2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가.청구법인은 2006.12.31. OOO 내에 소재하는 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 구 「지방세법」(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항의 규정에 따라 처분청으로부터 취득세, 등록세 및 2007년도분부터 2011년도분까지의 재산세 등을 면제 받았다.

나. 처분청은 청구법인이 OOO 및 처분청의 매각요청을 수용하여 2009.12.24. 이 건 토지 중 OOO를 OOO에 환매함에 따라 위 면적은 유예기간내에 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징하지 아니하였으나, 청구법인이 OOO에 환매하고 남은 토지 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 이 건 토지의 일부를 환매한 날인 2009.12.24.부터 3년내에 산업용 건축물 등의 신축 용도에 직접 사용하도록 권고하였고, 청구법인이 2009.12.24.부터 3년이 되는 날인 2012.12.24.이 경과하도록 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 신축 용도에 직접 사용하지 않음에 따라 2013.1.11. 청구법인에게 쟁점토지에 대해 기 감면 받은 취득세 등을 2013.1.23.까지 신고납부 하도록 안내하였다.

다. 청구법인은 이에 따라 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 구 「지방세법」 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 OOO원을 2013.1.22. 신고납부하였고, 처분청은 2012년도 재산세 과세기준일 현재 산업용 건축물 등의 부속토지 용도에 사용하지 않고 있는 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산출한 2012년도분 OOO원을 2012.9.6. 부과고지하였으며, 쟁점토지에 대해 기 면제한 2007년도분부터 2011년도분까지의 재산세 등을 추징대상으로 보아 OOO원을 2013.1.22. 부과고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 처분청의 2012.9.6. 재산세 등의 부과처분에 대해서는 이의신청을 거치고, 나머지 처분에 대해서는 이의신청을 거치지 아니하고 2013.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO를 건설·운영하여 전력 공급을 목적으로 하는 법인으로서 2006년 9월 OOO 내에 신재생에너지 복합단지를 건설할 목적으로 이 건 토지를 취득한 후, 2007년 8월 이 건 토지상에 OOO 발전시설을 2007년 9월부터 2012년 12월까지 3단계에 걸쳐 연차적으로 건설한다는 계획을 수립하였으나, OOO에서 이 건 토지 중 일부를 OOO 건설용지로 전환하자는 요청과 함께 일부 토지에 대하여 OOO에 환매하여 달라는 요청을 지속적으로 하였고, 이에 청구법인은 OOO 등의 요청을 거절하고 2008.5.27. 이 건 토지에 OOO를 건설하겠다는 전기사업허가 신청을 하였으나, OOO에서는 2008.9.3. 전기사업허가 신청에 대하여 불허가 통보를 하였으며, 또한 OOO는 청구법인에게 OOO의 의견을 존중하여 이 건 토지 중 일부를 매각하라는 공문을 보내는 등 청구법인이 이 건 토지 전체를 사용하는 것이 어렵게 됨에 따라 결국 쟁점토지를 제외한 일부 토지를 2009.12.24. OOO에 환매하였다.

따라서, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 3년내에 이 건 토지상에 발전시설 등을 건축하지 못한 것은 처분청 등의 요청, OOO의 전기사업 불허가 통보, OOO의 지시 등에 의한 것으로 유예기간내에 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하고, 처분청도 유예기간인 3년이 경과한 시점에는 청구법인이 유예기간 내에 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하였으므로 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 3년이 경과한 시점에 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되어 기 감면한 재산세 등을 추징할 수 없음에도 처분청이 유예기간 만료 이후에 3년의 유예기간을 새로이 기산하여 그 기간 만료일인 2012.12.24.이 경과하자 취득세 등을 신고납부하도록 하고 재산세 등을 추징한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 OOO에 환매하고 남은 쟁점토지에 대하여 새로운 발전소 건설계획이 필요하게 됨에 따라 OOO가 2010.12.29. 발표한 제5차 전력수급기본계획에 따라 2019년까지 쟁점토지에 OOO를 건설한다는 새로운 발전소 건설계획을 수립하게 되었고, 이 계획에 의하면 2016년부터 공사가 시작 되는 것으로 되어 있어, 이는 정부의 발전소 공급계획에 따라 사업을 추진하는 청구법인의 입장에서는 발전소가 건설되기 전까지는 쟁점토지를 목적사업에 사용할 수 없는 정당한 사유가 있어 쟁점토지는 2012년도 재산세 과세기준일 현재 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 마목에 따른 분리과세대상 토지에 해당되므로 처분청이 이 건 토지에 대한 2012년도 재산세를 과세하면서 종합합산과세대상으로 구분하여 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 신고납부한 취득세 및 등록세 등에 대한 심판청구는 각하대상에 해당한다.

청구법인은 쟁점토지에 대해 기 감면받은 취득세 등이 추징대상에 해당된다는 처분청의 안내를 받고 이 건 취득세 등을 2013.1.22. 신고납부하였으나, 「지방세기본법」제119조에서 규정하는 심판청구의 요건은 행정처분이 있어야 하는데 청구법인이 이 건 취득세 등을 신고납부하고 처분청이 이를 수납하는 행위는 단순한 사무적 행위에 불과하여 이를 행정처분이라고 볼 수 없으므로 이 건 취득세 등 신고납부는 심판청구의 대상이 아니라고 할 것이고, 심판청구의 대상이 되기 위해서는 이 건 취득세 등에 대해 「지방세기본법」제51조에 따른 경정청구를 제기하여 처분청이 경정청구 거부처분을 한 후에 심판청구 제기해야 할 것이다.

(2) 청구법인은 이 건 재산세 등의 추징이 부당하다고 주장하고 있으나, 법인의 비업무용 토지의 유예기간 재기산에 관하여 규정한 구 「지방세법 시행령」(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제3항 제1호 가목의 규정에 의하면 “토지를 취득한 후 관계법령의 규정에 의하여 건축 등 목적사업에의 사용이 금지된 경우에는 그 금지가 해제된 날을 기산일로 하여 유예기간을 재기산한다”고 규정하고 있으므로 쟁점토지에 대해 이 건 토지 중 일부를 환매한 날인 2009.12.24.을 기산일로 하여 3년이라는 기간을 청구법인에게 부여하고 이 기간 내에 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 목적에 사용하도록 한 것은 위법한 행위라기보다는 오히려 청구법인이 쟁점토지를 목적사업에 사용할 수 있는 합리적인 기간을 부여한 것으로 납세자의 권리를 보장하여 줌으로써 이 법의 입법취지 및 목적에 부합한다고 볼 수 있고, 청구법인은 ① 신재생에너지 사업은 정부의 전력수급기본계획과 관계 없이 추진할 수 있는 사업이라는 점, ② 청구법인의 당초 사업계획에서 볼 때 청구법인의 3단계 건설계획 중 발전량이 가장 많은 주력 사업에 해당하는 목질계 발전시설은 그 사업부지 필요 면적이 OOO로서 쟁점토지 면적인 OOO로써 충분히 사업 추진이 가능했다는 점, ③ 청구법인이 쟁점토지를 2009.12.24.부터 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 사용하는데 법령에 의한 금지·제한 등 외부적인 사유도 해소되어 있는 상태인 점, ④ 청구법인이 쟁점토지를 2009.12.24.부터 3년내에 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 볼 만한 정황도 없는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 2009.12.24.부터 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 재산세 등을 추징한 처분은 적법하다.

(3) 청구법인은 처분청이 쟁점토지에 대한 2012년도 재산세 등을 과세하면서 종합합산과세대상으로 구분한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제4호에서 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 「전원개발촉진법」제5조 제1항에 따른 전원개발사업 실시계획에 따라 취득한 토지 중 발전시설 또는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지(「전원개발촉진법」시행 전에 취득한 토지로서 담장·철조망 등으로 구획된 경계구역 안의 발전시설 또는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지를 포함한다)를 분리과세대상으로 규정하고 있고, 대법원에서도 위 시행령 소정의 '발전시설 또는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지'는 법문 그대로 발전시설 또는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지에 한정되고 발전시설 또는 송전·변전시설에 직접적으로 사용되지 않는 토지는 분리과세 대상에서 제외된다고 보아야 한다(대법원 2003.8.22. 선고 2001두3525 판결 참조)라고 판결하고 있으며, 쟁점토지는 2012년도 재산세 과세기준일 현재 송전·변전시설에 직접 사용되고 있지 아니하므로 종합합산과세대상으로 구분하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 2013.1.22. 처분청에 신고납부한 취득세 등에 대한 심판청구가 본안심리대상인지 여부

②청구법인이 산업단지내의 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 3년내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

③ 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 2012년도 재산세 등을 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가)청구법인과 OOO 간 체결된 용지매매계약서 등에 의하면 청구법인은 OOO 발전소부지 OOO를 신재생에너지 복합단지를 건설할 목적으로 2006.12.31. 취득하였음이 확인된다.

(나) 처분청이 제출한 의견서 등에 의하면 청구법인은 이 건 토지를 취득하고, 구 「지방세법」 제276조 제1항에 따라 처분청으로부터 취득세, 등록세 및 2007년도분부터 2011년도분까지의 재산세를 면제 받았음이 확인된다.

(다) 청구법인이 2007년 8월 작성한 OOO 문서(청구법인 대표가 결재함)에 의하면, 청구법인은 이 건 토지상에 OOO 등을 2007년 9월부터 2012년 12월까지 약 5년간 3단계에 걸쳐 건설하는 것으로 기재되어 있다.

(라) 처분청이 2007.10.16. 청구법인 등에게 보낸 OOO 문서 및 OOO 문서 등에 의하면, 처분청은 청구법인에게 이 건 토지 중 OOO를 매각하여 줄 것을 요청하였고, 2007.12.13. 조선산업 육성계획에 활용할 수 있도록 추가로 OOO를 매각해 줄 것을 요청하였음이 확인된다.

(마) 청구법인이 2007.10.24. 처분청에 보낸 OOO 문서에 의하면, “이 건 토지의 사용계획이 이미 확정되어 부지 일부 매매건에 대한 협의가 불가함을 알려드립니다”라고 기재되어 있다.

(바) OOO가 2007.11.27. 청구법인에게 보낸 OOO내 OOO 소유부지 매각 협조 요청OOO 문서에 의하면, OOO는 청구법인에게 이 건 토지 중 일부를OOO에게 매각될 수 있도록 협조를 요청한 것으로 기재되어 있다.

(사) 청구법인이 2008.5.27. OOO에게 보낸 OOO 문서에 의하면, 청구법인은 「전기사업법」 제7조 제1항 등에 의거 OOO에 대한 전기사업허가를 신청하였고, 공사기간은 2008년 6월부터 2008년 8월까지로 기재되어 있다.

(아) OOO가 2008.6.27. 청구법인에게 보낸 OOO 문서에 의하면, “금번 귀 사에서 신청하신 전기사업 부지를 국토이용의 효율성 등을 감안하여 우리 도에 매각될 수 있도록 전기사업 신청건에 대하여 재검토 해 주실 것을 부탁드립니다”라고 기재되어 있다.

(자) OOO가 2008.9.3. 청구법인에게 보낸 OOO 문서에 의하면, “금번 귀사에서 신청하신 OOO 사업부지는 OOO가 100% 분양이 완료된 상태에서 많은 기업들이 OOO에 입주의사를 피력하고 있어 OOO경제 활성화와 국가경제 발전에 기여하기 위해서는 귀 사에서 발전소 부지로 소유하고 있는 부지를 보다 효율적이고 생산적인 산업용지로 활용함이 바람직하다고 사료되고, 비록 허가신청 부지가 당초 발전시설용으로 분양되었다 하더라도 현재는 OOO 지정으로 인하여 주변여건이 크게 변화되었음을 고려할 때 발전사업용지로 활용하기에는 부적합하다고 판단되며, 산업용지가 부족한 현실과 국토이용의 효율성 및 지역정서 등을 고려하여 전기사업허가 신청을 불허가하니 널리 이해하여 주시어 동 발전시설용지가 산업용지로 변경될 수 있도록 귀 사의 협조를 간곡히 부탁드립니다”라고 기재되어 있다.

(차) OOO이 2008.12.22. 청구법인에게 보낸 OOO 발전소 부지 매각 관련OOO 문서에 의하면, “OOO에서는 OOO내 기업투자유치를 위하여 귀 사 소유의 OOO 부지 일부를 산업용지로 매각해 줄 것을 요청하고 있는 바, 정부는 관계부처 합동으로 마련한 OOO을 통해 동 부지를 기업투자유치를 위해 활용하는 방안을 검토하기로 하였고, 이에 따라 귀 사는 OOO 협의하여 OOO 내 소유 발전소 부지 중 향후 발전소 건설 부지 등 사업수행에 필수적인 부지를 제외한 부지를 산업용지로 전환·매각하여 산업용지 부족을 해소할 수 있는 방안을 적극적으로 강구·조치하시기 바랍니다”라고 기재되어 있다.

(카) OOO과 청구법인 간 2009.12.24. 체결된 환수용지 양수도 계약서에 의하면, 청구법인은 이 건 토지 중 OOO를 OOO에 환매하는 것으로 기재되어 있다.

(타) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유없이 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점토지에 대해 기 감면한 취득세 및 등록세 등 OOO원을 2010.2.5. 청구법인에게 부과고지 하였고 청구법인은 이를 2010.3.2. 납부하였다.

(파)청구법인은 처분청의 취득세 등 부과처분에 불복하여 2010.4.21.OOO에 취득세 등 부과처분 취소 소송을 제기하였다.

(하) 행정안전부장관이 2010.5.25. OOO에 보낸 OOO 문서에 의하면, OOO 주식회사는 발전소부지 취득 후 발전소 건설을 위하여 발전소 활용방안, 건설기본계획 등을 수립한 후 실질적인 발전소 건설을 위하여 전기사업 허가권자인 OOO에게 전기사업허가 신청을 하였으나 허가판단기준 이외의 산업용지 부족 및 국토이용의 효율성 제고 등의 사유로 불허가 처분을 하여 발전소 건설을 추진할 수 없었고, OOO 주식회사는 국가로부터 경영평가 및 감독을 받는 OOO의 자회사로서 국가가 지역경제 활성화대책의 일환으로 OOO 주식회사의 해당 발전소 부지의 일부를 매각하라고 처분지시 하였으며, OOO 주식회사는 그 처분지시에 따라 불가피하게 매각처분 지시를 수용한 경우 그 매각 처분 지시에 따라 매각할 발전소 부지의 면적 및 위치 등이 특정되는 발전소 부지 환매 계약시점까지 매각 후 남는 잔여 발전소 부지의 면적 및 위치 등이 불명확하므로 잔여 발전소 부지에 대하여 새로운 발전소건설계획 수립 등을 추진할 수 없었으므로 OOO 주식회사가 해당 발전소 부지 취득 후 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 발생되었다고 볼 수 있어 과세유예기간내에 산업용 건축물 등에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 사료됩니다라고 기재되어 있다.

(거) 처분청은 청구법인의 쟁점토지 등에 대한 행정안전부의 유권해석 등에 따라 청구법인이 쟁점토지를 유예기간내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 2010.5.26. 쟁점토지에 대한 취득세 등 부과처분을 취소하고 기 납부한 취득세 등 OOO원을 환부하였다.

(너)처분청이 2013.1.11. 청구법인에게 보낸 OOO 주식회사미사용 감면토지에 대한 지방세 신고납부 안내OOO문서에의하면, 귀 법인에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득한 토지중 2009.12.24. OOO에 매각하고 남은 쟁점토지OOO에 대하여 감면유예기간이 2012.12.24.에 만료됨에 따라 미사용 토지에 대해 감면된 지방세를 자진 납부하여야 함을 알려드리고, 만약, 지방세를 유예기간 종료일부터 30일 이내(2013.1.23.한)에 신고납부하지 아니할 경우 신고불성실가산세 20%와 납부불성실가산세 1일3/10,000을 추가로 부담하게 됨을 알려드립니다라고 기재되어 있다.

(더) 청구법인이 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 구 「지방세법」 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2013.1.22. 신고하자, 처분청은 2013.1.22. 청구법인에게 취득세 납세고지서와 등록세 납부서를 교부하였음이 청구법인이 제출한 취득세 납세고지서 등에 의해 확인된다.

(러) 처분청은 2012년도 재산세 과세기준일 현재 산업용 건축물 등의 부속토지 용도에 사용하지 않고 있는 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산출한 OOO원을 2012.9.6. 부과고지하였다.

(머)처분청은 쟁점토지에 대해 기 면제한 2007년도분부터 2011년도분까지의 재산세 등을 추징대상으로 보아 OOO원을 2013.1.22. 부과고지하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 구 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9929호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항의 규정에 의하면 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의하면 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제121조 제1항의 규정에 의하면 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다.

(나) 지방세법령상 납세자가 부동산 등을 취득하는 경우 취득세등을 신고납부하도록 규정되어 있고, 납세자가 취득세 등을 감면받은 후유예기간내에 목적 사업에 사용하지 못하는 등 추징사유가 발생한 경우그 사유발생일부터 30일 이내에 기 감면받은 취득세 등을 신고납부하도록 규정되어 있는 등 취득세는 신고납부방식에 의해 조세채무가 확정되는 조세이나, 취득세와 같이 신고납부방식의 조세라 하더라도 납세의무자가 법정신고기한내에 취득세 등을 신고하지 아니하여 그 기간이 경과된 경우에는 부과납세방식의 조세로 변경된 것으로 보는 것이 타당하다(대법원 2005.5.27. 선고 2003다66271 판결, 같은 뜻임).

(다) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2013.1.22. 취득세 등을 신고납부한 후 2013.4.12. 심판청구를 제기하였고, 취득세 등의 신고납부는 처분에 해당되지 아니하므로 심판청구의 대상이 없어 본안심리대상에 해당되지 아니한다는 의견이나, ① 청구법인은 2006.12.31. 이 건 토지를 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 일부는 국가 등의 지시에 따라 2009.12.24. OOO에 환매하였고, 환매하고 남은 잔여토지인 쟁점토지에 대해 청구법인이 처분청의 안내에 따라 2013.1.22. 기 감면받은 취득세 등을 신고납부하였다 하더라도 청구법인이 2013.1.22. 신고납부한 취득세 등이 심판청구대상이 되는지 등은 쟁점토지의 감면유예기간 3년의 종료일인 2009.12.31. 현재 시행되는 지방세법령에 따라 판단되어야 하는 점, ② 청구법인의 취득세 등의 추징사유발생일인 2009.12.31. 현재 시행되는 지방세법령에는 경정청구제도가 존재하지 아니하였을 뿐만 아니라 추징사유발생일부터 30일 이내에만 기 감면받은 취득세 등을 신고납부할 수 있도록 규정하고 있었던 바, 청구법인과 같이 2009.12.31. 추징사유가 발생되었으나 2013.1.22. 기 감면된 취득세 등을 신고납부한 경우에는 청구법인이 신고납부한 취득세 등은 2010.12.31. 이전에 추징사유가 발생하여 경정청구대상에 해당되지 아니하고, 추징사유발생일부터 30일이 경과된 이후에 신고납부를 하여 지방세법령상 적법한 신고납부에 해당되지 아니한다고 보는 것이 타당한 점, ③ 청구법인의 취득세 등의 추징사유발생일인 2009.12.31. 현재 시행되는 지방세법령에는 취득세 납세의무자가 추징사유발생일부터 30일 이내에 신고납부하지 아니한 경우에는 처분청이 부과고지토록 규정하고 있었던 바, 청구법인과 같이 2009.12.31. 추징사유가 발생하였으나 추징사유발생일부터 30일이 경과된 후인 2013.1.22. 취득세 등을 신고납부 한 경우 신고납부방식의 조세가 부과납세방식의 조세로 변경된 후에 한 신고납부로서 청구법인이 취득세 등을 신고함에 따른 처분청의 취득세 등의 납세고지서 등의 교부행위는 취득세 등의 부과처분으로 보는 것이 타당한 점, ④ 청구법인이 2013.1.22. 취득세 등을 신고납부한 행위를 처분으로 보지 아니하면, 청구법인은 2009.12.31. 추징사유가 발생되어 2011.1.1.부터 도입된 제도인 경정청구대상에 해당되지 아니하고, 청구법인이 취득세 등을 신고납부한 행위가 지방세법령에 의한 신고납부에도 해당되지 아니하여 2010.12.31. 이전에 추징사유가 발생되었다 하더라도 처분으로 볼 수 없어 취득세 등을 납부하고도 불복청구를 할 수 없게 되는 점, ⑤ 청구법인이 2013.1.22. 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고하자 처분청은 2013.1.22. 취득세 납부서가 아닌 취득세 납세고지서를 교부한 사실이 청구법인이 제출한 취득세 납세고지서에 의해 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 2013.1.22. 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고하자 처분청이 취득세 납세고지서를 교부한 행위는 처분청이 쟁점토지에 대한 취득세 등의 부과처분을 한 것으로 보는 것이 타당하므로 이 건 심판청구는 본안심리대상에 해당된다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 구 「지방세법」(2006.12.30. 법률 제8101호로 개정되기 전의 것) 제276조 제1항의 규정에 의하면 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감( 「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)하되, 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2006.12.31. 취득한 이 건 토지 중 일부를 환매한 날인 2009.12.24.부터 기산하여 3년내에 정당한 사유없이 쟁점토지를 공장용 건축물 등의 신축 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세, 등록세 및 2007년도분부터 2011년도분까지의 재산세 등을 추징하는 처분을 하였으나, ① 구 「지방세법」제276조 제1항 단서 추징규정에 의하면 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 기 감면한 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 청구법인과 같이 토지를 취득하여 일부를 매각한 경우에도 감면유예기간을 재설정하도록 하는 규정은 없으므로 청구법인이 취득한 쟁점토지가 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부는 이 건 토지의 일부를 환매한 날이 아니라 쟁점토지의 취득일을 기준으로 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 따라 판단되어야 하는 점, ② 청구법인은 2006.12.31. 발전소용 토지로 지정된 쟁점토지를 포함한 이 건 토지를 취득하고, 2007년 8월 쟁점토지를 포함한 이 건 토지상에 발전소를 건설하기 위한 계획을 수립하고, 2008.5.27. OOO에게 전기사업허가를 신청하는 등 쟁점토지 등을 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하고자 하였으나, 처분청은 2007.10.16. 및 2007.12.13. 청구법인에게 쟁점토지가 포함된 이 건 토지의 일부를 조선산업 육성에 활용할 수 있도록 매각해 줄 것을 요청하였고, OOO는 2007.11.27. 청구법인이 소유중인 쟁점토지가 포함된 이 건 토지의 일부를 OOO 주식회사에게 매각될 수 있도록 협조를 요청하였으며, OOO는 2008.9.3. 청구법인의 전기사업 허가 신청에 대하여 국토이용의 효율성 및 지역정서를 고려하여 전기사업을 불허가하고 이 건 토지 등을 산업용지로 변경될 수 있도록 청구법인의 협조를 요청하였고, OOO은 2008.12.22. 청구법인에게 쟁점토지가 포함된 이 건 토지 중 발전소 건설 부지 등 사업수행에 필수적인 부지를 제외한 부지를 산업용으로 전환·매각하여 산업용지의 부족을 해소할 수 있는 방안을 적극적으로 강구토록 지시한 사실이 확인되는 점, ③ 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과된 2010.2.5. 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 정당한 사유없이 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점토지에 대해 감면받은 취득세 등을 과세하였으나, 청구법인이 이 과세처분에 대해 OOO에 취득세 등의 부과처분 취소소송을 제기하고, 행정안전부장관이 2010.4.25. OOO에게 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 유권해석을 하자, 2010.5.26. 청구법인에게 2010.2.5. 과세한 취득세 등의 부과처분을 취소하고 기납부한 취득세 등을 환부한 바 있어 처분청도 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하였던 점 등에 비추어 청구법인이 취득일부터 3년내에 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 것은 처분청 및 OOO의 쟁점토지를 포함한 이 건 토지의 매각요청, OOO의 매각 지시 등 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적인 사유 때문인 것으로 확인되므로 청구법인이 취득일부터 3년 이내에 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 3년내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되는 이상, 처분청이 쟁점토지에 대해 기 감면한 취득세, 등록세 및 재산세 등을 추징한 처분은 잘못된 것으로 판단되고, 또한 처분청이 쟁점토지의 취득일인 2006.12.31.부터 감면유예기간을 기산하지 아니하고, 청구법인이 이 건 토지 중 일부를 환매한 날인 2009.12.24.부터 감면유예기간을 기산하고 청구법인이 재설정된 감면유예기간내에 정당한 사유없이 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점토지에 대해 기 감면한 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 구 「지방세법 시행령」 제102조 제5항의 규정에 의하면 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지를 말하되, 다만 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다고 규정하면서, 그 제4호에서 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 「전원개발촉진법」 제5조 제1항에 따른 전원개발사업 실시계획에 따라 취득한 토지 중 발전시설 또는 송전ㆍ변전시설에 직접 사용하고 있는 토지(「전원개발촉진법」 시행 전에 취득한 토지로서 담장ㆍ철조망 등으로 구획된 경계구역 안의 발전시설 또는 송전ㆍ변전시설에 직접 사용하고 있는 토지를 포함한다)를 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2012년도 재산세 과세기준일인 2012.6.1. 현재 쟁점토지를 발전시설 또는 송전ㆍ변전시설에 직접 사용하지 아니하였고, 쟁점토지는 나대지 상태인 것이 확인되므로 처분청이 쟁점토지에 대한 2012년도 재산세 등을 과세하면서 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.