청구법인은 전자제품 및 건축자재 등의 제조·판매업을 영위하는 비상장법인으로 2001.3.27 정기주주총회에서 2000사업연도 소득금액에 대하여 결산을 확정하면서 이익처분에 의한 기업발전적립금을 적립하지 아니하고 법인세과세표준 및 세액 신고시 적정유보초과소득에 대한 법인세 신고도 하지 아니하였다.

처분청은 청구법인의 2000.1.1～2000.12.31사업연도 종료일 현재 자기자본이 100억원이 초과하여 법인세법 제56조 규정에 의하여 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세요건에 해당된다하여 적정유보초과소득을 1,365,606,580원으로 보아 2001.12.8 청구법인에게 2000.1.1～2000.12.31사업연도 법인세 204,840,987원 및 이에 대한 가산세 25,016,175원, 합계 229,229,850원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.3.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

적정유보초과소득에 대한 법인세 과세제도의 취지는 비상장법인의 배당하지 아니하는 과다한 유보에 대한 과세에 있으며, 동 제도는 재무구조의 악화요인이 되는 부작용이 있어 이를 보완하기 위하여 이익처분시 이월결손금의 보전 및 자본금에 적립하는 경우에만 사용할 수 있는 “기업발전적립금”으로 처분한 금액은 적정유보초과소득계산시 제외토록하는 것인 바,

청구법인이 2001.3.27 정기주주총회에서 당해 사업연도 이익처분으로 기업발전적립금을 적립하지는 아니하였으나, 미처분이익잉여금 중 2,000,000,000원을 2001.7.12 임시주주총회에서 기업발전적립금으로 적립하였고, 따라서 수정된 이익처분에 따라 적정유보초과소득이 산출되지 아니함에도 처분청이 이를 인정하지 아니하는 것은 기업발전적립금을 유보소득에서 제외하는 취지가 재무구조의 악화요인이 되는 부작용을 보완하는 데 있다는 점에 비추어 타당하지 아니하며, 임시주주총회에서의 배당금에 대한 이익처분결의는 인정하면서 기업발전적립금에 대한 수정결의는 인정하지 아니하는 것은 형평에 어긋나므로 당해 사업연도 적정유보초과소득 계산시 이를 공제하여 재계산하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 법인세과세표준을 신고한 후에 임시주주총회에서 당초의 이익처분을 정정하여 추가로 기업발전적립금 2,000,000,000원을 적립하였다고 주장하나, 처분청이 이건 처분에 앞서 추가납부 안내 시에 청구법인이 추가로 기업발전적립금을 적립한 사실에 대하여 언급이 없었던 점에 비추어 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

적법한 결산확정 및 법인세 과세표준 신고 후 임시주주총회에서 기업발전적립금을 적립한 경우로 보아 기업발전적립금을 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다.

법인세법 제56조【적정유보초과소득에 대한 법인세】

① 내국법인(주권상장법인, 협회등록법인 및 비영리내국법인을 제외한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 있어서 대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득이 적정유보소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 “적정유보초과소득”이라 한다)에 100분의 15를 곱하여 산출한 세액을 적정유보초과소득에 대한 법인세로 하여 산출세액에 이를 가산한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재의 대통령령이 정하는 자기자본(이하 이조에서 “자기자본”이라 한다)이 100억원을 초과하는 법인

② 제1항의 규정에 의한 적정유보소득은 각 사업연도의 소득금액(제18조 제4호 및 제6호의 규정에 의한 금액을 포함하며, 제57조 제4항의 규정에 의한 수입배당금액을 제외한다)에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 법인의 자기자본의 100분의 10에 상당하는 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 당해 사업연도의 법인세액, 법인세의 감면액 또는 과세표준에 부과 되는 농어촌특별세액 및 소득할주민세액

2. 상법 제458조의 규정에 의하여 적립하는 이익준비금

3. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 의무적으로 적립하는 적립금

4. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 기업발전적립금으로 적립한 금액

같은 법 시행령 제93조【적정유보초과소득의 계산】

① 법 제56조 제1항에서 “대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득”이라 함은 법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득(법 제18조 제4호 및 제6호의 규정에 의한 금액을 포함하고, 법 제57조 제4항의 규정에 의한 수입배당금액을 제외하며, 이하 이 조에서 “당해 사업연도의 소득금액”이라 한다)에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액을 말한다.

1. 제18조의 규정에 의한 이월결손금

2. 법 제56조 제2항 각호의 금액

3. 잉여금처분에 의한 배당·상여 및 퇴직급여

4. 제106조의 규정에 의하여 배당·상여·기타 소득 및 기타 사외유출로 처분된 금액.(단서 생략)

④ 법 제56조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 자기자본”이라 함은 제54조 제1항 제1호 본문의 규정에 의한 금액을 말한다.

같은 법 시행령 제54조【기준초과차입금이자의 손금불산입】

① 법 제28조 제2항에서 “대통령령이 정하는 자기자본”이라 함은 다음 각호의 금액 중 큰 금액을 말한다

1. 당해 사업연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 2001.3.27 정기주주총회에서 2000.1.1～2000.12.31사업연도 이익잉여금 처분시 이익준비금 33,000,000원, 중소기업투자준비금240,000,000원, 기업합리화적립금 92,331,429원, 배당금 330,000,000원 등 695,331,429원을 처분하고, 12,545,364,097원을 미처분이익잉여금으로 사내유보하고 있었던 사실 및 2001.7.12 임시주주총회에서 당해 사업연도 미처분이익잉여금 중 기업발전적립금 2,000,000,000원을 적립하도록 결의한 사실이 청구법인의 이익잉여금 처분계산서 및 임시주주총회의사록에 의하여 확인된다.

처분청은 이 건 처분 후 청구법인이 임시주주총회에서 기업발전적립금을 적립한 사실을 주장하고 있어 이를 신뢰할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 1992사업연도 이후부터 외부회계감사를 받는 법인으로 2001.7.12 임시주주총회에서 이익처분을 수정하여 이익잉여금처분계산서에 기업발전적립금을 적법하게 계상한 사실이 회계감사법인인 OO회계법인의 2001.1.1～2001.12.31사업연도 회계감사보고서에 의하여 확인된다.

이러한 사실에 기초하여 청구법인이 적법한 결산확정 및 법인세과세표준을 신고한 후 임시주주총회에서 기업발전적립금을 적립한 경우 동 기업발전적립금을 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 공제할 수 있는지 여부를 살펴본다.

앞에서 살펴본 법인세법 제56조에 규정하고 있는 적정유보초과소득에 대한 법인세의 과세취지는 비상장법인이 배당에 따른 세부담을 회피하기 위하여 잉여금을 배당하지 아니하고 사내에 과다하게 유보하는 경향을 규제하는데 있으며,

동 조 제2항 제4호 규정에 의하여 기업발전적립금을 적립하는 경우 적정유보초과소득 계산시 이를 공제하여 법인세를 과세하지 않도록 한 것은 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세제도가 기업의 재무구조 악화요인이 되는 부작용이 있어 이를 보완하기 위하여 이익처분시 이월결손금의 보전 및 자본금에 적립하는 경우에만 사용할 수 있는 “기업발전적립금”으로 처분한 금액은 적정유보초과소득 계산시 제외토록 하여 적정한 규모의 사내유보로 기업의 재무구조를 건실하게 하는데 있다 할 것인바,

이러한 입법취지를 감안할 때, 청구법인은 재무구조 건실화를 위하여 당해 사업연도 이익처분시 15% 수준의 배당 및 상법상의 이익준비금, 의무적립금으로 처분하고 나머지 12,545,364,097원을 미처분이익잉여금으로 사내유보하고 있음이 확인되는 바, 결산과정에서 회계담당자의 착오로 기업발전적립금을 적립하지 아니한 것으로 보이며, 이 건 처분전에 적법한 절차에 따라 임시주주총회의 결의를 거쳐 기업발전적립금 20억원을 적립한 것으로 보이므로 이를 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 공제하지 아니하는 것은 입법취지에 어긋나는 것으로 보인다.

또한, 결산과정에서 기업발전적립금을 적립하지 아니하였으나 임시주주총회에서 추가로 적립한 경우 이를 인정하는 것이 기업의 자유로운 이익의 사내유보를 통한 자본축적을 유도하기 위해 2001.12.31 개정한 법인세법 개정취지와도 부합되는 것으로 보인다.

그러므로, 청구법인이 당초 법인세과세표준 및 세액 신고시 적립하지 아니한 기업발전적립금을 처분청의 과세처분전에 임시주주총회에서 적립한 경우에는 적정유보초과소득을 재계산할 수 있는 것이며(같은 뜻, 재정경제부 법인46012-14, 2002.1.18), 청구법인이 기업발전적립금을 적법하게 적립한 것으로 보아 기업발전적립금을 유보소득에서 공제하는 것이 타당한 것(국심2001중2095, 2001.12.27 외 다수 같은 뜻임)으로 판단된다.

4 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.