가. 청구인은 2002.8.14. 취득한 OOO토지 4,608㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2018.8.22. 양도한 후, 2018.10.31. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 양도가액OOO및 취득가액(OOO이하 “쟁점실지취득가액”이라 한다)을 모두 실지거래가액으로 하였다.

나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점토지의 실지취득가액이 불분명하다고 보아 그 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 경정하도록 처분지시 하였고,

처분청은 이에 따라 쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액OOO취득가액을 환산가액OOO으로 하여 2019.8.9. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO경정⋅고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지의 매매(취득)계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)에 의해 실지취득가액이 확인됨에 따라 쟁점토지의 양도차익을 계산하면서 양도가액 및 취득가액을 모두 실지거래가액으로 하였다. 동 매매계약서는 쟁점토지를 취득할 당시에 작성된 진정한 것으로, 이를 부인하기 위해서는 해당 계약서가 실제와 다른 것이라는 사실을 충분히 입증하여야 함에도 처분청에서는 아무런 증빙 없이 단순히 쟁점토지의 취득 당시 공시지가OOO에 비해 양도 당시 공시지가OOO가 과도하게 상승하였다는 이유만으로 쟁점계약서를 허위라 판단하였으므로 이는 실질과세원칙에 반하는 부당한 처분이다.

양도차익은 원칙적으로 실지거래가액을 기준으로 하는 것(실지거래가액 과세원칙)으로서, 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고하면서 매매계약서 등에 의해 확인되는 실지거래가액을 기준으로 양도차익 등을 산출하였는바, 처분청에서 쟁점계약서가 허위의 것이라는 입증하지 아니한 채 쟁점계약서를 부인한 후 취득가액을 인정 또는 확인할 수 없다고 한 것은 부당하고,

쟁점토지는 청구인이 취득할 당시에는 일반적인 토지였던 것이 현재는 지구단위계획에 따라 아파트 건설부지로 변경되었고, 이에 따라 청구인이 양도할 당시에 개별공시지가가 급등한 것이므로 취득 당시의 개별공시지가와 양도 당시의 개별공시지가를 단순 비교하여 쟁점토지의 취득가액이 과도하다 하여 그 실지거래가액을 부인하는 것은 부당하며,

처분청은 쟁점토지와 연접한 토지의 양도소득세 신고사례를 예로 들어 청구인이 제출한 취득 당시의 매매계약서를 부인하였으나, 쟁점토지와 연접한 토지의 취득 당시의 거래금액이 OOO토지의 경우 OOO같은 동 OOO토지의 경우 OOO만원/평인 것으로 확인되고, 이에 반해 쟁점토지의 거래금액은 OOO만원/평이어서 인근 토지의 거래금액과 비교해 과다하지 아니하며,

청구인이 쟁점토지를 취득할 당시는 용인에 최초로 경전철이 건설된다고 하여 지가가 급등하던 때였고, 쟁점토지는 그 예정부지(고진역)에서 직선거리로 불과 몇 백 미터 이내에 있는 토지로서 덩달아 지가가 급등하였는바, 공시지가에 비해 매매가액이 과도하다 하여 실지거래가액을 부인할 수 없는 것이므로,

처분청에서 쟁점계약서에 따라 확인되는 쟁점실지취득가액을 부인하고 취득가액을 환산가액으로 한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점계약서에 따르면 청구인과 전소유자OOO가 2002.4.1. 매매계약을 체결하여 계약금 OOO2002.7.6. 중도금 OOO2002.8.14. 잔금을 지급하는 것으로 약정되어 있는데 반해 등기부등본에는 등기원인일이 2002.7.27.로, 등기접수일이 2002.8.28.로 되어 있어 계약서 상의 계약일 및 잔금일과 차이가 있고, 쟁점계약서에 매도인의 주민번호가 잘못 기재되고 매수인의 주소지가 공부상 주소지와 상이하게 기재되어 있어 그 진위를 확인할 수 없는 점, 청구인은 쟁점토지를 융자 없이 중도금OOO잔금OOO을 현금으로 지급하였다고 하나, 1998년부터 2002년까지 OOO에서 발생한 근로소득 합계 OOO외 타 소득이 없어 그 자금원천을 확인할 수 없는 점, 쟁점계약서 외에 쟁점실지취득가액의 지급을 확인할 수 있는 금융자료 등 다른 입증자료가 제출되지 아니한 점, 쟁점실지취득가액이 기준시가가 동일한 연접 토지의 매매사례가액에 비하여 과다한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점실지취득가액을 인정할 수 없다.

위와 같이 쟁점계약서의 진위를 확인할 수 없고 달리 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 쟁점토지의 실지취득가액을 확인할 수 없으므로 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 실지취득가액을 부인하고 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점토지는 2017.4.5. OOO결정에 따라 제2종일반주거지역(일부 면적은 자연녹지지역)으로 지정되었고, 같은 날 지형도면 승인⋅고시(용인시 고시 제2017-151호)된 토지이다.

(나) 청구인은 2002.8.14. 매도인 OOO로부터 취득한 쟁점토지를 2018.8.22. OOO사업시행자인 주식회사 OOO에게 OOO에 양도하였다.

(다) 청구인은 2018.10.31. 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 취득가액이 OOO으로 기재된 쟁점계약서(세부내용은 아래 ＜표1＞ 참고)를 제출하며 양도가액OOO및 취득가액OOO을 모두 실지거래가액으로 하였고, 쟁점계약서 외에 금융증빙 등 다른 증빙자료는 제출되지 아니하였다.

＜표1＞ 쟁점계약서 주요내용

(라) 쟁점토지 등기부등본의 주요내용은 다음 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지 등기부등본 주요내용

(마) 처분청이 제출한 자료에 따르면 청구인은 쟁점토지를 취득할 당시(1998년∼2002년) 연평균 OOO소득이 발생하였고, 근로소득 외 다른 소득이 발생한 내역은 확인되지 아니한다.

(바) 쟁점계약서와 등기부등본 등 기재사항과는 다음 ＜표3＞과 같은 차이가 있는 것으로 확인된다.

＜표3＞ 쟁점계약서와 등기부등본 등 기재사항과의 차이점 비교

(사) 쟁점토지와 인근토지의 공시지가 및 매매사례가액은 다음 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 인근토지의 매매사례가액 비교

(단위 : ㎡, 원)

(아) 처분청은 쟁점토지의 실지취득가액이 불분명하다고 보아 그 취득가액을 환산가액으로 하여 2019.8.9. 청구인에게 다음 ＜표5＞와 같이 2018년 귀속 양도소득세 OOO경정⋅고지하였다.

＜표5＞ 양도소득세 부과내역

(단위 : 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 쟁점실지취득가액을 쟁점토지의 취득가액(실지거래가액)으로 하였으나,

「소득세법」 제114조 제2항은 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 규정하면서 같은 조 제7항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항은 위 규정에 따라 양도가액 또는 취득가액을 환산가액으로 경정할 수 있는 경우와 관련하여, “양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우(제1호)”, “장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가업자가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우(제2호)”를 규정하고 있는데,

쟁점토지의 등기부등본에는 청구인이 쟁점토지를 취득한 등기원인일이 2002.7.27.로, 등기접수일이 2002.8.28.로 되어 있는 데 반해 쟁점계약서에는 청구인과 전소유자OOO가 2002.4.1. 매매계약을 체결하여 계약금 OOO2002.7.6. 중도금 OOO2002.8.14. 잔금을 지급하는 것으로 약정되어 있어 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 신청할 당시 제출된 매매계약서가 쟁점계약서 이외의 다른 계약서인 것으로 보이고, 쟁점계약서에 매도인의 주민등록번호가 잘못 기재되고 매수인의 주소지가 공부상 주소지와 상이하게 기재되어 있어 그 진위를 확인할 수 없는 점, 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 쟁점실지취득가액을 취득가액으로 하여 취득세를 신고⋅납부하였다거나 종전 소유자인 OOO쟁점실지취득가액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고⋅납부한 사실이 나타나지 아니하여 쟁점계약서가 쟁점토지 취득 당시에 작성된 사실을 확인할 수 있는 자료가 없는 점, 위 매매계약서 외에 청구인이 주장하는 취득가액의 지급을 확인할 수 있는 금융자료 등 다른 입증자료가 제출되지 아니하였고, 기준시가가 동일한 연접 토지의 매매사례가액에 비하여 쟁점토지의 취득가액이 과다한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

처분청에서 쟁점계약서 등에 의해 쟁점토지의 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 그 취득가액을 환산가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정되기 전의 것)

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

② 삭제

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 「법인세법」 제52조에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정되기 전의 것)

제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액( 「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 토지

　취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가 × 3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.