농지에 해당하고, 위 감면규정의 적용을 받는 농지는 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정하고 있다.

(4) 쟁점토지 양도일 현재 쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상 농지에 해당하는지에 대하여 보건대, 비록 공부에는 쟁점토지에 건물이 있었던 것으로 되어 있지는 아니하나, 1988년경부터 청구인이 연접토지를 임대하는 것으로 사업자등록을 하였고, 1999년경에는 OOO이라는 제조업체가 쟁점토지를 사업장으로 하여 사업자등록을 한 점, 쟁점토지와 연접토지는 같은 모번지 토지에서 분할된 토지로 쟁점토지 양도 전 최소 3년간은 쟁점토지와 연접토지가 한 건물의 부지로 사용되었던 것으로 확인되는 점, 청구인은 쟁점토지 일대가 OOO지구 도시개발사업구역으로 지정되자 2006년경 연접토지를, 2009년경 쟁점토지를 각 그 사업시행자에게 양도하기로 하고 그 이후로도 수년간 계속하여 이를 공장용지로 사용하다가 양수인에게 쟁점토지의 이전등기를(2011.11.28.) 하기 직전(2011.7.28.)에야 그 지상 건물을 철거한 점, 양수인은 쟁점토지를 도시개발사업부지로 사용하기 위하여 나지인 상태로 이를 양수한 다음 그 곳에서 도시개발사업을 시행하였고, 그와 같은 이유로 OOO지구 도시개발사업조합에서는 쟁점토지 지상 건물의 철거일정을 관리하고 있었으며, 개별공시지가 토지특성조사표에도 쟁점토지의 현황이 공장용지에서 2011년에 주거용 나지로 변경된 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 토지 양도를 전후로 한 전체적인 토지이용 양태로 보아 쟁점토지는 적어도 1999년경부터 공장용지로 사용되다가 주거용지로 전용될 수 있도록 그 지상 구조물 등이 철거된 상태로 양도된 것으로 보인다.

설사 청구주장과 같이 청구인이 쟁점토지 지상 건물을 철거하여 이전등기를 하기까지 4개월간 그 곳에서 경작행위를 하였다고 하더라도 이는 토지의 일시적, 잠정적 이용행위에 불과하여 이를 이유로 그 토지의 본래 용도가 공장용지에서 농지로 바뀌었다고 보기도 어렵다.

따라서 처분청이 쟁점토지 양도일 현재 쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상 농지가 아닌 것으로 보고 감면을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.