처분청은 청구인이 2003.12.3. 강원도 철원군○○읍○○리○-○번지 건축물 845.5㎡와 동 부속토지 4,636㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하자 창업중소기업의 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제하였으나, 그 후 세무조사결과 이 사건 부동산은 종전의 사업에 사용되던 자산을 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 해당되어취득세 등의 면제대상이 아니므로 이 사건 부동산의 취득가액 800,000,000원을과세표준으로 하고 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,200,000원, 농어촌특별세 1,760,000원, 등록세 19,200,000원, 지방교육세 3,520,0000원, 합계 43,680,000원(가산세 포함)을 2007.5.30. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2002.3.30. 중소기업을 창업하고, 창업일로부터 2년 이내인 2003.12.3. 이 사건 부동산을 취득하여하치장으로 사용하였으며, 이 사건 부동산의종전 소유자인 청구외 주식회사○○○○○(이하 “종전 사업자”라 한다)는 이 사건 심사청구일 현재에도 사업을 영위하고 있으므로 청구인이 종전사업을 승계한 것이 아님에도 처분청에서 종전사업자의 사업을 승계하였다고하여 기 과세면제한 이 사건 취득세 등을추징하는 것은 부당하다고 주장하면서 이사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종전사업자의 부동산을 취득하여 동종의 사업을 영위하는 경우 취득세 등의 면제대상인 창업 중소기업의 사업용 재산에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조제1항에서 2003년 12월 31일 이전에 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업으로 정의하고 있고, 같은 조 제4항제1호 및 제4호에서는 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우와 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 창업으로 보지 않는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제119조제3항제1호 및 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 취득ㆍ등기하는 경우에는 등록세 및 취득세를 면제하는 것으로 규정하면서 다만, 등기일ㆍ취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 2002.3.30. 상호를○○○○○로 하고, 본점 소재지를 충청북도 청원군○○면○○과학산업단지○-○블록으로 하며, 그 목적사업을 1. 건강보조식품의 개발, 제조 및 판매, 2. 의약품의 개발 제조 및 판매, 3. 실험용 동물모델의 개발 및 판매, 4. 효소제, 효모제 및 발효물질의 개발 및 판매, 5. 도, 소매업, 6. 인터넷을 통한 축산물 및 사료농산물의 현물 및 선물매매, 7. 사료 및 축산물 동물약품, 의료기기, 수의기기의 제조 및 판매, 8. 양곡기와 창고의 소유 및 운영, 9. 인터넷을 통한 건강 및 건강보조식품, 발효물질의 판매, 10. 용역업(서비스업), 11. 수출입업 등으로 하여 법인을 설립하고, 2002.12.7. 본점 소재지를 충청북도 청원군○○면○○리 313-2번지로 이전하였으며,2003.12.3.이 사건 부동산을 청구외 주식회사○○○○○로부터 취득하였고,2006.6.13. 청구인 상호를 주식회사○○○○○○로 변경하였으며, 2006.7.12. 청구인 상호를 주식회사○○○○○○○으로 변경하였고, 한편,이 사건 부동산의 종전사업자인 주식회사○○○○○는 1999.11.26. 법인 설립 후 2001.5.23. 이 사건 부동산을 취득하여 사료보관을 위한 하치장으로 사용하였고, 그 목적사업을 1. 건강식품 및 건강보조식품의 개발, 제조 및 판매, 2. 의약품의 개발 제조 및 판매, 3. 실험용 동물모델의 개 발 및 판매, 4. 효소제, 효모제 및 발효물질의 개발 및 판매, 5. 도, 소매업, 6. 인터넷을 통한 축산물 및 사료 농산물의 현물 및 선물 매매, 7. 사료 및 축산물 동물약품, 의료기기, 수익기기의 제조 및 판매, 8. 양곡기와 창고의 소유 및 운영, 9. 인터넷을 통한 건강 및 건강보조식품, 발효물질의 판매, 10. 용역업(서비스업), 11. 수출입업 등으로 되어 있는 사실은 제출된 자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은,2002.3.30. 중소기업을 창업하고, 창업일로부터 2년 이내인 2003.12.3. 이 사건 부동산을 취득하여하치장의 목적으로 사용하였고, 이 사건 부동산의종전 사업자는 이 사건 청구일 현재에도 사업을 영위하고 있으므로 청구인이 종전사업을 승계한 것이 아님에도 처분청에서 종전 사업자의 사업을 승계하였다고 판단하여 기 과세면제한 이 사건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하나,구 조세특례제한법 제6조제4항제1호에 의하면 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있고,청구인의 경우 이 사건 종전사업자와 동종의 사업을 영위하는 사실을 청구인과 종전사업자의 등기부등본에서 알 수 있고, 이 사건 부동산을 매입하여 종전사업자와 같은 용도인 가축용 사료보관용 하치장으로 사용한 사실이 강원도청의 과세전적부심사청구 현지확인서(세무주사○○○, 2007.5.17)에서 입증되는 이상, 이 사건 부동산은 구조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에 의한 취득세 등의 면제대상인 창업중소기업의 사업용 재산에 해당되지 않는다 할 것이며, 종전사업자가 이 사건 부동산 매도후에도 별도로 사업을 계속 영위하고 있고, 청구인이 이 사건 부동산을 공장이 아닌 하치장의 목적으로 사용하였다하여 이를 달리 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청에서 기 면제한 이사건 취득세 등을과세한 것은 적법하다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 모두 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 7. 23.

행 정 자 치 부 장 관