청구법인은 93.6.23 OO로 O구역 제O지구 재개발사업(이하 “재개발사업”이라 한다) 시행인가를 받은 후 연면적 58,821.68㎡(지하 7층, 지상 18층)의 공동주택 및 사업용건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축(94.2.23 건축허가)하고 있는데 동 건물의 소유구분 및 용도구분은 아래와 같고,

청구법인이 쟁점건물을 신축하기 위하여 교부받은 매입세금계산서 중 과세·면세사업에 공통되는 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 아래와 같다.

처분청은 이 중 청구법인이 94.7.25 OO개발주식회사로부터 교부받은 구건물철거공사비에 대한 공급가액 30,000,000원의 세금계산서를 토지에 대한 자본적지출로 보아 그 매입세액 전액(3,000,000원)을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 위 세금계산서를 제외한 공급가액 3,122,409,759원에 대한 매입세액 312,240,975원에 대하여는 아래와 같이 안분계산한 금액을 매입세액불공제하여 95.9.1 청구법인에게 94년 제1기 부가가치세 1,057,080원, 94년 제2기 부가가치세 4,888,630원을 결정고지하고, 95년 제1기 부가가치세 195,793,440원을 환급결정하였다(이 건 심사결정 결과에 따라 94.7.25 OO개발 주식회사로부터 교부받은 세금계산서 30,000,000원의 철거공사대는 그 매입세액 3,000,000원 중 과세사업 비율에 해당하는 금액을 공제하여 96.1.16 94년 제2기 부가가치세 2,245,410원을 경정감결정하였음).

312,240,975 ×= 99,783,144(원)

청구법인은 이에 불복하여 95.10.16 심사청구를 거쳐 96.1.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점세금계산서 중 재개발사업의 지주에게 귀속될 부분은 공사원가만을 지칭하는 것이므로 관리비 등을 지급하고 교부받은 세금계산서는 안분계산대상이 되지 아니하므로 동 관리비 등에 대한 세금계산서 122,409,759원에 대한 매입세액 12,240,975원은 아래와 같이 안분계산한 금액만을 매입세액불공제하여야 하고,

12,240,975 ×= 816,675(원)

(2) 쟁점세금계산서 중 95년 1기 공사원가 3,000,000,000원에 대한 세금계산서는 95.6.30 시공회사인 주식회사 OO으로부터 교부받은 것인데, 이 때까지의 공사진척도는 국민주택부분(지상 9층 이상)에 미치지 아니하였으므로 이에 대한 매입세액 300,000,000원은 실지귀속이 분명한 것으로 보아 아래와 같이 안분계산한 금액만을 매입세액불공제하여야 한다.

300,000,000 ×= 69,830,382(원)

나. 국세청장 의견

(1) 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하면 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 사용면적비율로 안분계산하도록 되어 있을 뿐, 그 공통매입세액을 특별히 공사원가로 제한하는 규정이 없으므로 이 부분 주장은 이유없다.

(2) 건축물의 공사진척도는 전체면적대비 기성된 부분의 비율로 계산하는 것인지 각 층별로 공사진척도를 계산하는 것이 아니므로 이 부분 주장도 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재개발사업으로 건축중인 건축물에 대한 공사원가 및 관리비 등에 대한 공통매입세액을 면적비율로 안분계산하여 부가가치세 면세사업부분에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가린다.

나. 관련법령

부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항 제3호의 규정에 의하면 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 공급가액의 비율에 의거 안분계산하며, 이 경우 당해과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 ① 매입세액(공통매입세액을 제외한다)비율, ② 예정공급가액비율, ③ 예정사용면적비율의 순서로 안분계산하도록 규정하고 있고, 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 비율을 우선하여 적용하도록 하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물 신축비용 중 관리비 등에 해당하는 부분은 지주에게 귀속시킬 수 없는 비용인지에 대하여 살펴본다.

청구법인은 관리비등(사무소 비품비 등)은 사업시행자의 관리비용이므로 토지소유자에게 귀속되는 것으로 볼 수 없다고 주장하면서, 공사도급계약서를 제시하고 있으나, 청구법인이 제시한 위 증빙만으로는 관리비가 전부 사업시행자에게만 귀속된다고는 보이지 아니하고, 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하면 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 사용면적비율로 안분계산하도록 되어 있을 뿐 그 공통매입세액을 특별히 공사원가로 제한하는 규정이 없으므로 이 부분 청구주장은 이유없다 할 것이다.

(2) 쟁점건물의 공사진척도가 부가가치세가 면제되는 국민주택부분(9층 이상)에 미치지 아니한 경우 이 부분에 대한 매입세액은 실지귀속이 분명한 것으로 보아야 하는지에 대하여 살펴본다.

쟁점세금계산서 중 95년 제1기 공사원가 3,000,000,000원에 대한 세금계산서는 95.6.30 시공회사인 주식회사 OO으로부터 교부받은 것이고, 이 때까지의 공사진척도가 국민주택부분(지상 9층 이상)에 미치지 아니한 사실이 확인되고 이 부분에 대하여는 다툼이 없다.

청구법인은 시공회사가 발행한 세금계산서는 분명히 과세분 용역에 대한 세금계산서이므로 귀속이 분명한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 건축물의 공사진척도는 전체면적 대비 기성된 부분의 비율로 계산하는 것이 합리적이라고 판단되므로 이 부분 청구주장도 이유없다 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.