청구인은 1999.4.1. 전기재료 및 통신 도소매업으로 사업자등록을 한 개인사업자로서(2003.11.30. 폐업), 2001년 1기 및 2001년 2기 부가가치세 과세기간에 OOOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액 16,300,000원 및 21,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

처분청은 OO세무서장이 청구외법인을 자료상으로 확정·고발하는 등의 과세자료를 통보함에 따라 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2006.5.30. 과세통지서를 송달하였고, 이에 따라 청구인은 2006.6.30. 과세전적부심사청구를 하였으며, 처분청은 심사결정통지를 하기 전인 2006.7.10. 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고 매입액을 필요경비 부인하여 청구인에게 부가가치세 2001년 1기 3,424,630원, 2001년 2기 4,218,900원 및 2001년 귀속 종합소득세 12,742,340원을 결정고지하였으며(심판청구이후인 2006.11.6. 종합소득세를 407,320원으로 감액경정함), 2006.8.9. 청구인의 과세전적부심사청구에 대해 불채택한다는 내용의 과세전적부심사결정서를 송달하였다.

청구인은 처분청의 2006.7.10. 과세처분에 불복하여 2006.10.31.이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구외법인의 사업장 소재지가 쟁점세금계산서 수취이전부터 거래하였던 주식회사 OOOOO과 같고 동 법인의 대표자인 변동하가 화재발생이후 상호를 청구외법인으로 변경한 것이라는 말을 믿고 이전과 동일한 거래방법으로 실지거래를 하고 대금은 계좌이체나 가계수표 및 현금으로 지급한 것인데도, 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구외법인은 실물거래가 없는 전부 자료상으로 확정·고발되고 2001.1.24. 화재이후 정상적인 영업이 이루어지지 않았으며 청구외법인의 계좌로 이체한 금액 11,870,000원은 입금익일에출금되어 자금세탁자의 계좌로 이체된 것으로 확인되었고 청구외법인과의 실지거래사실을 확인할 수 있는 증빙자료의 제시가 없으므로, 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 본안전심리사항

과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 고지서를 송달한 경우 심판청구기한을 고지서 수령일이 아닌 과세전적부심사결정서 수령일로부터 기산하여야 하는지 여부

(2) 본안심리사항

쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제81조의 10【과세전적부심사】① 다음 각호의 1에 해당하는 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다)를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여는 국세청장에게 이를 청구할 수 있다.

1. 제81조의 7의 규정에 의한 세무조사결과에 대한 서면통지

2. 기타 대통령령이 정하는 과세예고통지

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 국세징수법 제14조에 규정하는 납기전 징수의 사유가 있거나 세법에 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 조세범칙사건을 조사하는 경우

3. 세무조사결과통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우

4. 기타 대통령령이 정하는 경우

③ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 청구를 받은 날부터 30일 이내에 대통령령이 정하는 위원회의 과세전적부심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구인에게 통지하여야 한다.

같은법시행령 제63조의 8【과세전적부심사의 범위 등】④ 법 제81조의 10 제1항의 규정에 의하여 과세전적부심사청구서를 제출받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 동조 제3항의 규정에 의한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 동조 제2항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2)부가가치세법제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

같은법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

먼저, 청구인의 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 고지서가 송달된 경우 결정서를 수령한 날로부터 심판청구기간을 기산하여 제기한 이 건 심판청구를 적법한 청구로 보아 본안심리할 수 있는지 여부에 대하여본다.

(1) 이 건 심판청구경위에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인의 과세전적부심사청구(2006.6.30.)에 대한 결정이 있기 전인 2006.7.10. 청구인에게 이 건 납세고지서를 송달하였고, 처분청은 2006.8.9. 과세전적부심사결정서를 송달하였으며, 청구인은 납세고지서 수령일이 아닌 과세전적부심사청구에 대한 불채택 결정서의 수령일(2006.8.9.)로부터 불복청구기간을 기산하여 2006.10.31. 심판청구서를 제출한 것으로 확인된다.

(2) 이 건 과세처분을 안 날(2006.7.10.)을 기준으로 불복청구 기간을 계산하는 경우 국세기본법 제68조 제1항에 규정한 심판청구기간(90일)이 도과되었으므로 청구기간의 흠결로써 각하되어야 할 것이나, 국세기본법시행령 제63조의 8 제4항 규정에 의하면 과세전적부심사청구서를 제출받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대하여 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나경정결정을 유보하도록 규정하고 있는 바, 처분청은 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 고지서를 송달하였으므로 이 건 과세처분은 처분청의 부주의로 인한 절차상의 잘못이 있어 취소 대상인 처분으로 보인다. 다만, 처분청이 과세전적부심사청구에 대하여 이를 불채택하여 당초 처분을 유지하였으므로 당초 처분을 취소한다고 하더라도 처분청은 다시 동일한 내용의 처분을 할 것이기 때문에 행정행위의 무용한 반복을 피하고 당사자간 법적 안정성을 위하여 합목적적인 견지에서 과세전적부심사결정 통지서 수령일에 절차상의 잘못이 치유되어 그 날 적법한 과세처분이 있었던 것으로 보는데 무리가 없을 것이므로, 청구인이 과세전적부심사결정 통지서를 수령한 날부터 심판청구기간을 기산하여 90일 이내에 처구한 이 건 심판청구는 본안심리하는 것이 타당하다고 판단된다.

다음, 청구인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부에 대하여 본다.

(1) 처분청이 제시한 이 건 과세자료를 보면 OO세무서장은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구외법인을 전부 자료상으로 확정·고발(2005년 1월)하고 청구인이 2001년 1기 및 2001년 2기 과세기간에 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서가 가공혐의자료에 해당한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은청구인에 대한 소명자료 제출요구를 거쳐 쟁점세금계산서를 가공거래에 따른 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 매입액에 대한 필요경비를 부인하여 부가가치세 및 종합소득세를 과세하였음이 확인된다.

(2) 청구인은 개업초기부터 물품거래를 하던 주식회사 OOOOO이 2001년 초 화재가 발생하였으나 상호만 청구외법인으로 변경되고 정상 영업을 하여 동 법인으로부터 실제로 물품을 구입하고 그 대금을 계좌이체·가계수표 및 현금 등으로 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이라고 주장하면서 청구인이 계좌이체하였다는 예금거래내역 및 사실확인서(청구외법인의 직원 전OO, 2006.12.17. 작성)를 제시하나, OO세무서장이 조사한 바에 의하면 청구외법인에 대한 자료상 조사시 청구외법인의 사업장 주소지에 소재한 주식회사 OOOOO(지점법인으로, 본점법인은경기도 파주시 교하읍 오도리 16-4에 소재)도 허위세금계산서를 수수한 업체이고, 청구인이 거래증빙으로 제시한 청구외법인에 대한 계좌이체액(13,857천원)도 일부가 위장금융거래자(전OO)에게 다시 입금된 것으로 밝혀졌으며, 나머지 대금지급주장과 관련한 가계수표나 어음 등에 대하여도 이를 입증할 수 있는 금융증빙자료의 제시가 없어 실지거래사실을 확인하기 어렵다.

(3) 살피건대, 청구외법인은실물거래없이 세금계산서를 수수한 전부 자료상으로 확정·고발된 사업자이고, 청구인이 쟁점세금계산서의 매입액과 관련하여 제출한 대금결제내역 및 기타 증빙에 의하여도 이 건 거래가 실지거래인지 여부를 확인하기 어려우므로, 처분청이쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007 년 4 월 5 일

주심국세심판관

배석국세심판관

주 영 섭

허 종 구

안 경 봉

김 재 구