고속도로 운영사업을 영위하고 있는 청구법인은 휴게소용 건물 등의 시설물을 신축하고 이를 임대하여 오던 것을 1999년부터 BOT(건설ㆍ운영 후 양도조건) 방식의 자금조달 방법을 채택하여, 2003년 6월말 현재까지 다음과 같이 주식회사○○○○등 8개의 법인(이하 "사업시행자"라 한다)들이 각자 청구법인의 토지 위에 주유소 및 휴게소용 건물(이하 "쟁점1건물"이라 한다)을 신축하여 일정기간동안 사업에 사용한 후 청구법인에게 무상으로 소유권을 이전하기로 하고, 부가가치세 및 법인세 신고 시에는 별도로 받은 사용료 등에 대하여만 토지임대용역의 수입금액으로 신고하였다.

한편, 청구법인은 휴게소와 주유소를 운영하여 오던 위 사업시행자들 중 가스충전소가 필요한 4인의 사업시행자들로부터 다음과 같이 가스충전소용 건물(이하 "쟁점2건물"이라 한다)을 신축과 동시에 무상으로 소유권을 이전받고, 위 휴게소 등의 사업기간동안 이를 무상으로 사용토록하면서 충전소 운영에 대하여 별도로 받은 사용료를 토지임대용역의 수입금액으로 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

이에 대하여 처분청은 청구법인이 쟁점1건물과 쟁점2건물을 취득한 것은 토지임대료의 선불 또는 후불의 대가로 보아, 건물신축원가 상당액을 약정된 사업기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간별 합계액을 누락된 과세표준으로 하여 2004.12.8. 2004.12.16. 및 2006.2.9. 청구법인에게 2001년 제1기~2005년 제1기 부가가치세 2,957,573,700원<고지내역서 별첨1>을 고지하고, 법인세 과세표준계산 시 임대료로 익금가산하여 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.2.18. 및 2006.5.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점2건물을 준공과 동시에 사업시행자로부터 무상증여받은 것인 바, 이는 토지임대용역에 대한 대가(임대료의 선불)가 아니라 자산수증이익에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니므로 법인세 과세표준계산 시 수증받은 사업연도의 익금에만 산입하여야 하고, 사용기간의 만료 시 취득하는 쟁점1건물은 청구법인이 소유권뿐만 아니라 점유권도 없어 사용수익하는 것으로 볼 수 없고, 쟁점1건물의 가액과 사용기간 및 사용요율 간에 상관관계가 없으며, 협약서상 시설운영 및 토지사용의 대가에 대한 조항과 쟁점1건물의 무상이전에 대한 조항이 별도로 기재되어 있어 토지 임대용역의 대가와는 관계없다 할 것이므로 무상취득 조건이 충족되어 취득할 때 이를 증여받은 것으로 보아야 할 것이고, 설사 쟁점1건물의 취득조건이 토지임대용역과 대가관계가 있다고 하더라도 기부채납 절차가 완료된 때를 공급시기로 보아야 할 것이므로 건축원가를 사용기간에 안분한 후 각 과세기간별 합계액을 부가가치세 과세표준으로 하고 법인세 과세표준계산 시 임대료로 익금산입하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 1998년경 ○○지방국세청장이 청구법인에 대한 세무조사를 하면서, 기부채납하기로 되어 있던 고속도로 광고시설물을 토지임대용역의 대가로 보지 아니하고 자산수증이익으로 보아 과세하였고, 이에 대한 감사원심사결정에서도 자산수증이익으로 보아 과세하였고, 이에 대한 감사원심사결정에서도 자산수증이익으로 보아 과세한 처분이 정당하다는 결정을 하였으며, 청구법인은 위 결정을 신뢰하여 쟁점2건물을 자산수증이익으로 처리하였음에도 이를 부인하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1)사업시행자가 건설한 건물이 준공과 동시에 청구법인에게 무상으로 귀속되거나, 사업기간 종료와 동시에 청구법인에게 무상귀속 또는 기부채납되는 것은, 토지소유자가 자신의 토지 위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 사용하게 하고 그 대가로 건물을 선불 또는 후불로 받는 경우에 해당하여 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되어야 하고, 이 때 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 재49조의 2 제3항의 규정에 따라 건물의 가액을 사업기간의 월수로 안분하여 산출된 각 과세기간의 합계액으로 하여야 하므로, 처분청이 쟁점1,2건물의 건축원가상당액을 위와 같은 방법으로 계산하여 부가가치세를 고지하고 법인세 과세표준계산 시 임대료로 익금가산하여 경정한 처분에는 잘못이 없다.

(2) 청구법인에게 기부채납하기로 되어 있던 고속도로 광고시설물은 고속도로 차선 위 일정 높이에 도로를 가로질러 설치된 고속도로정보안내판으로서 이는 토지에 정착된 것으로 볼 수 없어 토지임대용역과 관련된 이 건과 다른 것으로 보이고, 설사 동일한 사안이라고 하더라도 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청의 공적견해표명이 특정납세자가 아닌 불특정일반납세자에게 정당한 것으로 받아들여야 하는 것(대법2001두10837, 2003.9.5. 같은 뜻임)이므로 특정인인 청구법인에게 통지된 감사원결정문을 근거로 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인의 토지위에 사업시행자가 쟁점1건물을 신축하여 사용하다가 청구법인에게 기부채납하도록 되어 있는 것에 대하여 건축원가상당액을 임대료의 후불로 보고, 쟁점2건물을 신축하여 증여한 것에 대하여 건축원가상당액을 임대료의 선불로 보아 사용기간(월)에 따라 안분한 후 각 과세기간별 합계액을 부가가치세 과세표준으로 하고 법인세 과세표준계산 시 익금산입한 처분의 당부

(2) 쟁점2건물의 취득에 대하여 토지의 임대용역으로 보아 각 과세기간별로 안분계산하여 과세한 처분이 감사원결정에 반하여 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점1 관련 법령

부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

①용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모은 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

부가가치세법 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1.재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3.제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법시행령 제22조【용역의 공급시기】

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업 일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2.완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3.제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 ″ 공급가액″ 이라 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1.금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역 의시가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법시행령 제48조【과세표준의 계산】

①법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.

부가가치세법시행령 제49조의 2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】③ 사업자가 2과세기간이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법시행령 제51조 제2항의 규정을 준용한다.

법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법시행령 제11조【수익의 범위】

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1.한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생가는 수입금액(괄호 및 단서생략)

2.자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

3.자산의 임대료

4.자산의 평가차익

5.무상으로 받은 자산의 가액

(2) 쟁점2 관련 법령

국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】

납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 청구법인이 휴게소용 건물 등의 시설물을 신축하여 임대하여 오던 것을 1999년부터 BOT(건설ㆍ운영 후 양도조건)방식의 자금조달방법을 채택하여 사업시행자들이 각자 청구법인의 토지 위에 쟁점1건물을 신축하여 일정기간동안 사업에 사용한 후 청구법인에게 무상으로 소유권을 이전하기로 하고, 사업시행자들 중 가스충전소가 필요한 4인의 사업시행자들로부터 쟁점2건물을 신축과 동시에 무상으로 소유권을 이전받고, 위 휴게소 등의 사업기간동안 이를 무상으로 사용토록하였으며, 청구법인은 휴게소와 충전소 운영에 대하여 별도로 받은 사용료를 토지임대용역의 수입금액으로 부가가치세 및 법인세 신고를 하였으며, 위 사실관계에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점1건물과 쟁점2건물을 취득한 것은 토지임대료의 선불 또는 후불로 보아, 건물신축원가 상당액을 약정된 사업기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간별 합계액을 누락된 부가가치세 과세표준으로 하고 법인세 과세표준계산 시 임대료로 익금가산하여 경정하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(다) 청구법인과 사업시행자간에 체결한 협약서의 주요내용은 별첨2와 같은 바, 쟁점1건물과 관련한 협약내용은 "청구법인이 휴게소 및 주유소시설의 건설, 소유 및 운영권을 사업시행자에게 부여하고, 사업시행자는 휴게시설의 부지를 사용ㆍ수익한 대가로 매월 판매한 매출액에 소정의 사용료율로 산정한 금액을 청구법인에게 납부하여야 하고, 사업시행자가 설치한 시설물에 대한 소유권은 사업기간동아 사업시행자가 보유하되, 사업가간 종료와 동시에 청구법인에게 귀속되는 것 등"으로 되어 있고, 쟁점2건물과 관련한 협약내용은 "청구법인이 고속도로 주유소 내에 LPG 충전시설 설치ㆍ운영권을 사업시행자에게 부여하고, 부지는 청구법인이 제공하며, 시설물의 공사부담은 사업시행자가 부담하고, LPG 충전시설 설치ㆍ운영에 따른 임대료는 고속도로 LPG 충전소가 있는 주유소의 전연도 평균임대요율을 적용하고, 사업시행자의 부담으로 설치하는 시설물의 소유권은 준공과 동시에 청구법인에게 무상 귀속되는 것 등"으로 되어 있다.

(라) 살피건대, 청구법인과 사업시행자 간에 체결된 협약서 등에 의하면 쟁점1,2건물은 사업시행자가 신축하여 일정기간 사용 후 또는 신축 즉시 청구법인에게 양도 또는 증여하는 것으로 되어 있으나, 경제적인 실질에서 보면 청구법인은 휴게소 등으로 사용될 토지를 사업시행자에게 무상으로 제공하고 사업시행자로부터 토지 무상사용에 따른 대가로 쟁점1,2건물을 받은 것으로서 이는 토지 임대료의 선불 또는 후불로 봄이 합당하다 하겠고, 이 때 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 제49조의2 제3항의 규정에 따라 건물신축가액을 사업기간의 월수로 안분한 후 각 과세기간의 합계액으로 하여야 하고, 그 공급시기는 부가가치세법시행령 제22조 제4호의 규정에 의하여 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일로 보아야 할 것이므로, 처분청이 쟁점1,2건물의 건축원가상당액을 위와 같은 방법으로 사용기간에 따라 안분 계산한 후 과세기간별 합계액으로 부가가치세를 고지하고 법인세 과세표준계산 시 임대료로 익금가산하여 경정한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(부가46015-716, 2001.5.18. 외 다수 같은 뜻임).

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 제시한 RKA사원심사결정서(감심2000-1, 2000.1.11)에 의하면, 「기부채납대상의 시설물인"고속도로정보안내판"은 고속도로상태에 관한 정보, 홍보안내문과 광고업체의 광고를 전광판에 자막으로 나타내는 시설물로서, 중부지방국세청에서 1998년경 청구법인에 대한 1993~1997사업연도 분 법인세 조사를 하면서, 위 시설물이 준공된 1993~1997사업연도의 자산수증익으로 보아 익금산입하여 법인세를 과세하였고, 청구법인의 자산수증시기에 대한 감사원 불복청구에 대하여, 무상으로 받은 자산의 익금확정시기는 그 수증을 받을 권리가 확정된 시기라 할 것이므로 그 등기나 등록을 마치지 아니하였다 하더라도 사실상 확정된 시기이며, 청구법인은 사업자가 설치하여 준공과 동시에 광고영업을 한데 대하여 청구법인이 그에 따른 광고료를 받아 왔으므로 계약변경내용에 불구하고 그때 사실상 청구법인이 취득하였다고 보아 자산수증익으로 익금산입하여 과세한 것은 잘못이 없다」라고 되어 있다.

(나) 살피건대, 청구법인은 위 감사원결정서를 신뢰하여 쟁점2건물을 자산수증이익으로 처리하였음에도 이를 부인하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장이나, 신의성실의 원칙은 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하며, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것인 바(대법2001두10837, 2003.9.5),특정시설물과 관련하여 청구법인에게 한 감사원결정과 다르다는 이유만으로 이 건 처분이 신의성실에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.