청구법인은 부산광역시 북구 OO동 OOOOOOO 공장용지 36,205㎡와 그 지상의 건물 7,437.77㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 환경보전법의 규정에 의하여 이전명령을 받게 됨에 따라 91.12.26 양도하고, 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 동 공장양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세를 면제받은 사실이 있다.

처분청은 청구법인이 대도시안의 구공장(쟁점공장) 양도일로부터 3년 이내에 지방에서 공장을 준공하여 사업을 개시하여야 하나, 이를 이행하지 아니하였으므로 위 법인세 등의 면제를 배제하고 95.6.16 청구법인에게 91사업년도분 법인세 642,295,540원 및 특별부가세 2,086,425,100원을 부과하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.7.26 심사청구를 거쳐 95.11.17 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 경우 쟁점공장을 환경보전법의 규정에 의하여 이전명령을 받게 됨에 따라 부득이 양도하였으므로 이로 인한 법인세 등은 면제되어야 하며, 따라서 처분청이 쟁점공장의 양도일로부터 3년 이내에 지방에서 공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하였다고 하여 기 면제한 법인세 등을 추징한 것은 부당하다.

(2) 쟁점공장 부지는 국민주택건설용지로 주택건설등록업자에게 양도되었고, 동 주택건설등록업자가 3년 이내에 국민주택을 건설하였으므로 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 조세감면규제법상 환경보전법의 규정에 의하여 이전명령을 받게 됨에 따라 공장을 양도한 경우에 대하여 법인세 및 특별부가세를 무조건 면제할 수 있는 법적 근거는 없고, 이 경우에도 역시 대도시 공장의 지방이전에 대한 규정을 적용하여 구공장의 양도일로부터 3년 이내에 지방에서 공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하면 기 면제한 법인세 등을 추징하게 된다.

(2) 국민주택건설용지에 대한 특별부가세의 감면은 주택건설등록업자가 과세표준신고기한내에 감면신청을 하는 경우에 한하여 적용하는 것인데, 쟁점공장 부지의 경우 주택건설등록업자가 적법하게 감면신청을 한 사실이 없으므로 이를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 (1)대도시안의 쟁점공장 양도일로부터 3년 이내에 지방에서 공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하였다고 하여 기 면제한 법인세 등을 추징한 처분이 정당한지 여부와 (2)쟁점공장 부지를 국민주택건설용지로 양수한 주택건설사업자가 과세표준신고기한내에 감면신청을 하지 아니한 경우에도 동 특별부가세를 감면할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에서 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장부지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세 및 특별부가세를 면제하는 것으로 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 「제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세 등을 면제받은 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니하다」고 하고, 그 제1호에서 「대통령령이 정하는 바에 의하여 지방에서 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때」를 열거하고 있으며, 같은법 시행령 제36조 제3항 및 제5항에서 구공장을 먼저 양도하고 지방에서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 3년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

위의 관련법령의 규정에 의하면, 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장부지와 건물을 먼저 양도하고 지방에서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 3년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니하면 동 소득에 대한 법인세 등의 면제가 배제됨을 알 수 있다.

관련 과세기록에 의하면, 청구법인은 당초 91사업년도 법인세 과세표준 신고시에 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 쟁점공장을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 등의 면제를 신청하여 동 세액을 면제받았으나, 쟁점공장의 양도일로부터 3년 이내에 지방에서 공장을 준공하여 사업을 개시한 사실이 없고 달리 이를 이행하지 못한 부득이한 사유가 없는 바, 처분청이 위 관련법령의 규정에 의하여 기면제한 법인세 등을 추징한 것은 적법하다고 판단된다.

청구법인은 쟁점공장을 환경보전법의 규정에 의하여 이전명령을 받게 됨에 따라 부득이 양도하였으므로 이로 인한 법인세 등은 면제되어야 한다고 주장하나, 이러한 경우에 대하여 조세감면규제법에서 무조건 법인세 등을 면제하는 것으로 별도로 규정한 바는 없으며, 위 조세감면규제법 제42조 등의 규정은 법인이 대도시안의 구공장을 이전하게 된 사유를 묻지 않고서 동 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장부지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 등을 일정한 요건하에서 면제하는 것으로 규정하고 있는 것으로 보아야 할 것이므로, 결국 위 규정을 적용하여 법인세 등이 면제되지 아니하면 달리 볼 여지는 없다고 판단된다.

다. 조세감면규제법 제62조 제1항에서 내국법인이 토지를 국민주택의 건설용지로 주택건설등록업자에게 양도하는 경우에는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에서 「제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다」고 규정하고, 같은법 시행령 제50조 제6항에서 「법 제62조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다. (이하 생략)」고 규정하고 있다.

위의 국민주택건설용지에 대한 특별부가세 등의 감면은 양수자인 주택건설등록업자에게 일정한 사유가 발생하면 동 주택건설등록업자로부터 기 감면한 양도자의 특별부가세 등을 징수하게 되므로 그 감면요건을 강화하여 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한내에 양수자인 주택건설등록업자가 양도자의 주소지 소관세무서장에게 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용하는 바, 쟁점공장 부지에 대하여 양수자가 과세표준신고기한내에 처분청에 동 특별부가세의 감면신청을 한 사실이 없으므로 달리 볼 여지가 없어 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.