가. 처분청은 청구법인이 2010.2.19. 취득한 서울특별시 OOOO OOOOO OO OOOOO OOOOO OOOO(OOOO OOOOO OO OO OOOOOOOOO)에 대하여「서울특별시시세감면조례」(2009.12.31. 서울특별시조례 제4889호로 개정된 것, 이하 같다) 제21조 제2항에 따라 청구법인이 “소프트웨어 개발업”에 사용하고자 취득하는 아파트형 공장으로 보아 취득세·등록세와 재산세를 면제하였다.

나. 그 후 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 당초 취득한 목적인 “소프트웨어 개발업”에 사용하지 않고 취득세 면제대상 업종이 아닌신용카드 단말기 등의 도·소매업에 사용하고 있으므로 이 건 부동산에대한 취득세 등은 면제 대상에 해당되지 않고,이 건 부동산 등기는대도시 내 법인인 청구법인이 그 설립일부터 5년 이내에 한 부동산등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제138조 제1항의 등록세 중과세율(100분의 60, 표준세율의 3배)을 적용하여 아래와 같이 산출한 취득세 등을 2012.7.18. 청구법인에게 부과 고지하였다.

(OO : O)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 신용카드 OOO의 개발 설치와 OOO에사용하는 각종 응용 소프트웨어를 개발 판매하는 법인으로서 처분청은청구법인의 매출 대부분이 소프트웨어 개발업이 아닌 상품 매출 및 용역 제공을 통하여 발생하였다는 이유만으로 청구법인의 주 업종을 도·소매업으로 보아 면제한 취득세 등을 부과하였으나, 이는 청구법인과 관련업계의 영업 현실을 비추어 볼 때 부당하다.

(2) 처분청은 당초 이 건 부동산에 대한 등록세를 표준세율을 적용하여 산출한 세액으로 과세예고 하였다가 그 후 별도의 과세예고 없이이 건 부동산 등기가 대도시 내 법인의 부동산 등기에 해당된다고 보아중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과하였는바, 이는 적법절차를거치지 않은 처분이므로 위법하다.

(3) 설령 이 건 부동산이 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않는다고하더라도 이 건 부동산을 취득할 당시 면제받은 세액에 가산세를 추가하여 부과하는 것은 부당하므로 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 2010회계연도 및 2011 회계연도 손익계산서상의 매출액과 매출원가를 보면 매출액은 전액 상품매출과 용역 수입으로 구성되어 있음을 알 수 있는 반면, 청구법인은 위 용역수입에 청구법인이 직접 개발한 소프트웨어 공급에 따른 대가가 포함되어 있다고 주장만 할 뿐 소프트웨어 개발 및 공급과 관련된 구체적인 증빙서류를 제출하지 못하고 있는바 처분청이 청구법인의 주업을 도·소매업으로 보아이 건 부동산에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

(2) 처분청은 이 건 부동산에 대한 취득세 등 과세예고 당시 청구법인이 대도시 내 법인에 해당되는지 여부를 알 수 없어서 표준세율을적용하여 산출한 등록세를 과세예고한 사실은 있으나, 그 후 등록세부과 처분 당시 당초 과세예고 한 등록세를 취소하고 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과하였으므로 여기에 중대한 잘못이 있다고 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 2010.2.19. 취득한 이 건 부동산을 그 취득한 날부터5년 이내에 취득 당시 목적 사업이 아닌 상품 도·소매업을 영위하는데사용하였으므로 처분청이 그 면제받은 세액에 「지방세법」제120조 및제150조에서 규정한 신고 및 납부불성실가산세를 포함하여 취득세 등을부과한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 영위하는 업종이 아파트형 공장의 취득세 면제대상 업종인 소프트웨어 개발업에 해당된다고 볼 수 있는지 여부

(2) 과세예고 없이 등록세 중과세 처분을 한 것이 적법한지 여부

(3) 가산세를 포함하여 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다.

청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2007.5.17. 서울특별시 OOO를본점 소재지로 하고, OOO 및 관리업 등을 목적사업으로 하여 설립하였으며, 청구법인의 사업자등록증 상 업태는 도·소매, 서비스업이다.

(나)청구법인은 대도시 내에서 법인 설립 후 5년 이내인2010.2.19.이 건 부동산을OOO에취득하였으며, 처분청은 이 건 부동산이소프트웨어 개발업에 사용하기 위하여 취득하는 아파트형공장에 해당된다고 보아 취득세·등록세 및 재산세를 면제하였다.

처분청은 청구법인이 이 건 부동산 806호 133.6㎡ 중 5㎡를 2010.11.1.부터 주식회사 OOO에 임대하였다고 보아 임대부분에 대한 취득세 등 OOO을 2011.2.10. 청구법인에게 부과 고지하였으며, 청구법인은 불복청구를 하지 않고 전액 납부하였다.

(다) 청구법인의 2010회계연도 매출액은 OOO으로서 이중OOO,OOO,OOOO은 상품 매출이고 나머지 OOO은 용역수입이며,2011회계연도 매출액은 OOO으로서 상품매출이 OOO이고 OOO이 용역수입이다.

청구법인의 2010회계연도, 2011회계연도의 상품매출원가는 각각 OOO, OOO으로서 매출액 대비 62%～65% 정도이며, 청구법인의 판매비 및 관리비에서 가장 많이 차지하는 부분은 OO(OOOOOO, OOOOOOO OOO)로서 2010회계연도 OOO, 2011회계연도 OOO으로 용역수입의 68% 정도이다.

한편 청구법인의 매출장을 보면, 청구법인의 주요 매출항목은 신용카드 단말기, POS용지(이하 상품매출), 판매수수료OOO로서 소프트웨어 개발에 따른 매출은 확인되지 않는다.

(라) 처분청 세무담당 공무원이 이 건 부동산이 소재한 서울특별시 OOO에 입주한 11개 업체(17개호)에 대한 사용 현황 조사를 하고 2012.3.29. 작성한 출장복명서에는 청구법인을 비롯한 3개 업체는 아파트형 공장을 당초목적 사업이 아니라 도·소매업 등에 사용하고 있으므로 면제한 취득세등은 추징 대상이라고 기재되어 있다.

(마) 이 건 부동산 등기는 청구법인이 대도시 내에서 설립한지 5년 이내에 취득한 부동산에 대한 등기이므로 등록세 중과세 대상에 해당되나, 처분청은 중과세율이 아닌 표준세율을 적용하여 산출한 세액을 등록세로 하여 2012.4.26. 청구법인에게 과세예고하였다.

(바) 청구법인은 2012.5.14. 서울특별시장에게 과세전적부심사를 청구하였으나, 서울특별시장은 2012.6.21. 청구법인의 과세전적부심사 청구를불채택 결정하였으며, 처분청은 등록세 중과세분에 대하여 별도의 과세예고를 하지 않고 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 등록세와 취득세등OOO,OOO,OOOO(OOO OO)을 2012.7.20. 청구법인에게 부과 고지하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가)「서울특별시시세감면조례」제21조 제2항에서 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업자가 제조업, 연구개발업, 지식산업 및 정보통신산업(시스템 통합 및 관리업, 소프트웨어 개발 및공급업 등)을 영위할 목적으로 아파트형 공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하되,그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 청구법인이 영위하는 신용카드 단말기 관리 사업 등은 청구법인이 개발한 소프트웨어로 운영하고 있으므로 이에 대한 매출은 소프트웨어 개발로부터 발생한 것이고, 이와 같은 영업방법이 관련업계의 공통된 사항이라고 주장하고 있으나,

청구법인의 주업은 사업자등록증에서의 업태에서 알 수 있듯이 신용카드 단말기 도·소매업과 유지 관리업(서비스)등으로 아파트형 공장의취득세 등 면제 대상 업종인 소프트웨어 개발 및 공급업과는 사실상 관련이 없다고 보이는 점, 청구법인의 손익계산서에서 소프트웨어 개발 및 공급을 통한 매출은 전혀 나타나지 않고, 용역 수입도 대부분 신용카드 단말기의 유지 관리 및 운영에 따른 수입인 점, 청구법인도 소프트웨어 개발 등은 하지 못하고 신용카드기의 판매와 판매한 신용카드기의 관리와 유지 보수 등을 한다고 인정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

비록 신용카드 단말기 운영과 관련한 소프트웨어 개발이 개발업체의난립으로 정상적인 영업이 어렵고 청구법인과 같이 이미 개발된 소프트웨어를 통한 신용카드 단말기의 유지 관리가 관련업계 전반의 영업 방법이라고 하더라도 청구법인의 경우 이 건 부동산을 취득할 당시부터 그 주업은 신용카드 단말기 판매 및 유지 관리업이라 할 것이므로 청구법인이 취득한 이 건 아파트형 공장은 취득세 등의 면제 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 부동산에 대하여 면제한 취득세와 등록세중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 추징한 것은 달리 잘못이 없다고판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 서울특별시세부과징수규칙(2008.4.17. 서울특별시규칙 제3617호로개정된 것) 제142조 제3항에서 중과세에 해당하는 경우에는 과세를 하기 전에 과세예고를 하여야 한다고 규정하고 있으나,

(나) 처분청이 과세예고를 하지 않은 중과세 처분에 대하여도 이후 심판청구 등과 같은 절차를 통하여 납세자의 권리구제가 충분히 가능할 뿐아니라 이 건과 같이 당초 표준세율로 과세예고를 하였다고 하더라도 과세전적부심사를 거친 경우에는 납세자에게 그 과세요건이 어느 정도 소명되었다고 볼 수 있으므로 비록 처분청이 등록세 중과세분에 대한 과세예고를 추가로 하지 않고 등록세를 부과 고지하였다고 하더라도 이를 중대한 하자로 보기는 어렵다고 할 것이다.

(4) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제120조 제3항, 제121조 제1항, 제150조 제3항 및 제150조를 종합하여 보면, 지방세법령 또는 지방세관계법령에 의하여 취득세와 등록세를 면제 받은 후에 당해 과세물건이 취득세와 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에당해 과세표준에「지방세법」에서 규정한 해당 세율을 적용하여 산출한세액을 납세지를 관할하는 지방자치단체의장에게 신고하고 납부하여야하고, 그 납세의무자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세와

산출세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 정한 가산율에 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세를 부과한다고 규정하고 있다.

또한 위 규정에서 가산세는 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된신고·납부의무등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는행정상의제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의부지ㆍ착오등은그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지아니한다고 할 것이다(조심 2009지596, 2010.2.13. 참조).

(나) 청구법인은이 건 부동산이 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않는다고하더라도 이 건 부동산을 취득할 당시 면제받은 세액에 가산세를 추가하여 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나,

청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후,「서울특별시시세감면조례」제21조 제2항에서 규정한 업종에 사용한다는 취지로 처분청에 취득세 등의 면제를 신청하였으나 사실상「서울특별시시세감면조례」제21조제2항에서 규정한 업종이 아닌 신용카드 단말기 도·소매업 등에 이 건부동산을 사용한 점, 처분청이 청구법인의 주업이 소프트웨어 개발및 공급업이 아니라 신용카드 단말기 도·소매 또는 유지 보수업이라는사실을 알았음에도 이 건 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하였다고보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,처분청이 이 건 부동산의 취득세와 등록세(중과세분 포함)에 가산세를 포함하여 산출한 세액을 청구법인에게 부과한 처분은 달리잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.